在线作图|在线做Metastats组间差异分析

Metastats组间差异分析

Metastats组间差异分析与LEfSe类似,也是多用于寻找不同区组中微生物群落差异物种的一种工具。Metastats实际上是非参数多重检验和p值校正的整合,它对所有物种按照分组进行显著性检验,对数据集进行多重检验,则需要p值校正来获得更准确的结果。TUTU网站提供热图的形式实现Metastats组间差异分析结果可视化。

图片

应用举例
Figure 4.三个实验组中特定 OTU 的相对丰度差异。Metastats 模型应用于 25 个最丰富的 OTU,频率 >99%。三个实验组被表示为 SSc/GI+(具有确定的 SSc 和胃肠道症状的患者)、SSc/GI-(无胃肠道症状的 SSc 患者)和 HC(健康对照)。显着差异用不同的小字母突出显示(P < 0.05)。(Gut microbiota profile in systemic sclerosis patients with and without clinical evidence of gastrointestinal involvement)

图片

Figure 4.通过 Metastats 分析确定并在门级别总结的大西洋鲑鱼(淡水前蜕皮鱼和海水后蜕皮鱼)的肠道微生物操作分类单元 (OTU) 特征。沿 y 轴的丰度百分比是指特征 OTU 被分类映射到的门的相对比例。(Seawater transfer alters the intestinal microbiota profiles of Atlantic salmon (Salmo salar L.))

图片

TUTU云工具使用
云图图可以画,操作步骤如下:
①登录网址:https://www.cloudtutu.com/#/index(推荐使用360或者谷歌浏览器)
②输入用户名和密码(已经为大家填好了),输入验证码后即可登录,不必注册,直接使用,不必担心隐私泄露,是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏(全部分析)里找到Metastats分析,点击进入;
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作。

上传文件
※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)
a)准备两个数据矩阵(形式参照示例数据);
b)表格需带表头,每一列为样本名,每一行为某指标具体数值,例如OTU、ASV、基因ID等等;
c)重要:请提交txt(制表符分隔)文本文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中, 将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。

image.png

参数设置
2.1 在界面右侧编辑分组信息:需要对所有样品进行分组,本网站支持在线修改分组名称的功能。有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)

图片

2.2 pvalue:p值选择:0.01、0.05、1
2.3 方法选择:本平台提供BH、holm、hochberg、hommel、bonferroni、BY、fdr等p值校正方法.

下载文件
点击“运行”开始作图,点击“下载”保存结果文件。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

作图后处理
TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。

你可能感兴趣的:(在线作图|在线做Metastats组间差异分析)