Solved! | 为什么我 Ka/Ks 计算出来的总是 NaN？

写在前面

很久以前，参考NG86计算逻辑提出的文章，我在TBtools中写了Simple Ka/Ks Calculator，旨在理解算法，具体可见 《批量计算dn/ds，粗略筛选正选择？所有人-技能Get !》。近期，不时有人在 TBtools 群提出，TBtools 的 Simple Ka/Ks Calculator 计算出来的有一堆 NaN。Emmm，这是一个比较有趣的事情。有趣之处有二：

1. TBtools中几乎每一个功能，我都会在从头实现算法之后，拿一些软件的运行结果进行比较。针对 Ka/Ks 的计算，我拿了 DNAsp 和 KaKs_Calculator2 的结果与TBtools的结果进行比较，无出入。
2. 曾经有人提出 TBtools 的计算存在问题，经过一堆比较，TBtools的结果反而是对的。具体可见推文《Ks值用TBtools计算不出来？讲一个故事》。

但是今天的情况有所不同。一般十来个基因对，那么有两三个NaN可以理解。如果全部都是 NaN，那就要引起重视。如

不是用户使用问题

我要来数据，随后自己使用 TBtools 最新版本进行计算，结果与该用户的结果一致。

说明不是用户使用问题。

不是 TBtools 实现逻辑问题

既然如何，那么就有可能是 TBtools 的算法实现逻辑问题。为此，我直接让 TBtools 输出 AXT 格式的比对结果。随后使用 章张老师 的 KaKs_Calculator 计算，结果如下。

换句话说，至少在 Ka/Ks 的计算上，TBtools 完全没问题。

那么还存在一个可能，是不是 Codon Alignment 出现了问题？于是我拿了一个基因对，使用 Mega 进行 Codon Alignment，随后导出结果。再使用 KaKs_Calculator 进行结算，

结果与前述一致。

序列距离（差异）太大，导致计算出错

回到 TBtools 计算源码，在 Java 的数值计算中，除非是NaN参与运算，才会得到 NaN。那是咋回事？
重新过了一遍，发现问题应该是在 JC69 模型应用上。

当 pS 大于等于 3/4 的时候，计算结果就会得到负值。换成生物学角度，那就是...绝大部分可发生同义突变位点都发生了同义突变，亦即，序列分歧度太大，进化距离很远。
为此.... 我继续对 TBtools 做个改进，当计算出来的 pS>=3/4，补充一个信息，说明原因...那就不会有用户问我了。

写在后面

Emmm，有时候我觉得，之所以总是有用户提出问题，是因为大家能直接接触到我。毕竟为什么同样的问题，似乎没有人会去问其他软件开发的人呢？还是因为我不知道？
或者说，我太贴心了？哈哈哈哈哈哈哈啊哈哈哈啊哈