R包安装3种来源及错误汇总（留言不断更新……）

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如果把R比作操作系统，那么R packages就是系统中各种软件，这些软件能够处理各种数据。

推荐镜像这样设置下载快点（cran为清华镜像，bioc为中科大）

```

options()$repos

options()$BioC_mirror

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

options()$repos

options()$BioC_mirror

```

对于生信分析人员下载这些软件通常从

cran 镜像  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/

```

install.packages('111')

```

bioconductor网站，这里以安装TCGAbiolinks包为例，来看看遇到的问题

```

#安装Bioconductor

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

  install.packages("BiocManager")

​#检查是否安装Bioconductor成功

BiocManager::available()

#下载所需的RTCGA包

library(BiocManager)

BiocManager::install('RTCGA')

#安装TCGA相关包

BiocManager::install('TCGAbiolinks')

```

这里我安装成功了，然而加载时告诉我少包分别是latticeExtra和GenomeInfoDbData，这两个包是很典型的例子

latticeExtra包需从cran下载，命令为如下，要用source，或者直接下载包，本地安装，而install.packages（‘latticeExtra’）会报错，找不到包

install.packages("https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.5/latticeExtra_0.6-28.zip",  repos=NULL,type="source")

library(latticeExtra)

GenomeInfoDbData包需用如下命令

BiocManager::install('GenomeInfoDbData')

然而它报错了

installation of package ‘GenomeInfoDbData’ had non-zero exit status

我又重新走代码安装了一次

结果成功了，一脸懵逼（网上百度说这样解决，但我没试https://blog.csdn.net/qq_39522546/article/details/82120309 ）

另外，更新r最新版本也能解决许多安装报错问题

https://blog.csdn.net/weixin_41859179/article/details/97570369

这个很详细的更新教程

github 网站安装

install.packages('devtools')

library(devtools)

###在线安装，不推荐

devtools::install_github("111")

##下载压缩包后本地安装，推荐

devtools::install_local("D://GEOmirror-master.zip") #本地安装,更好

怎么快速下载压缩包

推荐github下载网站，

https://shrill-pond-3e81.hunsh.workers.dev/

或者这篇知乎文章

https://www.zhihu.com/question/25369412