基因组+转录组助力油菜种子油含量自然变异的遗传研究

派森诺与华中农业大学合作，在Molecular Plant上发表了题为《Genome- and transcriptome-wide association studies provide insights into the genetic basis of natural variation of seed oil content in Brassica napus》的研究结果。该研究为提高甘蓝型油菜和其他油料作物的有机碳提供了丰富的遗传资源，并为理解油菜和其他油料作物种子中油分积累的复杂机制提供了有价值的见解。

研究背景

甘蓝型油菜(Brassica napus)是世界上第三大植物油来源，其产量约占全球食用油的13%。据估计，含油量每增加1%，种子产量就会增加2.2%-2.3%。因此，培育高含油量甘蓝型油菜品种具有重要的经济意义。之前已有大量研究通过60K SNP阵列或基因组测序对天然甘蓝型油菜群体进行分型，并通过全基因组关联研究(GWAS)对其soc相关QTLs进行鉴定。

尽管在多个染色体上鉴定出了许多SOC QTL，但由于QTL区间较大，尚未从SOC QTL中克隆出候选基因来阐明其分子机制。因此，甘蓝型油菜种子油合成调控的分子机制有待进一步研究。

研究成果

1.基因组变异图与群体结构

我们对505份甘蓝型油菜材料进行了测序，共获得1.7 Tb 150-bp的原始数据，平均深度为9倍。共识别出10,620,048个变异，平均缺失数据