基因组学

基于深度学习的基因组数据分析

基于深度学习的基因组数据分析利用深度学习技术来处理和分析基因组数据，帮助解决基因组学领域中一些复杂且具有挑战性的问题。

SEU-WYL·2024-09-11 11:16

【动植物研究动态】20220501文献解读

NG|农科院油料所伍晓明&诺禾：揭示现代油菜遗传改良的基因组学基础Genomicselectionandgeneticarchitectureofagronomictraitsduringmodernrapeseedbreeding

生物信息与育种·2024-02-20 09:53

2022-12-01

Nature|空间基因组学描绘癌症克隆的结构、性质和进化（2）原创图灵基因图灵基因2022-12-0109:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术一种新的空间技术，碱基特异性原位测序（BaSISS

图灵基因·2024-02-14 08:35

菌群宏基因组分析能解答哪些科学问题？

比较基因组学在微生物领域的应用基因组测序在细菌基因组中的应用基因组测序在真菌基因组中的应用宏基因组研究内容：1.研究环境样本中微生物的构成与丰度；2.研究环境样本中的功能基因信息及丰度；3.研究不同环境样本间细菌群落

f70420f979c3·2024-02-13 18:02

2021-10-01

NatGen|从未吸烟者肺癌的基因组学和进化分类(二)原创楠烟不可言图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：楠烟不可言IF=38.33推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文对232份从不吸烟者的肺癌(LCINS

图灵基因·2024-02-11 07:28

看了老大比较基因组学视频后扩展的小内容

老大视频比较基因组在IGV看了http://www.bio-info-trainee.com/2218.htmlwes：探针捕获rna-seq：不会出现外显子两边下降chip-seq：不会出现整齐，得到的文件是peaksbedfilesRNA-seq这十年https://mp.weixin.qq.com/s/a3y46NNNO-wardO3XWwh0w经过不断的技术开发和改进，以Roche公司的4

小梦游仙境·2024-02-08 12:56

基因组学（课程笔记）-- 基因型与表型关联分析

内容提纲基因型和表型概念基因型（Genotype）：指某一生物体全部基因信息的总称，反映生物体的遗传构成，遗传学中具体使用的基因型往往是指某一性状的基因型表型（Phenotype）：具有特定基因型的个体，在一定环境条件下，所表现出来的性状特征（形态、结构、生理、生化、行为等）或疾病状态表型=基因型+环境GWAS基本概念全基因组关联分析（Genome-wideAssociationStudy,GWA

懒猪曼达·2024-02-06 08:30

小麦基因组测序研究进展

3/15本期作者：大胖丫最近几年，麦类作物基因组学发展迅速，物理图谱的相继完成将大大加速麦类作物遗传学、比较基因组学以及进化等方面的研究，同时也将大大加速重要农艺性状基因的分离和鉴定。

Neal_Bio·2024-02-04 20:11

BioTech - 小分子药物设计与优化概述

小分子药物设计与优化的过程包括以下步骤：靶点识别和验证：通过分子生物学、结构生物学、基因组学等方

SpikeKing·2024-02-03 22:12

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法

Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”（10x基因组学

科研菜鸟·2024-02-03 05:20

一、二、三、四代测序技术原理详解

测序技术是基因组学的核心技术，上期的推送【LAI：基因组组装质量评估新标准】简单介绍了测序技术的发展进程。其实，测序技术的发展主要基于两个非常具有里程碑意义的理念：“生命是序列的”和“生命是数据的”。

生信空间·2024-02-02 22:24

《基因组学》课程-学习笔记之一

生信石头·2024-02-01 18:27

精选推文 | 基于三代转录组的基因注释踩坑经历以及GSAman使用

--CJ-陈程杰前言随着测序技术的进步和普及，现如今已经步入到“功能基因组学”（functionalgenomics)的时代。

生信石头·2024-01-31 04:39

用Modules优雅地管理你的环境变量

我管理的基因组学群里，今天有人提出了这样一个问题，如果有多个版本的BLAST，并且都是用conda安装，应该如何调用不同版本的BLAST提问截图对于这个问题，其实存在多种解决方案：用绝对路径进行调用使用

xuzhougeng·2024-01-30 14:54

[基因组学]使用GAMP根据已知CDS序列来进行未知基因组序列的功能注释

GMAP最早用于讲EST/cDNA序列比对到参考基因组上，可以用于基因组结构注释。后来高通量测序时代，又开发了GSNAP支持高通量数据比对。软件安装我采用的是利用源代码且在无root权限下进行安装。wgethttp://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2019-09-12.tar.gztarzxvfgmap-gsnap-2019-09-12.ta

巩翔宇Ibrahimovic·2024-01-29 14:11

【Single Cell Genomics】Part1 单细胞基因组学

文章目录1SingleCellGenomics1.1Whysinglecells1.2传统singlecell分析1.3scRNA-seq2ScalingupscRNA-seqtechnology2.1分析单细胞技术进化2.2basicpipeline3BeyondRNA:scATAC-seq,Multi-Omics4Dealingwithnoiseanddoubletsinsingle-cell

丸丸丸子w·2024-01-25 20:24

Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读

当进行元基因组学研究时，研究者通常会涉及到以下三个数据类型，每个都有其独特的角色和应用：Reads（读数）:定义：Reads是从原始测序数据（例如Illumina测序的FASTQ文件）中获得的短序列片段

WDPLA·2024-01-22 15:18

OrthoFinder 进行直系同源基因分析教程

介绍OrthoFinder是一个快速、准确和全面的比较基因组学平台。

lixingze·2024-01-22 01:57

对待自己温柔一点，你只不过是宇宙的孩子，与植物、星辰没什么两样(4.25)

3互联网时代的标志是人人连接、物联网是万物互联、人工智能是人机合一、生命科学是基因组学、太空科学是星球殖民。今

胡同学的读书笔记·2024-01-21 01:24

第1篇：人类的卷曲乳杆菌分离物的比较基因组学揭示了糖基化和糖原降解的基因：阴道微生物群的体内优势

VM：阴道微生物群LVM：乳酸菌为主的阴道微生物群DVM：阴道微生物菌群失调的阴道微生物群Comparativegenomics：比较基因组学EPS：胞外多糖contig：拼接软件基于reads之间的overlap

不愧是你_a·2024-01-20 17:28

《基因的名义》读书笔记

这本书比较适合我这类入行不久的人来看，里面介绍了很多基因组学方面的应用和相关原理，内容涉及基因组学的发展历程、基因学和测序技术的应用（寻祖，亲人鉴定，性状预测，癌症检测和用药，出生缺陷预防，消费级基因检测等等

TOP生物信息·2024-01-19 07:26

PharmGKB数据库

PharmGKB全称是PharmacogeneticsandPharmacogenomicsKnowledgeBase，翻译成汉语就是遗传药理学与药物基因组学数据库，网站把基因和药物的关系分为两个大的范畴

轻枫柳曳1208·2024-01-19 03:20

谷子功能基因组学数据库

谷子功能基因组学数据库谷子（Setariaitalica）最早在8700多年前在我国北方由野生物种驯化而来，在全球的自然和农业生态系统中，它被作为人类食物和饲料。

天明豆豆·2024-01-18 12:02

【现代遗传学原理-基因和基因组学】

一、基本概念基因组学：研究基因组结构、功能及表达产物的学科，包括测序、基因组作图、基因组分析。蛋白质组学：研究各种基因组在细胞中全部蛋白质的组成、结构、功能及表达模式的学科。

HuangXinyue1017·2024-01-11 01:46

Treehouse-一个10000+肿瘤sample的数据库

难道还是image.pngTreehouse儿童肿瘤研究是UCSC基因组学研究所的研究机构的一个研究目标，希望通过这些大规模的数据集来确定哪些药物可以更

医科研·2024-01-10 07:02

重测序获取基因编辑植物T-DNA插入位点

早在本科学习比较基因组学期间就有意做一些知识分享，毕竟目前学得的七成生信知识是源自最早做知识分享的前辈们。计划一直夭折，一方面是自觉实力有限，怕误人子弟，一方面是有点空闲时间就想偷个懒。

CallumZhao·2024-01-10 05:50

【泛基因组】进展学习（1）

2020年7月20日，NaturePlants在线发表了题为“Plantpan-genomesarethenewreference”的综述文章，其回顾了泛基因组学在植物中的发展，探索了基因存在和缺失变异的起源

jjjscuedu·2024-01-09 10:50

NGS基础概念

基因组学相关概念基因组即指生物所具有的携带遗传信

问菊22·2024-01-05 22:30

【比较基因组】共线性分析（JCVI）

比较基因组学中，共线性的分析的图无疑是很漂亮的。共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。

jjjscuedu·2024-01-05 13:36

2022-12-05

九圣源医疗科技科普知识：大豆异黄酮九圣源（九圣源医疗科技）新型药膳是在传统中医药膳的基础上，结合现代生理学、病理学、营养学、微生物学、基因组学、食品分子化学等学科的前沿成果而形成的医学处方食品。

manbingguanli·2024-01-05 10:30

生信数据类型

生信在基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等方面有广泛应用，可以帮助科学家们理解生物体内的基本生物过程和疾病发生机制，为疾病的诊断和治疗提供新的思路和方法。生信领域中常见的数据类型包括：基因组学

m1chiru·2024-01-03 23:39

『比较基因组学』TBtools 30秒解决基因组共线性。

直接给我惊呆了，从点开开始到出结果一共32秒ಥ_ಥ，想当年光blastp就得跑大半天，更不要说编译MCScanX，各种奇葩问题...先看下什么是共线性：Syntenic*=asetoflociintwodifferentspecieswhichislocatedonthesamechromosomeineach(notnecessarilyinthesameorder).Collinear=ase

ShawnMagic·2024-01-03 22:29

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”

种数据类型是远远不够的，随着高通量测序和多组学的快速发展，生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法，传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求，机器学习作为从数据中进行学习的算法，可以对不同组学来源（如基因组学

20220705·2024-01-03 12:07

生信数据库12-药物敏感性基因组学项目（GDSC）

小盐准备介绍那些小众又好用的生信数据库你想要的R语言学习资料都在这里，快来收藏关注【科研私家菜】**今天R小盐介绍的数据库是GenomicsofDrugSensitivityinCancer**01数据库介绍癌症相关药物敏感性基因组学

科研私家菜·2024-01-02 13:53

GEOquery 下载 GEO 数据

前言NCBIGeneExpressionOmnibus（基因表达综合数据库，GEO）公开了很多高通量基因组学数据集。尽管名字很好听，但这个数据库并不是专门针对基因表达数据的。

名本无名·2024-01-02 01:39

From 16S rDNA测序 To 宏基因组学研究—应用的策略和主要流程

首先要确立宏基因组学研究的主要目标：要尝试解释怎样的科学问题？根据实

JarySun·2023-12-31 05:19

最少6小时，你达标了吗？

来自：网络该项研究由西班牙马德里国家心血管研究中心的首席研究员、波士顿塔夫茨大学吉恩梅耶乌斯达人类衰老营养研究中心的营养和基因组学主任JoseOrdovas领导的团队完成。

zhaiyz·2023-12-30 02:07

易基因｜ChIP-seq分析方法：实用的工作流程和高级应用

以下为原文总结分享：一、介绍（Introduction）染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白修饰分析（如增强子分析和全

易基因科技·2023-12-29 19:40

转基因泛滥会使人体内出现有害基因吗？（崔永元真的是对的吗？）

@：凉天佳月文章表示，一家英国科学期刊“雪莱遗传学通讯”发表的论文称“在对中国平民阶层进行基因组学研究时发现了在转基因作物中用来促进生长的

凉天佳月·2023-12-27 20:00

2021-12-28

Science|泛基因组分析优化结构变异识别原创图灵基因图灵基因2021-12-2807:03收录于话题#前沿生物大数据分析Giraffe，由加州大学（UC）SantaCruz分校基因组学研究所的科学家开发的一种新的制图算法

图灵基因·2023-12-27 04:32

Nature Commun|ATAC-seq探究复发性小儿B系急性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱

表观基因组学分析是解释非编码基因组功能的重要方法之一。表观基因组学特征作为肿瘤细胞的基本特征，对发病机制、临床行为和治疗具有影响。

爱基百客·2023-12-25 15:34

基于conda环境下的宏基因组学分析利器MetaWRAP 1.3.2 安装和使用，序列分析基本流程自动分析脚本

介绍：MetaWRAP是一个宏基因组学分析工具库，用于分析宏基因组测序数据。它提供了一套功能强大的工具，用于进行宏基因组数据的装配、注释和功能分析。

小果运维·2023-12-24 02:01

遗传图谱应用分析案例：菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】

利用基因组重测序技术进行大规模高通量SNP标记鉴定是当前国际上动植物基因组学的研究热点。利用得到的大量SNP标记，可以对群体进行高密度遗传图谱、BSA、GWAS、遗传进化等分析。

百迈客生物·2023-12-23 03:06

3D基因组学在白血病中的研究进展——分子分型、诊断、预后

2022年10月26日，岳峰/郑弘在《nature》杂志上发表题为Subtype-specific3Dgenomealterationinacutemyeloidleukemia[1]的文章。该研究从各方面比较了AML病人与健康人体内CD34+造血干祖细胞的3D基因组结构。其重要发现包括：一、整体3D基因组结构的差异该研究发现，病人的造血细胞，其三维染色质结构发生了显著的改变。重要的是，病人的3D

基因组学研究生·2023-12-22 11:42

有史以来25个最伟大的Java应用程序

从太空探索到基因组学，从反向编译器到机器人控制器，Java都是当今世界的核心编程语言。

SOWORD科技言·2023-12-22 08:35

基因组学 II

ReadGenome在获得基因组序列后，需要对它包含的基因进行解读和注释，这部分是对基因图谱的"内容“进行介绍。含基因的数目，基因的分类，基因的结构，基因的表达，基因簇，基因组的“暗物质”等部分。要求同学门掌握各种名词和概念。1.基因数目前面提到过C-paradox，基因组的大小与基因数目、生物的进化程度没有严格的对应关系。如酵母只有6000个左右的编码基因，人的基因组编码了25000个蛋白，水稻

KXie·2023-12-21 23:52

生物信息学R分析工具包ggkegg的详细使用方法

ggkegg介绍ggkegg是一个用于生物信息学研究的工具，可以用于分析和解释基因组学数据，并将其与已知的KEGG数据库进行比较。

小果运维·2023-12-20 14:22

宏基因组学Metagenome-磷循环Pcycle功能基因分析-从分析过程到代码及结果演示-超详细保姆级流程

大背景介绍生信分析，凡事先看论文，有了论文就有了参考，后续分析就有底了，直接上硬菜开干：PCycDB:acomprehensiveandaccuratedatabaseforfastanalysisofphosphoruscyclinggenes-PubMed数据库及部分分析代码github库：GitHub-ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database:This

小果运维·2023-12-19 09:19

医疗智能化革命：AI技术引领医疗领域的创新进程

它不仅在医学影像诊断、病理学分析和基因组学研究等领域展现出了巨大潜力，也在远程医疗、智能健康监测和精准医疗等方面彰显着其独特的价值。

4.0啊·2023-12-18 10:23

基因-疾病数据库/工具大集合

1909~2015年基因发现时间轴，展示基因组学领域的重大发现和发明人类疾病是广泛研究（包括基因组学、生物信息学、系统生物学和系统医学）的核心。

尐尐呅·2023-12-17 15:26

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