2021-11-18

为什么要进行基因家族分析? 

2020-05-26 10:17

某物种基因组被测序后,大部分课题组都会发表一些基因家族分析的文章,此举常常被误解为“灌水”,其实不然,理清基因组内基因家族成员分类组成,是挖掘和物种特性相关的生物学问题的第一步工作,可以为后续基因功能研究及遗传操作打下坚实基础。

那么,研究基因家族有什么生物学意义?

1. 基因家族的基因在物种之间都是比较保守的,通过基因家族分析可以得到某物种特有的家族基因,而这些基因则有可能与该物种的特异性有关。

2. 通过对多物种构建系统发育树,从而得到物种起源进化或亲缘关系方面的信息,并为后续遗传操作提供参考。

3. 基于单拷贝基因家族,可估算出物种间的分歧时间。

4. 可以挖掘某物种中哪些基因发生了明显的扩增/收缩,这些变化可能与该物种某些强/弱化的生物学分子功能有关。

5. 通过分析家族基因在进化过程受到的正向选择,确定与该物种环境适应性相关的基因。

所以,基因家族分析既是一篇SCI文章,更是一个研究思路。

说起基因家族分析发表SCI论文没有更简单的了,仅需以下几个内容就能发表2-4分SCI论文

1、搜索基因家族成员蛋白保守结构域,鉴定基因家族成员;

2、预测基因家族成员的顺势作用元件;

3、构建系统进化发育树;

4、基因家族成员MOTIF分析及绘图;

5、基因结构图;

6、基因在染色体上的位置图;

7、MCScanX共线性分析,绘制基因组内基因家族成员共线性circos图;

8、计算串联重复基因的KA/KS;

9、选定的其他物种进行基因家族成员同源性分析;

10、结合转录组数据绘制该基因家族的表达量热图。

从分析难度上看,掌握基因家族分析内容并不是很难,给大家推荐一门非常适合0基础学习基因家族技能的生信课程:

《基因家族分析实操》2019版:学习链接:1. http://163.lu/OXy8p3

仅需几天就能让您掌握以下实用生信技能:

1. Biolinux系统虚拟机安装及linux常用命令的使用;

2. 基因组数据(基因组、蛋白质序列、CDS序列、gff注释信息)下载及pfam保守结构域下载及确定pfam;

3. 基因组(蛋白质序列)本地建池及本地Blast比对鉴定基因家族基因;

4. Hmmsearch鉴定基因家族基因(序列提取、筛选、鉴定);

5. 家族内基因结构分析(内含子/外显子、顺式作用元件、Motif分析);

6. 家族内基因遗传进化分析及进化树美化;

7. 基因加倍及串联重复基因分析及作图美化;

8. 不同物种间共线性分析(物种间保守性);

9. 结合转录组分析基因家族基因表达模式及热图绘制;

以上均是科研中经常用到的实用技能,学到就是能力提升。

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:http://163.lu/IOHYt4

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读:http://163.lu/uf2ZQ3

转录组(无参)结果解读:http://163.lu/d4S2l0

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:1. http://163.lu/J3ur43

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:http://163.lu/3tCjx3

5.微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读:http://163.lu/L05ca3

你可能感兴趣的:(2021-11-18)