细菌耐药性基因resfinder处理

2020.2.19

首先进入我的虚拟环境（因为在我的虚拟环境我配置好了）

一、配置环境安装软件

1、

pip install biopython        #biopython安装

2、

pip3 install cgecore        #安装cgecore

pip3 install tabulate        #安装tabulate

3、

git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/resfinder.git        #resfinder安装

git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/resfinder_db.git        #resfinder数据库安装

直接

gunzip 压缩包        #解压缩即可

4、测试是否安装成功

python3 resfinder.py -h        #如果弹出帮助文件，则证明安装成功（上次没有这两个模块儿的时候没有弹出帮助信息）

二、使用resfinder处理数据

在脚本的执行目录下执行代码：

python3 resfinder.py -i /share/data1/f/l/pinjiehou/SZDP190917115.fas -o resf_outdir/115resf -p /share/data1/f/Database/resfinder_db/resfinder_db -t 0.95 -l 0.90

-t   相似性 identity>95%

-l   覆盖率  coverage>90

其他的fasta数据，将对应将数字更改即可

但是最后不论是test数据还是我的数据都没有出现参考1出现的 results_table.txt 文件，不知道哪里出现了问题；

但是我的数据都显示no hits ，可能没有相似的出现

猜测是不是我下载的数据库出现了问题？

resfinder官网  https://cge.cbs.dtu.dk/services/ResFinder/

参考：

1、细菌耐药基因数据库ResFinder https://www.jianshu.com/p/136e56b16a5a （按照这个执行命令）

2、耐药分析软件resfinder及pointfinder本地化 https://cloud.tencent.com/developer/news/360618 （按照这个本地化安装）