phono3py和BoltzTraP2安装

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本文为服务器上phono3py和BoltzTraP2联网安装教程。若超算服务器联网则直接执行命令安装,若服务器无法直接联网,可采用服务器SSH隧道联网设置[1]一文中本地联网电脑端口转发方法实现conda、pip和wget代理联网。


安装步骤

1. miniconda安装

下载Miniconda3安装包,上传至服务器,或使用wget命令。

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

执行bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,按提示安装至服务器指定路径,miniconda中已包含pip。conda update conda升级conda至最新版,conda create -n my-env python=3.x.x创建指定python版本环境,conda activate my-env激活该环境,pip install pip --upgrade升级pip版本。

2. phono3py

执行conda install -c atztogo phono3py安装phono3py,程序会自动联网下载phono3py所需的blas、mkl、matplotlib、numpy、phonopy等依赖包,由于部分包体积较大,需要等待一段时间。也可以提前下载体积较大包上传安装,避免网络稳定性问题。

3. BoltzTraP2

由于前一步安装phono3py时已经配置好BoltzTraP2所需的大部分依赖包,这里可以先执行pip install cmake安装cmake,再执行pip install BoltzTraP2完成BoltzTraP2安装。BoltzTraP2运行可能还需要vtk和pyfftw模块,使用pip install vtk pyfftw安装。


运行完毕使用conda deactivate指令退出该python环境。

参考链接:

[1] 服务器SSH隧道联网设置, https://www.jianshu.com/p/5e84046de28c.

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