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2020-10-19 TransMPRA

Jay Shendure课题组预发表的课题

文献简介

基因调控是反式调控元件（TF）结合到顺式调控元件（enhancer）的过程。该课题组设计了一种报告系统，结合了多种CRISPR-mediated perturbation和MPRA实验来劲鉴定反式元件如何调节特定的enhancer。对象：8 trans-acting factors and 95 putative enhancer。

文献背景

对MPRA的背景调查

ref：Decoding enhancers using massively parallel reporter assays

20201019-1.jpg

实验原理

如果gRNA target的TF跟enhancer没有相互作用，那么正常表达，获得enhancer barcode的数量。如果gRNA target 的TF 跟enhancer 有相互作用，那么相当于基因敲降后的表达，enhancer barcode的数量会减少。


20201019-2.jpg

有趣的点

具有GATA1 motif的10个enhancer中，只有一个能够观察到明显的相关性，而没有motif序列的enhancer中有17个观察到相关性。chipseq signals 有相关性，但是预测性很不好，16个中5个的相关性好，13个相关性高但是没有chipseq signals。暗示GATA有higher order in enhancer-based gene regulation。由此怀疑chipseq signal 和真正起作用的enhancer的对应关系，文章提到两者相似性高，但是没有给出证明，需要进一步关注文章的正式发表。

总结

方法的结合：结合单细胞barcode的思想，gRNA的设计和MPRA的方法，是基因调控实验性的探索的一种方法。但是局限于enhancer。

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