文献笔记二十一:PhenoGram可视化染色体上的信息

文章题目

Visualizing genomic information across chromosomes with PhenoGram

发表期刊及完成单位

BioData Mining
大类生物4区
小类数学与计算生物学3区
影响因子1.912
发表年份2013
完成单位 The Pennsylvania State University
The Huck Institutes of the Life Sciences
论文本地文件名称 1756-0381-6-18.pdf

这个工具的基本功能是:可视化展示某些特征在染色体上的位置,比如snp、基因等。可以看下软件官网提供的一些例子 http://visualization.ritchielab.org/phenograms/examples

image.png

目前我用到的可能是展示某个基因家族所有基因在染色体上的分布情况。

软件的帮助文档 http://visualization.ritchielab.org/phenograms/document
这个软件可以在线使用,也可以下载到本地使用,在线使用还挺方便的,本地使用的方法暂时还没有探索,本地下载链接 https://ritchielab.org/software/phenogram-downloads

在线使用链接
http://visualization.ritchielab.org/phenograms/plot

如果我想画某个基因家族在染色体上的分布的话
最基本的使用需要准备两个输入文件,文件用tab键分割

  • 染色体的信息
    第一列 包括染色体编号
    第二列 染色体的长度
    第三列 还可以指定着丝粒(centromere)的位置,(可以不指定这个信息)

示例文件

ID  size
1   10000
2   12000
3   11000
4   10500
  • 基因家族的位置信息
    第一列 基因名称
    第二列 染色体编号
    第三列 基因在染色体上的位置,不是区间是单一的数字,比如基因的起始位置或者终止位置
    第四列 图上展示的基因名称,可以和第一列一样
    第四列 所属基因家族

示例文件

gene    chr pos phenotype   ethnicity
1   1   1049    Gene1   Family1
2   1   2049    Gene2   Family1
3   1   3049    Gene3   Family1
4   1   4604    Gene4   Family1
5   1   5604    Gene5   Family1
6   1   6604    Gene6   Family1
7   2   4302    Gene7   Family2
8   2   5302    Gene8   Family2
9   2   6302    Gene9   Family2
10  2   7042    Gene10  Family3
11  2   8042    Gene11  Family3
12  2   9042    Gene12  Family3
13  3   1049    Gene13  Family3
22  3   2049    Gene22  Family4
32  3   3049    Gene32  Family4
42  3   4604    Gene42  Family4
52  3   5604    Gene52  Family4
62  3   6604    Gene62  Family5
72  4   4302    Gene72  Family5
82  4   5302    Gene82  Family5
92  4   6302    Gene92  Family5
102 4   7042    Gene102 Family5
112 4   8042    Gene112 Family5
122 4   9042    Gene122 Family5

第一行是列名不能变

链接http://visualization.ritchielab.org/phenograms/plot

image.png

input file 上传基因家族位置信息
Title 自己写,会展示在图片的上方
Genome选other,然后上传自己准备的染色体信息
Phenotype spacing 和 Phenotype color 有三个选项,可以自己分别试一试
图片格式三个可选,分别是jpg,png和pdf
Zoom options 和Additional options暂时不管

直接点plot就可以了

最终的结果


pheno_gram.77452.png

欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本

你可能感兴趣的:(文献笔记二十一:PhenoGram可视化染色体上的信息)