生物信息学的学习资源

最近在浏览大神写的教程的时候,也有留意到他们推荐的一些资源,下面我就总结一些我觉得比较好的一些:

学习生物信息无外乎分为几大类:1.统计学习,2.NGS,3.编程,4,生物学知识.5.操作系统

1.统计学:

个人觉得还是StatQuest做的相关视频比较好,包括了基础统计学和一些生物统计学的内容,目前扩充到了机器学习和NGS流程所涉及到的数学原理。个人感觉强的一批,视频在B站上有更新:

B站:生物统计学

youtube(原创):传送门


另外,刘小乐的生物信息学课程对于初学者来说还是比较friendly的:刘小乐课程

还有就是这个网站机器学习讲的通俗易懂比较亲民。


2.NGS

个人感觉NGS如果要具体看文献了,如果只想大概了解一些,自然首推樊龙江老师出版的生物信息学那本书

里面有一章节专门讨论相关专题的分析技术。当然也是生生信入门者必看的读物。

另外还有一本书专门讨论NGS的书


3.编程语言

R:

初学者可以看看《R语言实战》熟悉下基本操作,还有一本比较经典的书是下面这本:


如果想看中文入门级别的书籍可以看一下《R语言数据高效处理指南》

不过,我个人还是推荐海爷的《R for data science》,数据处理方式讲的很到位,百科全书级别的。

python:

入门级别可以看两本吧:《Python编程从入门到实践》,《Python编程快速上手:让繁琐工作自动化》这两本写的还是可以的,上手点可以看一下《Python学习手册》

还有两本比较想推荐的是:《bioinformatics programming using python》《thinkpython》

4.生物学知识:

这个这个这个,多看文献吧!

5.操作系统:

我只推荐鸟叔的私房菜,多看几遍吧,最好把相关命令跟着做几次。

补充下NGS的:

辅助视频

[1]. 还有一个生信的基础课程:生信基础

[2]. 一个良心教程博客,包括单细胞,突变方面的教程:传送门

[3]. 以及Stanford大学MOOC公开课讲义:PH525x series - Biomedical Data Science:斯坦福讲义

[4]. 还有易生信教程 :传送门  和NGS系列:NGS

[5]. 宏基因组相关:宏基因组相关,宏基因组实操:宏基因组实操

[6]. 以及加拿大的生物信息学课程:加拿大生信课程

[7]. 生物信息学习网站合集:生物信息学习网站

[8]. 当然,还有个机器学习的书,哈佛大学学生写的:机器学习书籍

[9]. 清华大学生物信息教程:  基础版:https://lulab2.gitbook.io/teaching/,提高版:https://lulab1.gitbook.io/training/

[10]. 以及MIT基础生物信息教程: http://genomicsclass.github.io/book/

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