组装细菌基因组

1.上Genome Announcements网站（https://mra.asm.org/）找一篇细菌基因组文章,输入Lactobacillus genome（乳酸菌基因组），点击搜索

结果

2.点击第二条，找到文章记载的SRA登录号，点击进入

结果

1.PNG

3.用prefetch下载SRA文件

prefetch   SRR9695707

结果

4.找到SRA文件并解压

fastq-dump  --gzip --split-files ~/ncbi/public/sra/ SRR9695707.sra

结果

5.运行fastqc进行质量评价

fastqc  SRR9695707_1.fastq.gz    SRR9695707_2.fastq.gz

结果

6.运行Trimmomatic去接头

java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 SRR9695707_1.fastq.gz  SRR9695707_2.fastq.gz  ./trim_out/output_forward_paired.fq.gz ./trim_out/output_forward_unpaired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_paired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/y/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:20  TRAILING:20 MINLEN:75

结果

7.运行SPAdes,组装细菌基因组

spades.py --careful --pe1-1  output_forward_paired.fq.gz   --pe1-2  output_reverse_paired.fq.gz   -o ./SPAdesout_new

结果

8.Quast评价组装的基因组效果

quast.py     contigs.fasta -o  quast_out

结果

打开report.html