自学生物信息学~进化树的学习（第一天）

homologene；blast-p
本科是生物技术，研究生是病原生物学，血吸虫免疫方向，博士仍然是病原生物学，血吸虫遗传发育。虽然都有着血吸虫的大背景，但是相差太大了。我是小白，我不怕！

首先进入到课题组之后，师兄师姐师弟师妹都是大拿，我从没有见过的的引物设计、blast、进化树、Linux、R、、、、、、，需要开始学起来了。

第一磅：进化树的学习，我写的比较细，想把我学的，都能拿出来，以“shh”基因为例：
1、打开NCBI的HomoloGene，输入shh

3、点击左上角的download

4、点击下载

8、下载比对结果点击download

9、打开MEGA7

10、创建一个文档

11、打开下载的比对序列

12、点击Alignment –Align by ClustalW ，选择所有序列，出现下图，参数根据需求修改，在这我们就直接选择默认，点击ok。

13、点击Data –Phylogenetic Analysis,选择MaximumLikehood（最大似然法）、Neighbor-Joining（邻接法）

14、进化树就出来了

进化树结束了，但是后续需要多个进化树的读取的学习，希望大家可以后期交流一下。

进化树结束了，但是后续需要多个进化树的读取的学习，希望大家可以后期交流一下。