2021-03-29 QC针对不同群体的过滤

重组自交系（Recombinant Inbred Lines）是生物学中用于遗传分析及作图的一类群体，由F2群体的个体多代自交产生，群体中每个株系都是纯合的。也就是说，杂交后的材料F2代经过一代代连续自交获得的自交系就是重组自交系。每个株系都是纯合的。

所以我认为符合这句话

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师兄也是这样肯定的，

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全基因组测序，测的是全部序列，可以发现别人没有、您个人独有的基因序列变化。而芯片只能检测已知的变化，而且只能是有限的基因序列。尽客SNP芯片法检测成本低，便获得的信息的完整性同全基因组测序相比差很远。

所以maf可以宽松一点到0.03/0.02，其他条件可以再设置一下，保证严格的过滤

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