推荐一个集成的生物信息分析平台 usegalaxy

看到这个东西觉得好强大啊，哈哈，摘录一下简介，有兴趣的朋友了解和试用一下，免费可用哦。

 

1 usegalaxy   是什么？

 

地址： http://usegalaxy.org  目前你直接访问会自动跳转到 http://main.g2.bx.psu.edu/ ，没错，的确是来自PSU的。

 

官方简介：

 

Galaxy is an open, web-based platform for data intensive biomedical research. Whether on this free public server oryour own instance, you can perform, reproduce, and share complete analyses. The Galaxy team is a part of BX atPenn State, and the Biology and Mathematics and Computer Science departments at Emory University. The Galaxy Project is supported in part by NSF, NHGRI, The Huck Institutes of the Life Sciences, The Institute for CyberScience at Penn State, and Emory University.

 

简单说，这是一个在云计算大热的背景下开发出的大集成平台，从左侧的菜单选项就可以看得出，而且个人感觉访问速度很不错； 甚至有人介绍说，现在你可以在ipad上面做生物信息数据分析了  - 也就是说你在ipad上用浏览器打开这个WEB服务，来做你的序列分析 :)  是很酷哦  

 

 

 

2 使用 galaxy 

 

你可以注册或者不注册，然后直接根据页面的引导来使用； 你也可以参考 http://wiki.g2.bx.psu.edu/Main 这里的WIKI指南，或观看DEMO等(FLASH视频)。

 

我试用了一下从UCSC get data，然后浏览和做基本的序列操作，很流畅，速度也很快； 当然没做序列比对 ，也没跑pipeline 。

 

 

3 开发者与其他

 

usegalaxy.org 只是一个 galaxy main部署在PSU的服务器上的实例而已，也就是说你也可以在自己的服务器上部署一个 galaxy main 实例。当然PSU除了main还有部署一个test的实例，主要用于beta测试。

 

同时作为开发者你还可以开发更多的toolbox到galaxy上，其实主要是数据和工具的集成，然后就可以构建更多的pipeline。

 

 

首页截图：