NGS

使用pyGenomeTracks可视化hi-c数据

可视化是数据分析中非常重要的一个环节，对于NGS分析数据的可视化，最常用的就是各种基因组浏览器了，既有UCSC,GBrowse等基于web的基因组浏览器，也有igvtools等本地化的图形界面软件。

生信修炼手册·2024-08-29 16:16

如何处理NGS数据中的污染？

这篇文章会和大家讨论一下，处理NGS数据中的微生物污染？清理原始数据显而易见的，在一开始

lakeseafly·2024-03-18 15:46

Bioinformatic workflow

bioinformaticsworkbook.org/projectManagement/Intro_projectManagement#gsc.tab=0这个网站适合于刚入门的生物信息同学，里面涉及到一些NGS

小潤澤·2024-02-14 14:28

2021-03-22

03、测序数据批量比对到参考基因组建立索引：cd/home/ngs/Pipeline/WES/database/gatk/hg38gzip-dHomo_sapiens_assembly38.fasta.gzmkdirindex

Jason_5b5a·2024-02-12 15:46

NGS 中 DNA damage 的鉴别

NGS用于肿瘤细胞的体细胞突变的检测有着重要的意义。由于肿瘤细胞的异质性以及正常细胞的背景，肿瘤细胞的用药相关的基因突变往往是低丰度的。

茄子_0937·2024-02-10 08:10

2020-06-28

长恨歌[唐]白居易hànhuángzhòngsèsīqīngguó汉皇重色思倾国，yùyǔduōniánqiúbùdé御宇多年求不得。

可私阴·2024-02-09 14:13

FFPE 损伤简述

背景FFPE样本是目前NGS主要使用的一类样本。此类样本，经采样后由福尔马林（主要成份甲醛）固定，可以有效保持细胞组织形态，方便组织样本的保存，供后续研究。

茄子_0937·2024-02-02 16:06

《生物信息学：导论与方法》--新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq--听课笔记（十四）

第八章新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq8.1转录组介绍Atranscriptomeisacollectionofallthetranscriptspresentinagivencell.所谓转录组

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:52

iMETHYL : 整合了DNA甲基化, SNP和RNA_seq的多组学联合数据库

在NGS飞速发展的时代，有大量研究通过GSWA的方法，阐述了SNP于疾病之间的关联;也有学者利用WGBS，RRBS,甲基化芯片等方式研究DNA甲基化与疾病之间的关系。

生信修炼手册·2024-02-01 07:13

学习小组Day7 测序知识--yu

测序基本知识基本知识链接https://blog.csdn.net/leroylee7/article/details/112414577各代测序技术及原理测序原理NGS组学内容基础介绍链接https:

Iris09·2024-01-31 11:30

RNA 3. SCI 文章中基于T CGA 差异表达基因之 DESeq2

区别主要在于一个是计算芯片探针给出来的结果，而DESeq2是基于NGS测序结果中Readcounts来计算差异表达，根据输入数据的不同，我们对比一下做法。

90066456ace6·2024-01-29 12:48

腊八节古诗词

1、《腊节》——（北齐）魏收nínghánpòqīngsì，凝寒迫清祀，yǒujiǔyànjiāpíng。有酒宴嘉平。xiǔxīnhésuǒdào，宿心何所道，jiècǐwèizhōngqíng。

壹茶壹酒·2024-01-29 01:56

NGS 数据mapping 算法简介

简介取得测序序列信息后，在有参考基因的情况下我们通过Mapping到参考基因组进行后续分析；没有则重头拼接序列。一般而言，基因组的组装将比readalignment消耗更多的计算资源。然而，readalignment也有一些基础的挑战。参考基因组，组装不完整，存在一些gap。来源这些gap的read将unmapped或是错误map到相似区域。基因组存在重复区，reads会map到多个区域，比对软件

茄子_0937·2024-01-27 20:06

生物信息学导论-北大-新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq 1

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应（complementaryhybridizationreaction），PCR技术的发展促进了本技术的发展，缺点是：1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤：Real-TimeQuantita

陆沙·2024-01-23 00:50

WisecondorX 拷贝数变异检测 NGS NIPT

背景低深度全基因组测序（sWGS），主要通过覆盖深度的方法（DOC）检测CNV。DOC工具主要包含三个分析步骤：datanormalization,segmentationandaberrationcalling。datanormalization是获得可靠分析结果的基础，不进行normalization，拷贝数变化的分析会受到GCcontent,mappability,polymorphisms

茄子_0937·2024-01-20 16:45

学习小组Day7笔记--会平

内容包括一二三代测序的特点、二代测序大体流程以及NGS组学的粗略分类。这是今天的学习内容思维导图。Day7.png生信星球对一二三代测序的特点及区别的列表区分，一目了然。在此引用。

会平_c24e·2024-01-11 18:39

讲解：IEEE P1918.1.1、Haptic Codecs、C++、JAVA，PythonJava|Hask

IEEEP1918.1.1HapticCodecsfortheTactileInternetTaskGroupProposalforTactileCodecTUMVibrotactilePerceptualCodecbasedonDWTandSPIHT(TUM-VPC-DS)DCN:HC_NGS

日青天·2024-01-11 11:53

全基因组CNV分析3. 深入CNVkit分析管道

值得一提的是CNVkit设计的出发点是可以针对hybridization原理的NGS数据进行分析，把on-target和off-target区域分开来考虑。

Jason数据分析生信教室·2024-01-07 23:31

IGV 自定义Reads 颜色

目的IGV经常被用于可视化检查NGS测序数据，尤其提供给人直观的突变信息，大量应用于肿瘤诊断行业以及NGS的科研领域中。

茄子_0937·2024-01-07 16:51

NGS基础概念

来源自：华大科技知识库组学研究细胞、组织或是整个生物体内某种分子（DNA、RNA、蛋白质、代谢物或其他分子）的所有组成内容，称之为“组学”（-omics），”-omics”术语代表了对怎样思考生物学和生物体系工作方式的重新定位。组学研究包括对基因组及基因产物（转录子组和蛋白质组）的系统生物学研究，随后必然要上升到细胞机制、分子机制和系统生物学的水平。基因组学相关概念基因组即指生物所具有的携带遗传信

问菊22·2024-01-05 22:30

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2024-01-02 16:05

基因测序的昨天、今天、明天

会议题目：NGS的未来蓝海与现实突破主办方：CHC医疗咨询与IVD联盟会议嘉宾：朱师达-华大基因副总裁、肿瘤事业部总经理张江立-鹍远生物联合创始人、兼首席执行官王海蛟-高特佳投资执行合伙人于洋-诺禾致源副总裁段云

基因江湖·2024-01-01 22:08

angular-cli创建项目小技巧

registry.npm.taobao.org使用cnpm安装项目依赖ngnewmy-app--skip-installcd切换项目文件夹执行cnpm安装命令安装项目相关依赖cdmy-appcnpmi启动项目ngserve/ngs

无名程序猿·2023-12-28 21:20

NGS010 测序数据质控

Totaldata/reads：总数据量/总reads数目Q30：碱基测序质量值，Q=-10logP，P为碱基测序错误率，其中Q30代表碱基测序错误率为0.1%，也即该碱基测序1000次，出错的可能性为1次。Depth：测序深度Mappingratio：比对率，有两种计算方式，及reads/baseGCbias：GC含量分布，正常人基因组GC含量约为40%-60%Insertsize：插入片段大小

caoqiansheng·2023-12-28 02:24

《朱子家训》阅读第二十六、二十七页

【原文】家门和顺，虽饔飧（yōngsūn）不继，亦有馀欢；国课早完，即囊橐（nángtuó）无馀，自得至乐。读书志在圣贤，非徒科第；为官心存君国，岂计身家？守分安命，顺时听天；为人若此，庶乎近焉。

旭日老师·2023-12-25 09:05

NGS Mapping 软件 Bowtie 算法介绍

简介Bowtie是目前流行的一款DNA、RNA序列比对软件，开源免费。Bowtie的技术路线基于BWT-FM。BWT-FM法对内存的消耗很小，被很多工具采用。但是当序列差异度高（mapping率低）、存在大量gaps时表现会降低很多,尤其gaps会显著增加检索空间。一代的Bowtie不支持gap的比对检测(indel、SV)，Bowtie2优化算法后进行了支持（增加了DP算法的阶段）。Bowtie

茄子_0937·2023-12-22 18:49

WISECONDOR NGS 检测CNV 介绍

目前使用NGS进行产前检测的一个缺陷是，每次在检测一组新的数据时需要配套检测健康的参考样本，以减少实验造成的影响，

茄子_0937·2023-12-20 09:35

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1

前言最近在阅读欧剑虹老师《生物信息学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq

小潤澤·2023-12-19 19:08

使用binmapr进行定位

原文网址：http://www.jintiankansha.me/t/xiyYdz1Rmfbinmapr是我折腾的一个R包，它能够将NGS测序得到SNP数据基于binmap进行纠错，用于更好的遗传定位。

93830eddc2a4·2023-12-18 01:50

DAY7-谢小发（测序）

框架测序组学测序过程及其原理Sanger测序基本原理反应体系种需要有引物、DNA聚合酶、4种dNTP、一定比例的ddNTP，由于ddNTP没有羧基，因而被结合后不能在后面再接dNTP测序原理第二代DNA测序技术NGS

谢小发·2023-12-16 20:46

学习小组Day7笔记--LBB

今天的学习内容是怎么区分一二三代测序二代测序大体流程NGS组学都包括哪些分类测序的原理之前就了解过，当作是复习再详细补充一下思维导图测序.png

LBB·2023-12-16 07:28

生物信息学分析领域领先的特制语言环境NGLess（Next Generation Less）介绍、安装配置和详细使用方法

它旨在简化和加速NGS（NextGenerationSequencing）数据的分析过程。NGLess具有清晰的语法和功能，使用户能够轻松地进行复杂的分析，而无需深入了解编程语言。

小果运维·2023-12-15 20:36

Duplicated Reads

原文出处：陈云地，http://www.biotrainee.com/thread-1382-1-1.html一、什么是DuplicatedReads1谈到NGS数据的duplicatedreads（暂且翻译为

村长吃火锅·2023-12-03 23:15

病原微生物高通量测序数据分析笔记

https://ngs-data-for-pathogen-analysis.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html

生物信息与育种·2023-12-02 12:37

学习小组Day7笔记—白兔儿溜溜

Illumina-Solexa.jpgNGS组学都包括哪些分类NGS组学.png坚持

白兔儿溜溜·2023-11-30 15:24

NGS017 白细胞及白细胞抗原

1.框架图白细胞及白细胞抗原2.白细胞白细胞（leukocyte，whitebloodcell，简称WBC）无色、球形、有核的血细胞。正常成人总数为(4.0～10.0)x109/L，可因每日不同时间、机体的功能状态而在一定范围内变化。白细胞一般有活跃的移动能力，它们可以从血管内迁移到血管外，或从血管外组织迁移到血管内。因此，白细胞除存在于血液和淋巴中外，也广泛存在于血管、淋巴管以外的组织中。2.1

caoqiansheng·2023-11-29 11:11

LoRDEC 利用二代数据纠错PacBio 数据

LoRDEC是一个利用二代测序短序列reads矫正三代测序长reads的工具，利用准确度高的NGS数据构建deBruijnGraph（DBG）对三代长Reads进行纠错，适用于PacBio和Oxford

迎着阳光走·2023-11-25 11:18

处理NGS的新神器systemPipeR

首先附上软件链接：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/systemPipeR.htmlhttp://www.bioconductor.org/help/course-materials/2015/BioC2015/systemPipeR_Presentation.htmlsystemPipeR可以系统的，重头到尾的分析NG

小潤澤·2023-11-24 08:50

【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析（1）

而且，常用的对NGS数据序列比对的分析方法并不是探索新病毒的理想方法。这篇文章介绍了一个新的病毒等级分类模型C

乔伊nikkie·2023-11-24 02:57

如何利用clusterProfiler进行基因集的KEGG富集分析？

NGS测序项目，不管是基因组测序，还是转录组测序，通常会得到一个基因列表，记录了基因突变，或者高/低表达量。

简说基因-专业生信合作伙伴·2023-11-19 15:52

ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-14 22:57

TUV认证介绍及认证范围解析

TUV介绍TUV检测（Technischerüberwachüngs-Verein）在英语中意为技术检验协会（TechnicalInspectionAssociation）.TUV检测类似中国的技术质量监督局

jc13349875850·2023-11-13 11:45

实力验证 | 求臻医学满分通过CAP及NCCL组织的国内外三项室间质评

近日，求臻医学以满分的优异成绩通过了由美国病理学家协会（CollegeofAmericanPathologists，CAP）组织的NGS−A2023：Next−GenerationSequencing(

求小臻·2023-11-09 12:01

Nat. Med. | 基于遗传学原发部位未知癌症的分类和治疗反应预测

作者开发了OncoNPC，这是一个基于机器学习的分类器，使用来自三个机构的22种癌症类型中的36,445个肿瘤的定向次世代测序（NGS）数据进行训练。肿瘤N

DrugAI·2023-11-08 20:42

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 7

这一章来介绍NGS的下游分析富集分析简单的讲，富集分析就是一种统计分析的手段，用来筛选功能相类的一组基因是否富集中差异表达的基因中。

小潤澤·2023-11-06 01:26

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-03 04:45

NGS数据分析实践：03. 涉及的常用数据格式[4] - bed和Wiggle/Bigwig/bedgraph格式

NGS数据分析实践：03.涉及的常用数据格式[4]-bed和Wiggle/Bigwig/bedgraph格式4.bed格式5.Wiggle/Bigwig/bedgraph格式5.1Wiggle/Bigwig5.2BedGraph

hucy_Bioinfo·2023-11-03 04:45

WGBS vs RRBS

DNA甲基化分析是NGS技术中越来越广泛的一项应用。原因很简单:DNA甲基化是表观遗传修饰的主要机制之一，对基因表达和细胞活性有根本的影响。

生信start_site·2023-11-01 03:21

第六期Day7笔记--徐沫沫

徐沫沫·2023-10-31 08:35

工作流开源系统--DRAKE

包括下一代测序技术(NGS)打开了数据分析的空间，生物学成为数据密集领域，越来越多的生物数据需要通过复杂的计算工具（集群、云端和网格计算）进行NGS处理和分析。

袁一白·2023-10-29 05:03

推荐频道

NGS