window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq

window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq

并将fastq转换成fasta文件

1.ncbi下载sra文件

ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR002/SRR002644/SRR002644.sra

ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR003/SRR003161/SRR003161.sra


2.下载sra装fastq文件：
http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

3.sra装fastq文件
window下：
打开cmd
d:
再cd到目录
执行：
fastq-dump SRR002644
和
fastq-dump SRR003161

转换时间很长，特别是第二个


fastq=》fasta：
awk '{if(FNR%4==1) print ">",$0; else if(FNR%4==2) print $0;}' a.fastq >a.fasta

4.下载