- Mitochondria
浩瀚之宇
SRASearchterm:(mitochondria)AND"Homosapiens"[orgn:__txid9606]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=(mitochondria)+AND+%22Homo+sapiens%22%5Borgn%3A__txid9606%5DGEODataSetshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/
- refgenie:参考基因组下载商店
小贝学生信
http://refgenie.databio.org/HereweprovideawebinterfaceandaRESTfulAPItoaccessgenomeassetsforpopularreferencegenomeassemblies.refgenie提供了人、鼠等常见物种的参考基因组以及注释文件等信息(fasta、gtf...)以及常用fastq比对工具的(star、hisat2..
- Trimmomatic 数据过滤
生信编程日常
Trimmomatic是一个很常用的Illumina平台数据过滤工具。支持SE和PE测序数据。主要用来去除Illumina平台的fastq序列中的接头,并根据碱基质量值对fastq进行修剪。用法:Trimmomatic=~/biotools/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jaradapter=~/biotools/Trimmomatic-0.36/adapte
- cellranger count使用
谢京合
1、如果你是直接拿到的R1/R2的fastq文件,那么就直接上cellrangercount。氮素,如果你是I1/R1/R2的数据,那就麻烦还要跑个cellrangermkfastq。因为我自己拿到的是R1/R2的fastq文件(如图),所以抱歉啦就直接从cellrangercount开始讲起啦。嘻嘻嘻~~~image.png这里有个问题(划重点):图中所示,我的名字是CC5-1_S1XXXX。但
- 【生信知识】---全网最佳方案下载SRA数据库文件!
卡布达b1
前言:众所周知,NCBI对我朝的局域网不甚友好,对于国内的生信玩家来说,想要下载SRA数据库的.sra或者.fastq经常遇到网速问题,慢到你怀疑人生有木有!因此,我在这里摸索了一个目前看来最高效的方法,那就是。。。ascp+ENA数据库!详解:1.首先安装ascp这个神器就不多介绍了,没有安装的同学先把ascp安装到自己的服务器上吧,推荐安装教程www.bioinfo-scrounger.com
- Reviewing a fastq_mergepairs report to check for problems 信息搬运
代号北极能
信息来源https://www.drive5.com/usearch/manual/merge_report.htmlBelowisanexamplereportproducedbythe-reportoptionoffastq_mergepairs.Thisinformationisalsoshownontheterminal(standarderroroutputstream).Theopti
- 高通量测序的数据处理与分析(二)-宏基因组2
lantary
博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库:1.NCBI的SRA数据库,2.ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库:NGDC你可以直接通过网页下载数据,或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到sra-exporter这个网站上输入项目号获得样本的下载链接。用wget或者其他下载工具进行下载,示例的命令如下:wget-cftp://
- 生信地基系列--常规分析流程
可能性之兽
还在到底搜索一些R的分析流程吗?biocondutor已经给你准备好了29篇Bioconductor-BiocViewsimage.png注释流程生物导体可以导入多种与序列相关的文件类型,包括Fasta、fastq、BAM、VCF、gff、bed和wig文件等。包支持常见的和高级的序列操作操作,例如修剪、转换和对齐。领域特异性分析包括质量评估、ChIP-seq、差异表达、RNA-seq和其他方法。
- 2022-01-27
学习生信的小兔子
参考:生物信息学100个基础问题——第1~5题答案公布-知乎(zhihu.com)掌握FASTQ格式特点第2行就是测序得到的序列信息,一般用ATCGN来表示,其中N用于荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基时的代表符号;第3行以“+”开始,可以储存一些附加信息,但目前的测序fastq文件这一行一般是空的。第4行储存的是质量信息,与第2行的碱基序列是一一对应的,其中的每一个符号对应的ASCII值是经过换
- readme.md
深大曹达华
ManualofAutoIMonitor-2.0IntroductionIMonitor-analyzethesequencedataofimmunerepertoiresequencedbyNGS.Ifpaired-endreads(FASTQ)asinput,itwillbemergedtosinglesequenceaccordingtooverlapregion.FASTAsequence
- 2022-09-16-10X-single cell 上游分析流程
小小_4dbf
step1_从网站上下载.sra文件:#asper下载id=”批量链接“catid|whilereadid;do(ascp-v-QT-l400m-P33001-k1-iasper安装路径/etc/asperaweb_id_dsa.openssh$id./);done#wget下载(时快时慢)cd/存放文件/路径wget"下载链接“#sratoolkit下载(id以SRR等开头)catid|whil
- scATAC文献:人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法
科研菜鸟
文献名:Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”(10x基因组学,v.1.2.0)将原始测序数据转换为fastq格式。scATAC-seqrea
- 脚本
tianzhanlan
#利用awk命令将fastq文件转换成fasta文件awk'{if(NR%4==1){print">"substr($0,2)}}{if(NR%4==2){print}}'file.fastq>file.fasta
- NCBI SRA数据库使用详解----学习笔记
盲人骑瞎马5555
生物信息学
SRA(SequenceReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括454,Illumina,SOLiD,lonTorrent,Helicos和CompleteGenomics。除了原始序列数据外,SRA现在也存在rawreads在参考基因的比对信息。根据SRA数据产生的特点,将SRA数据分为四类:studies--研究课题experiments--实验设计runs--测序结果
- LINUX的练习题
七七师姐
LINUX的练习题:最低要求是完成我的linux20题http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff),收集这些格式的说明书。fasta和fastq格式文件的shell小练习http://www.bio-info-trainee.com/3575.h
- Prefetch
YX_Andrew
我们下载一个SRA数据,SRR1972917,直接输入SRAID即可。prefetchSRR19729171、prefetch下载的数据在home目录下的ncbi目录里。ll~/ncbi/public/2、默认下载的是sra格式数据,可以使用fastq-dump将sra转换为fastq了。fastq-dump--gzip--split-3SRR1972917.sra3、其实,也可以直接使用fast
- bioinfo100-第22题-都有了SAM文件,为什么还需要BAM文件?
RachaelRiggs
Hello大家好!前面的若干问题,我们一直在围绕着SAM文件的记录格式做了详细地讨论,我相信大家通过我们的问题,跟随我们学习的思路已经掌握了SAM文件作为标准的比对格式的合理性以及相关特点。1.背景介绍和数据下载SAM文件不但记录了reads详细的mapping信息,还记录了reads的原始信息,内容很是全面。这样很好,但也存在很多问题:比如我的原始FASTQ文件是100G,那么我的SAM文件一定
- 2020-08-17 数据下载 记录
Zheng_xy
不管实验室产不产生数据,我们总有机会下载已发表的数据来分析,记录一下不同数据库下载数据的方式。随便看一套数据吧(1)NCBI-GEODataSets:选择想要的数据进入SRARunSelector勾选需要的SRA数据(SRRXXX)---Selected---AccessionList---生成txt文件对于这样一个txt文件怎么下载里面的数据呢?nohupprefetch--option-fil
- C++中srand()和rand()的关系
codeman-math
c++知识图谱
关于srand()和rand()函数,很多同学容易分不清楚,既然rand()可以生成随机数,那么要srand()函数做什么。虽然我们一般会用到rand()用于生成随机数,但是这个函数生成的不是真正的随机数。srand()用于设置供rand()使用的随机数种子(可以理解为基于这个数字,也就是刚才说的种子可以生成一批随机数)第一次调用rand()之前如果没有调用srand(),那么系统会自动调用sra
- DU6:记录下载sra数据的几种方法
纳灰灰
一、从NCBI获取SRA编号获取SRA编号SraAccList.txt二、用不同方法进行下载1、aspera下载#安装wgethttp://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gztar-zxvfaspera-connect-3.7.4.147727-l
- fastq 转化 fasta
赵会成
awk'NR%4==2{print">E"NR/4+0.5"\n"$0}'example.fq>example.fa
- 推荐植物生物信息学参考书Plant Bioinformatics Methods and Protocols》third edition
小明的数据分析笔记本
找论文的时候偶然发现的这本参考书,个人感觉内容还挺丰富的,在这里推荐给大家书名是《PlantBioinformaticsMethodsandProtocols》thirdedition我看了下是2022年出的是最新的一版,全书总共28章第一章UsingGenBankandSRA介绍了genbank和sra数据库的一些内容第二章ScriptingAnalysesofGenomesinEnsemblP
- Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读
WDPLA
生物信息学组装linux
当进行元基因组学研究时,研究者通常会涉及到以下三个数据类型,每个都有其独特的角色和应用:Reads(读数):定义:Reads是从原始测序数据(例如Illumina测序的FASTQ文件)中获得的短序列片段,通常包含原始样本中的DNA或RNA信息。用途:Reads是元基因组学分析的起点,通过对其进行质量控制和初步分析,可以获得有关微生物群落的信息,包括物种组成、功能注释等。但由于其短小的长度,Read
- linux系统下,将.fastq文件统一改为.fq文件
WDPLA
Linux生物信息学linux运维服务器
#高通量测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中,常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中,你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。以下是两种方法:方法一.使用rename命令:#renamerename's/\.fastq$/.fq/'*.fastq这个命令将把当前目录下所有以.fastq结尾的文件的后缀修改为.fq。方法二.使用mv
- 生物信息基础:pysam读写基因组文件
简说基因-专业生信合作伙伴
python开发语言
Pysam[1]是一个Python模块,它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API,可用于读写基因组相关文件,如Fasta/Fastq,SAM/BAM/CRAM,VCF等。本文以Fasta/Fastq文件的读写为例,介绍Pysam的用法,详细教程请查看官网。Installpipinstallpysam或者condainstallpysamFastafiles对于Fasta文件,可以实现随机
- 2021-04-21 使用Trimmomatic过滤Fastq文件
xiaoguolaile
参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/99929230下载软件并解压##下载Trimmomaticwget-chttp://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.39.zip##解压unzipTrimmomatic-0.39.zip##进入目录cdTrimmomatic-0
- 单细胞实战(2):cellranger使用
周小钊
将SRA转为fastq数据下载好之后,我们得到的是SRR文件,需要将其转换为fastq格式才能使用wkd=/home/project/single-cell/MCCcatSRR_Acc_List-2586-4.txt|whilereadidofastq-dump--gzip--split-files${i}.sradone结束之后每个SRR文件会变成解压出三个文件为什么会有三个文件,这个需要去查一
- 高通量测序数据质控神器Trimmomatic
kongxx
简介高通量测序下机的原始数据中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等,为消除其对后续分析准确性产生的影响,在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。Trimmomatic就是一个高通量测序数据质控神器,可以对测序数据进行过滤。Trimmomatic支持多线程,处理数据速度快,主要用来去除Illumina平台的Fastq序列中的接头,并根据碱基质量值对Fastq进行修剪。软
- 解决安装软件中出现的问题
热苏打_1823
vdb-config--interactive下载数据需解压时安装fastq-dump,结果报错,linux提示需先运行vdb-configinteractiveimage.png运行提示命令后即可成功安装$vdb-configinteractive出现配置界面image.png按提示选择即可配置成功在安装sratoolkits软件时遇到同样的问题cdb-config:commandnotfoun
- 15.4折半查找(二分查找):仅仅适用于顺序表
一杯清酒.
考研CC++数据结构算法数据结构
#include#include#includetypedefintElemType;typedefstruct{ElemType*ele;intlength;}Table;voidinitTable(Table&table,intlength){table.ele=(ElemType*)malloc(sizeof(ElemType)*length);table.length=length;sra
- 戴尔笔记本win8系统改装win7系统
sophia天雪
win7戴尔改装系统win8
戴尔win8 系统改装win7 系统详述
第一步:使用U盘制作虚拟光驱:
1)下载安装UltraISO:注册码可以在网上搜索。
2)启动UltraISO,点击“文件”—》“打开”按钮,打开已经准备好的ISO镜像文
- BeanUtils.copyProperties使用笔记
bylijinnan
java
BeanUtils.copyProperties VS PropertyUtils.copyProperties
两者最大的区别是:
BeanUtils.copyProperties会进行类型转换,而PropertyUtils.copyProperties不会。
既然进行了类型转换,那BeanUtils.copyProperties的速度比不上PropertyUtils.copyProp
- MyEclipse中文乱码问题
0624chenhong
MyEclipse
一、设置新建常见文件的默认编码格式,也就是文件保存的格式。
在不对MyEclipse进行设置的时候,默认保存文件的编码,一般跟简体中文操作系统(如windows2000,windowsXP)的编码一致,即GBK。
在简体中文系统下,ANSI 编码代表 GBK编码;在日文操作系统下,ANSI 编码代表 JIS 编码。
Window-->Preferences-->General -
- 发送邮件
不懂事的小屁孩
send email
import org.apache.commons.mail.EmailAttachment;
import org.apache.commons.mail.EmailException;
import org.apache.commons.mail.HtmlEmail;
import org.apache.commons.mail.MultiPartEmail;
- 动画合集
换个号韩国红果果
htmlcss
动画 指一种样式变为另一种样式 keyframes应当始终定义0 100 过程
1 transition 制作鼠标滑过图片时的放大效果
css
.wrap{
width: 340px;height: 340px;
position: absolute;
top: 30%;
left: 20%;
overflow: hidden;
bor
- 网络最常见的攻击方式竟然是SQL注入
蓝儿唯美
sql注入
NTT研究表明,尽管SQL注入(SQLi)型攻击记录详尽且为人熟知,但目前网络应用程序仍然是SQLi攻击的重灾区。
信息安全和风险管理公司NTTCom Security发布的《2015全球智能威胁风险报告》表明,目前黑客攻击网络应用程序方式中最流行的,要数SQLi攻击。报告对去年发生的60亿攻击 行为进行分析,指出SQLi攻击是最常见的网络应用程序攻击方式。全球网络应用程序攻击中,SQLi攻击占
- java笔记2
a-john
java
类的封装:
1,java中,对象就是一个封装体。封装是把对象的属性和服务结合成一个独立的的单位。并尽可能隐藏对象的内部细节(尤其是私有数据)
2,目的:使对象以外的部分不能随意存取对象的内部数据(如属性),从而使软件错误能够局部化,减少差错和排错的难度。
3,简单来说,“隐藏属性、方法或实现细节的过程”称为——封装。
4,封装的特性:
4.1设置
- [Andengine]Error:can't creat bitmap form path “gfx/xxx.xxx”
aijuans
学习Android遇到的错误
最开始遇到这个错误是很早以前了,以前也没注意,只当是一个不理解的bug,因为所有的texture,textureregion都没有问题,但是就是提示错误。
昨天和美工要图片,本来是要背景透明的png格式,可是她却给了我一个jpg的。说明了之后她说没法改,因为没有png这个保存选项。
我就看了一下,和她要了psd的文件,还好我有一点
- 自己写的一个繁体到简体的转换程序
asialee
java转换繁体filter简体
今天调研一个任务,基于java的filter实现繁体到简体的转换,于是写了一个demo,给各位博友奉上,欢迎批评指正。
实现的思路是重载request的调取参数的几个方法,然后做下转换。
- android意图和意图监听器技术
百合不是茶
android显示意图隐式意图意图监听器
Intent是在activity之间传递数据;Intent的传递分为显示传递和隐式传递
显式意图:调用Intent.setComponent() 或 Intent.setClassName() 或 Intent.setClass()方法明确指定了组件名的Intent为显式意图,显式意图明确指定了Intent应该传递给哪个组件。
隐式意图;不指明调用的名称,根据设
- spring3中新增的@value注解
bijian1013
javaspring@Value
在spring 3.0中,可以通过使用@value,对一些如xxx.properties文件中的文件,进行键值对的注入,例子如下:
1.首先在applicationContext.xml中加入:
<beans xmlns="http://www.springframework.
- Jboss启用CXF日志
sunjing
logjbossCXF
1. 在standalone.xml配置文件中添加system-properties:
<system-properties> <property name="org.apache.cxf.logging.enabled" value=&
- 【Hadoop三】Centos7_x86_64部署Hadoop集群之编译Hadoop源代码
bit1129
centos
编译必需的软件
Firebugs3.0.0
Maven3.2.3
Ant
JDK1.7.0_67
protobuf-2.5.0
Hadoop 2.5.2源码包
Firebugs3.0.0
http://sourceforge.jp/projects/sfnet_findbug
- struts2验证框架的使用和扩展
白糖_
框架xmlbeanstruts正则表达式
struts2能够对前台提交的表单数据进行输入有效性校验,通常有两种方式:
1、在Action类中通过validatexx方法验证,这种方式很简单,在此不再赘述;
2、通过编写xx-validation.xml文件执行表单验证,当用户提交表单请求后,struts会优先执行xml文件,如果校验不通过是不会让请求访问指定action的。
本文介绍一下struts2通过xml文件进行校验的方法并说
- 记录-感悟
braveCS
感悟
再翻翻以前写的感悟,有时会发现自己很幼稚,也会让自己找回初心。
2015-1-11 1. 能在工作之余学习感兴趣的东西已经很幸福了;
2. 要改变自己,不能这样一直在原来区域,要突破安全区舒适区,才能提高自己,往好的方面发展;
3. 多反省多思考;要会用工具,而不是变成工具的奴隶;
4. 一天内集中一个定长时间段看最新资讯和偏流式博
- 编程之美-数组中最长递增子序列
bylijinnan
编程之美
import java.util.Arrays;
import java.util.Random;
public class LongestAccendingSubSequence {
/**
* 编程之美 数组中最长递增子序列
* 书上的解法容易理解
* 另一方法书上没有提到的是,可以将数组排序(由小到大)得到新的数组,
* 然后求排序后的数组与原数
- 读书笔记5
chengxuyuancsdn
重复提交struts2的token验证
1、重复提交
2、struts2的token验证
3、用response返回xml时的注意
1、重复提交
(1)应用场景
(1-1)点击提交按钮两次。
(1-2)使用浏览器后退按钮重复之前的操作,导致重复提交表单。
(1-3)刷新页面
(1-4)使用浏览器历史记录重复提交表单。
(1-5)浏览器重复的 HTTP 请求。
(2)解决方法
(2-1)禁掉提交按钮
(2-2)
- [时空与探索]全球联合进行第二次费城实验的可能性
comsci
二次世界大战前后,由爱因斯坦参加的一次在海军舰艇上进行的物理学实验 -费城实验
至今给我们大家留下很多迷团.....
关于费城实验的详细过程,大家可以在网络上搜索一下,我这里就不详细描述了
在这里,我的意思是,现在
- easy connect 之 ORA-12154: TNS: 无法解析指定的连接标识符
daizj
oracleORA-12154
用easy connect连接出现“tns无法解析指定的连接标示符”的错误,如下:
C:\Users\Administrator>sqlplus username/
[email protected]:1521/orcl
SQL*Plus: Release 10.2.0.1.0 – Production on 星期一 5月 21 18:16:20 2012
Copyright (c) 198
- 简单排序:归并排序
dieslrae
归并排序
public void mergeSort(int[] array){
int temp = array.length/2;
if(temp == 0){
return;
}
int[] a = new int[temp];
int
- C语言中字符串的\0和空格
dcj3sjt126com
c
\0 为字符串结束符,比如说:
abcd (空格)cdefg;
存入数组时,空格作为一个字符占有一个字节的空间,我们
- 解决Composer国内速度慢的办法
dcj3sjt126com
Composer
用法:
有两种方式启用本镜像服务:
1 将以下配置信息添加到 Composer 的配置文件 config.json 中(系统全局配置)。见“例1”
2 将以下配置信息添加到你的项目的 composer.json 文件中(针对单个项目配置)。见“例2”
为了避免安装包的时候都要执行两次查询,切记要添加禁用 packagist 的设置,如下 1 2 3 4 5
- 高效可伸缩的结果缓存
shuizhaosi888
高效可伸缩的结果缓存
/**
* 要执行的算法,返回结果v
*/
public interface Computable<A, V> {
public V comput(final A arg);
}
/**
* 用于缓存数据
*/
public class Memoizer<A, V> implements Computable<A,
- 三点定位的算法
haoningabc
c算法
三点定位,
已知a,b,c三个顶点的x,y坐标
和三个点都z坐标的距离,la,lb,lc
求z点的坐标
原理就是围绕a,b,c 三个点画圆,三个圆焦点的部分就是所求
但是,由于三个点的距离可能不准,不一定会有结果,
所以是三个圆环的焦点,环的宽度开始为0,没有取到则加1
运行
gcc -lm test.c
test.c代码如下
#include "stdi
- epoll使用详解
jimmee
clinux服务端编程epoll
epoll - I/O event notification facility在linux的网络编程中,很长的时间都在使用select来做事件触发。在linux新的内核中,有了一种替换它的机制,就是epoll。相比于select,epoll最大的好处在于它不会随着监听fd数目的增长而降低效率。因为在内核中的select实现中,它是采用轮询来处理的,轮询的fd数目越多,自然耗时越多。并且,在linu
- Hibernate对Enum的映射的基本使用方法
linzx0212
enumHibernate
枚举
/**
* 性别枚举
*/
public enum Gender {
MALE(0), FEMALE(1), OTHER(2);
private Gender(int i) {
this.i = i;
}
private int i;
public int getI
- 第10章 高级事件(下)
onestopweb
事件
index.html
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/
- 孙子兵法
roadrunners
孙子兵法
始计第一
孙子曰:
兵者,国之大事,死生之地,存亡之道,不可不察也。
故经之以五事,校之以计,而索其情:一曰道,二曰天,三曰地,四曰将,五
曰法。道者,令民于上同意,可与之死,可与之生,而不危也;天者,阴阳、寒暑
、时制也;地者,远近、险易、广狭、死生也;将者,智、信、仁、勇、严也;法
者,曲制、官道、主用也。凡此五者,将莫不闻,知之者胜,不知之者不胜。故校
之以计,而索其情,曰
- MySQL双向复制
tomcat_oracle
mysql
本文包括:
主机配置
从机配置
建立主-从复制
建立双向复制
背景
按照以下简单的步骤:
参考一下:
在机器A配置主机(192.168.1.30)
在机器B配置从机(192.168.1.29)
我们可以使用下面的步骤来实现这一点
步骤1:机器A设置主机
在主机中打开配置文件 ,
- zoj 3822 Domination(dp)
阿尔萨斯
Mina
题目链接:zoj 3822 Domination
题目大意:给定一个N∗M的棋盘,每次任选一个位置放置一枚棋子,直到每行每列上都至少有一枚棋子,问放置棋子个数的期望。
解题思路:大白书上概率那一张有一道类似的题目,但是因为时间比较久了,还是稍微想了一下。dp[i][j][k]表示i行j列上均有至少一枚棋子,并且消耗k步的概率(k≤i∗j),因为放置在i+1~n上等价与放在i+1行上,同理