fastq

refgenie：参考基因组下载商店

HereweprovideawebinterfaceandaRESTfulAPItoaccessgenomeassetsforpopularreferencegenomeassemblies.refgenie提供了人、鼠等常见物种的参考基因组以及注释文件等信息(fasta、gtf...)以及常用fastq
小贝学生信·2024-09-09 10:14

Trimmomatic 数据过滤

主要用来去除Illumina平台的fastq序列中的接头，并根据碱基质量值对fastq进行修剪。
生信编程日常·2024-09-06 06:52

cellranger count使用

1、如果你是直接拿到的R1/R2的fastq文件，那么就直接上cellrangercount。氮素，如果你是I1/R1/R2的数据，那就麻烦还要跑个cellrangermkfastq。
谢京合·2024-08-31 15:02

【生信知识】---全网最佳方案下载SRA数据库文件！

前言：众所周知，NCBI对我朝的局域网不甚友好，对于国内的生信玩家来说，想要下载SRA数据库的.sra或者.fastq经常遇到网速问题，慢到你怀疑人生有木有！
卡布达b1·2024-08-26 11:19

Reviewing a fastq_mergepairs report to check for problems 信息搬运

信息来源https://www.drive5.com/usearch/manual/merge_report.htmlBelowisanexamplereportproducedbythe-reportoptionoffastq_mergepairs.Thisinformationisalsoshownontheterminal(standarderroroutputstream).Theopti
代号北极能·2024-03-25 11:50

生信地基系列--常规分析流程

biocondutor已经给你准备好了29篇Bioconductor-BiocViewsimage.png注释流程生物导体可以导入多种与序列相关的文件类型，包括Fasta、fastq、BAM、VCF、gff
可能性之兽·2024-02-14 18:17

2022-01-27

参考：生物信息学100个基础问题——第1~5题答案公布-知乎(zhihu.com)掌握FASTQ格式特点第2行就是测序得到的序列信息，一般用ATCGN来表示，其中N用于荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基时的代表符号
学习生信的小兔子·2024-02-12 01:29

readme.md

ManualofAutoIMonitor-2.0IntroductionIMonitor-analyzethesequencedataofimmunerepertoiresequencedbyNGS.Ifpaired-endreads(FASTQ
深大曹达华·2024-02-10 18:57

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法

Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”（10x基因组学，v.1.2.0）将原始测序数据转换为fastq
科研菜鸟·2024-02-03 05:20

脚本

#利用awk命令将fastq文件转换成fasta文件awk'{if(NR%4==1){print">"substr($0,2)}}{if(NR%4==2){print}}'file.fastq>
tianzhanlan·2024-02-02 12:43

LINUX的练习题

fasta和fastq格式文件的shell小练习http://www.bio-info-trainee.com/3575.h
七七师姐·2024-01-31 00:14

Prefetch

ll~/ncbi/public/2、默认下载的是sra格式数据，可以使用fastq-dump将sra转换为fastq了。
YX_Andrew·2024-01-30 02:26

bioinfo100-第22题-都有了SAM文件，为什么还需要BAM文件？

这样很好，但也存在很多问题：比如我的原始FASTQ文件是100G，那么我的SAM文件一定
RachaelRiggs·2024-01-29 12:55

fastq 转化 fasta

awk'NR%4==2{print">E"NR/4+0.5"\n"$0}'example.fq>example.fa
赵会成·2024-01-22 19:37

Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读

当进行元基因组学研究时，研究者通常会涉及到以下三个数据类型，每个都有其独特的角色和应用：Reads（读数）:定义：Reads是从原始测序数据（例如Illumina测序的FASTQ文件）中获得的短序列片段
WDPLA·2024-01-22 15:18

linux系统下，将.fastq文件统一改为.fq文件

#高通量测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中，常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中，你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。
WDPLA·2024-01-22 15:47

生物信息基础：pysam读写基因组文件

Pysam[1]是一个Python模块，它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API，可用于读写基因组相关文件，如Fasta/Fastq，SAM/BAM/CRAM，VCF等。
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:37

2021-04-21 使用Trimmomatic过滤Fastq文件

参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/99929230下载软件并解压##下载Trimmomaticwget-chttp://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.39.zip##解压unzipTrimmomatic-0.39.zip##进入目录cdTrimmomatic-0
xiaoguolaile·2024-01-22 04:45

单细胞实战(2)：cellranger使用

将SRA转为fastq数据下载好之后，我们得到的是SRR文件，需要将其转换为fastq格式才能使用wkd=/home/project/single-cell/MCCcatSRR_Acc_List-2586
周小钊·2024-01-21 15:18

高通量测序数据质控神器Trimmomatic

Trimmomatic支持多线程，处理数据速度快，主要用来去除Illumina平台的Fastq序列中的接头，并根据碱基质量值对Fastq进行修剪。软
kongxx·2024-01-21 15:56

解决安装软件中出现的问题

vdb-config--interactive下载数据需解压时安装fastq-dump，结果报错，linux提示需先运行vdb-configinteractiveimage.png运行提示命令后即可成功安装
热苏打_1823·2024-01-21 12:19

samtools老司机的翻车之旅

首先，给大家看看这个平淡无奇的干净数据里的内容数据内容公司一波操作之后，把原本的FASTQ文件转成了FASTA文件。接下来我就需要进行比对，用的bowtie,只不过额
xuzhougeng·2024-01-19 03:36

2020-06-26Hic-pro的使用

的使用方法简单来讲主要有三个参数:$/usr/local/bin/HiC-Pro_2.11.1/bin/HiC-Pro-ipath/data-cpath/config-hicpro.txt-opath/outfile-i输入的是fastq
坚持天天吃早餐·2024-01-17 00:29

一个不成熟的小脚本，ATAC数据一键预处理从fastq到treated bam

数据从下机fq.gz文件到可用的.bam文件，每次都需要运行去接头，比对，去复，去MT，shift，排序等...尽管俺把他们都写在了一个shell中，但是每次还是需要修改一些输入输出的参数，并且数据的输出位置也比较混乱，于是写了下面这个省事脚本。这个脚本......非常潦草......但是能用......稍微方便了一些的吧......记录学习的过程......【atac-single.sh】对AT
基因组学研究生·2024-01-15 01:32

组装细菌基因组

SRA号，这里随便找一篇，找到的SRA号为SRR9678926；2.用prefetch下载该文件；prefetchSRR9678926下载完成，下载文件大小为85M序列下载3.将下载的sra文件进行解压fastq-dump
Orphans_2333·2024-01-14 19:19

bismark 识别甲基化位点-比对篇

我用的软件自带的单端测序的数据集进行测试，命令如下bismarkhg19_bismark_db/test_data.fastq-otest第一个参数为bismark_genome_preparation
生信修炼手册·2024-01-13 04:11

2018-04-10---关于FastQ和FastA（转载）

二、Fastq的格式FASTQ文件中每个序列通常有四行：第一行，序列标识以及相关的描述信息，以‘@’开头；第二行是序列；第三行以‘+’开头，后面是
天秤座的机器狗·2024-01-12 08:27

SRA Toolkit安装以及配置流程

先反思之前的问题：之前下载了SRA数据后，进行分割，运行如下命令/home/whu/program_and_files/sratookit.2.10.0/bin/fastq-dump-orig.2.10.0
柠檬精_8780·2024-01-10 06:51

二代测序基础知识

IlluminaHiSeqTM/MiseqTM)得到的原始图像数据文件经CASAVA碱基识别(BaseCalling)分析转化为原始测序序列（SequencedReads），我们称之为RawData或RawReads，结果以FASTQ
点滴生信·2024-01-10 05:57

基因组数据拼接软件：shovill简单的使用方法

–R11_pair.fq.gz：指定包含第一对端读取的输入文件，格式为压缩的FASTQ文件（1_pair.fq.gz）。
橄榄熊·2024-01-10 03:39

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录1、由于fastq不完整报错报错信息原因解决方案2、化学版本选择错误报错信息原因解决方案1、由于fastq不完整报错报错信息[error]Pipestancefailed.Errorlogat
微光**·2024-01-06 14:11

reads length distribution

step1.catwy-KO-18d-1.R1.clean.trim.fastq|awk'{if(NR%4==2)printlength($1)}'|sort-n|uniq-c>wy-KO-18d-1.
njmujjc·2024-01-05 02:22

ChIP-seq笔记

文章目录ChIP-seq学习1数据下载1.1数据主要分为三个部分1.2从NCBI上下载数据2质量控制2.1软件安装2.2转化数据格式sra-----fastq2.3下载小鼠参考基因组的index2.4质量检测
sunyu_03·2023-12-29 19:43

CHIP-Seq数据分析流程

文章目录CHIP-Seq数据分析流程相关软件安装数据下载将SRA转化为fastq文件数据质控，过滤数据质控然后进行质控，过滤低质量reads，去接头比对下载小鼠参考基因组的索引和注释文件比对sam文件转
美丽的lemon·2023-12-29 19:41

Day7 测序基础

测序原理及分类测序.png测序对象测序对象.png测序文件格式详细参见美格生物Fastaq及FastaGenbank格式EMBL格式常用格式工具：1.Fastq文件→Fasta文件1.1Linux命令:
文婷吖_0df6·2023-12-27 20:04

cellranger更新到6.0啦（全新使用教程）

如果是bcl原始测序数据，需用mkfastq转换为fastq格式(根据index将reads分配至不同的样本)。
Seurat_Satija·2023-12-26 08:27

对fasta/fastq进行一些小操作

刘小泽写于18.12.27参考biostarhandbook以及WeiShen的SeqKit（处理fa/fq领域还比较出名）http://bioinf.shenwei.me/seqkit/，它可以处理压缩的或者解压的fa/fq下载测试数据wgethttp://data.biostarhandbook.com/reads/duplicated-reads.fq.gzwgetftp://ftp.ncb
刘小泽·2023-12-25 18:49

生信格式之fasta、fastq

要点一：fasta格式1、目的蛋白质序列与核酸(DNA/RNA)序列研究是生命科学的核心，前者的组成单位为20种氨基酸，后者则是核苷酸(DNA与RNA均有四种不同核苷酸)；为了便于记录与研究，科学家们分别统一了二者组成单位的字母表示方法，具体如下图所示。proteinandaminoacidAA核酸的组成2、fasta基于上述说明，fasta格式简单来说就是储存一段一段序列信息的文本。以下图为例，
小贝学生信·2023-12-25 17:37

【树莓派4B】搭建NAS企业私有云盘服务器

开发环境树莓派4B8G树莓派32位系统目的构建一个低成本轻量级的NAS服务器，构建私有云盘，方便客户直接下载fastq等文件希望保留文件私密性和安全性，不同客户只能拥有某个特定目录的权限特别说明：其实更好是直接挂在格式化之后的硬盘
Geekero·2023-12-24 22:35

2020-01-11 了解FASTQ格式并处理FASTQ文件

FASTQ文件格式是测序仪展示数据的标准格式，可以看成FASTA文件的变种（FASTA+Q），因为其包含了对序列中每个碱基的QualifyMeasurement。
王子威PtaYoth·2023-12-24 01:49

sam格式转fastq格式

grep-v^@test.sam|awk'{print"@"$1"\n"$6"\n+\n"$7}'>test.fastq
今天没回家·2023-12-21 06:47

kill命令批量终止后台进程

ps-ef|grep'fastq-dump'|grep-vgrep|awk'{print$2}'|xargskill-9ps-ef用于获取当前系统所有进程，如上图所示。
Y大宽·2023-12-20 19:15

FASTA和FASTQ 介绍

参考:从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第2节FASTA和FASTQ作者：碱基矿工前言在生物信息分析过程中，各种组学（基因、转录、蛋白等）各种数据库，不同类型的数据可能都有其特有的数据文件与特殊的存储格式
Peng_001·2023-12-19 12:29

踩坑sunbeam rbt 去除host reads

然后再preprocess.tsv文件里，deconta文件的fastq数目和文件里记录的nonhost不一致。貌似生成的fastq文件没有去除host。找问题。
土豆西红柿青椒·2023-12-16 21:03

组装细菌基因组

image.png2.有多个SRA号，只选择其中一个SRR9209170image.pngimage.png二、从SRA数据库上用prefetch下载该文件prefetchSRR9209170image.png三、Fastq-dump
努力再努力_cf77·2023-12-15 04:00

生信算法2 - DNA测序算法实践之序列统计

生信序列基本操作算法建议在Jupyter实践，python版本3.91.读取fastq序列#fastq序列获取!
生信与遗传解读·2023-12-14 18:03

一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie

/bin/bash##使用fastq-dump解压sra数据#本数据集为双端数据#解压格式为fq.gzforiinSRR6929571SRR6929572SRR6929573SRR6929574SRR6929577SRR6929578
小杜的生信筆記·2023-12-05 21:44

一个完整的转录组分析流程

/bin/bash##使用fastq-dump解压sra数据#本数据集为双端数据#解压格式为fq.gzforiinSRR6929571SRR6929572SRR6929573SRR6929574SRR6929577SRR6929578
小杜的生信筆記·2023-12-05 21:09

认识HDF5文件格式及R中.h5 文件读取

三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了，而是换成了hdf5格式.HDF5格式HDF5文件一般以.h5或者.hdf5作为后缀名，需要专门的软件才能打开预览文件的内容。HDF5文件结构中有2pri
该叫个什么名字好呢·2023-12-05 13:38

省事地获取已公开测序数据的下载链接（.sra|.fastq.gz）

写在前面课题需要，前述，在TBtools中开放了一个SraExperimentXML2InfoTable的功能。在这个功能的辅助下，我们较快的完成了阶段任务。筛选数据完成了，但是下载数据却出现了问题。主要遇到的问题是NCBI的数据，似乎有时候能下载到，有时候却下载不到。或许网速是一个原因，但我更多地开始认为或许NCBI并没有存储所有的短读段测序数据。DDBJ也是一样。相反ENA似乎存储全面，只是传
生信石头·2023-12-05 02:00
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