(Chip

植物chip-seq数据的可视化（Y叔的神器chip-seeker包）

近期接手一个chip-seq项目，在call出来peak之后，发现在可视化这一块对植物并不友好。对于动物来说，整套流程都是极其详细的，但是相对于植物，流程的各个部分都是零零散散的。
红烧肥肠·2019-08-23 11:21

生物学实验方法及原理应用

1.Chromatinimmunoprecipitation(ChIP)染色质免疫沉淀法研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。
kekoukele777·2019-08-18 17:20

LSI MageRAID9460-8i SAS3508磁盘阵列卡

型号：LSIMegaRAIDSAS9460-8i产品类型：NVME/SAS/SATA阵列卡连接器接口：2个Mini-SASHDx4SFF8643I/O处理器/SAS控制器：SAS3508RAID-on-Chip
wx5d521ee54478b·2019-08-13 10:39

[转帖]英特尔的 ME 或侵犯 Minix3 的自由软件许可证

www.linuxidc.com/Linux/2017-12/149306.htmAMD有PSPintel有MEAMDPSP（PlatformSecurityProcessor，平台安全处理器）是一种chip-on-chip
济南小老虎·2019-07-01 06:00

rocket-chip复位向量的修改

rocket-chip复位向量的修改rocket-chip系统复位后是从bootrom中进行启动的，这章我们将详细分析rocket-chip是如何调用bootrom模块的，最后还会对复位向量进行修改，即让
a_weiming·2019-06-26 22:09

riscv-sodor-rv32_1stage(1)

ucb-bar/riscv-sodor/wikiGithub:https://github.com/ucb-bar/riscv-sodorriscv-sodor处理器是教学处理器，相比于rocket-chip
a_weiming·2019-06-05 23:11

ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据

ngs.plotngs.plot主要用于可视化基因组功能区域的高通量测序结果。#1.ngs.plot优点已整理的注释数据：17个物种(21套基因组)，涉及功能原件有：Gene，Exon，CGIs，Enhancers，DHS能够很好展示某类功能原件或者某部分区域的信号富集程度；运行速度快，内存消耗适中。#2.ngs.plot数据处理流程如下bam文件建立索引根据功能原件的基因组坐标索引bam文件计算
JeremyL·2019-05-24 13:20

halcon（改变图像灰度值）

dev_clear_window()dev_close_window()read_image(Image,'printer_chip/printer_chip_01')get_image_size(Image
德鹏君·2019-05-23 17:06

halcon——如何保存halcon窗口图片及文字

dev_clear_window()dev_close_window()read_image(Image,'printer_chip/printer_chip_01')get_image_size(Image
德鹏君·2019-05-23 14:18

RAM

首先内存条的学名——DualInlineMemoryModule，简称DIMM每一面称为一个rank，所以两面就有两个rank每个rank里面包含若干个bank组（内存颗粒，图中标128MB的黑方块）也叫chip
madao756·2019-05-13 13:00

Linux工具 2、ls_sensors 查看Linux CPU温度

[CHIP]...-c,--config-fileSpecifyaconfigfile#指定配置文件-h,--helpDisplaythishelpte
EricJonse·2019-05-07 16:24

Chip-seq 数据分析流程

从GEO下载数据下载地址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE121424以第一个样本GSM3436194为例，点进链接后最下面有SRA链接（第二张图ARX4901015），再点进链接，看到SRR8073138编号。下载之前我们先写个文件记录要下载的文件与编号的对应关系，后面用的到。文件格式如下(base)[longfei@lo
上校的猫·2019-05-04 16:19

deepTools 使用指南

deepToolsdeepTools是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq,RNA-seq或MNase-seq。
JeremyL·2019-04-24 22:17

Flutter 入门指北(Part 10)之手势处理和动画

https://juejin.im/post/5cb340af6fb9a068b748ab6e该文已授权公众号「码个蛋」，转载请指明出处在Flutter中，自带手势监听的目前为止好像只有按钮部件和一些chip
weixin_33929309·2019-04-14 14:38

BED文件以及如何正确的从UCSC下载BED文件

在画chip-seq里最基础的两张图的时候，出现了报错，报错信息各种看不懂呀，去网上各种搜也没有解决。
黄晶_id·2019-04-07 18:42

CC2652R ZigBee OTA 调试记录 改为支持 AT25DF041B 512KB flash

CC2652R的OTA分为on-chip和off-chip两种方案，on-chip就是OTA直接下载到芯片内部，目前SDK(截至
coding梦想_起点·2019-04-05 23:57

Chip-seq原理篇

CHIP-seq染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究
soleil要好好学习呀·2019-03-25 18:19

2019-03-25 put it back

PUTITBACK，打开第一页，故事情节非常简单，孩子们在海滩上玩KIPPER抓到一只小螃蟹，CHIP说，放回海里吧。瞬间宁的眼泪流了下来，边哭边哽咽着说:“上次那几条小鱼死了，我好难过。。。。"
一颗小糖豆·2019-03-25 15:29

我的ChIP-Seq(5): peaks注释

注释一般有以下几种方法，但是一般经验有：1.比对时下载UCSC格式的参考基因组，后续操作障碍少2.数据准备要严格按照软件的说明，若遇到格式正确就是读不进的情况，试试dos2unixfile1.ChIPseek在线工具特点：在线，使用简单，运算速度非常快，实质是后台调用了HOMER和bedtoolsTSS区域不能自己定义，观察了一下软件的定义应该是+-1000bpTSS。input：只需准备UCSC
NICE_AGIS·2019-03-20 17:59

我的ChIP-Seq(4):MAnorm差异分析

简单地说，这是一款寻找两个ChIP-Seq样本之间差异peak的软件。
NICE_AGIS·2019-03-20 11:32

Chip-Seq

染色质免疫沉淀-测序（英语：ChIP-sequencing，简称为ChIP-seq）被用于分析蛋白质与DNA的交互作用。
yuzaifei11·2019-03-19 13:42

Android:Chip、ChipGroups、ChipDrawable

gradle中compileSdkVersion28，targetSdkVersion28一、Chip相
CnPeng·2019-03-19 08:16

我的ChIP-Seq(2): cutadapt/fastp/Trimmomatic 过滤软件选择

过滤软件的比较与选择：cutadapt/fastp/trimmomatic注：还没有完全搞明白，先总结一下特点和使用，之后再慢慢体会、总结经验本次只针对双端PE算法都没好好读，因为看不懂==首先，我们对数据进行过滤，是为了：去掉接头去掉低质量reads去掉污染序列在尽量去掉上述序列的同时，保留尽可能多的有用数据，减少损失CutAdapt，2010基于Python，作者是个德国人，长得还挺帅气(✧◡
NICE_AGIS·2019-03-14 17:03

我的ChIP-Seq(1): FastQC报告解读

新手，刚做完一个ChIP-Seq项目的分析，来记录一下，会分好几篇。首先是下机数据fastqc之后会生成一个html格式的报告，根据报告可以看出自己数据的特点，便于之后clean的参数设置。
NICE_AGIS·2019-03-11 20:34

第二十五章 Chisel进阶——隐式参数的应用

用Chisel编写的CPU，比如Rocket-Chip、RISCV-Mini等，都有一个特点，就是可以用一个配置文件来裁剪电路。这利用了Scala的模式匹配、样例类、偏函数、可选值、隐式定义等语法。
_iChthyosaur·2019-02-25 21:14

如何配置一个自定义的rocket-chip？

如何配置一个自定义的rocket-chip？这节的主要内容是教大家如何自由配置一个rocket-chip。
a_weiming·2019-02-19 22:04

Chisel3 & Scala & Rocket-chip verilog的生成

Chisel3&Scala&Rocket-chipverilog的生成首先弄清楚这三者的关系。Scala是一门多范式的编程语言，一种类似java的编程语言，设计初衷是实现可伸缩的语言、并集成面向对象编程和函数式编程的各种特性[1]。Chisel(ConstructingHardwareInaScalaEmbeddedLanguage)是一种嵌入在高阶编程语言Scala中用来构造硬件的语言。Chis
a_weiming·2019-02-18 22:42

Flutter: Wrap 、Chip、CircleAvatar实现 流式搜索记录布局

屏幕快照2019-02-14下午6.23.44.png代码import'package:flutter/material.dart';voidmain(){runApp(MaterialApp(home:MyApp(),));}classMyAppextendsStatelessWidget{@overrideWidgetbuild(BuildContextcontext){returnScaff
LiYaoPeng·2019-02-14 18:35

hbctraining-Introduction to ChIP-Seq Lesson 2

QualityControlofSequenceReadsUnderstandingtheIlluminasequencingtechnologyUnmappedreaddata(FASTQ)FastqformatevolvedfromFastainthatitcontainssequencedataandqualityinformation.Therearetwomainkindsofquali
horsefish·2018-12-20 20:31

hbctraining-Introduction to ChIP-Seq Lesson 1

IntroductiontoChIP-SeqdefinitionChIP-Seq,aimingtoidentifygenome-widetranscriptionfactorbindingsitesandhistone-modificatinenrichedregions,comprisestwoparts:ChIPexperimentsandsequencing.MainstepsofChIPc
horsefish·2018-12-20 15:55

rocket-chip工具链的编译与使用

3.2rocket-chip工具链的编译与使用主要资料来源：https://github.com/riscv/riscv-tools/tree/2faac3398af956cea9f1cbdc64b0575f807fc6a8rocket-chip
a_weiming·2018-12-04 23:32

RISC-V & rocket-chip目录

目录大家好，为了使更多人认识和研究RISC-V与rocket-chip，我将分享我学习RISC-V和rocket-chip的资料。
a_weiming·2018-11-28 23:13

rocket-chip项目的具体内容

3、rocket-chip项目的具体内容3.1rocket-chip的项目框架rocket-chip项目的下载网址：rocket-chip因为rocket-chip项目一直有人维护，会一直更新，所以我立一个时间点
a_weiming·2018-11-28 00:09

RISC-V & rocket-chip

1、RISC-V&rocket-chipRISC-V的介绍：RISC-V(读作“RISC-FIVE”)是基于精简指令集计算(RISC)原理建立的开放指令集架构(ISA)，V表示为第五代RISC(精简指令集计算机),表示此前已经四代RISC处理器原型芯片。每一代RISC处理器都是在同一人带领下完成，那就是加州大学伯克利分校的DavidPatterson教授。与大多数ISA相反，RISC-VISA可以
a_weiming·2018-11-26 00:37

OCC(On-Chip-Clock)含义及功能

OCC：OnChipClockOPCG：On-ProductClockGatingSCM：scanclockmux上面三种是同一东西的不同叫法就是为了at-speedATPG测试时在functionclock和shiftclock之间切换的控制逻辑。不同人设计的电路不一样，它就是一个2选一的clockmux，设计时注意处理一下cdc的path，不要产生glitch就行了。何为全速测试(atspee
cy413026·2018-11-20 15:50

Bioconductor:DESeq2

摘要测序产生的数据内容为，每个样本中，每个基因分配到多少个测序片段，各种类型的测序（RNA-seq，CHIP-Seq，HiC）产生的数据类似。
康君爱上了蕊酱·2018-10-12 14:38

MTBF(mean time between failure)平均无故障时间

：对于block的mtbf检查过程中发现在异步检查列表中的信号都无法分析分析：通过追踪发现block端口连到顶端的信号对于端口信号都是设定的有相对于时钟（-clock），但是在block这一级是看不到chip
小张爱自由·2018-09-28 20:27

linux设备驱动（GPIO子系统）

子系统的内核源码主要函数源代码：Gpiolib.c(arch\arm\mach-s5pv210)static__initints5pv210_gpiolib_init(void){structs3c_gpio_chip
老猫识途·2018-09-25 14:00

R-loop数据分析之R-ChIP(peak calling)

PeakCalling关于MACS2的使用方法，我写了如何使用MACS进行peakcalling详细地介绍了它的参数，在用MACS2之前尽量去阅读下。尽管文章说他按照默认参数分别找narrowpeak和broadpeak,即"WeusedMACS2withdefaultsettingstocallnarrow(orbroadwhennecessary)R-looppeaks"，但是MACS2的默认
xuzhougeng·2018-09-20 22:37

芯片资料中的pad,pin,bump

芯片(Chip)可直接在电路板面上进行反扣焊接(FilpChiponBoard)，以完成芯片与电路板的组装互连。这种反扣式的COB覆晶法，可以省掉芯片许多先行封装(Package)的制程及成本。
小张爱自由·2018-09-13 16:35

dlib 人脸 识别函数

详细操作，见dlib官网提供示例.std::vector>faces;for(autoface:detector(img)){autoshape=sp(img,face);matrixface_chip
teleger·2018-09-13 16:47

MACS2 Call Peak 参数详细学习

macs可以直接应用于ChIP-Seq数据，也可以将ChIP-Seq数据与control结合起来提高特异性。
_eason_·2018-09-06 23:19

Python多线程原理与用法详解

具有这种能力的系统包括对称多处理机、多核心处理器以及芯片级多处理（Chip-levelmultithreading）或同时多线程（Simul
喷跑的豆子·2018-08-20 14:33

chip-seq实验方法及数据分析

chip-seq是用来分析蛋白和DNA互作的方法。chip-seq结合染色质免疫共沉淀和高通量测序技术来找到DNA和蛋白的结合位点。它可用于精确定位任何感兴趣的蛋白质在全基因组上的结合位点。
灵动的小猪·2018-08-09 17:51

20180803

前两天还有有些焦虑，眼睛总盯在往前看了，今天果冻自己来念了几本，才感受到孩子一直在进步，《chip'srobot》《lookatme》等等念得比之前熟练很多，看到句子就能念出来！
荔儿果果·2018-08-04 22:52

20180803

前两天还有有些焦虑，眼睛总盯在往前看了，今天果冻自己来念了几本，才感受到孩子一直在进步，《chip'srobot》《lookatme》等等念得比之前熟练很多，看到句子就能念出来！
荔儿果果·2018-08-04 22:52

Linux下SPI驱动简解

基础知识：第一点：硬件四线第二点：重要结构体和函数structspi_device{structdevicedev;structspi_master*master;u32max_speed_hz;u8chip_select
Dummkopfer·2018-06-21 21:25

第六次作业

第一题：题目要求：代码：//chip.h#include#pragmaonceusingnamespacestd;classchip{public:chip(inta,intb):m(a),n(b){}
菜鸡少年·2018-06-05 23:00

实验6

1#includeusingnamespacestd;classchip{protected:intm;intn;doubleresult;public:chip(inta,intb,intc=0):m
群艺术啊·2018-06-05 20:00

实践练习六

芯片类我在老师讲题之前就已经写完了这题，所以就没有在做修改，我以chipA作为基类，而非老师说的chip做基类，ABC为衍生类chipA.h#pragmaonce#ifndefCHIPA_H#defineCHIPA_HclasschipA
这名必没人用·2018-06-03 16:00
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