【R语言】

学习小组Day4笔记--Jeremy

R语言基本操作Rstudio界面图片来源于生信星球查看目录及文件查看目录及文件基本算术基本算术赋值与删除赋值与删除作图图1图2
Jeremy_bin·2023-12-19 20:53

R语言基础（1）——数字、字符与向量

向量1、向量的赋值第一种赋值方法：c()xx#进一步有y3)#结果显示为FALSEany(c(1,2,3,4,5,6)>3)#结果显示为TRUE6、缺失数据用NA表示某处的数据缺省或缺失x<-c(1,2,3,NA)y<-is.na(x)#结果为is.na()函数是检测缺失数据的函数，如果返回值为值（TRUE），则说明此数据是缺失数据，如果返回值为假（FALSE），则此数据不是缺失数据
令平子·2023-12-19 17:29

R语言：转换—宽数据↔长数据

博客来源于我的语雀专栏：R语言·语雀更多内容同步更新请关注我的语雀：令平子·语雀参考资料：部分已引用到各段落宽转长二维数据转长r-Reshapingdata.framefromwidetolongformat-StackOverflow
令平子·2023-12-19 17:29

【R语言】--- 回归分析最优拟合模型及作图

因变量和自变量间的拟合关系对于生态学而言极其重要，很多因变量和自变量间关系是一元线性回归，然而很多数据并不一定是直线关系，而是需要探索其曲线拟合关系。这种曲线关系并非直观看出，而是需要进行统计检验，通过比较拟合度及其显著性，来选择最优拟合模型。赤池信息准则（Akaikeinformationcriterion,AIC）和贝叶斯信息准则（Bayesianinformationcriterion,BI
生态数据·2023-12-19 15:05

跟着Nature Ecology&Evolution学数据分析：R语言做方差分解的一个简单小例子

之前好多人在公众号留言问这个方差分解的内容，但是之前自己也没有听说过。最近看到有人分享了公众号推文一种简单易行的方差分解方法。看了这个推文我目前理解的是方差分解的主要作用是量化回归模型Y=b0+b1x1+b2x2+…中x1,x2,x3…对Y贡献的相对大小，以及不同X所属的因素类别（如生物因素，非生物因素）对Y的贡献大小。这篇推文以已经发表的论文中的数据为例子进行了介绍，论文是image.png这篇
小明的数据分析笔记本·2023-12-19 15:22

R语言——基本操作（一）

目录一、基本操作二、R包的安装及使用三、获取帮助四、内置数据集五、数据结构六、向量索引七、向量运算参考Rstudio控制台常用快捷键Ctrl+↑：查看所有历史记录，比直接使用↑查找更方便Esc：中断操作，可中断未完成的操作（未完成回车后是+），也可以清空命令。Ctrl+L：清空屏幕Alt+Shift+K：显示Rstudio中所有的快捷操作一、基本操作getwd()：显示当前工作目录setwd('E
Billie使劲学·2023-12-19 13:00

《数量生态学：R语言的应用》—第四章聚类分析1 概述

数量生态学：R语言的应用—第四章聚类分析之前我们了解了关联测度与矩阵，主要是Q模式与R模式。从今天开始给大家带来《数量生态学：R语言的应用》—第四章聚类分析。
fafu生信小蘑菇·2023-12-19 10:09

R语言中do.call函数学习

虽然R语言有类型很丰富的数据结构，但是很多时候数据结构比较复杂，那么基本就会用到list这种结构的数据类型。
学好生信·2023-12-19 10:18

使用R语言对SSR数据做主成分分析（PCA）的一个简单小例子

昨天的推文介绍了使用R语言对比对后的DNA序列做主成分分析的一个简单小例子，推文下有朋友留言问如何对0,1矩阵做主成分分析（PCA）查了一下参考资料找到了一个办法参考资料的链接1、https://cran.r-project.org
小明的数据分析笔记本·2023-12-19 09:00

R语言怎么绘制热图（一）

1.什么是热图？在组学研究的相关文章中，我们常常可以看到热图（Heatmap）的展示。这些红绿相间且色彩变化丰富的热图总是能吸引读者的眼球，从而为文章增添不少亮色。当然，作为严谨的科学研究论文，图表的展示当然不可能仅仅是为了好看。热图作为一种对实验数据及其分析结果的直观的表达方式，在很多文章中都有着不可或缺的地位。它是一种将规则化矩阵数据转换成颜色色调的常用的可视化方法，其中每个单元格对应数据的某
心有灵犀啦·2023-12-19 05:01

JupyterNotebook VS JupyterLab 如果jupyter安装成功，点击jupyterlab即可进入lab环境

一般来说，如果是使用R语言的话，使用Rstudio居多，使用Python的话，使用Jupyter居多。
生信小博士·2023-12-19 05:44

大数据/人工智能/EXCEL/R语言精品教材推荐

泰迪智能科技携手人民邮电出版社通过采用任务式、项目式等多种教材编写模式，教材内容注重实践能力培养，贴合教师教学实际和学生实践实验，已经被1500余所院校选用为教材。图书优势理实一体化本系列教材注重学生的实践能力培养，针对高校实践教学中的痛点，首次提出“鱼骨教学法”的概念。以企业真实需求为导向，学生学习技能时紧紧围绕企业实际应用需求，将学生需掌握的理论知识，通过企业案例的形式进行衔接，达到知行合一、
泰迪智能科技·2023-12-18 19:57

R语言【rgbif】——什么是多值传参？如何在rgbif中一次性传递多个值？多值传参时的要求有哪些？

rgbif版本：3.7.8.1什么是多值传参？您是否在使用rgbif时设想过，给某个参数一次性传递许多个值，它将根据这些值独立地进行请求，各自返回独立的结果。rgbif支持这种工作模式，但是具体的细节需要进一步地学习才能掌握，避免在使用时出现事与愿违的结果。如何在rgbif中一次性传递多个值？在使用rgbif的方法时，向某个参数传入多个值，用户的表达语句差之毫厘，代码结果就会失之千里。比如说下面的
ALittleHigh·2023-12-18 10:50

R语言【rgbif】——rgbif将物种分布数据转换为地图格式的详细说明

RGBIF（R包）是一个用于访问和使用物种分布数据的工具。它可以将物种分布数据转换为地图格式，以便更好地可视化和分析。下面是使用RGBIF将物种分布数据转换为地图格式的详细说明：步骤1：安装RGBIF包要使用RGBIF包，首先需要在R环境中安装该包。可以通过以下命令将RGBIF包安装到R中：install.packages(“rgbif”)步骤2：导入RGBIF包在使用RGBIF包之前，需要将其导
ALittleHigh·2023-12-18 10:50

R语言【rgbif】——使用rgbif获取非行政单位区域内的物种记录信息（以泛喜马拉雅地区为例）

使用occ_search获取非行政单位区域内的物种记录信息（以泛喜马拉雅地区为例）1.分析使用rgbif的一些函数1.1使用name_suggest()的一些要点1.2使用occ_count()的一些要点1.3使用occ_search()的一些要点2.数据的准备工作和检验2.1空间表达（用WKT表示该地区）2.1.1非行政区域的边界坐标点提取2.2.2非行政区域的边界坐标点检验2.2物种列表（物种
ALittleHigh·2023-12-18 10:49

毕业论文知识点记录（六）——基于R语言优化maxent模型

毕业论文知识点记录（六）——基于R语言优化maxent模型第一步：R安装这个网上都有很多详细的步骤，就不再详细介绍了。
遥遥遥遥遥遥感·2023-12-18 10:18

R语言【rgbif】——occ_search对待字符长度大于1500的WKT的特殊处理真的有必要吗？

一句话结论：只要有网有流量，直接用长WKT传递给参数【geometry】、参数【limit】配合参数【start】获取所有记录。当我在阅读【rgbif】给出的用户手册时，注意到【occ_search】强调了参数【geometry】使用的wkt格式字符串长度。文中如是写道：当处理长WKT字符串（>1500个字符）时，可以通过参数geom_big进行设置：asis：此值为默认值。不做任何处理，只传递W
ALittleHigh·2023-12-18 10:17

R语言小作业-中级

学习了一段时间的R，开始做些题，来加深所学的知识。1.根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl基因ID对应的基因名(symbol)1.新建TXT，将题中基因复制到TXT，并命名。然后导入到R。a<-data.table::fread("1.txt",header=F)2.导入R后发现得进行小数点分割，由于lappy和str_split比较复杂，因此采用separate函数，a2<-s
鱼啸九天·2023-12-18 09:04

R可视化——Mantel test分析及可视化

    此前我们已经讲过了如何使用R语言计算两列数据相关性的分析方法，今天，我们来看一种检验两个矩阵相关关系的方法——Manteltest方法，这种分析方法可用在植物微生物群落与生态环境之间相关性的检验以及人体肠道微生物群落与人体疾病相关性检验等领域
科研那点事儿·2023-12-18 02:29

R语言文本分析《三国演义》

数据读取与包的加载由于最近对文本分析比较感兴趣，所以分析三国演义的文本。getwd()setwd("E:\\三国")library(jiebaR)library(ggplot2)library(jpeg)library(reshape2)library(wordcloud)读取前十行>sanguosanguo[1:10]#展现数据前十行[1]"三国演义明?罗贯中"[2]"致读者"[3]"“大江东去
乔巴爱雪雪·2023-12-18 01:31

[原创][R语言]股票分析实战[2]:周级别涨幅趋势的相关性

[简介]常用网名:猪头三出生日期:1981.XX.XXQQ联系:643439947个人网站:80x86汇编小站https://www.x86asm.org编程生涯:2001年~至今[共22年]职业生涯:20年开发语言:C/C++、80x86ASM、PHP、Perl、Objective-C、ObjectPascal、C#、Python开发工具:VisualStudio、Delphi、XCode、Ec
我不是代码教父·2023-12-18 01:49

提升R语言分析效率：如何精准定位CRAN中你想要的高质量R包？

对于数据科学家和R语言爱好者来说，寻找合适的R包以满足特定需求是一项重要但往往令人困惑的任务。
R语言数据分析视界·2023-12-18 00:19

学习小组Day5笔记--没有眼镜

R的数据结构向量&数据框R语言数据结构.png使用数据框中的变量作图options(stringsAsFactors=T)a<-data.frame(case=paste0("S",1:9),values
没有眼镜·2023-12-17 23:15

R语言_ifelse()函数用法

ifelse()函数Usageifelse(test,yes,no)ifelsereturnsavaluewiththesameshapeastestwhichisfilledwithelementsselectedfromeitheryesornodependingonwhethertheelementoftestisTRUEorFALSE.如果test成立，执行yes，否则执行no，可以对数据
谢俊飞·2023-12-17 21:46

不同分布的QQ图绘制

研究动机在R语言中常用qqnorm()绘制QQ图的散点图，qqline()用于在图上添加一条参考直线。
庄闪闪·2023-12-17 16:08

2020-07-01 大型吃书现场之NEwR（001）

答：NEwR：NumericalEcologywithR（数量生态学——R语言的应用）然后解释一下，为什么叫大型吃书现场？
SmallJam·2023-12-17 16:22

R语言｜分面中嵌入趋势线

简介关于分面的推文，小编根据实际科研需求，已经分享了很多技巧。例如：分面中添加不同表格分面中添加不同的直线基于分面的面积图绘制分面中的细节调整汇总基于分面的折线图绘制最近科研中又遇到了与分面相关的需求：在分面中添加拟合线。本期就针对该问题，绘制出以下图形：图形含义：随着时间的推移，展示多个测试产品退化累积量的箱线图。这些产品涵盖了两种不同的退化性能（PC）。图中的红线表示通过提出的模型拟合得到的平
庄闪闪·2023-12-17 16:07

代做COMP0037、代做Planning Algorithms、Python编程语言代写、代写Python代写R语言程序|代做数据库S

COMP0037Coursework1Term2,2019“PathPlanninginaKnownWorld”InvestigatingPathPlanningAlgorithmsCOMP0037Assignment1SimonJulier([email protected]),DanButters([email protected]),JuliusSustarevas(j
longwanggua·2023-12-17 15:02

【R语言】R package -- ggpubr

ggpubrggpubr专门为学术期刊绘图而生，据说是能画出editor最喜欢看的图。1.安装和加载由于这个包放在cran上，所以安装也方便，直接install.packages().install.packages("ggpubr")library("ggpubr")2.绘图示例GeneexpressiondataBoxplotsViolinplotsStripchartsanddotplots
巩翔宇Ibrahimovic·2023-12-17 15:15

python--seaborn散点图

seaborn是专门用于统计数据可视化的包，可媲美R语言中的ggplot2包。本文介绍用seaborn绘制散点图。
FTDdata·2023-12-17 12:27

scitb包1.6版本发布，一个为制作专业统计表格而生的R包

目前，本人写的scitb包1.6版本已经正式在R语言官方CRAN上线，scitb包是一个为生成专业化统计表格而生的R包。
天桥下的卖艺者·2023-12-17 11:27

R语言对医学中的自然语言(NLP)进行机器学习处理（1）

什么是自然语言(NLP)，就是网络中的一些书面文本。对于医疗方面，例如医疗记录、病人反馈、医生业绩评估和社交媒体评论,可以成为帮助临床决策和提高质量的丰富数据来源。如互联网上有基于文本的数据(例如,对医疗保健提供者的社交媒体评论),这些数据我们可以直接下载，有些可以通过爬虫抓取。例如:在病人论坛上发表对疾病或药物的评论,可以将它们存储在数据库中,然后进行分析。在这个之前需要了解什么是情绪分析，情绪
天桥下的卖艺者·2023-12-17 11:53

跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2画图展示捐赠者的临床概况

论文Commonanti-cancertherapiesinducesomaticmutationsinstemcellsofhealthytissuehttps://www.nature.com/articles/s41467-022-33663-5#Sec18今天的推文我们重复一下论文中的Figure1a，看起来非常像一个表格，很有意思image.png我们使用ggplot2来实现，主要分为三
小明的数据分析笔记本·2023-12-17 09:19

R语言根据列名提取/筛选列的两种方法

R语言根据列名提取/筛选列的两种方法在R语言中，我们经常需要根据列名来提取或筛选数据框中的列。本文将介绍两种常用的方法来实现这个目标。
翠绿山川间探索冒险·2023-12-17 08:05

数据筛选：使用R语言进行数据筛选

数据筛选：使用R语言进行数据筛选在数据分析和处理中，数据筛选是一项重要的任务。R语言是一种功能强大的编程语言和环境，它提供了各种方法和函数来处理和筛选数据。
翠绿山川间探索冒险·2023-12-17 08:05

R语言教程

Day1（2020.9.12）1.向量赋值X13运行结果[1]TRUE5==3运行结果[1]FALSEsqrt(2)^2==2L运行结果[1]FALSEsqrt(2)^2-2L运行结果[1]4.440892e-16注：数据类型不同，导致不能划等号4.随机取数，比较大小，求平均数x10y运行结果[1]TRUEFALSEFALSEFALSETRUETRUETRUETRUEFALSEFALSEFALSE
kaobiguo·2023-12-17 07:47

使用R语言导入数据

使用R语言导入数据在R语言中，导入数据是进行数据分析和处理的第一步。R提供了多种方法来导入不同格式的数据，包括文本文件、Excel文件、数据库等。下面将介绍几种常见的导入数据的方法。
程序梦想征途·2023-12-17 07:19

R语言学习之GO富集分析结果可视化（柱状图、网络图）

读取genesymbollibrary(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db)input<-read.table("gene.csv",sep=",",header=T)把symbol转换为ENTREZIDgenetransform<-bitr(input$target,fromType="SYMBOL",toType=c("ENSEMBL","ENTREZID
佐博伊森·2023-12-17 07:19

学习小组Day1笔记--林枫

R语言的集成开发环境(R的衣服）特点：友好的图形界面优秀的学习环境免费的科研工具开源1.Rstudio的正确打开方式创建Project（文件.Rproj存在目录为工作目录）打开"Rstudio"->File
致年·2023-12-17 06:36

R语言绘制三元图、RGB颜色空间图

  本文介绍基于R语言中的Ternary包，绘制三元图（TernaryPlot）的详细方法；其中，我们就以RGB三色分布图为例来具体介绍。  
疯狂学习GIS·2023-12-17 05:02

【R语言入门与数据分析-3】 数据转换

使用过程中发现自己的R语言基础太差了，回头补课。P34-P40所学视频：https://www.bilibili.com/video/BV19x411X7C6?
森尼啊·2023-12-16 21:03

R语言中的table函数：统计数据频数并生成表格

R语言中的table函数：统计数据频数并生成表格在R语言中，table函数是一个非常有用的函数，它可以用来统计数据的频数并生成相应的表格。它接受一个或多个向量作为输入，并返回一个包含数据频数的表格。
安静漫游·2023-12-16 21:37

R语言如何对每一行求和

最近遇到的小问题，需要对每一行的特定列求和文件实例df%column_to_rownames(.,var="sample")对value1到value3求和,求和的方法非常多，这里使用mutate(增加新列)rowSum(求和)来自dyplrdf%>%column_to_rownames(.,var="sample")%>%mutate(rowsum=rowSums(.[1:4]))有时候给个变量
土豆西红柿青椒·2023-12-16 21:03

R语言 去掉NA求均值

数据里面有很多NA，去掉NA再对每列求均值怎么求呢？这里用到的是dyplr包a% summarise(mean_mpg=mean(a,na.rm=T),mean_b=mean(b,na.rm=T),mean_d=mean(d,na.rm=T))>aabd111NA22313NA424353这里得到每个变量去掉NA之后的均值。
土豆西红柿青椒·2023-12-16 21:03

R语言piecewiseSEM结构方程模型在生态环境领域实践技术应用

在R语言结构方程程序包中，piecewiseSEM语法简洁，将结构方程模型拆分为多个组分（component）模型进行拟合和评估
梦想的初衷~·2023-12-16 19:37

R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图实践技术应用

R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
梦想的初衷~·2023-12-16 19:35

R语言学习笔记_02

字符串操作主要介绍R基础函数以及stringr包中对应函数paste,paste0连接两个字符串，其中paste0的默认分隔符是""；在stringr中使用str_c(collapse=)指定分隔符合并字符串。#需要注意一般配合管道函数%>%使用，只需要指定collapse参数(str_c)或sep(paste)即可paste('abc','def',sep='')#等同于paste0('abc'
nnlrl·2023-12-16 16:21

R语言优雅地修改列名称

R语言优雅地修改列名称在R语言中，修改数据框(DataFrame)或矩阵(Matrix)的列名称是一项常见的任务。通过优雅地修改列名称，可以提高代码的可读性和可维护性。
雨中微步·2023-12-16 16:30

R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图实践技术应用

R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
思考的小猴子·2023-12-16 14:15

R语言piecewiseSEM结构方程模型在生态环境领域实践技术

在R语言结构方程程序包中，piecewiseSEM语法简洁，将结构方程模型拆分为多个组分（component）模型进行拟合和评估
思考的小猴子·2023-12-16 14:15
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