中科大生物信息学

2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 下）

BLAST算法使用局部比对搜索的策略BLAST算法组成部分：列表、扫描、延伸BLASTP算法可以描述为以下3个阶段蛋白质搜索中，BLAST编译一个初步的两两比对序列，称为字段对BLASTP算法编译了一个由查询序列生成的固定长度为w的字段列表。使用比对序列的分数建立一个阈值T。BLASTP字段大小默认为3（BLASTN为11），则20种氨基酸可能字段共有8000个。修改“字段大小”参数可以修改查询时
穆易青·2023-11-14 01:41

2021.03.25【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 上）

学习目标定义位置特异性打分矩阵（PSSM）；解释位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度；描述谱隐马尔可夫模型（HMMs）并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势；解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度；描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的。引言第四章介绍了BLAST，BLAST搜索可以有很多种用途，
穆易青·2023-11-14 01:41

2020.11.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 Dayhoff模型）

Dayhoff模型第一步：可接受点突变（PAM）概念：在蛋白质被自然选择接受的单个氨基酸替换满足情况：基因发生DNA变异，使得基因编码另一种不同氨基酸整个种群都接受这种变化，改变后的蛋白质作为种群内蛋白质的优势形式可被接受的点突变：基于经验统计的保守性替换使用系统发育分析，将它们与推断的共同祖先进行比对。基于经验观察的氨基酸替换结果，描述了任意一对氨基酸对比对在一起的频率。第二步：氨基酸出现的频率
穆易青·2023-11-14 01:40

2020.11.3【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第二章 序列数据的获取 下）

2.7基因组浏览器三个主流基因组浏览器：Ensemble、UCSC和NCBI基因组组装定义：所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。内容：对基因组的注释，如起止位点、外显子、DNA重复元件或其他基因组特征。基因组参照联盟（GRC）维护人类、小鼠和斑马鱼的参考基因组。对基因组组装需要明确几点：每个染色体的起止位置是什么基因组序列中包括多少gap区域，能否被弥补？基因组上的结构变异位
穆易青·2023-11-14 01:10

【学习笔记】生物信息学基础知识+序列比对初步了解（一）

文章目录DNA和RNA的组成基因蛋白质中心法则DNA的复制DNA到mRNA转录蛋白质的剪接蛋白质的折叠突变与多态性组学转录组蛋白质组代谢组组学数据简介表观遗传复杂生物网络影像组主要研究内容介绍多序列比对全局序列比对动态规划算法(DynamicProgrammingAlgorithm)分治法(DivideandConquerMethods)SP方法(SumofPairsMethods)累进方法(Pr
Dumbledore‘s wand·2023-11-14 00:40

《生物信息学》阅读笔记 （三）：序列比对原理

这一章之前在博客中就有过介绍。这里是查漏补缺。运用全局比对的主要优势在于对具有高度同源性的序列进行优化，这在以已知三维结构的同源性序列为基础对未知序列的三维结构进行预测的模型构建中是十分有用的。局部比对适合用于哪些在其全长中具有局部的小同源性片段的序列比较，一般用于特定序列位点、结构域及其他类型重复序列的搜索，同时它在发现数据库中待分析序列的同源序列过程中也有重要意义。相似性（similarity
wxw060709·2023-11-14 00:40

2020.11.14【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 引言）

学习目标理解同源（包括直系和旁系同源）的含义；阐释如PAM（可被接受的点突变）矩阵的生成方法；比较PAM和BLOSUM打分矩阵的用途；理解动态规划定义，并解释全局和局部序列比对算法是如何工作的；在NCBI网页上进行蛋白质或DNA的双序列比对3.1引言当完成对多个物种的基因组测序后，一个重要的工作室找到特定物种内和物种之间的蛋白质在进化上的相关性。序列水平的相关表明两个蛋白质同源具有相似或者相同的功
穆易青·2023-11-14 00:40

2023.11.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 下）

目录6.4多重序列比对数据库6.5基因组区域的多重序列比对6.6展望6.7常见问题总结6.4多重序列比对数据库Pfam：基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库SMART：简易分子构型研究工具，与细胞信号传导、细胞外结构域以及染色质功能相关的蛋白质家族数据库保守结构域数据库（CDD）：基于序列或文本对Pfam和SMART进行查询，鉴别序列中的保守结构域多序列比对数据库整合平台：InterPro和
穆易青·2023-11-14 00:36

中科大计算机科学与技术学院院长,王超 - 中国科学技术大学 - 计算机科学与技术学院...

个人简介王超，男，出生于1985年8月，中国科大计算机学院副教授，软件学院副院长。分别于2006、2011年在中国科学技术大学计算机学院获得学士、博士学位，曾于2015-2016在美国加州大学圣塔芭芭拉分校担任访问学者。主持参加国家自然科学基金、国家重点研发计划课题、装发重大专项课题、中科院先导项目课题等多项国家和省部级科研项目。在TPDS、TC、TCAD、MICRO、RTSS等高水平学术期刊和会
凯文哥爱分享·2023-11-13 14:21

UseGalaxy.cn生信云平台文本文件操作手册

文本文件是生物信息学中应用非常广泛的文本格式，甚至可以说是最重要的文件格式，比如常见的测序下机数据Fastq、参考基因组保存格式Fasta、比对文件SAM，以及突变列表VCF，它们都是文本文件。
简佐义的博客·2023-11-12 22:32

配置常用yum源(国内yum源)

版本：操作系统：CentOS7.9开源镜像站:阿里云开源镜像站：https://mirrors.aliyun.com/网易开源镜像站：https://mirrors.163.com/中科大开源镜像站：https
zhangbeizhen18·2023-11-12 15:46

Ubuntu学习系列——添加源

添加源在sources.list文件末尾添加debhttp://archive.ubuntu.com/ubuntu/trustymainuniverserestrictedmultiverse国内源：#中科大源
don't quit·2023-11-11 23:42

华为云原生Kubernetes之运行Volcano高性能作业的深度使用和实践

Volcano是CNCF下首个也是唯一的基于Kubernetes的容器批量计算平台，主要用于高性能计算场景，提供了机器学习、深度学习、生物信息学、基因组学及其他大数据应用所需要而Kubernetes当前缺失的一系列特性
╰つ栺尖篴夢ゞ·2023-11-11 21:27

python解析.hhr文件

HMMER用于生物信息学中的蛋白质和核酸序列比对任务，例如蛋白质家族分类、序列相似性搜索等。HHR文件是HMMER比对结果的一种输出格式，它包含了与序列比对相关的信息。
qq_27390023·2023-11-11 21:17

多序列比对sto格式转a3m

在生物信息学中，有多种文件格式用于存储多序列比对的结果，其中包括Stockholm(.sto)和A3M(.a3m)格式。
qq_27390023·2023-11-11 21:38

生物信息学笔记03 -- 基因组序列分析 方法

相关背景DNA结构DNA分子的一级结构：A,C,G,T四种核苷酸的线性多聚体；DNA分子由两条互相平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成；DNA分子中的脱氧核糖和磷酸交替连接，排在外侧，碱基排列在内侧；两条链上的碱基通过氢键想结合，形成碱基对于腺膘呤(A)总是与胸腺嘧啶(T)配对、鸟膘呤(G)总是与胞嘧啶©配对，这说明两条链的碱基顺序是彼此互补的中心法则遗传信息从DNA传递给RNA，再从RNA传递给蛋白质，
JamSlade·2023-11-11 06:11

Debian如何更换apt源

中科大debhttps://mirrors.ustc.edu.cn/debian/stretchmainnon-freecontribdebhttps://mirrors.ustc.edu.cn/debian
myydan·2023-11-11 04:55

第一节，windows和ubuntu下深度学习theano环境搭建

，支持linux,mac,windows系统，提供了包管理和环境管理的功能，Anaconda是一个打包的集合，里面装好了conda，某个版本的python，众多的packages等，科学计算工具等下载中科大镜像
weixin_30847271·2023-11-10 20:12

香港科技大学广州｜机器人与自主系统学域博士招生宣讲会—华中科技大学专场！！！（暨全额奖学金政策）

时间：2023年11月14日（星期二）16:00地点：华中科技大学大学生活动中心A座603‍宣讲嘉宾：赵航助理教授（华中科大本、硕校友，香港城市大学博士）报名表直达：https://www.wjx.top
HKUST_·2023-11-10 18:07

周涛教授：从窄门进走出宽路来！

2005年毕业于中科大少年班，2010年获
Datawhale·2023-11-10 16:10

Mac如何安装brew及使用brew安装软件/插件？

官网安装二、使用步骤前言刚入手一台Mac笔记本，没有啥配置，需要使用脚本安装一些软件或者插件需要使用brew，好记性不如烂笔头，顺手记录下安装过程一、brew安装1、brew镜像安装脚本该安装脚本用了中科大镜像加速访问
失眠时间·2023-11-09 22:13

Anaconda、PyCharm安装

材料：Anaconda3-5.3.1、PyCharm-community-2022.1步骤：1.安装Anaconda：安装包来源：清华大学镜像网站（中科大镜像已关闭）https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn
HYD_493·2023-11-09 04:51

生物信息学中引入NLP的相关思想

这是鄙人写的第一篇博客，还有许许多多的问题，希望大家多多指正目录生物信息学与NLP是什么？什么是生物信息学？什么是NLP？生物信息学和NLP有何关联？
又三郎丶·2023-11-08 13:21

MacOS M1 MAX安装PHP7、Swoole和编译安装memcache扩展

一，修改homebrew源为中科大源查看当前源$git-C"$(brew--repo)"remote-v$git-C"$(brew--repohomebrew/core)"remote-v$git-C"
贤冰·2023-11-07 14:28

生物信息学 | 借助 AI 更高效地开启研究

By超神经生物信息学(Bioinformatics)是指利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法，研究生物学问题。
HyperAI超神经·2023-11-06 21:54

9. 《Bioinformatics Data Skills》之Unix Shell

由于UnixShell的2大哲学思想模块化与重定向，其成为生物信息学家常用的工作环境。模块化指的是一个程序只做好一件事情，然后将程序使用管道连接起来。
DataScience·2023-11-06 14:17

生活随感

最最主要的是他们夫妻恩爱，家庭和睦，孩子学习成绩也好，高二就要参考高考，考中科大少年班基本没什么问题，感觉人生赢家也不过如此！
瑶望远方·2023-11-06 12:17

中科大提出端到端的暗目标检测框架PE-YOLO

当前的目标检测模型在许多基准数据集上取得了良好的结果，但在暗光条件下检测目标仍然是一个巨大的挑战。为了解决这个问题，作者提出了金字塔增强网络（PENet）并将其与YOLOv3结合，构建了一个名为PE-YOLO的暗光目标检测框架。首先，PENet使用拉普拉斯金字塔将图像分解为4个具有不同分辨率的组件。具体来说，作者提出了一个细节处理模块（DPM）来增强图像的细节，其中包括上下文分支和边缘分支。此外，
xwz小王子·2023-11-06 06:49

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 7

这一章来介绍NGS的下游分析富集分析简单的讲，富集分析就是一种统计分析的手段，用来筛选功能相类的一组基因是否富集中差异表达的基因中。当人们拿到了差异表达的基因时，很多时候因为差异表达的基因数量很多，面对这么多的基因，人们不知道如何找到合适的突破口进行下游的验证实验。于是从一堆差异表达的基因中找出有意义的基因进行RT-PCR验证以及基因敲除验证就需要使用到富集分析了选择正确的库(library,或者
小潤澤·2023-11-06 01:26

MacOS使用国内源安装Homebrew

首先执行命令如下/bin/zsh-c"$(curl-fsSLhttps://gitee.com/cunkai/HomebrewCN/raw/master/Homebrew.sh)"image.png按照提示可以选择中科大下载源
汗青fullstack·2023-11-05 21:29

anaconda源配置

（windows：C:\users\username\，linux：/home/username/）2.添加清华镜像和中科大镜像，文件内容如下：channels:-https://mirrors.tuna.ts
Geo_ffrey·2023-11-05 11:59

deepin15.10 Android 8.1 源码编译

参考使用清华或中科大AOSP源镜像下载Android源码Ubuntu下载完成AOSP后,reposync错误解决error:.repo/manifests/containsuncommittedchangesDeepin15.7Android8.1
Linn___·2023-11-05 04:24

更新刚刚安装的Kali && 安装增强功能以实现虚拟机任意大小缩放

、Kali系统更新源1.使用编辑器打开系统源文本vimleafpad/etc/apt/sources.list或者leafpadleafpad/etc/apt/sources.list2.填写更新源#中科大
DirtyMind·2023-11-05 04:55

单细胞转录组高级分析二：转录调控网络分析

然而单细胞转录组数据具有背景噪音高、基因检出率低和表达矩阵稀疏性的特点，给传统统计学和生物信息学方法推断高质量的GRNs带来了挑战。Sing
Seurat_Satija·2023-11-05 04:44

rcp2.6是什么意思_RCP Bioclipse版本2.2.0已发布

Bioclipse是基于EclipseRCP的化学和生物信息学的开源可视平台。
diluan6799·2023-11-04 12:18

2021-07-13顺正日课210-115-057

此时正是修身时〈约束日课〉1、修控情做到2、修仁爱做到3、读书《孟子》179-1814、修恒《大学》诵读第48天5、保身胎息早500晚500感恩敬畏慈悲6.格物致知今天无事，把时间给姑娘，她约了一个中科大的女孩
张铭顺正·2023-11-04 05:01

冯克勤先生访谈录

数学经纬网：老师，请您谈一谈您在中科大的求学经历。1958年中科大刚成立，学生和教员都不多。当时的带课风格和现在不一样。所有老师都是自己写讲义，当然参考书有很多，有
一万年太久_03f4·2023-11-04 03:35

macOS 安装brew

参考链接：https://mirrors4.tuna.tsinghua.edu.cn/help/homebrew/https://www.yii666.com/blog/429332.html安装中科大源的
Summer_Anny·2023-11-04 00:27

TCP / UDP 概念 + 实验(计网自顶向下)

(github.com)暂定打算分2步走，前置是中科大对应计网黑书的视频第1步完成14个WireShark实验，5个课后实验（共19个计网实验）第2步，还有时间的话，cs144的实验
千帐灯无此声·2023-11-03 21:06

linux npm 修改 源_修改apt，pip，npm为国内镜像源

sudocp/etc/apt/sources.list/etc/apt/sources.list.bak编辑源列表文件sudovim/etc/apt/sources.list将原来的列表删除，添加如下内容(中科大镜像源
weixin_39867708·2023-11-03 18:07

pip修改为镜像源，window和linux修改方式

/simple/腾讯源：http://mirrors.cloud.tencent.com/pypi/simple/阿里源：https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/中科大
钟灵毓秀M·2023-11-03 18:23

生物信息学与功能基因组学（1）

生物信息学是一门集数学、计算基科学和生物学的工具与技术于一体的交叉学科，其研究内容涵盖了生物信息的获取、处理、存储、分配、分析和解释等各个方面。
顺昕如意·2023-11-03 06:22

生信必会格式：GFF和GTF的简介和转换

例子GFF转为GTF使用AGAT转换使用gffread转换使用GenomeTools转换其他工具：ea-utils、TransDecoder、Kentutils闲聊参考前言GFF和GTF两种格式，算是生物信息学中最基本最常用
万木春❀·2023-11-03 04:54

bedtools intersect用法详解

bedtools用法大全bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！
awk_bioinfo·2023-11-03 04:16

bedtools 用法大全

bedtools用法大全bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！
awk_bioinfo·2023-11-03 04:15

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-11-03 04:45

用maftools一行代码画出瀑布图

本文首发于微信公众号：生物信息学习昨天本科的一个师姐问我关于瀑布图的画法，想要画个瀑布图，问我有没有有什么工具可以画的，目标图如下：image.png于是给师姐介绍了maftools这个R包，这个R包功能非常强大
gtt儿_生物信息学习·2023-11-02 16:22

2021-03-03

核酸和蛋白质序列分析关键词：核酸序列蛋白质序列分析软件在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信息，从而指导进一步的实验研究。
85164760f6ac·2023-11-02 14:56

科研神器TBtools，拿来把你……

森言森语TBtools是一款优秀的生物信息学软件，也是我最早接触的生物信息学软件。从接触到现在差不多一年，边使用，边积累，算是学习路上的一款启蒙软件。
今日之森·2023-11-02 08:24

【生物信息学】单细胞RNA测序数据分析：计算亲和力矩阵（基于距离、皮尔逊相关系数）及绘制热图（Heatmap）

文章目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍三、实验内容0.导入必要的库1.读取数据集2.质量控制（可选）3.基于距离的亲和力矩阵4.绘制基因表达的Heatmap5.基于皮尔逊相关系数的亲和力矩阵6.代码整合一、实验介绍  计算亲和力矩阵，一般按照以下步骤进行：导入数据：加载单细胞RNA测序数据集。数据预处理：根据需要对数据进行预处理，例如基因过滤、归一化等。计算亲和力：使用合适
QomolangmaH·2023-11-02 05:04
上一页 4 5 6 7 8 9 10 11 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他