中科大生物信息学第11页

【计算机网络黑皮书】入门必学的基本网络知识

【事先声明】这是对于中科大的计算机网络的网课的学习笔记，感谢郑烇老师的无偿分享书籍是《计算机网络（自顶向下方法第7版）》需要的可以私信我，无偿分享，课程简介下也有B站链接目录网络核心电路交换端到端之间的带宽分配策略频分

Booksort·2023-10-02 19:46

【计算机网络黑皮书】应用层

【事先声明】这是对于中科大的计算机网络的网课的学习笔记，感谢郑烇老师的无偿分享书籍是《计算机网络（自顶向下方法第6版）》需要的可以私信我，无偿分享，课程简介下也有课程连接目录应用层网络应用的原理应用架构客户端

Booksort·2023-10-02 19:15

【生物信息学】计算图网络中节点的中心性指标：聚集系数、介数中心性、度中心性

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.生成邻接矩阵simulate_G:2.计算节点的聚集系数CC(G):3.计算节点的介数中心性BC(G)4.计算节点的度中心性DC(G)5.综合centrality(G)6.代码整合一、实验介绍本实验实现了计算图网络中节点的中心性指标，包括聚集系数、介数中心性、度中心性等二、实验环境本系列实验使用了

QomolangmaH·2023-10-02 16:12

【生物信息学】基因差异分析Deg（数据读取、数据处理、差异分析、结果可视化）

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具包1.定义一些阈值和参数2.读取数据normal_data.csv部分展示tumor_data.csv部分展示3.绘制箱型图4.删除表达量低于阈值的基因5.计算差异显著的基因6.初始化结果数据表格7.进行秩和检验和差异倍数计算8.可视化分析9.代码整合一、实验介绍本实验完成了基因差异分析，包括数据读取

QomolangmaH·2023-10-02 16:42

【生物信息学】使用HSIC LASSO方法进行特征选择

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.读取数据2.划分训练集和测试集3.进行HSICLASSO特征选择4.特征提取5.使用随机森林进行分类（使用所有特征）6.使用随机森林进行分类（使用HSIC选择的特征）：7.代码整合一、实验介绍本实验实现了HSICLASSO（Hilbert-SchmidtindependencecriterionL

QomolangmaH·2023-10-02 16:42

【生物信息学】使用谱聚类（Spectral Clustering）算法进行聚类分析

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.生成测试数据2.绘制初始数据分布图3.循环尝试不同的参数组合并计算聚类效果4.输出最佳参数组合5.绘制最佳聚类结果图6.代码整合一、实验介绍本实验实现了使用谱聚类（SpectralClustering）算法进行聚类分析二、实验环境本系列实验使用了PyTorch深度学习框架，相关操作如下（基于深度学

QomolangmaH·2023-10-02 16:10

Ubuntu 22.04换国内源清华源阿里源中科大源 163源

1、镜像下载官网Ubuntu系统下载|UbuntuUbuntu22.04下载,Ubuntu21.10下载,Ubuntu服务器下载，Ubuntu系统下载，Ubuntu官网系统下载，UbuntuOpenStackhttps://cn.ubuntu.com/download2、备份sources.list文件（可选）#/home/user/backup/为自定义备份路径sudocp/etc/apt/so

奈何不良人·2023-10-02 12:39

【人工智能导论】机器学习环境配置

Anaconda1、安装AnacondaAnaconda的安装：https://www.anaconda.com/Anaconda-国内镜像站在terminal上看到(base)说明安装已完成2、conda换源添加中科大源

rexhao_wmh·2023-10-02 10:27

Rocky linux8.8系统通过packstack安装OpenStack yoga版本

版本并安装安装packstackallinone一键部署openstack（不推荐，新手适用）通过应答文件部署（推荐，可部署多台和高可用）附录：CentOSSteam9配置阿里yum源附录：rocky8换中科大源为什么写这

上海一亩地·2023-10-02 08:29

Ubuntu中还换源 sudo apt-get update更新失败

sudoapt-getupdate更新失败1前提2编辑3换源1前提浏览器可以访问百度如下文章：VMware中虚拟机没网2编辑输入如下命令，进入换源文件：sudogedit/etc/apt/sources.list3换源中科大

悟道子HD·2023-10-01 17:11

支持向量机SVM：从数学原理到实际应用

LagrangeMultipliers）KKT条件核技巧（KernelTrick）双重问题和主问题（DualandPrimalProblems）四、代码实现数据预处理模型定义优化器选择训练模型评估模型五、实战应用文本分类图像识别生物信息学金融预测客户细分六

TechLead KrisChang·2023-10-01 13:54

Mac M1集成PyCharm + Python + Qt5环境以及碰到的问题和解决方案

1.1.1方法一：homebrew安装brewsearchanaconda问题-错误提示：zsh:commandnotfound:brew解决方法：mac安装homebrew，用以下命令安装，序列号选择中科大

阿琦Elliot·2023-10-01 12:34

2022年电子信息/通信工程保研|四非上岸浙大的保研之旅（浙大、中科大、哈工大、东南、南开、西电、成电等）

目录一、个人简介二、投递/面试情况三、保研准备四、面试经历（每个学院具体的入营/面试/录取情况在相应的链接里面）1、南开大学电子信息与光学工程学院（6.24）2、吉林大学通信工程学院（6.26）3、山东大学信息科学与工程学院（7.9）4、中南大学物理与电子学院（7.10）5、中国科学技术大学先进技术研究院（7.22）6、浙江大学工程师学院（8.5）7、东南大学信息科学与工程学院（8.21）8、哈工

小吴学长er·2023-10-01 11:10

用计算python两点之间的距离math_自学生信Python（第二天）|计算出两点之间的距离...

计算出两点之间的距离日常旁白：本人是一枚生物学的学生，由于对生物信息学特别感兴趣，于是想自学生物信息学（新手莫怪）。

weixin_39828859·2023-09-30 11:45

Python入门教程48：Pycharm永久镜像源的pip配置方法

镜像服务器地址：清华大学镜像站：https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/阿里云镜像站：https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/中科大镜像站

我的Python教程·2023-09-30 03:31

资优儿童的养成第一阶

她的孩子现在无锡天一中学的少初班（学习初三的知识，实际上是四年级的学生，天一的制度和普通中学不一样，是集成了一波同等优秀的孩子，不浪费时间在重复学习上，全能发展）这个学校相当厉害，和中科大少年班一样，属于万里挑一的群体

妮墨小姐·2023-09-30 03:14

C#，生信软件实践（01）——DNA序列数据库FASTA文件合并工具的源代码

1生物信息学简介生物信息学（BioInformatics）是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科

Trufferover·2023-09-29 23:11

2020-06-26 填报高考志愿的建议

第一梯队：清华、北大第二梯队：复旦、上海交大、浙大第三梯队：南京大学、西安交大、中科大、哈工大、人大、南京东南大学、天津南开大学二、填报高考志愿要考虑的因素填报高考志愿要考虑的因素分三类：城市、学校和专业

淘溪·2023-09-29 20:57

12 STRING蛋白互作数据库

string-db.org/STRING数据库是一个研究蛋白质之间相互作用的数据库，这种作用既包括蛋白质之间直接的物理的相互作用，也包括蛋白质之间间接的功能相关性除了实验数据外，STRING还包括了利用其它生物信息学方法预测得到的结果

油炸椒盐菠萝·2023-09-29 17:28

宏基因组数据资源 | Nature子刊发表来自人类肠道微生物组的204,938个参考基因组数据集

2020年7月，由欧洲分子生物学实验室欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）领导的国际合作研究团队在《NatureBiotechnology》发表了迄今为止最全面的人类肠道微生物组序列资源：统一的人类胃肠道基因组

尐尐呅·2023-09-29 17:14

图表示学习经典方法——GCN＆GAE

图表示学习在诸多应用领域都有广泛的应用，如社交网络分析、生物信息学、推荐系统等。

深度之眼·2023-09-29 16:11

2020-04-29 kali 2020镜像源-release文件已过期

什么中科大源，清华源等，最终采用浙大的源：debhttp://mirrors.zju.edu.cn/kalikali-rollingmaincontribnon-freedeb-srchttp://mirrors.zju.edu.cn

Jesse77169·2023-09-29 11:57

Ubuntu--更改国内镜像源（阿里、网易、清华、中科大）

maliao@ubuntu:~$sudogedit/etc/apt/sources.list[sudo]maliao的密码：输入密码回车即可将镜像地址更改为以下任意一个地址（下面提供了阿里，网易，清华，中科大镜像源地址

白菜先森·2023-09-29 10:07

生物信息学 | 富集分析

主要目标：理解这个代码的主要的思路。想分析一下老师的这个富集分析的主要的思路是什么？一行一行的理解这个代码。#GetcelltypemeanofeachgenecellTypeMeanxff[1]1348154456Levels:134568>ff[1]148154456Levels:134568>new_fnew_f[1]148154456Levels:14568这个的意思就是说，当我们剔除fa

今天也是个妖精头子呀·2023-09-28 23:10

KEGG 通路富集分析图解

KEGG通路富集分析KEGG数据库KEGG（京都基因和基因组百科全书）数据库是日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立了的生物信息学数据库。

荞麦agan·2023-09-28 23:05

【生物信息学】基因富集分析

目录1.导入必要的库2.定义一些变量3.计算富集分析的p值4.绘制概率质量函数图5.读取数据6.定义富集分析函数7.富集分析8.将结果保存到文件并打印DAVIDFunctionalAnnotationBioinformaticsMicroarrayAnalysis1.导入必要的库fromscipy.statsimporthypergeomimportnumpyasnpimportpandasasp

QomolangmaH·2023-09-28 23:02

复现《nature communications》图表（四）：ggplot画多组富集气泡图

setwd("F:/生物信息学")A%as.data.frame()%>%mutate(group=rep(c("cluster1","cluste

KS科研分享与服务·2023-09-28 04:58

GEO生信数据挖掘（一）数据集下载和初步观察

本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例目录GEOquery简介安装并加载GEOquery包getGEO函数获取数据（联网下载）更换下载数据源对数据集进行初步观察处理GEOquery简介GEOquery是一个在生物信息学中常用的

人工智能学术前沿（真)·2023-09-27 22:54

【Bioinfomatics】生物信息学名词积累

Motivation臭写代码的最近在搞生物信息相关的东西，拿来发现好多单位、名词都不知道是什么。记录一下方便自己和大家学习。单位bp（Basepair）：碱基对，用来表示DNA序列的长度。reads：读长，测序仪单次测序所得到的碱基序列名词cohortstudy：队列研究队列研究是将某一特定人群按是否暴露于某可疑因素或暴露程度分为不同的亚组，追踪观察两组或多组成员结局（如疾病）发生的情况，比较各组

小丫么小阿豪·2023-09-27 21:46

pip---中科大源

pip—中科大源实测在linux上中科大源最快-ihttps://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/

Ap21ril·2023-09-27 12:45

docker安装与配置docker镜像加速器

文章目录前言一、准备工作二、docker安装三、配置镜像加速器1.配置中科大镜像加速器2.配置阿里云镜像加速器前言我真的受不了虚拟机了，我电脑上有9个虚拟机，占了132G！！！

小雨凉如水·2023-09-27 07:11

通向 CNS 期刊的视觉之旅 | 生物信息学作图系列教程（一）

拿到数据，不知道如何快速地分析？面对结果，不知道用什么图更好地展示心中的想法？面对CNS期刊优雅的图，心中满是羡慕却不知从何下手？搜索了很多教程，却在安装时就被繁杂的安装步骤以及满屏的版本冲突劝退？众所周知，精美的图能让你的高质量期刊论文更上一层楼。为此，我们整理了一系列精美的作图教程，并配套了每一个教程所对应的环境，让你不但能轻松分析数据，还能一键出图！GOplot：画出差异表达基因富集结果No

·2023-09-26 19:54

2022-10-20晨间日记

今天是什么日子起床：8:20就寝：23:30天气：晴心情：平和纪念日：无任务清单昨日完成的任务，最重要的三件事：听力、文献阅读、英语作业、生物信息学作业改进：习惯养成：周目标·完成进度学习·信息·阅读健康

Wendy_0122·2023-09-26 11:46

又发现了一本对纯生信友好的期刊

该期刊主要对以下研究领域感兴趣，其中生物信息学排在第一位：Bioinfo

SCI狂人团队·2023-09-26 02:19

在线平台如何做单细胞测序分析全套？有它so easy!

专业生物信息学家也懂大家的痛，这不，单细胞测序数据兴起的时代，大佬们就在推出应对单细胞测序数据的在线工具，方便你我他。来来来，先看看大概长啥样：image.

医科研·2023-09-25 23:24

生物信息学2：VirtualBox & Bio-Linux

前言：上一篇文章讲到了利用Vmware虚拟机加载Bio-Linux，但有的小伙伴表示Vmware无法安装，也未见有效的错误提示，因此推荐第二款常用的老牌虚拟机软件——VirtualBox。1.VirtualBox下载与安装。该软件的安装比较简单，双击后根据提示一步步往下走即可。安装完毕后打开软件。2.导入及配置Bio-Linux（1）依次点击菜单栏的“管理”——“导入虚拟电脑”Figure1导入虚

了尘兰若·2023-09-25 22:39

windows11下Qt6.5开发环境安装及QT for Android环境搭建（含虚拟机的创建）

Qt安装：建议用中科大或清华的镜像下载在线安装器，官网的很慢。

映月星·2023-09-25 22:27

使用git-repo管理多个git仓库

谷歌官方源)gitclonehttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/git-repo(国内清华源)gitclonegit-repo-GitatGoogle(国内中科大源

paky_du·2023-09-25 07:48

Ubuntu 系统镜像地址

_凌浩雨·2023-09-25 00:58

科技让学习更高效，讯飞智能录音笔成为课堂明星

比如说时下非常流行的讯飞智能录音笔就是这样的一系列产品：从职场到校园，不同年龄层的用户都能够享受到讯飞智能录音笔所带来的高效便捷体验，其中科大讯飞旗下的两款智能录音笔已经成为了风靡课堂的“大明星”。

5d14b6b935da·2023-09-24 23:51

QT学习笔记

获取输入框内容qString字符串使用QString的转换qDebug命令行输出文本qMap字典QVariant万能类设置文本框显示内容QT安装下载在线安装器从官网下载在线安装器从国内镜像下载在线安装器a.中科大镜像

勇气的动力·2023-09-24 13:27

Debian初始化及软件安装

1.更换国内源sudovim/etc/apt/sources.list#添加内容到sources.list文件sudoapt-getupdate#Debian10buster#中科大源debhttp:/

qq_40395739·2023-09-24 12:54

Mac修改brew国内源以加快下载速度

镜像站：清华大学开源软件镜像站简介因为Homebrew默认的源是GitHub源，在国内因为你懂的原因，下载速度堪忧，顾考虑更换国内源，幸好中科大和清华都提供了brew源，因此我们考虑更换为这两个学校的brew

52Hetrz·2023-09-22 17:03

蛋白与小分子共价连接的dock方法

主要用到的工具是autodock4，如果对这一工具不是很熟悉的同学，可以先去看一下山东大学的生物信息学课程，它会介绍autodock4的图形化界面操作。本教程主要是在Linux系统下的实现方法。由于a

非儒·2023-09-21 23:49

用于化学和生物信息学的开源 Java 库：The Chemistry Development Kit (CDK)

化学开发工具包(CDK)是用于结构化学和生物信息学的免费开源Java库。

六月雨滴·2023-09-21 23:17

解决Qt-至少需要一个有效且已启用的储存库问题

手动添加临时储存库要定位一个储存有QT在线安装镜像的地址，这个地址可以从这里选择http://download.qt.io/static/mirrorlist/在这个网站，显示了各国的qt镜像站点，中国有四个，随便选一个中科大的站点击

asdsa12311·2023-09-21 21:11

【生物信息学】奇异值分解（SVD）

目录一、奇异值分解（SVD）二、Python实现1.调包np.linalg.svd()2.自定义三、SVD实现链路预测一、奇异值分解（SVD）SVD分解核心思想是通过降低矩阵的秩来提取出最重要的信息，实现数据的降维和去噪。ChatGPT:SVD（奇异值分解）是一种常用的矩阵分解方法，它可以将一个矩阵分解为三个矩阵的乘积：U、Σ和V^T。这里，U和V是正交矩阵，Σ是一个对角矩阵。SVD分解的详细过程

QomolangmaH·2023-09-21 20:56

信息时代下的生命科学

生物为重，信息为辅微分基因技术专家李河南老师详细向队员们介绍了什么是生物信息学，以及生物信息学的发展和应用。生物信息学是通过综

眀夏·2023-09-21 13:35

Linux&深度学习常用指令

conda镜像Conda环境配置国内镜像源中科大镜像源condaconfig--addchannelshttps://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/condaconfig

Chirmy·2023-09-21 09:08

动态规划DP【持续更新】

动态规划动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。

nirvana · rebirth·2023-09-21 01:00

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