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1.什么是动态规划动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP），是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法

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生物信息学和计算生物学中的扩散模型摘译李升伟1张俊鹏2（1.特趣生物科技有限公司，广东深圳；2.大理大学工学院，云南大理）去噪扩散模型包含一种生成人工智能,可应用于计算机视觉、自然语言处理和生物信息学。

有遗漏的题，大家在评论区告诉我，我去找细节：计算的题都是整数待更新~一、什么是生物信息学？你如何理解生物信息学的含义？

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Android源码下载在国内想下载Android要么科学上网，要么使用国内搭建的镜像，有清华镜像，中科大的镜像网站。

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目录0引言1概述1.1传输服务和协议1.2传输层vs网络层1.3Internet传输层协议TCP和UDP2多路复用、解复用2.1UDP的多路复用2.2TCP的多路复用3UDP3.1概述3.2UDP报文段3.3拓展：TCP报文段‍♂️作者：海码007专栏：计算机四大基础专栏其他章节：网络快速入门系列、计网概述、计网应用层详解、计网Web和HTTP、计网FTP、计网EMail、计网DNS、计网P2P标

在2014年中科大的徐博士用DNN直接

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FC值全拼FoldChangevalue，直译为差异的倍数，在生物信息学的分析中主要用于表示

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关注公众号，发现CV技术之美▊写在前面Transformer由于其强大的建模能力，目前在计算机视觉领域占据了重要的地位。在这项工作中，作者探究了Transformer的自注意（Self-Attention）模块是否是其实现图像识别SOTA性能的关键。为此，作者基于现有的基于MLP的视觉模型，建立了一个无注意力网络sMLPNet。具体来说，作者将以往工作中用于token混合的MLP模块替换为一个稀疏

其次，相比于使用国内镜像源，例如清华源（好像国内只有清华源，中科大的最终还是定向到清华源的），情况并没有好到哪去；通常是cudatoolkit和Pytorch这种比较大的包（几百MB）下载到一半就停住了

supasswdroot如果一些配置普通用户做不了就切换kali，或sudo+命令kali配置apt换源echo>/etc/apt/sources.listvim/etc/apt/sources.list​#中科大

让制造更高效、更智能、更可持续—智能制造学域时间：2023年11月16日（星期四）18:00报名链接：https://www.wjx.top/vm/mmukLPC.aspx#‍宣讲嘉宾：陈模军助理教授（中科大硕士校友

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

课程地址：山东大学生物信息学文章目录二、序列比较2.1认识序列2.2序列相似性2.3替换记分矩阵2.4序列两两比较：打点法2.5序列两两比较：序列比对法（定量）2.6一致性和相似度2.7在线双序列比对工具

学习目标理解使用ClustalW进行多重序列比对（MSA）的三个主要阶段；描述几种其他的多重序列比对（MSA）程序，了解他们的工作原理，比对它们与ClustalW的异同；理解进行基准研究的重要性，并且理解关于MSA的几个基本结论；理解关于基因组区域的MSA的几个问题。6.1引言本章探讨MSA的一般性问题介绍MSA的五种方法；认识用于MSA的数据库，比如Pfam；讨论基因组DNA的多重序列比对。多重

5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题有相应的算法解决DNA序列之间的小差异，如SNP位点用标准集去评估基因组比对效果时使用序列进化随机模型（ROSE）软件包船舰一个模拟序列集进行测试，可

5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题有相应的算法解决DNA序列之间的小差异，如SNP位点用标准集去评估基因组比对效果时使用序列进化随机模型（ROSE）软件包船舰一个模拟序列集进行测试，可

目录蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)穿线法从头预测（abinitio）基于假设推荐策略精度与方法选择Alphafold2相关信息蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)建模4步骤1.模板选择和确定折叠构象通过blast或delta-blast搜索同源蛋白质序列或结构，识别保守和可变区域。常用查询数据库:PDB数据库：https://www.rcsb.org/CATH：http://ca

5.4谱搜索：隐马尔可夫模型（HMMs）谱隐马尔可夫模型在生成用于识别远缘序列相似度的位置特异性打分系统时，比PSSMs更通用，如语音检测，声纳等一系列信号检测问题；在生信领域，HMMs已经被用于各式各样的应用：序列比对、蛋白质结构预测、蛋白质跨膜区域预测、染色体拷贝数变化分析和基因发现算法等；优势：谱HMMs是一个概率模型，它评估在比对中的一个给定位点上发生匹配、错配、插入和确实（空位）的可能性

5.3寻找远缘相关蛋白质：位置特异性迭代BLAST（PSI-BLAST）和DELTA-BLASTPAM250矩阵给探测远缘相关蛋白质提供了一个更好的打分系统，可以改变打分矩阵来检测远缘蛋白质，但仍然有局限性：BLASTP检测到匹配蛋白，但是否同源并不明确。PSI-BLAST更深入地搜索数据库，以发现一个与你感兴趣地蛋白远缘相关的匹配蛋白。比对的5个步骤：使用某个打分矩阵对查询序列在一个目标数据库中

学习目标学会在NCBI网站上进行BLAST搜索理解BLAST各个参数的用途理解BLAST搜索的三个步骤（整理，扫描/延伸，回溯）;理解BLASTE值和分数的数学关系；阐明BLAST搜索的策略引言基本局部比对搜索工具（BLAST）是NCBI的一个主要工具，可用来将一个蛋白质或者DNA序列与各种数据库中其他序列进行比对。应用：通过蛋白质/核酸序列，寻找一只的直系同源和旁系同源序列通过特定物种，确定其存

BLAST算法使用局部比对搜索的策略BLAST算法组成部分：列表、扫描、延伸BLASTP算法可以描述为以下3个阶段蛋白质搜索中，BLAST编译一个初步的两两比对序列，称为字段对BLASTP算法编译了一个由查询序列生成的固定长度为w的字段列表。使用比对序列的分数建立一个阈值T。BLASTP字段大小默认为3（BLASTN为11），则20种氨基酸可能字段共有8000个。修改“字段大小”参数可以修改查询时

学习目标定义位置特异性打分矩阵（PSSM）；解释位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度；描述谱隐马尔可夫模型（HMMs）并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势；解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度；描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的。引言第四章介绍了BLAST，BLAST搜索可以有很多种用途，

Dayhoff模型第一步：可接受点突变（PAM）概念：在蛋白质被自然选择接受的单个氨基酸替换满足情况：基因发生DNA变异，使得基因编码另一种不同氨基酸整个种群都接受这种变化，改变后的蛋白质作为种群内蛋白质的优势形式可被接受的点突变：基于经验统计的保守性替换使用系统发育分析，将它们与推断的共同祖先进行比对。基于经验观察的氨基酸替换结果，描述了任意一对氨基酸对比对在一起的频率。第二步：氨基酸出现的频率

2.7基因组浏览器三个主流基因组浏览器：Ensemble、UCSC和NCBI基因组组装定义：所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。内容：对基因组的注释，如起止位点、外显子、DNA重复元件或其他基因组特征。基因组参照联盟（GRC）维护人类、小鼠和斑马鱼的参考基因组。对基因组组装需要明确几点：每个染色体的起止位置是什么基因组序列中包括多少gap区域，能否被弥补？基因组上的结构变异位

文章目录DNA和RNA的组成基因蛋白质中心法则DNA的复制DNA到mRNA转录蛋白质的剪接蛋白质的折叠突变与多态性组学转录组蛋白质组代谢组组学数据简介表观遗传复杂生物网络影像组主要研究内容介绍多序列比对全局序列比对动态规划算法(DynamicProgrammingAlgorithm)分治法(DivideandConquerMethods)SP方法(SumofPairsMethods)累进方法(Pr

这一章之前在博客中就有过介绍。这里是查漏补缺。运用全局比对的主要优势在于对具有高度同源性的序列进行优化，这在以已知三维结构的同源性序列为基础对未知序列的三维结构进行预测的模型构建中是十分有用的。局部比对适合用于哪些在其全长中具有局部的小同源性片段的序列比较，一般用于特定序列位点、结构域及其他类型重复序列的搜索，同时它在发现数据库中待分析序列的同源序列过程中也有重要意义。相似性（similarity

学习目标理解同源（包括直系和旁系同源）的含义；阐释如PAM（可被接受的点突变）矩阵的生成方法；比较PAM和BLOSUM打分矩阵的用途；理解动态规划定义，并解释全局和局部序列比对算法是如何工作的；在NCBI网页上进行蛋白质或DNA的双序列比对3.1引言当完成对多个物种的基因组测序后，一个重要的工作室找到特定物种内和物种之间的蛋白质在进化上的相关性。序列水平的相关表明两个蛋白质同源具有相似或者相同的功

目录6.4多重序列比对数据库6.5基因组区域的多重序列比对6.6展望6.7常见问题总结6.4多重序列比对数据库Pfam：基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库SMART：简易分子构型研究工具，与细胞信号传导、细胞外结构域以及染色质功能相关的蛋白质家族数据库保守结构域数据库（CDD）：基于序列或文本对Pfam和SMART进行查询，鉴别序列中的保守结构域多序列比对数据库整合平台：InterPro和

个人简介王超，男，出生于1985年8月，中国科大计算机学院副教授，软件学院副院长。分别于2006、2011年在中国科学技术大学计算机学院获得学士、博士学位，曾于2015-2016在美国加州大学圣塔芭芭拉分校担任访问学者。主持参加国家自然科学基金、国家重点研发计划课题、装发重大专项课题、中科院先导项目课题等多项国家和省部级科研项目。在TPDS、TC、TCAD、MICRO、RTSS等高水平学术期刊和会

文本文件是生物信息学中应用非常广泛的文本格式，甚至可以说是最重要的文件格式，比如常见的测序下机数据Fastq、参考基因组保存格式Fasta、比对文件SAM，以及突变列表VCF，它们都是文本文件。

版本：操作系统：CentOS7.9开源镜像站:阿里云开源镜像站：https://mirrors.aliyun.com/网易开源镜像站：https://mirrors.163.com/中科大开源镜像站：https

添加源在sources.list文件末尾添加debhttp://archive.ubuntu.com/ubuntu/trustymainuniverserestrictedmultiverse国内源：#中科大源

Volcano是CNCF下首个也是唯一的基于Kubernetes的容器批量计算平台，主要用于高性能计算场景，提供了机器学习、深度学习、生物信息学、基因组学及其他大数据应用所需要而Kubernetes当前缺失的一系列特性

HMMER用于生物信息学中的蛋白质和核酸序列比对任务，例如蛋白质家族分类、序列相似性搜索等。HHR文件是HMMER比对结果的一种输出格式，它包含了与序列比对相关的信息。

在生物信息学中，有多种文件格式用于存储多序列比对的结果，其中包括Stockholm(.sto)和A3M(.a3m)格式。

相关背景DNA结构DNA分子的一级结构：A,C,G,T四种核苷酸的线性多聚体；DNA分子由两条互相平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成；DNA分子中的脱氧核糖和磷酸交替连接，排在外侧，碱基排列在内侧；两条链上的碱基通过氢键想结合，形成碱基对于腺膘呤(A)总是与胸腺嘧啶(T)配对、鸟膘呤(G)总是与胞嘧啶©配对，这说明两条链的碱基顺序是彼此互补的中心法则遗传信息从DNA传递给RNA，再从RNA传递给蛋白质，

中科大debhttps://mirrors.ustc.edu.cn/debian/stretchmainnon-freecontribdebhttps://mirrors.ustc.edu.cn/debian

，支持linux,mac,windows系统，提供了包管理和环境管理的功能，Anaconda是一个打包的集合，里面装好了conda，某个版本的python，众多的packages等，科学计算工具等下载中科大镜像

时间：2023年11月14日（星期二）16:00地点：华中科技大学大学生活动中心A座603‍宣讲嘉宾：赵航助理教授（华中科大本、硕校友，香港城市大学博士）报名表直达：https://www.wjx.top

2005年毕业于中科大少年班，2010年获

官网安装二、使用步骤前言刚入手一台Mac笔记本，没有啥配置，需要使用脚本安装一些软件或者插件需要使用brew，好记性不如烂笔头，顺手记录下安装过程一、brew安装1、brew镜像安装脚本该安装脚本用了中科大镜像加速访问

材料：Anaconda3-5.3.1、PyCharm-community-2022.1步骤：1.安装Anaconda：安装包来源：清华大学镜像网站（中科大镜像已关闭）https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn

这是鄙人写的第一篇博客，还有许许多多的问题，希望大家多多指正目录生物信息学与NLP是什么？什么是生物信息学？什么是NLP？生物信息学和NLP有何关联？

一，修改homebrew源为中科大源查看当前源$git-C"$(brew--repo)"remote-v$git-C"$(brew--repohomebrew/core)"remote-v$git-C"