生物信息学论文阅读笔记

论文阅读笔记——MAGICDRIVE: STREET VIEW GENERATION WITH DIVERSE 3D GEOMETRY CONTROL

MagicDrive论文MagicDrive通过对3D数据和文本数据的多模态条件融合和隐式视角转换，实现了高质量、多视角一致的3D场景生成。几何条件编码Cross-attention：针对顺序数据，适合处理文本标记和边界框等可变长度输入。Additiveencoderbranch：对于地图等网络状规则数据，能够有效保留空间结构。对于文本按照模版构建：“Adrivingsceneat{locatio

寻丶幽风·2025-03-23 22:02

2025.03.22【读书笔记】| fastq-multx：高效barcode拆分数据解决工具

`fastq-multx`的特点2.安装方式通过源代码编译安装使用包管理器安装3.使用命令基本命令高级参数设置结语1.工具介绍在生物信息学的世界里，工具的选择至关重要。

穆易青·2025-03-22 19:26

GS-SLAM论文阅读笔记-MGSO

前言MGSO首字母缩略词是直接稀疏里程计(DSO)，我们建立的光度SLAM系统和高斯飞溅(GS)的混合。这应该是第一个前端用DSO的高斯SLAM，不知道这个系统的组合能不能打得过ORB-SLAM3，以及对DSO会做出怎么样的改进以适应高斯地图，接下来就看一下吧！GishelloG^s_ihelloGishello我是红色文章目录前言1.背景介绍2.关键内容2.1SLAMmodule2.2Dense

zenpluck·2025-03-21 17:29

R语言绘图 | 环状柱状图+散点柱状组合图绘制

原文：R语言绘图|环状柱状图+散点柱状组合图绘制(点击访问)小杜的生信筆記，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!

小杜的生信筆記·2025-03-19 12:11

计算基因组学需要计算机知识吗,生物信息学——计算基因组学的一些参考书

有两个都可以在新浪爱问资料Bioinformatics.For.Dummies.2nd.Ed.2007.pdfAnIntroductiontoBioinformaticsAlgorithms.pdf另外看到Virginia大学的一些课程The2012ComputationalGenomicsCoursehasbeenrescheduledtoNovember28-December4,2012用mo

weixin_39610422·2025-03-18 22:43

Python在生物信息学中的应用：基因组学与蛋白质组学

摘要：本文主要介绍了Python在生物信息学中的应用，特别是在基因组学和蛋白质组学领域。文章详细讲述了各个原理，并以代码实例展示了实际应用。

PyTechShare·2025-03-17 23:34

论文阅读笔记——QLORA: Efficient Finetuning of Quantized LLMs

QLoRA论文4-bit标准浮点数量化常见的量化技术是最大绝对值量化：XInt8=round(127absmax(XFP32)XFP32)=round(cFP32,XFP32)式(1)X^{Int8}=round(\frac{127}{absmax(X^{FP32})}X^{FP32})=round(c^{FP32},X^{FP32})\qquad\qquad\text{式(1)}XInt8=ro

寻丶幽风·2025-03-16 08:15

数组中最长递增子序列问题的深入研究

二分查找优化四、算法设计4.1动态规划算法4.2二分查找优化算法4.3代码实现（Python）4.4代码解释五、复杂度分析5.1动态规划算法复杂度5.2二分查找优化算法复杂度六、实际应用6.1数据分析6.2生物信息学

cloudman08·2025-03-16 01:24

基于多模态大模型的不完整多组学数据特征选择策略

基于多模态大模型的不完整多组学数据特征选择策略是当前生物信息学和精准医学领域的一个前沿问题。

m0_65156252·2025-03-13 18:17

论文阅读笔记：Graph Matching Networks for Learning the Similarity of Graph Structured Objects

论文做的是用于图匹配的神经网络研究，作者做出了两点贡献:证明GNN可以经过训练，产生嵌入graph-leve的向量可以用于相似性计算。作者提出了一种新的基于注意力的跨图匹配机制GMN(cross-graphattention-basedmatchingmechanism)，来计算出一对图之间的相似度评分。（核心创新点）论文证明了该模型在不同领域的有效性，包括具有挑战性的基于控制流图(control

游离态GLZ不可能是金融技术宅·2025-03-13 01:07

论文阅读笔记——π0: A Vision-Language-Action Flow Model for General Robot Control

π0论文π0π_0π0是基于预训练的VLM模型增加了actionexpert，并结合了flowmatching方法训练的自回归模型，能够直接输出模型的actionchunk（50）。π0采用FlowMatching技术来建模连续动作的分布，这一创新使模型能够精确控制高频率的灵巧操作任务，同时具备处理多模态数据的能力。架构受到Transfusion的启发：通过单一Transformer处理多目标任务

寻丶幽风·2025-03-13 01:33

论文阅读笔记——Learning Fine-Grained Bimanual Manipulation with Low-Cost Hardware

ALOHA论文ALOHA解决了策略中的错误可能随时间累积，且人类演示可能是非平稳的，提出了ACT（ActionChunkingwithTransformers）方法。ActionChunking模仿学习中，compoundingerror是致使任务失败的主要原因。具体来说，当智能体（agent）在测试时遇到训练集中未见过的情况时，可能会产生预测误差。这些误差会逐步累积，导致智能体进入未知状态，最终

寻丶幽风·2025-03-10 09:09

生物信息学工作流（Bioinformatics Workflow）：概念、历史、现状与展望？

李升伟整理1.引言生物信息学工作流是指通过一系列计算步骤和工具，对生物学数据进行处理、分析和解释的系统化流程。

lisw05·2025-03-08 06:22

Self-Attentive Sequential Recommendation论文阅读笔记

SASRec论文阅读笔记论文标题：Self-AttentiveSequentialRecommendation发表于：2018ICDM作者：Wang-ChengKang,JulianMcAuley论文代码

调包调参侠·2025-03-05 06:39

论文阅读笔记2

OptimizingMemoryEfficiencyforDeepConvolutionalNeuralNetworksonGPUs1论文简介作者研究了CNN各层的访存效率，并揭示了数据结构和访存模式对CNN的性能影响。并提出了优化方法。2方法介绍2.1Benchmarks数据集：MNIST，CIFAR，ImageNetCNN：AlexNet，ZFNet，VGG2.2实验设置CPU：IntelXe

sixfrogs·2025-03-03 03:59

大模型隐空间推理论文阅读笔记

文章目录TrainingLargeLanguageModelstoReasoninaContinuousLatentSpace一.简介1.1摘要1.2引言TrainingLargeLanguageModelstoReasoninaContinuousLatentSpace一.简介机构：Meta代码：任务:特点:方法:1.1摘要现状：大语言模型往往局限在“languagespace"进行推理，在解决

猴猴猪猪·2025-03-03 03:57

【网安AIGC专题】46篇前沿代码大模型论文、24篇论文阅读笔记汇总_大模型在代码缺陷检测领域的应用实践(1)

本系列文章不仅涵盖了46篇关于前沿代码大模型的论文，还包含了24篇深度论文阅读笔记，全面覆盖了代码生成、漏洞检测、程序修复、生成测试等多个应用方向，深刻展示了这些技术如何在网络安全领域中起到革命性作用。

2401_84972910·2025-03-03 02:24

论文阅读笔记——Prediction with Action: Visual Policy Learning via Joint Denoising Process

以前的method是输入视频输出视频或者输入视频和action学习action，该方法认为action，video和othercondition具有一定联系，所以一次性对所有的进行jointdenoise。网络结构采用MaskedMulti-headAttention关联不同模态，使用DiT的backbone。

寻丶幽风·2025-02-28 21:15

深度学习重要论文阅读笔记 ResNet （2025.2.26）

文章目录问题背景数据预处理神经网络模型模型性能知识点积累英语单词积累问题背景随着神经网络变得更深（层数变多），模型的训练过程也会变得更加困难。当神经网络的深度增加，就会出现梯度消失和梯度下降现象，妨碍模型的收敛。不过，这种情况可以通过归一化的模型初始化和中间的归一化层基本解决。但是，尽管在增加了归一化技术的情况下很深的神经网络可以收敛，又出现了另外一个问题，即随着模型深度的增加，模型的准确率反而下

北岛寒沫·2025-02-27 16:50

LM_Funny-2-01 递推算法：从数学基础到跨学科应用

Gauss同余递推4第二章工程实现优化技术2.1内存压缩的革新方法滚动窗口策略分块存储技术2.2异构计算加速方案GPU并行递推量子计算原型第三章跨学科应用案例3.1密码学中的递推构造混沌流密码系统3.2生物信息学的序列分析

王旭·wangxu_a·2025-02-27 01:25

论文阅读笔记1——DARTS：Differentiable Architecture Search可微分架构搜索（一）（论文翻译学习）

DARTS：DifferentiableArchitectureSearch可微分架构搜索（一）DARTS：DifferentiableArchitectureSearch（一）ABSTRACT摘要1.INTRODUCTION介绍2.可微的结构搜索加油加油！如果你感觉你现在很累，那么恭喜你，你现在正在走上坡路！让我们一起加油！欢迎关注我的讲解视频，让我们一起学习：Bilibili主页：https:

fuhao7i·2025-02-25 05:37

R语言安装生物信息数据库包

R语言安装生物信息数据库包在生物信息学领域，R语言是重要的数据分析工具。今天，我们就来聊聊在R语言环境下，安装生物信息数据库包（org.*.*.db）的步骤。

Bio Coder·2025-02-23 04:50

【CCM-SLAM论文阅读笔记】

CCM-SLAM论文阅读笔记整体框架结构如图所示：单智能体只负责采集图像数据，运行实时视觉里程计VO以估计当前位姿和环境地图，由于单智能体计算资源有限，负责生成的局部地图只包含当前N个最近的关键帧。

随机取名字·2025-02-22 02:07

基于python使用scanpy分析单细胞转录组数据

Loompy的设计目标是提供一个快速、灵活且易于使用的工具，以支持生物信息学家和研究人员在单细胞水平上进行数据分析。python的单细胞转录组数据结构说明：da

探序基因·2025-02-20 15:26

【论文阅读笔记|EMNLP2023】DemoSG: Demonstration-enhanced Schema-guided Generation for Low-resource Event Ext

论文题目：DemoSG:Demonstration-enhancedSchema-guidedGenerationforLow-resourceEventExtraction论文来源：EMNLP2023论文链接：2023.findings-emnlp.121.pdf(aclanthology.org)代码链接：https://github.com/GangZhao98/DemoSG0摘要当前大多数

Rose sait·2025-02-10 03:57

Perl 语言入门学习指南：探索高效脚本编程的奥秘

自1987年诞生以来，Perl凭借其灵活性、强大的内置功能库和广泛的社区支持，在Web开发、生物信息学、网络管理等多个领域发挥着重要作用。

我的运维人生·2025-02-09 16:03

gseapy python包GO、KEGG富集(注释)分析

gseapy.readthedocs.io/en/latest/gseapy_example.html#Over-representation-analysis-by-Enrichr-web-services简介：富集分析是一种常见的生物信息学分析方法

loong_XL·2025-02-09 05:39

神经网络压缩实验-Deep-compression

首发于个人博客，结合论文阅读笔记更佳实验准备基础网络搭建为了实现神经网络的deepcompression，首先要训练一个深度神经网络，为了方便实现，这里实现一个两层卷积+两层MLP的神经网络classnet

无用技术研究所·2025-02-08 11:06

Java 大视界 -- Java 大数据在生物信息学中的应用与挑战（67）

亲爱的朋友们，热烈欢迎来到青云交的博客！能与诸位在此相逢，我倍感荣幸。在这飞速更迭的时代，我们都渴望一方心灵净土，而我的博客正是这样温暖的所在。这里为你呈上趣味与实用兼具的知识，也期待你毫无保留地分享独特见解，愿我们于此携手成长，共赴新程！一、欢迎加入【福利社群】点击快速加入：青云交灵犀技韵交响盛汇福利社群点击快速加入2：2024CSDN博客之星创作交流营（NEW)二、本博客的精华专栏：大数据新视

青云交·2025-02-06 18:57

三甲医院大型生信服务器多配置方案剖析与应用（2024版）

一、引言1.1研究背景与意义在当今数智化时代，生物信息学作为一门融合生物学、计算机科学和信息技术的交叉学科，在三甲医院的科研和临床应用中占据着举足轻重的地位。

Allen_LVyingbo·2025-02-02 09:41

Python3 【集合】项目实战：3 个新颖的学习案例

李智 - 重庆·2025-01-30 14:09

AI人工智能深度学习算法：在生物信息学中的应用

AI人工智能深度学习算法：在生物信息学中的应用关键词：人工智能、深度学习、生物信息学、基因组学、蛋白质结构预测、药物发现、个性化医疗文章目录AI人工智能深度学习算法：在生物信息学中的应用1.背景介绍2.

AI大模型应用之禅·2025-01-27 16:52

论文阅读笔记（9）——《A Practical Survey on Faster and Lighter Transformers》

1Abstract2Introductionrecurrentneuralnetworks(RNNs)longshort-termmemory(LSTM)networksequencetosequenceframeworkinter-attentionrelativeeffectivecontextlength(RECL)Transformer3TransformerA.EncoderB.Deco

StriveQueen·2025-01-26 08:32

Spark GraphX原理与代码实例讲解

SparkGraphX原理与代码实例讲解作者：禅与计算机程序设计艺术/ZenandtheArtofComputerProgramming1.背景介绍1.1问题的由来随着互联网和大数据技术的迅猛发展，社交网络、推荐系统、生物信息学

AI大模型应用之禅·2025-01-22 07:34

论文阅读笔记：AI+RPA

文章目录论文题目下载地址论文摘要论文题目Challengesandopportunities:ImplementingRPAandAIinfrauddetectioninthebankingsector下载地址点击这里下载论文摘要在银行业中，将机器人流程自动化（RPA）和人工智能（AI）集成用于欺诈检测是一项重大变革，既带来了挑战，也带来了机遇。随着金融机构面临日益复杂的欺诈企图，RPA和AI成为

几道之旅·2025-01-21 07:06

R语言的计算机基础

它被广泛应用于统计学、数据科学、生态学、生物信息学等多个领域。由于其强大的功能和灵活性，R语言在学术界和工业界都得到了广泛的认可和应用。

java熊猫·2025-01-18 06:23

Web APP 阶段性综述

在医学与生物信息学领域，WebAPP扮演着重要角色。在生物信息学领域，诸多工具以WebAPP的形式呈现，相较之下，医学领域的此类应用数量相对较少。

预测模型的开发与应用研究·2025-01-18 00:09

论文阅读笔记（十九）：YOLO9000: Better, Faster, Stronger

WeintroduceYOLO9000,astate-of-the-art,real-timeobjectdetectionsystemthatcandetectover9000objectcategories.FirstweproposevariousimprovementstotheYOLOdetectionmethod,bothnovelanddrawnfrompriorwork.Theim

__Sunshine__·2024-09-11 21:59

论文阅读笔记: DINOv2: Learning Robust Visual Features without Supervision

DINOv2:LearningRobustVisualFeatureswithoutSupervision论文地址:https://arxiv.org/abs/2304.07193代码地址:https://github.com/facebookresearch/dinov2摘要大量数据上的预训练模型在NLP方面取得突破，为计算机视觉中的类似基础模型开辟了道路。这些模型可以通过生成通用视觉特征(即无

小夏refresh·2024-09-11 20:50

【机器学习】朴素贝叶斯方法的概率图表示以及贝叶斯统计中的共轭先验方法

朴素贝叶斯方法的概率图表示1.1节点表示1.2边表示1.3无其他连接1.4总结二、朴素贝叶斯的应用场景2.1文本分类2.2推荐系统2.3医疗诊断2.4欺诈检测2.5情感分析2.6邮件过滤2.7信息检索2.8生物信息学三

Lossya·2024-09-07 19:33

SAFEFL: MPC-friendly Framework for Private and Robust Federated Learning论文阅读笔记

SAFEFL:MPC-friendlyFrameworkforPrivateandRobustFederatedLearning适用于私有和鲁棒联邦学习的MPC友好框架SAFEFL，这是一个利用安全多方计算(MPC)来评估联邦学习(FL)技术在防止隐私推断和中毒攻击方面的有效性和性能的框架。概述传统机器学习（ML）：集中收集数据->隐私保护问题privacy-preservingML(PPML)采

慘綠青年627·2024-09-06 10:44

零基础入门生信数据分析——导读

零基础入门生信数据分析——导读生信数据分析，即生物信息学数据分析，是一个涵盖了生物学、计算机科学、数学和统计学等多个领域的交叉学科。

呆猪儿·2024-09-06 02:32

A Tutorial on Near-Field XL-MIMO Communications Towards 6G【论文阅读笔记】

此系列是本人阅读论文过程中的简单笔记，比较随意且具有严重的偏向性（偏向自己研究方向和感兴趣的），随缘分享，共同进步~论文主要内容：建立XL-MIMO模型，考虑NUSW信道和非平稳性；基于近场信道模型，分析性能（SNRscalinglaws，波束聚焦、速率、DoF）XL-MIMO设计问题：信道估计、波束码本、波束训练、DAMXL-MIMO信道特性变化：UPW➡NUSW空间平稳–>空间非平稳（可视区域

Cc小跟班·2024-09-03 08:22

NCBI BLAST+：分析生物内在编码的工具

在生物信息学的广阔领域中，NCBI（NationalCenterforBiotechnologyInformation，美国国立生物技术信息中心）开发的BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool

belldeep·2024-09-02 23:52

【图论简介】

图论在计算机科学、网络理论、优化问题、生物信息学等多个领域都有广泛的应用。本文将简要介绍图论的基本概念、常见算法及其在实际中的应用。

WA-自动机·2024-09-02 13:26

能力越小责任越小YA·2024-09-02 00:37

Your Diffusion Model is Secretly a Zero-Shot Classifier论文阅读笔记

YourDiffusionModelisSecretlyaZero-ShotClassifier论文阅读笔记这篇文章我感觉在智源大会上听到无数个大佬讨论，包括OpenAISora团队负责人，谢赛宁，好像还有杨植麟

Rising_Flashlight·2024-09-01 20:46

生信圆桌：专业生信服务器与平台服务的提供者

生信圆桌是一个专注于提供生物信息学（生信）服务器和平台服务的领先企业，致力于为全球科研机构、企业和独立研究者提供高性能的生信分析解决方案。

生信圆桌x生信云服务器·2024-08-31 03:45

用Python实现生信分析——基序（Motif）识别详解

在生物信息学中，基序（Motif）是指在生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）中具有特定功能或结构的短序列片段。基序通常在生物进化中得到保留，因为它们在生物学功能中起着重要作用。

写代码的M教授·2024-08-28 08:19

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