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Assays
CUTANA™ CUT&RUN
Assays
——实现超敏基因组定位
蛋白质和核酸是构成生命体最为重要的两类生物大分子,二者间的相互作用一直是分子生物学研究的中心问题之一。研究细胞内蛋白质-DNA相互作用的常用方法是染色质免疫沉淀(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP),同时ChIP还常被用于确定基因组上与组蛋白修饰相关的特定位点(即组蛋白修饰酶的靶标)。但是由于ChIP存在高细胞需求量、技术难度大、成本高、深度测序、数据质量差以及变量
Neobioscience
·
2024-01-22 11:14
CUTANA
CUT
RUN
Assays
表观遗传学
Seurat用自定义的 cell type 做差异表达
//Rcodemarkers%dplyr::glimpse()Formalclass‘Seurat’[package“SeuratObject”]with13slots…@
assays
:Listof1…
Janine_1991
·
2023-12-21 01:19
R
生物信息
r语言
空转旋转 seurat spatial rotate 图片 翻转 数据结构 对象 seurat的空转数据存储
如果取的一级结构
Assays
的下属内容:无差别>class(pbmc[['RNA']])[1]"Assay"attr(
Young.Dr
·
2023-10-11 11:44
windows
seurat to h5ad scanpy anndata对象转换20231004seurattoscanpyseuratscanpy
#在R中把数据导出成scanpy可以读取的格式geneinfocellinfocounts###geneinfo=All.merge@
assays
$RNA@meta.features#write.csv
Young.Dr
·
2023-10-04 17:44
服务器
前期自学Java之Arrays篇及JDK帮助文档的下载
Assays
数组的工具类java.util.Arrays一.数组的简介由于数组对象本身并没有什么方法可以提供给我们调用,但API中提供了一个工具类Arrays供我们使用,从而可以对数组对象进行一些基本的操作
Why_so_serious_Y
·
2023-08-06 23:14
java
开发语言
R package:理解Seurat的 S4类(二)
pbmc.data)2创建对象pbmc<-CreateSeuratObject(counts=pbmc.data,project="pbmc3k",min.cells=3,min.features=200)pbmc@
assays
佳名
·
2023-06-26 09:08
Seurat取子集时会用到的函数和方法
一、Seurat数据格式首先我们需要先对Seurat生成的数据格式有所了解:单细胞数据格式思维导图图片来源:周运来老师的:为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据解释:
Assays
默认情况下,Seurat
BINBINCC
·
2023-02-19 02:20
单细胞S4 对象学习
/osca.bioconductor.org/data-infrastructure.html整体的sce对象内部数据结果如图:image.png这个对象主要包括rowData/rowRanges,,
assays
caokai001
·
2022-02-10 02:09
R变量索引 - 什么时候使用 @或$
str函数是我们的好帮手,清晰展示对象层级结构和索引方式,如下,对应名字前出现@则用@索引(比如pbmc@
assays
),有则用则用则用索引(如pbmc@
assays
$RNA)。
生信宝典
·
2020-06-24 21:18
R
Week 1 Transcription and
Assays
-Mechanism of Bacterial Transcription
别人的笔记http://mooc.guokr.com/note/19064/Lecture1:TranscriptionandAssaysSegment1:IntroductiontoTranscription研究转录需要搞清:RNA聚合酶如何识别基因(特异性)和一个基因该以什么频率进行转录(效率)。第一部分分子生物学原理内容回顾ApromoteristhesitethatdirectsRNApo
英天
·
2020-02-21 00:14
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