Ensembl

高通量测序数据处理学习记录（零）：NGS分析如何选择合适的参考基因组和注释文件

ENSEMBL的命名规则则是采用GRCh/m的方式，GRCh37对应hg19，hg38对应GRCh38。现阶段的话，我个人比较推崇从ENS
面面的徐爷·2020-02-13 17:55

lncRNA项目的实战-第三步

www.jianshu.com/p/498b8ff29e7estep3:找到参考基因组文章里面说的很清楚，物种是Macacamulatta，很容易谷歌搜到它的参考基因组及注释文件http://asia.ensembl.org
生信技能树·2020-02-13 01:48

perl模块安装

今天又有小伙伴微信问我perl模块安装的问题，因为ENSEMBL发布的大多数数据库以及软件都是基于perl的，尤其是分量很重的VEP，所以即使你再如何如何的讨厌perl，也不得不与之打交道。
生信技能树·2020-02-11 11:10

数据库汇总

故本章首先介绍常用的参考基因组和注释文件，然后介绍生物信息常用的数据库资源如：NCBI，Ensembl，UCSC，ENCODE，GENCODE，TCGA，1000GENOME。
oddxix·2020-02-05 10:50

2020.2.2 R语言|Practice2

Jimmy生信技能树B站P7-P10（课上积累）二、R语言初级练习题目三道代码过程三、Markdown和RMarkdown的学习网站收藏R语言初级练习题目三道代码过程根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl
哈喽迷人鬼们·2020-02-03 22:34

统计 | 结合clusterProfiler理解GO富集分析

原genelist是entrezID，直接通过bitr转换成ensembl和symbol，分别做enrichGO。发现entrezedID可能对应多个ENSEMBL的。entre
琼脂糖·2020-01-05 18:22

转录组PCR去重

查看行数grep'^@'ctr.R1.fq|sort|uniq|wc-l27787625也就是乘以四后的行数，即fq的name不会重比对：index=/media/pc/disk1/sun/refdata/ensembl_GRCm38
苏牧传媒·2019-12-25 08:09

【测序实验】如何从UCSC、RefSeq、Ensembl中下载参考基因组序列

以人类参考hg38为例，介绍基因组及注释文件格式一、hg38在三大基因组数据库中的主页1.UCSC进入UCSC官网下载页面》拉到Dec.2013(GRCh38/hg38)页面》选择Fulldataset》点击下载hg38.fa.gzhttp://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz同时，也可以通过hg38基因组浏览器页
leadingsci·2019-12-22 07:50

jcvi.apps里的fetch模块使用介绍

但是教程资料目前看起来并不多，因此为了能让更多人用上那么好用的工具，我就一边探索，一边写教程fetch模块里封装了好几个数据库的下载方式bisect:搜索给定accession的版本，（目前没想到怎么用）ensembl
徐洲更hoptop·2019-12-15 00:00

biomaRt:基因类型转换R包使用

这次说biomart是Ensembl旗下的一个基因所有类型转换工具。它不止呢进行基因ID的转换。也可以通过数据基因的类型得
xhog·2019-12-14 10:42

【注释-2】Annovar-2——Gene-based annotation

可灵活使用RefSeq基因，UCSC基因，ENSEMBL基因，GENCODE基因，AceView基因或许多其他基因定义系统。数据库下载在进行注释之前，首先需要下载物种对应的数据库，以
oddxix·2019-11-30 14:36

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识准备工作参考基因组测序得到的是几百bp的短read，相当于把
徐洲更hoptop·2019-11-06 09:45

ensembl ID 格式化

一个傻逼型的id格式化脚本。不知道同志们有没有遇到这种问题。基因ID带版本号。格式化gtf文件中ID。#!/usr/bin/perl-wusestrict;openIN,$ARGV[0]||die$!;while(){chomp;my$out=$_;if(/gene_id"(\S+)";gene_version"(\d+)";/){my$id=$1.".".$2;$out=~s/gene_id"(
正踪大米饭儿·2019-11-02 04:13

如何获取KEGG Pathway上一个pathway的gene list

,eg=sub("hsa:","",names(.)))hsa_kegg_anno%mutate(symbol=mapIds(org.Hs.eg.db,eg,"SYMBOL","ENTREZID"),ensembl
坐看云起时zym·2019-10-25 11:23

创建transcript to gene mapping file

我们只需要：mart_11<-biomaRt::useMart(biomart="ENSEMBL_MART_ENSEMBL",dataset="hsapiens_gene_ensembl")t2g<-biomaRt
KK_f2d5·2019-10-09 15:28

当 Salmon 构建 index 秒失败时应该反思哪里

操作环境：Win10Ubuntu子系统1.下载参考转录组下载传送门：http://ftp.ensembl.org/pub/release-76/fasta/homo_sapiens/cdna/Homo_sapiens.GRCh38
美式永不加糖·2019-08-26 23:52

2019-07-31如何获取转录本ID和基因ID的对应关系--生信技能树

第一个任务：任意物种拿到转录本ID与基因ID的对应关系列表从ensemble数据库中下载了Human的基因组注释文件gtf文件1.下载Human的GTF文件wget-cftp://ftp.ensembl.org
LiuYueRR·2019-08-01 10:38

R语言小作业-中级

首先需要完成R语言练习题-初级，在[link]http://www.bio-info-trainee.com/3793.html作业1请根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl基因ID对应的基因名
mayoneday·2019-07-23 19:05

ID转换专题之在线版1：biomart:ensembl_ID to gene name

在线版本线上数据库做注释和ID转换ensemblID转成genesymbolnameensembl的biomarthttp://asia.ensembl.org/index.html的biomart工具
Amy_Cui·2019-07-08 12:40

R语言实现ID转换

a=read.table("ensembl.txt")对原ID进行分割str_split(a$V1,"[.]")
随缘清风_ee55·2019-03-24 19:55

从TCGA数据中提取lncRNA(这是一个找bug教程)

打开终端wegt-mftp://ftp.ensembl.org/pub/release-90/gtf/homo_sapiens/然而，一个bug卡了我一天，这都怪我没学好分子生物学。
PriscillaBai·2019-03-21 10:55

怎么实现ID转换

读取文件a=read.table("ensembl.txt")a对原ID进行分割str_split(a$V1,"[.]")
mayoneday·2019-03-03 16:03

Ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看

查找参考基因组得常用数据库1.Ensembl是由EuropeanBioinformaticsInstitute（EBI）与WellcomeTrustSangerInstitute（WTSI）共同合作
组学大讲堂·2019-02-22 10:20

APAtrap的使用

p/apatrap/wiki/User%20Manual/1.fatsq的QC2.fastq做trim3.比对：需要用转录本：hisat2网站上下载的GRCm38.fasta.tran.index这是ensembl
苏牧传媒·2018-11-18 14:40

转录本的bed文件下载

genesandgenepredictions-gencodeXX-basic-genome-BED-gzip-gteoutput一共下载了5个files：大小du行数：wchead:一样#验证下bed是否和ensembl
苏牧传媒·2018-11-15 22:54

RseQC的bedfiles下载

网站下载：https://sourceforge.net/projects/rseqc/files/human为例：等价：三个红圈：Homo_sapiens.GRCh38.79.bed>hg19_Ensembl_gene.bed
苏牧传媒·2018-11-15 17:09

for循环

index=/media/pc/disk1/sun/refdata/ensembl_GRCm38/02_hisat2_all_index/genome_snp_tranforiin`cat/media/
苏牧传媒·2018-11-14 23:00

提取基因长度genelength

#下载gtf：选择的是ensembl的GRCh38.94.gtf：下载地址：ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-94/gtf/homo_sapiens/下载命令：axel-n10ftp
苏牧传媒·2018-10-29 10:43

人类基因组在三大基因数据库中的不同版本

在数据分析中，经常需要下载物种的参考基因组序列，这时有很多数据库可以选择，比如NCBI,Ensembl,UCSC这三个通用的数据库，或者该物种特有的数据库，比如模式生物拟南芥等有专门的数据库。
庐州月光·2016-02-14 17:00

基因的正负链问题

花了一天的时间，证明这句话是对的：   ucsc，ensembl等定义基因在正链上是指转录本序列与正链上该基因的序列一致。   
代码小葫芦·2016-01-18 21:00
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