Ensembl

中级题目

1.根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl基因ID对应的基因名(symbol)rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)ENSG=1&diffgene
晓颖_9b6f·2020-11-03 11:33

参考基因组的选择

我们在做分析的时候，常常面临如何选择参考基因组的问题，我们以Ensembl上的参考基因组为例，我们以小鼠的参考基因组为例：我们看到第2行以alt结尾的参考基因组文件，这个文件的alt代表：Alternateloci
小潤澤·2020-10-23 11:29

转换基因名称

clusterProfiler”)gas<-read.csv(‘C:/Users/Administrator/Desktop/ts11/gas9.csv’)gene.df<-bitr(gas$gene,fromType=“ENSEMBL
qq_39306047·2020-09-16 15:32

RNAseq004 转录组入门(4)：参考基因组下载

1参考基因组以下内容主要参考jimmy大佬的生信技能树及生信菜鸟团公众号1.1【直播】我的基因组（五）:测试数据及参考基因组的准备这个对新手来说，是一个很大的坑，hg19、GRCH37、ensembl75
caoqiansheng·2020-09-13 22:15

坑队友系列：ftp协议下载ensembl参考基因组

你问我为啥标题这么长，据说是关键词给的多，容易被搜到。写得不好，不用海涵，直接提出，谢谢您呐~1.前言：没错，作为一个自以为入门了的人其实还在门外。根据达克效应图解，充分的认识到了我还在无知（know-nothing）的阶段。Dunning-Kruger-Effect-and-CRO-1024x492.jpg2.知识点：（1）参考基因组和注释文件参考基因组：官方解释--字面意思，用来参考的标准基因
冻春卷·2020-08-26 14:58

hg38每条染色体基因,转录本的分布

wgetftp://ftp.ensembl.org/pub/release-87/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.87.chr.gtf.gz#每条染色体基因数zcatHomo_sapiens.GRCh38.87
白云梦_7·2020-08-23 10:04

RNA-seq(4):下载参考基因组及基因注释

3.截图几个基因的IGV可视化结构4.下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构5.了解IGV常识来源于生信技能树：http://www.biotrainee.com/forum.php
Y大宽·2020-08-18 23:26

下载GEO数据，R语言-做个基因的差异分析并且画个热图展示

GSE115850数据2、读取数据且处理数据，数据格式是这样的：1c02eb8a0eb360136b8c88dd9a3ab45.png接下来是要把行名改成基因名，又因为行名只能是唯一的不能有重复，所以要把多个Ensembl
单纯的学生信·2020-08-18 18:02

TCGA数据 ENSG编号转为Symbol（基因名称）

当想查看对应的差异基因对应的Symbol（基因名称）的时候，发现基因为编码为ENSG开头的一串数字，Ensembl基因的ID#安装包source("https://bioconductor.org/biocLite.R
一只可爱的栗子·2020-08-17 03:16

R: clusterProfiler/enrichplot 富集分析与可视化神器

www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.htmlID转换功能函数：bitr;bitr_kegg功能：实现GeneSymbol,GeneID,Ensembl
下凡的生信人·2020-08-11 00:49

生物信息学数据库资源 {#database}

故本章首先介绍常用的参考基因组和注释文件，然后介绍生物信息常用的数据库资源如：NCBI，Ensembl，UCSC，ENCODE，GE
ypfzhao·2020-07-30 04:44

【生信笔记】Emsenbl的BioMart工具：对RNA进行多种ID批量转换

网站提供了多种物种的多种DNA与RNA的序列等信息，其实Emsenbl还有一个功能很强大的RNA在线ID转换工具BioMart，我来安利一下~Emsenbl的BioMart工具：http://asia.ensembl.org
lotusng·2020-07-29 20:13

可以下载genome数据的几个网站

Ensembl-plantftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/Ensembl-animalftp://ftp.ensembl.org/pub/NCBI:ftp://ftp.ncbi.nih.gov
xflee0608·2020-07-29 19:02

使用ensembl api鉴定假常染色体区段

PARregionsThepseudo-autosomalregionsarehomologousDNAsequencesonthe(human)XandYchromosomes.Theyallowthepairingandcrossing-overofthesesexchromosomesthesamewaytheautosomalchromosomesdoduringmeiosis.Asthe
doudou8486·2020-07-29 18:18

Ensembl数据库简介

Ensembl是一项生物信息学研究计划，旨在开发一种能够对真核生物基因组进行自动诠释（automaticannotation）并加以维护的软件。
dingsheng56656·2020-07-29 18:04

ncbi和ensembl上的序列下载

根据已有的基因ID，需要从ncbi和ensembl上下载对应序列。
Vic_Hall·2020-07-29 16:36

使用ensembl的API下载数据

Ensembl是一项生物信息学研究计划，旨在开发一种能够对真核生物基因组进行自动诠释（automaticannotation）并加以维护的软件。
doudou8486·2020-07-29 13:22

R，小作业

From生信菜鸟团作业1根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl基因ID对应的基因名(symbol)ENSG00000000003.13ENSG00000000005.5ENSG00000000419.11ENSG00000000457.12ENSG00000000460.15ENSG00000000938.11
按着易得·2020-07-28 08:56

TCGA的ensmbl怎么转换？

用Ensembl官网的人基因组注释文件并转换成表格，对RawCounts的Ensembl好转换成基因名，发现有写基因名有多个Ensembl对应。
Stone_Stan4d·2020-07-28 07:15

机器学习 | 集成学习

1.6谈一谈XGBoost2集成学习（Ensembl
RUC_Lee·2020-07-28 06:01

常用参考基因组—下载站点

常用参考基因组数据库1、Ensembl是由EuropeanBioinformaticsInstitute（EBI）与WellcomeTrustSangerInstitute（WTSI）共同合作开发的数据库项目
weixinsuoxian·2020-07-12 12:40

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识准备工作参考基因组测序得到的是几百bp的短read，相当于把
weixin_34221112·2020-07-10 08:08

如何下载人类的参考基因组和注释文件

参考基因组概况参考基因组下载的网站主要有3个NCBI,Ensembl,UCSC，一般参考基因组的.gz压缩文件文件大小为900M以上不超过950M，解压后大于等于3G.基因组的主要版本对应关系参考基因组下载过程
刘兴义·2020-07-10 01:52

【分析】CNVkit_拷贝数分析工具

下载地址：Github地址2.下载相应数据去UCSCGenomeBioinformatics下载参考数据:1.物种的参考基因组序列，采用FASTA格式[必填]2.基因注释数据库，通过RefSeq或Ensembl
oddxix·2020-07-09 06:36

计算基因上外显子碱基覆盖度（exon coverage depth）：Samtool工具使用

假设想要计算ATP1A4基因上的外显子碱基覆盖度首先查询这个基因所有exon的起始和终止位置，查询链接：http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript
weixin_34195364·2020-06-28 13:16

RNA-seq练习 第二部分（基因组序列下载，注释文件下载，索引下载，比对，比对质控,HTseq-count计数，输出count矩阵文件）

www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC(http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html)3.Ensemble（http://asia.ensembl.org
生信start_site·2020-06-25 15:40

参考基因组及注释文件下载

ENSEMBL的命名规则则是采用GRCh/m的方式，GRCh37对应hg19，hg38对应GRCh38。现阶段的话，我个人
awk_bioinfo·2020-06-25 11:30

基因家族鉴定分析实战操作手册

基因家族鉴定分析操作手册：基因家族基因家族鉴定基因家族鉴定分析总结1.下载基因组信息文件，gff，cds，pep，fasta文件：Ensembl下载地址：http://plants.ensembl.org
awk_bioinfo·2020-06-25 11:59

BWA和Bowtie2默认参数比对结果

一直认为bwa和bowtie2比对差异比较大，比对一组数据时均使用默认参数如下BWAbwamem-t4Ensembl/03.BWA_index/chicken../../01.QC/${i}/Clean
scdzzdw·2020-06-25 08:12

bilibili视频-《生信人应该这样学R语言》-P13-R语言作业-中级

R语言小作业-中级1.请根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl基因ID对应的基因名(symbol)ENSG00000000003.13ENSG00000000005.5ENSG00000000419.11ENSG00000000457.12ENSG00000000460.15ENSG00000000938.11
小梦游仙境·2020-06-24 14:55

2018-6-25转录组学习3 参考基因组和基因注释

1.参考基因组下载目前常用的国际通用的人类参考基因组在NCBI，UCSC和ENSEMBL的版本和对应情况如下：NCBIUCSCENSEMBLGRCH36hg18ENSEMBLrelease_52GRCH37hg19ENSEMBLrelease
L_yivs·2020-06-22 00:06

clusterProfiler基因功能富集分析 +气泡图

1.非模式生物非模式生物需要提前从AnnotationHub抓取目标物种的OrgDb数据库，这个库里包括Uniport，ENSEMBL，ENTREZID，REFSEQ，GO...。
APExBIO·2020-06-08 11:54

clusterProfiler基因功能富集分析 +气泡图

1.非模式生物非模式生物需要提前从AnnotationHub抓取目标物种的OrgDb数据库，这个库里包括Uniport，ENSEMBL，ENTREZID，REFSEQ，GO...。
西山egg·2020-06-08 11:21

强强联合的基因ID转换

例如ENSG00000279928.1中，ENS是固定字符，表示它是属于Ensembl数据库的。默认物种是人，如果是小鼠就要用ENSMUS开头，关于物种代码：http:
刘小泽·2020-05-28 13:23

R包biomaRt: 转换ID、注释基因、GO通路

RNA-seq摸索：4.edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释中提取出来这部分，方便以后修改补充参考这篇1我们利用useMart()函数选择“ENSEMBL_MART_ENSEMBL
没有猫但是有猫饼·2020-04-21 10:14

ensembl-vep （docker：下载使用plugins、fasta、caches）

教程http://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.htmldockerpullensemblorg/ensembl-vepdockerrun-tiensemblorg
gong0037·2020-04-13 22:47

【基因组——大西洋鳕鱼】大西洋鳕鱼（Atlantic cod；Gadus morhua）重测序并揭露其TRs特征

该基因组组装基于454测序数据，并使用Ensembl
涤生生·2020-04-11 02:35

RNA-seq摸索：3.基因表达水平分析→featureCounts计量→差异表达分析及可视化

这篇写的特别好：RNAseq-workflow本科生搞定RNA-seq上游数据分析RNA-seq一般流程1.下载gtf基因组注释文件ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_gtf
没有猫但是有猫饼·2020-04-09 16:59

用VEP对vcf格式的突变数据进行注释

VEP是国际三大数据库之一的ENSEMBL提供的，也是非常主流和方便，但它是基于perl语言的，所以在模块方面可能会有点烦人。
生信技能树·2020-03-29 11:30

如何在R里面将Ensembl ID转换为Gene Symbol

下面以人类基因为例：library('biomaRt')mart<-useDataset("hsapiens_gene_ensembl",useMart("ensembl"))genes<-rownames
台式计算机·2020-03-17 21:33

解螺旋《KEGG信号通路数据库使用教程》学习笔记

用途：16个子数据库，最常用Pathway（下图）与其他数据库链接如ENSEMBL等。KEGGDatabases.jpg初探示例：Disease数据库检索glioma。信息检索的
为腹不为目_7a92·2020-03-16 00:26

linux下VEP的安装

VEP（VariantEffectPredictor）作为Ensembl官方推出的变异影响预测软件，被广泛使用，以下内容也来自Ensembl软件包下载（ZIP格式）：curl-L-Ohttps://github.com
北国中原客·2020-03-14 00:57

参考基因组及注释下载

ENSEMBL的命名规则则是采用GRCh/m的方式，GRCh37对应hg19，hg38对应GRCh38。现阶段的话，我个人比较推崇从ENSEM
BeautifulSoulpy·2020-03-12 16:28

去除基因id后的小数点信息

带有版本信息需要去掉，以匹配其他文件：要去掉的是第四列要匹配的文件如：基因名对应关系文件命令：awk'BEGIN{OFS="\t"}{gsub(/.[0-9]$/,"",$4);print$0}'mm10.ensembl.ref.bed
苏牧传媒·2020-03-07 21:43

UCSC ENSEMBL NCBI基因组各个版本对应关系 下载地址

一、对应关系NCBI的版本包括GRCh36,37,38，UCSC包括hg18,19,38,ENSEMBL有各种release，他们之间的对应关系如下：GRCh36(hg18):ENSEMBLrelease
liangsan·2020-02-29 17:58

查找一个基因的启动子序列

可以去NCBI,Ensembl或UCSC。其他人类的启动子相关数据库BiobaseTransPromPROMDBCSHT
Y大宽·2020-02-26 20:53

转入组入门四（mac 版）：了解参考基因及基因注释

还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识。转录组文章分析思路好的文章不是靠写出来的，而是设计出来的。
thinkando·2020-02-23 15:12

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识。参考基因组准备明确实验目的，依据实验目的选取参考基
_eason_·2020-02-21 21:14

Ensembl数据库

简介Ensembl：http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html，常用的参考基因组和GTF文件下载网站。
Wee_001f·2020-02-16 05:22

RNA-seq流程[基因组和注释文件下载]

www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC(http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html)3.Ensemble（http://asia.ensembl.org
Alex_cactus·2020-02-16 02:15
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