Ensembl 第2页

gene ID / Gene Symbol / Ensembl ID

1.各种ID名称介绍GeneID也称EntrezID/EntrezGeneID，是NCBI使用的能够对众多数据库进行联合搜索的搜索引擎,其对不同的Gene进行了编号,每个gene的编号就是entrezgeneid，就是一串数字，比如：TP53的GeneID是:7157。因为entrezID相对稳定,所以也被其他数据库,如KEGG等采用。不同物种的同一个基因的GeneID是不同的。NCBI的RefS

期待未来·2023-03-23 08:10

对水稻（模式物种）进行kegg富集分析

在水稻中有一些网页工具能完成ID的转换，如EnsemblePlants(http://plants.ensembl.org/index.html)，RAP-Db(https

多啦A梦的时光机_648d·2023-03-21 07:55

[R语言练习题]R语言中级练习题

1.根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl基因ID对应的基因名(symbol)ENSG00000000003.13ENSG00000000005.5ENSG00000000419.11ENSG

巩翔宇Ibrahimovic·2023-03-21 07:54

Biostar handbook学习笔记四

欧洲生物信息学中心(EBI)DDBJ常用基因功能数据库:基因本体数据库（GeneOntology）京东基因与基因组百科全书（KEGG）Interpro蛋白功能数据库常用基因组数据库:UCSC基因组浏览器Ensembl

简书蚕账号·2023-03-18 17:06

玉米基因ID转换方法

在玉米的基因或基因组研究中常常需要用到基因ID转换的问题，这里我将用的方法介绍一下：1.部分ID新旧版本基因组的基因ID转换—网页版ensembl网站的IDHistoryConverter工具仅支持旧版本到新版本的

茶思饭·2023-03-14 18:44

生物信息学常用数据库

一.信息类数据库1.综合型数据库NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/UCSC:http://genome.ucsc.edu/(基因组浏览器)Ensembl:http://

晓佥·2023-03-13 05:54

如何将RefSeq mRNA ID转换为Entrez ID

如何将RefSeqmRNAID转换为EntrezID同样地，使用Ensembl的BioMart在线工具，在Filters那里选择RefSeqmRNAID(s)，然后将想要转换的ID复制粘贴进去：Figure

台式计算机·2023-03-09 04:19

vep使用初探

VEP（VariantEffectPredictor）官网教程：https://grch37.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_tutorial.html

无言89·2023-02-07 10:33

零基础多物种间共线性分析

话不多说先上效果图一、准备工作1.下载各个物种的.gff文件和基因组序列文件示例数据下载地址：[http://plants.ensembl.org/info/

花舞lala·2023-02-04 10:43

如何提取一个基因组中所有intron

一开始觉得很简单，用ensembl上的biomart或者ucscgenomebrowser一顿猛点应该就可以搞定。

Bio_zouxudong·2023-02-02 02:41

R，练习

第1题根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl基因ID对应的基因名(symbol)>library(org.Hs.eg.db)>g2s=toTable(org.Hs.egSYMBOL)>g2e

按着易得·2023-01-30 10:24

2022-10-24_物种之间ID转换表格下载ensembl

链接：http://www.ensembl.org/biomart/martview/abc8d48c9acf49029579e6aa3d3030cf不同物种的ID和基因名转换打开以后是这样的比如我是找小鼠和人接着点比如我找

jiarf·2023-01-25 22:34

count转化为TPM

library(biomaRt)#查看基因组参数mart=useMart('ensembl')listDatasets(mart)#你需要哪个基因组，就复制它在dataset列里的词，放在下面这行的`dataset

sayhello1025·2023-01-18 09:47

r语言向量转置_学习健明老师发布的R语言练习题的学习笔记（二）

作业1：根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl基因ID对应的基因名(symbol)library(org.Hs.eg.db)symbol1=toTable(org.Hs.egSYMBOL

weixin_39619174·2023-01-17 10:18

cellranger参考数据库gtf过滤（过滤gene_biotype）

首先看下gff里面不同的genebiotype都是啥https://m.ensembl.org/info/genome/genebuild/biotypes.html#Biotypes***Biotype

myshu·2022-12-30 10:56

AGS测序下游分析一条龙

1.表达矩阵ensembl_matrix.Rdata,原始矩阵rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(stringr)a1=read.table(

璐璐璐璐璐952·2022-12-12 14:57

10x单细胞分析流程

seurat单细胞测序#下载Seurat官网给的pbmc数据，解压tar.gz文件后生成三个文件，包括features,barcode和matrix文件barcode.tsv文件:gene.tsv文件：基因名与Ensembl

wuxintang123·2022-11-28 20:49

Hisat2 比对到参考基因组

比对的流程：建立索引→比对到参考基因组→SAM转BAM文件→BAM建立索引1.准备参考基因组、建立索引##参考基因组准备:注意参考基因组版本信息#下载，Ensembl：http://asia.ensembl.org

yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:45

机器学习中的名词释义（一）

SupervisedLearning无监督学习——UnsupervisedLearning半监督学习——Semi-supervisedLearning强化学习——ReinforcementLearning集成学习——Ensembl

繁华三千东流水·2022-09-23 18:53

跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17

最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCBI的一个工具homologene，因此本文将详细讲解这两个包。

黄甫一·2022-08-30 16:45

磨刀不误砍柴功之合并所有样本的表达量

放一个数据的图片image.png直接写命令需求：合并一个文件夹下的所有样本的带ensembl编号的转录本的表达量foriin`ls*.tab`;dosort-k1,1$i|grep"ENSSSCG"|

宗肃書·2022-07-12 16:48

RNA-seq入门实战（二）：上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon

samtools格式转化，featureCounts计数得到counts表达矩阵Salmon:salmonindex用cdna.fa建立索引，salmonquant对cleanfastq文件直接进行基因定量获取ensembl_id

嘿嘿嘿嘿哈·2022-06-08 02:22

ensembl_id转换与gene symbol基因名去重复的两种方法

在RNA-seq或芯片数据下游分析中经常遇到需要将基因表达矩阵行名的ensembl_id(gene_id)转换为genesymbol(gene_name)的情况，而在转换时经常会出现多个ensembl_id

嘿嘿嘿嘿哈·2022-05-27 23:43

人鼠基因转换

下面就介绍下一般基因转换方式，概括如下：特殊基因id/name转换：R包（biomaRt）全基因组id/name转换：从Ensembl中直接下载对应关系文件并进行转换另一个有意思的R包（模式物种基因各大数据库注释查询

大王福不福·2022-05-12 13:01

科研小技巧 | 如何绘制突变mutation/插入Insertion在基因具体外显子/内含子的结构图

1.利用Ensembl辅助绘图作为NCBI同等级对手EBI，其维护的Ensembl提供了比NCBI更便捷的外显子定位功能，而且查看界面非常友好，同时与NCBI转录本有非常完善的对应。

不想透明的小透明·2022-05-04 23:54

从gtf提取ENSEMBL ID和transcript ID以及SYMBOL对应关系

ENSEMBL数据框中geneid通常是ENSMUSG开头的编号，而transcriptid以ENSMUST开头的编号，这些信息通常在gtf文件以tab键分隔的第9列中。

小熊_wh·2022-04-20 16:49

Ensembl基因ID格式

E外显子，FM蛋白家族，GT基因树(GeneTree)，P蛋白，T转录本，R常规特征00000017167-数字ID.6-版本号，表示被修改次数资源推荐&参考资料物种代码列表https://asia.ensembl.org

BeeBee生信·2022-02-21 21:07

【生信技能树】R语言练习题 - 中级

预告：12月28-30长沙站广州珠江新城GEO数据挖掘滚动开班题目来源：http://www.bio-info-trainee.com/3750.html作业1请根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl

猫叽先森·2022-02-18 17:52

#GTF/GFF格式# gffread入门使用

首先了解一下GTF/GFF的格式https://asia.ensembl.org/info/website/upload/gff.html两者的关系如下GTF(genetransferformat)isidenticaltoGFF

土豆_leah·2022-02-17 03:09

鸡（Gallus_gallus）转录组实战

www.jianshu.com/p/eb89ab4af035linux平台下需要安装的软件：fastqc，fastp，hisat2，samtools，htseq2下载基因组序列和基因组注释文件wget-chttp://ftp.ensembl.org

佳名·2022-02-16 16:22

WES2Neoantigen Pipeline

Part5VEP简介VEP(VariantEffectPredictor)是ENSEMBL制作的一个专门对突变数据添加注释信息的工具，但它是基于perl语言的，所以会有模块的依赖性(实际上我按照官网教程来安装

_linun_·2022-02-16 10:54

下载参考基因组及基因注释

3.截图几个基因的IGV可视化结构4.下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构5.了解IGV常识hg19、GRCH37、ensembl75这3种基因组版本应该是大家见得比较多的了

莫讠·2022-02-10 00:54

【施工中】常用数据库下载参考基因组及注释文件

./99/100ENSEMBL1.下载人类GRCh38参考基因组及注释文件1.1打开ENSEMBL官方主页ht

猫叽先森·2022-02-04 19:24

[R]基因ID转换、鼠基因转为人基因

Ensembl,EntreID,Symbol这三种基因名格式的互相转换#以人的12个基因(Symbol格式)为例gene_symbol=c("RHO","CALM1","MEG3","GNGT1","SAG

小贝学生信·2021-12-28 21:46

根据基因间相关性系数R进行GSEA富集分析

read.csv("路径wtmut12-fpkm.csv",row.names=1,header=T)#转置一下mutwt_t<-t(mutwt)转置后文件内容为：纵坐标是样本名称，横坐标是不同基因的Ensembl

没有猫但是有猫饼·2021-12-15 16:45

2021-10-22

Ensembl数据库网站开始于一个真核生物基因组注

人字拖拖不下来·2021-11-01 10:36

R包biozhuoer——将fasta序列读入为tibble格式

数据：ensembl下载的TAIR10的cds序列功能介绍：biozhuoer有read_fasta()和write_fasta()两个功能read_fasta()是将fasta序列读入为tibble格式

已挪窝_学生信的大叔·2021-10-19 22:25

RNAseq分析如何选择参考基因组和 gtf

太长不看版强调可重复性和稳健-用RefGene；希望得到更多的信息，进行更具探索性的研究，选用Ensembl版本。对于Ensembl，序列选择pr

生信师姐·2021-10-18 13:21

解析 Ensembl 的数据库服务器（图文详解）

Ensembl对于学习生物信息学的我们来说应该是如数家珍了，但是我们平时常用到的操作一般是去查基因，下载基因组，这些都是通过网页端来完成：http://uswest.ensembl.org/index.htmlimg

白墨石·2021-09-15 21:26

常见数据处理方法

以存在缺失值和重复值的dataset数据集为例1.删除缺失值dataset1<-na.omit（dataset）2.删除重复值如dataset数据集中Ensembl.Gene.ID这一列存在重复值(1)

yangjinlong·2021-06-24 10:27

关于数据库的 “ID”

常用数据库ID序号ID示例ID来源一GLA,GLB,UGT1A1HGNCGeneSymbol（基因的官方名称）二ENSG00000116717EnsembleID（NCBI给予不同基因的一个代号（标识符））即Ensembl

每天都在进步的FFOO·2021-06-19 06:11

关于参考基因组和注释

常用的参考基因组数据库：1、Ensembl是由EuropeanBioinformaticsInstitute（EBI）与WellcomeTrustSangerInstitute（WTSI）共同合作开发的数据库项目

bio_meow·2021-06-18 22:46

使用Hisat2, Bowtie, Bowtie2和BWA对PE150进行比对-细菌转录组实战

一、基因组下载及索引构建1.1下载基因组我下载的是支原体基因组，http://bacteria.ensembl.org/index.htmlMycoplasmahyorhinisMycoplasmaarginini1.2

佳名·2021-06-07 17:38

R语言中级作业

转换表达矩阵处理任意基因任意癌症表达量和临床形状的关联任意基因任意癌症表达量分组的生存分析选取差异明显的基因的表达量绘制热图表达矩阵样本的相关性差异分析作业1请根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl

aprilllm·2021-06-05 11:44

R语言作业·中级

【作业1】请根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl基因ID对应的基因名(symbol)ENSG00000000003.13ENSG00000000005.5ENSG00000000419.11ENSG00000000457.12ENSG00000000460.15ENSG00000000938.11

yaosworld·2021-05-19 10:08

rmats2sashimiplot可变剪切可视化

github.com/Xinglab/rmats2sashimiplot安装：略使用：py2.7使用1.先给bam建index2.直接：gff3=/media/pc/disk1/sun/refdata/ensembl_GRCm38

苏牧传媒·2021-05-14 10:14

转录组完整的ID转换：biomaRt和gtf

在这之前我使用的是ENSEMBL的官方工具BiomaRt。目前BiomaRt囊括了

冻春卷·2021-05-09 19:16

参考基因组和注释文件

还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截

wangchuang2017·2021-05-08 14:40

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

还可以下载ENSEMBL，NCBI的GTF，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识。来源于生信技能树：http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=view

lxmic·2021-05-03 17:43

R语言作业-中级10题

Q1:根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl基因ID对应的基因名(symbol)ENSG00000000003.13ENSG00000000005.5ENSG00000000419.11ENSG00000000457.12ENSG00000000460.15ENSG0000

dandanwu90·2021-04-24 22:37

推荐频道

Ensembl