Seurat 第13页

Seurat3.1的灵活操作指南

官网3.1版本已经无法找到该指南的链接，其实还是有的，网址：https://satijalab.org/seurat/v3.1/interaction_vignette.html载入数据下面演示了一些与

小光amateur·2020-02-08 12:33

10X单细胞数据针对细胞及其亚型的基因集功能分析和转录调控分析

基因集变异分析（GSVA）软件：GSEAbaseGSVAlimmaSeurat首先，针对某个细胞类型继续细分其细胞亚型：library(Seurat)###读入Seurat对象Seurat.obj<-readRDS

小光amateur·2020-02-08 04:05

10xGenomics单细胞转录组亚群细分策略

这里介绍的聚类、亚群再分析使用的10xGenomics单细胞转录组最常用的seurat软件包。Hi,Determinin

尧小飞·2020-02-06 01:00

2019年5月 week2 文献学习： Identifying cell populations with scRNASeq

然后刚好单细胞天地推送的一篇文献IdentifyingcellpopulationswithscRNASeq，就刚好拿起来读一读，加上最近自己用seurat分析数据，也算是总结一下。

NangongYixiang·2020-02-06 01:36

单细胞转录组||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial

Seurat-GuidedClusteringTutorialSeurat，一个单细胞数据分析工具箱pipeline流程图十大函数支撑这个鱼骨架的是是下面的十个函数，细心的读者也许已经发现，大师已经插上了小红旗

周运来就是我·2020-02-05 02:16

Monocle拟时间分析随笔

输入文件导入方法Monocle拟时间导入数据方式有两种，一种是通过导入Seurat对象，一种是导入cellranger输出的表达矩阵（三个文件barcodes.tsvgenes.tsvmatrix.mtx

尧小飞·2020-02-01 19:41

10X单细胞测序分析软件:Cell ranger

一般生物信息流程主要由软件（安装与参数）、数据库（结构和生物学意义）和数据分析（统计学和编程）组成，目前单细胞分析用到的软件主要是FastQC、Cellranger和R包Seurat、

周运来就是我·2020-01-06 21:15

Seurat3||整合方法merge()与IntegrateData()

同时单细胞也不再是单样本单物种单器官的技术，往往会用到多样本整合分析的技术，这方面Seurat团队是最值得关注的。

周运来就是我·2020-01-06 03:02

如何改造Seurat包的DoHeatmap函数？

刘小泽写于19.12.4分析过单细胞数据的小伙伴应该都使用过Seurat包，其中有个函数叫DoHeatmap，具体操作可以看：单细胞转录组学习笔记-17-用Seurat包分析文章数据前言走完Seurat

刘小泽·2019-12-29 10:29

Seurat整合刺激性和对照性，以学习细胞类型特异性反应

Identifyconservedcelltypemarkers寻找cluster7的markerDefaultAssay(immune.combined)<-"RNA"nk.markers<-FindConservedMarkers(immune.combined,ident.1=7,grouping.var="stim",verbose=FALSE)grouping.var="stim"什么意

Seurat_·2019-12-28 11:50

Seurat （v3.0）object的结构组成

Seuratobject的slots@assay的slotsassay的slots主要有6个：counts：主要是counts或者TPKM的rawdata，未经normalizeddata：是经过normalized的表达矩阵scale.data：是已经scaledout的表达矩阵key：是含有该assay的名称的字符串var.features:可变的基因的向量meta.features:基因水平

阿糖胞苷_SYSU·2019-12-24 16:51

实验记录7：脾脏-Seurat聚类参数修改

梗概根据实验记录3的结果，调整参数来查看是否有更优的结果。方法一：修改PC的选择方法二：提高resolution（分辨率）方法一：修改PC的选择细胞聚类resolution还是为0.6，PC选择从前10调整为前5.spleen1%group_by(cluster)%>%top_n(2,avg_logFC)#Atibble:20x7#Groups:cluster[10]p_valavg_logFCp

MC学公卫·2019-12-17 21:28

如何将Seurat3.0版本的object转换为monocle的CDS

官方也在github上的issue处表明暂时还未有直接将Seurat3.0的Seuratobject直接转换为Monocle2的CDS的function。

阿糖胞苷_SYSU·2019-12-15 18:10

Seurat：计算cluster的细胞比例和绘制堆叠条形图

计算各个cluster的细胞数；table(Idents(pbmc))定义对应每个cluster对应的细胞类型，也可将ident改为相应的细胞类型，计算每个细胞类型的细胞数计算每个样本的细胞数table(pbmc$sampleID)table(Seuratobject$slotname)table(Idents(Seuratobject),Seuratobject$slotname)$slotna

阿糖胞苷_SYSU·2019-12-14 08:46

找出cluster的差异基因并进行GO和KEGG分析

单细胞测序数据经Seurat包tsne降维聚类后，得到cluster，如何找出cluster的marker并进行GO、KEGG分析需要R包：Seurat、clusterProfiler、ggplot2library

阿糖胞苷_SYSU·2019-12-07 01:57

R包Seurat instruction3 聚类分析

1.聚类细胞将细胞嵌入到图形结构中，如KNN图形（k-nearestneighbor），绘制相同基因表达模式的细胞，尝试将图形分成高度互相关连的“quasi-cliques”或者“communities”。在PhenoGraph,基于PCA空间的欧几里得距离绘制KNN图，基于邻近区域重叠部分重新定义任意两个细胞的边缘权重。（Jaccard相似性）为了聚类细胞，应用了优化组合技术如Louvain算法

阿糖胞苷_SYSU·2019-12-02 11:07

Seurat V3 学习(一)

读取数据（10X）pbmc.data5%mitochondrialcountspbmc200&nFeature_RNApbmcpbmc>#查看每一类有多少个细胞>>table([email protected])0123456787094804323423131621543214>提取某一类细胞也就是所谓的提取某一cluster内细胞>head(subset(as.data.frame(pbmc@

一路向前_莫问前程_前程似锦·2019-10-29 11:46

scRNA-使用sctransform去除批次效应

刘小泽写于19.10.10上一次介绍了使用Seurat的merge函数来合并4个样本（各有2个生物学重复）的8组数据，但是merge只是将原始数据简单混合起来，谁也不知道混合后的结果是不是引入了批次效应关于去除多组数据中的批次效应

刘小泽·2019-10-10 10:01

关于R包降级

很多情况下，我们会想切换R包版本，降级的方法就是：以Seurat包为例：remove.packages('Seurat')pkgs=c('mixtools','lars','dtw','doSNOW',

刘小泽·2019-09-20 12:28

在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3的教程

Seurat作为单细胞分析中的重量级R包，有多好用用，用过的人都知道。Seurat分析流程基本涵盖了单细胞分析中的所有常见分析方法，包括filtering，tSNE，UMAP降维及画图等。

何帅·2019-08-19 21:46

在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3

在linux中用同一个版本的R同时安装Seurat2和Seurat3Seurat作为单细胞分析中的重量级R包，有多好用用，用过的人都知道。

何帅·2019-08-19 21:00

「R包」如何实现Seurat 2 和 Seurat3 在同一个环境下共存

比如说Seurat，这个单细胞分析最常用的R包，它的2.x版本和3.x版本的变化就是翻天覆地。

徐洲更hoptop·2019-08-14 10:36

清除单细胞数据细胞周期效应造成的影响

unwantedsourcesofvariation:1.线粒体基因的干扰2.细胞周期基因的干扰seurat包里有clearoutcellcyclegeneseffect的影响：https://satijalab.org

CuteCurse·2019-07-29 20:57

Seurat：Guided Clustering Tutorial

说明：仅根据官网指南加个人理解，相应图片参考官网（目前官网上最新的Tutorial已经更新成Seurat3.0版本，下面的流程是2.4版本，有些许出入。

五谷吃不完了·2019-04-09 13:56

10xGenomics seurat 特定基因的PCT1计算

特定基因集为：c('Cd3d','Cd3e','Cd3g','Cd4','Cd8a','Cd8b1')准备前提条件是有rds文件，seurat进行分析一定要保存rds文件，后期很多个性化分析都可以直接用

尧小飞·2019-04-07 21:26

Seurat｜乔治·修拉，新印象派的点彩创始人

乔治·修拉（1859-1891），是一位与新印象派运动有关的法国艺术家，以创造点彩画法著称。代表作Bathers,ASundayAfternoonontheIslandofLaGrBathersatAsnières1883TheCircus,1891艺术家简介乔治·修拉1859年12月2日出生于巴黎，他的父亲之前是一名法官，后来在房地产投资中致富，他的母亲是法国人，修拉在家中还有一个弟弟和一个妹妹

ArtLink·2017-08-04 15:12

Maven工程配置

设置构建出的程序包名称 Maven构建出的程序包，无论是jar, war, 或是ear也好，名称默认都是由${artifactId}-${version}组成的，如：seurat-web-1.0.0-

yyjlinux·2012-10-05 11:00

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