Seurat 第7页

空间转录组教程|| stLearn ：空间轨迹推断

空间信息在空间转录组中的运用Giotto||空间表达数据分析工具箱SPOTlight||用NMF解卷积空间表达数据Seurat新版教程：分析空间转录组数据单细胞转录组数据分析||scanpy教程：空间转录组数据分析

周运来就是我·2023-02-05 02:41

【单细胞】Scanpy进行高可变基因的筛选

1功能取出高可变基因，默认使用log的数据，当使用flavor=seurat_v3的时候，采用countdata。

一穷二白到年薪百万·2023-02-04 14:21

scCustomize：自定义可视化你的单细胞数据（二）

简介scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包，里面集合了一些常用的数据可视化方法，可以与Seurat包进行很好的联用，支持Seurat，LIGER和SCE等常用对象的数据。

Davey1220·2023-02-04 05:27

Monocle拟时间分析

Monocle可以进行下面三种类型的分析，可以与seurat无缝连接：1对细胞进行聚类、分组和计算；2.进行拟时间分析；3.差异表达分析；2.ConstructingSingleCellTrajectoriesTrajectorystep1

五谷吃不完了·2023-02-02 23:04

关于修改Seurat对象中的样本名（多样本混合）

适用于多个样本合并分群之后想要再次修改样本名称#首先官网上给出过重新命名细胞亚群的例子涉及到‘Idents’这一对象#需要知道的是’Idents’默认指代细胞分群所对应的分组#因此第一步我们需要将这个“默认”进行修改#levels(immune.combined)查看当前IdentsIdents(immune.combined)='stim'#这句代码切换#levels(immune.combin

五谷吃不完了·2023-02-02 07:52

2022-01-17 CCA校正批次效应

用这组基因在每个亚群中的差异代表整体基因的差异，按照这个差异调整整体基因表达水平#该代码用于理解并分析批次差异比较大的样本，通过CCA算法将批次效应进行校正#并基于校正之后的数据进行下游分析#加载分析使用的包library(Seurat

徐添添·2023-02-01 23:00

linux上装Rstudio教程并更换R版本

20211005更新我真的是懒的一个人服务器上的RStudio没有Seurat，然后我平常就不用那个跑哈哈哈哈，其实我就是懒得去解决那个问题，平常都用命令行跑。

Aji·2023-01-30 17:31

R/单细胞测序/Seurat的作用及概述（不含代码）

这篇文章的目的是为了帮助理解Seurat在单细胞转录组分析中可以做哪些事，并且对整体的数据分析流程有一个整体的认识。并不包含代码。

大李_1ba1·2023-01-29 00:53

单细胞注释之坑-通过AddModuleScore注释细胞

这里我们需要先找到细胞的marker基因，这里以NKT细胞为例，我们知道NKT有三个经典的marker（CD45,CD3,CD56），我们单个marker注释看看这里的sce就是我们前面使用seurat

木之如水·2023-01-28 09:40

jupyter notebook 配置，内核安装，python库及R包的安装

.创建环境2.安装、配置Jupyternotebook3.配置ipyparallel4.远程链接Jupyternotebook5.安装python包6.R包安装向Jupyter中添加conda虚拟环境seurat

闻人玲珑·2023-01-08 09:15

scanpy学习教程就像seurat教程一样

Tutorials—Scanpy1.9.1documentation教程汇总所有关于scanpy的教程UsagePrinciples—Scanpy1.9.1documentation总的介绍API—Scanpy1.9.1documentation常用命令汇总总结读取数据Datasets读取数据集内置数据集https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/late

YoungLeelight·2022-12-31 08:54

（单细胞-SingleCell）Scanpy流程——python 实现单细胞 Seurat 流程——单细胞文献实战

导入模块importscanpyasscimportosimportmathimportitertoolsimportwarningsimportnumpyasnpimportpandasaspdimportmatplotlib.pyplotasplt%matplotlibinline%configInlineBackend.figure_format='svg'warnings.filterwa

TTS56·2022-12-30 12:12

（单细胞-SingleCell）Seurat流程文献复现——单细胞实战分析流程

Therapy-InducedEvolutionofHumanLungCancerRevealedbySingle-CellRNASequencing这篇教程我将分为四个阶段完整的阐述单细胞的主流的下游分析流程数据预处理（数据准备阶段）seurat

TTS56·2022-12-30 12:42

jupyter notebook配置-解决Anaconda虚拟环境中iRkernel连接失败的问题

iRkernel连接失败：做单细胞分析最常用的软件包就是R语言的Seurat了。

bamboo_shoot_kk·2022-12-25 17:40

单细胞数据处理流程-monocle2

,quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("monocle")library(monocle)2.处理数据-Seurat

weixin_52505487·2022-12-22 11:29

Seurat SingleCellExperiment anndata相互转化

scanpy和SingleCellExperiment和Seurat之间的转换使用1#安装并加载SeuratData中的pbmc3k数据集#library(SeruatData)#1.

qq_45759229·2022-12-08 07:55

SCS【8】单细胞转录组之筛选标记基因 (Monocle 3)

RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组之cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据GEO下载及读取SCS【4】单细胞转录组数据可视化分析(Seurat4.0

桓峰基因·2022-12-07 17:29

单细胞数据挖掘 P 3.1 QC以及细胞周期判断

p=10P3.1QC空细胞及重复细胞质控以及细胞周期判断空细胞质控load("scRNA.Rdata")library(Seurat)##1、detectspecialcells----#emptydroplet

学海溺子·2022-12-07 04:01

Seurat PBMC教程理解分享

1.读取数据library(dplyr)library(Seurat)library(patchwork)#LoadthePBMCdatasetpbmc.data<-Read10X(data.dir="

自认是大佬眼中level1的菜鸟·2022-12-07 04:01

Seurat之细胞周期评分 cellcircle大小写转换 Hmisc 注意scaledata时候需要把所有的基因都scale

https://www.jianshu.com/p/983658ae7f25getwd()path="G:/silicosis/sicosis/xfy/cell_circle_score/"dir.create(path)setwd(path)getwd()load("D:/Win10System/Documents/WeChatFiles/wxid_f27yna03e0v622/FileStor

YoungLeelight·2022-12-07 04:30

Seurat | 强烈建议收藏的单细胞分析标准流程（经典归一化与降维方法）（二）

2用到的包rm(list=ls())library(Seurat)library(tidyverse)library(SingleR)library(celldex)library(RC

生信卷·2022-12-07 04:58

Seurat | 强烈建议收藏的单细胞分析标准流程（差异分析与细胞注释）（五）

1写在前面本期我们介绍一下如何使用Seurat包进行差异分析，以及如何使用SingleR进行细胞注释。

生信卷·2022-12-07 04:58

Seurat | 强烈建议收藏的单细胞分析标准流程（基础质控与过滤）（一）

1.写在前面作为现在最火的scRNAseq分析包，Seurat当之无愧。本期开始我们介绍一下Seurat包的用法，先从基础质控和过滤开始吧。

生信卷·2022-12-07 04:28

Seurat | 强烈建议收藏的单细胞分析标准流程（细胞周期的影响去除）（三）

2用到的包rm(list=ls())library(Seurat)library(tidyverse)library(ggsci)3示例数据exp.mat<-read.tab

生信卷·2022-12-07 04:56

Seurat分析单细胞标准流程

目录一、数据下载二、SetuptheSeuratObject（设置Seurat对象）1、安装R包2、加载R包3、读入数据三、Standardpre-processingworkflow（标准的预处理流程

xz10070617·2022-12-06 07:08

西瓜数据集4.0_Seurat 4.0 || 单细胞PBMC多模态参考数据集

前情回顾Seurat4.0||您的单细胞数据分析工具箱上新啦Seurat4.0||单细胞多模态数据整合算法WNNSeurat4.0||分析scRNA和膜蛋白数据Seurat4.0||WNN整合scRNA

weixin_39994627·2022-12-05 10:53

10x单细胞分析流程

参考：单细胞测序分析软件包_seurat使用笔记_橙子榴莲巧克力的博客-CSDN博客_seurat单细胞测序#下载Seurat官网给的pbmc数据，解压tar.gz文件后生成三个文件，包括features

wuxintang123·2022-11-28 20:49

自学Seurat的一点记录

ANALYSISOFSINGLECELLRNA-SEQDATAANALYSISOFSINGLECELLRNA-SEQDATAhttps://broadinstitute.github.io/KrumlovSingleCellWorkshop2020/index.html本文主要针对Seurat

Single cell rookie·2022-11-28 20:19

FindVariableFeatures（高可变基因）和FindMarkers（差异表达基因）的区别

1FindVariableFeatures()–特征选择:高变异基因就是highlyvariablefeatures（HVGs），就是在细胞与细胞间进行比较，选择表达量差别最大的基因，Seurat使用FindVariableFeatures

hyena_7·2022-11-28 20:18

stackedplot 函数_R函数实现单细胞StackedVlnPlot

image上图这样的单细胞StackedVlnPlot在高分文章中出现比较多，比较适合美观的展示多个markergene的表达分布，而目前Seurat画小提琴图的函数VlnPlot是不能实现这样堆叠效果的

weixin_39870155·2022-11-28 20:18

哈佛大学单细胞课程|笔记汇总（九）

哈佛大学单细胞课程|笔记汇总（七）哈佛大学单细胞课程|笔记汇总（八）（九）Single-cellRNA-seqmarkeridentification对于上面提到的3个问题，我们可以使用Seurat探索

生信宝典·2022-11-28 20:17

生信入门（六）——单细胞分析（Seurat）

生信入门（六）——单细胞分析（Seurat）文章目录生信入门（六）——单细胞分析（Seurat）一、数据导入1、数据来源2、数据导入二、标准预处理1、QC和选择细胞进行进一步分析2、规范化数据3、识别高度可变的特征

柚子味的羊·2022-11-28 20:17

单细胞基因可视化之小提琴图

Seurat自带函数VlnPlot可以进行基因可视化，其实在前面QC结果的战事中已经使用过一次了。

TS的美梦·2022-11-28 20:46

Seurat包分析单细胞转录组数据代码

1.构建Seurat对象#install.packages('Seurat')rm(list=ls())#表达矩阵来自CellRanger分析结果data_dir500& nFeature_RNA

qq_27390023·2022-11-28 20:16

Seurat::DotPlot绘图美化-facet方法添加X轴注释标签

###获取Seurat气泡图的绘图数据data.usagedata.usageavg.exppct.expfeatures.plotidavg.exp.scaledHtr2c6.387599e-020.88218224Htr2c0

Nh_code·2022-11-28 20:15

单细胞测序数据分析-seurat使用（自学整理版）

一、数据准备10X单细胞转录组理论上有3个文件才能被读入R进行seurat分析，分别是barcodes.tsv、genes.tsv和matrix.mtx，文件barcodes.tsv和genes.tsv

FF在努力·2022-11-28 20:44

seurat使用笔记（数据处理、PCA、聚类）

一、数据前处理#保持好习惯，先清空一下环境，设置保存路径rm(list=ls())setwd("")1.数据读取载入包#载入程辑包#multtest包安装tips,#install.packages("BioManager")#BiocManager::install("multtest"),##如果出现显示R版本不符的error不要着急换R版本，直接打开R软件选择就近的镜像安装。library(

FF在努力·2022-11-28 20:14

【最新汇总】单细胞转录组分析与绘图系列

:认识CellHashing单细胞分析实录(2):使用CellRanger得到表达矩阵单细胞分析实录(3):CellHashing数据拆分单细胞分析实录(4):doublet检测单细胞分析实录(5):Seurat

R语言学堂·2022-11-25 14:13

跟着Cell学单细胞转录组分析(七):细胞亚群分析及细胞互作

首先提取免疫细胞群，然后跑一遍Seurat流程，重新聚类分群。library(Seurat)immune<-subset(scedata,

TS的美梦·2022-11-25 13:05

单细胞测序的入门操作

features里面包含了基因的特征，ensembleid以及与之相对应的symleid3.matrix里每个细胞基因所对应的count数library(SingleR)library(dplyr)library(Seurat

yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:15

单细胞数据分群的几种方法

这个图是通过Seurat标准流程降维后得到的muscle组织分群图然后查阅文章得到muscle组织不同细胞的markergenegenes_VEC=c("Fabp4","Cdh5","Cav1")#vascularendothelialcellsgenes_FC

微光**·2022-11-21 15:00

单细胞测序流程分析

一.读入10x数据并创建seurat对象#pbmc为外周血单个核细胞library(Seurat)pbmc.data%为管道函数，就是把左件的值发送给右件的表达式（暂存在内存当中，没有保存为对象在硬盘中

一个努力学习奋进的游民·2022-11-21 15:59

【单细胞测序攻略：二聚体过滤】DoubletDecon包过滤Seurat对象的二聚体（Doublet）

单细胞测序攻略：二聚体过滤——DoubletDecon包攻略DoubletDecon介绍提醒：1.一直到2020年7月一直在更新，直接对接seurat比较好用2.需要单个样本全部seurat流程走一遍，

公卫小何·2022-11-21 15:57

单细胞基因可视化之热图的根本改造2

library(Seurat)library(st

TS的美梦·2022-11-21 15:54

单细胞分析实录(5): Seurat标准流程

前面我们已经学习了单细胞转录组分析的：使用CellRanger得到表达矩阵和doublet检测，今天我们开始Seurat标准流程的学习。

TOP生物信息·2022-11-21 15:19

生新技能树单细胞GBM数据分析(SignleR以及Seurat 联合分析及细胞簇注释

学习是一种态度图片来自网络关于单细胞测序分析，本文主要参考生新技能树团队的帖子和代码，有部分内容属于自己的理解，在此非常感谢生新技能树团队无私的奉献。当然本帖子也参考了大量其他的贴子，参考内容和链接将会在相应地方放出，以便读者学习。单细胞分析技术目前尚多，SignleR和Seruat是主流的分析，之前我们就Seruat官网上的流程进行了初步的分析，这次的内容主要是结合SingleR和Seruat进

forever luckness·2022-11-21 15:47

单细胞测序分析软件包_seurat使用笔记

20210829修改本笔记主要参考seurat的网址https://satijalab.org/seurat/主要是为了理清思路，记录一下，方便以后查找，希望也能够对各位同学有所帮助Seurat软件介绍

橙子榴莲巧克力·2022-11-21 14:43

单细胞基础分析 | 对细胞按照基因marker进行分型（ACC脑区）

现在开始跟着Seurat上面的教程一点点的来做。

今天也是个妖精头子呀·2022-11-21 07:59

跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化

跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应跟着Cell学单细胞转录组分析(

TS的美梦·2022-11-21 07:53

跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类

数据合并之后，就需要跑标准的Seurat分析流程了。在《cell》文章中，作者还计算了细胞周期评分，因为我们收集到的细胞可能处于不同的分裂时期，所以看周期是很有必要的，尤其是针对具体的研究目的。

TS的美梦·2022-11-21 07:23

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