Seurat 第7页

单细胞组学系列学习笔记

image.pngimageimagescRNA-seq数据分析Seurat包学习笔记Seurat包学习笔记（一）：GuidedClusteringTutorialSeurat包学习笔记（二）：IntegrationandLabelTransferSeurat

Davey1220·2023-03-17 17:38

10X单细胞scanpy bbknn算法做多样本，不同批次整合

参考：http://events.jianshu.io/p/d855ee1a121fscanpy做10X单细胞多样本整合与Seurat差别比较大，很多学者喜欢使用seurat来进行整合，但实际情况是基于

云养江停·2023-03-17 14:31

Cell Ranger教程资料整理（初）

1使用cellranger拆分10X单细胞转录组原始数据比较详细，从头开始讲的2实验记录1：安装Cellranger与Seurat，下载数据3实验记录2：Cellranger整理fastq数据为表达矩阵

只唱情歌看不到·2023-03-14 08:17

scRepertorie+Seurat

ref:https://ncborcherding.github.io/vignettes/vignette.html#6_Interacting_with_Seuratdata:download.file("https://bioshare.bioinformatics.ucdavis.edu/bioshare/download/iimg5mz77whzzqc/vdj_v1_mm_balbc_p

nvzhang·2023-03-14 03:34

SPOTlight || 用NMF解卷积空间表达数据

Giotto||空间表达数据分析工具箱Seurat新版教程：分析空间转录组数据单细胞转录组数据分析||scanpy教程：空间转录组数据分析10XVisium:空间转录组样本制备到数据分析空间信息在空间转录组中的运用定量免疫浸润在单细胞研究中的应用

周运来就是我·2023-03-13 10:32

关于文集《Single_Cell》拆分的说明

其主要内容有：Seurat教程scanpy教程空间数据分析免疫组库数据分析细胞通讯细胞类型鉴定公开课的ppt（以及其他单细胞课件）ATAC相关10X文档综述文章个人写的《XXX在单细胞数据分析中的应用》

周运来就是我·2023-03-13 07:58

答读者问(6)：单细胞TPM矩阵如何分析？

问题一、有的文章只提供TPM的单细胞表达矩阵，可以用seurat分析吗？二、分析流程和用count矩阵有什么不同？三、10X的单细胞转录组数据的标准化需要考虑基因长度吗？

TOP生物信息·2023-03-11 16:12

Seurat中默认颜色配方提取

分析时候遇到一个问题就是Seurat中DimPlot中画聚类图时候的颜色配方该怎么去提取。

Aji·2023-03-11 07:41

Giotto|| 空间表达数据分析工具箱

Seurat新版教程：分析空间转录组数据单细胞转录组数据分析||scanpy教程：空间转录组数据分析10XVisium:空间转录组样本制备到数据分析空间信息在空间转录组中的运用Giotto,atoolboxforintegrativeanalysisandvisualizationofspatialexpressiondata

周运来就是我·2023-03-11 00:46

10X单细胞转录组与10X单细胞ATAC联合分析之Seurat

hello，大家好，这是第一次和大家分享有关10X单细胞和10XATAC的联合分析，我们这一次来深入看一下10X单细胞和10XATAC的联合分析方法（Seurat）。

Evil_Genius·2023-03-10 12:19

Ubuntu 安装Seurat包报错configure: error: geos-config not found or not executable

咱就说好不容易在系统上安装了CellChat，SeuratR包就不见了哈哈哈，懵逼，然后发现安装的时候，报错了configure:error:geos-confignotfoundornotexecutable。检索了下，然后发现有人也跟我遇到同样的问题，采用了其中一个解决办法，很快就解决了，可太开心了。参考的链接是:https://www.jianshu.com/p/7069a6a244cc1.

Aji·2023-03-10 02:16

seurat对象结构

SeuratslotslotfunctionassaysAlistofassayswithinthisobjectmeta.dataCell-levelmetadataactive.assayNameofactive,ordefault,assayactive.identIdentityclassesforthecurrentobjectgraphsAlistofnearestneighborgr

麒麟991·2023-03-09 01:04

Seurat取子集时会用到的函数和方法

一、Seurat数据格式首先我们需要先对Seurat生成的数据格式有所了解：单细胞数据格式思维导图图片来源：周运来老师的：为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据解释：Assays默认情况下，Seurat

BINBINCC·2023-02-19 02:20

单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释

:认识CellHashing单细胞分析实录(2):使用CellRanger得到表达矩阵单细胞分析实录(3):CellHashing数据拆分单细胞分析实录(4):doublet检测单细胞分析实录(5):Seurat

TOP生物信息·2023-02-18 15:52

多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony

library(Seurat)library(harmony)library(tidyverse)library(patchwork)rm(list=ls())一.多个单细胞样本

Hayley笔记·2023-02-18 10:06

【单细胞测序数据分析-1】认识Seurat对象数据结构/数据格式及操作

本文内容包括单细胞seurat对象数据结构，内容构成，对象的调用、操作，常见函数的应用等。1.单细胞seurat对象数据结构单细胞数据结构.jpg此图引用自周运来老师，稍作注释。

森尼啊·2023-02-17 18:43

单细胞数据处理小细节汇总

1.Seurat对象查看当前的Assaypbmc200&nFeature_RNA%FindVariableFeatures(nfeatures=2000)%>%ScaleData(vars.to.regress

Hayley笔记·2023-02-17 17:37

ggplot画 ump 和tsne 从seurat中使用addmodule得到的umap 使用ggplot画图

ggplot画ump和tsne从seurat中使用addmodule得到的umap使用ggplot画图输入炎性基因#对给定的基因集合进行打分All.merge=AddModuleScore(All.merge

YoungLeelight·2023-02-07 13:06

空间转录组教程|| stLearn ：空间轨迹推断

空间信息在空间转录组中的运用Giotto||空间表达数据分析工具箱SPOTlight||用NMF解卷积空间表达数据Seurat新版教程：分析空间转录组数据单细胞转录组数据分析||scanpy教程：空间转录组数据分析

周运来就是我·2023-02-05 02:41

【单细胞】Scanpy进行高可变基因的筛选

1功能取出高可变基因，默认使用log的数据，当使用flavor=seurat_v3的时候，采用countdata。

一穷二白到年薪百万·2023-02-04 14:21

scCustomize：自定义可视化你的单细胞数据（二）

简介scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包，里面集合了一些常用的数据可视化方法，可以与Seurat包进行很好的联用，支持Seurat，LIGER和SCE等常用对象的数据。

Davey1220·2023-02-04 05:27

Monocle拟时间分析

Monocle可以进行下面三种类型的分析，可以与seurat无缝连接：1对细胞进行聚类、分组和计算；2.进行拟时间分析；3.差异表达分析；2.ConstructingSingleCellTrajectoriesTrajectorystep1

五谷吃不完了·2023-02-02 23:04

关于修改Seurat对象中的样本名（多样本混合）

适用于多个样本合并分群之后想要再次修改样本名称#首先官网上给出过重新命名细胞亚群的例子涉及到‘Idents’这一对象#需要知道的是’Idents’默认指代细胞分群所对应的分组#因此第一步我们需要将这个“默认”进行修改#levels(immune.combined)查看当前IdentsIdents(immune.combined)='stim'#这句代码切换#levels(immune.combin

五谷吃不完了·2023-02-02 07:52

2022-01-17 CCA校正批次效应

用这组基因在每个亚群中的差异代表整体基因的差异，按照这个差异调整整体基因表达水平#该代码用于理解并分析批次差异比较大的样本，通过CCA算法将批次效应进行校正#并基于校正之后的数据进行下游分析#加载分析使用的包library(Seurat

徐添添·2023-02-01 23:00

linux上装Rstudio教程并更换R版本

20211005更新我真的是懒的一个人服务器上的RStudio没有Seurat，然后我平常就不用那个跑哈哈哈哈，其实我就是懒得去解决那个问题，平常都用命令行跑。

Aji·2023-01-30 17:31

R/单细胞测序/Seurat的作用及概述（不含代码）

这篇文章的目的是为了帮助理解Seurat在单细胞转录组分析中可以做哪些事，并且对整体的数据分析流程有一个整体的认识。并不包含代码。

大李_1ba1·2023-01-29 00:53

单细胞注释之坑-通过AddModuleScore注释细胞

这里我们需要先找到细胞的marker基因，这里以NKT细胞为例，我们知道NKT有三个经典的marker（CD45,CD3,CD56），我们单个marker注释看看这里的sce就是我们前面使用seurat

木之如水·2023-01-28 09:40

jupyter notebook 配置，内核安装，python库及R包的安装

.创建环境2.安装、配置Jupyternotebook3.配置ipyparallel4.远程链接Jupyternotebook5.安装python包6.R包安装向Jupyter中添加conda虚拟环境seurat

闻人玲珑·2023-01-08 09:15

scanpy学习教程就像seurat教程一样

Tutorials—Scanpy1.9.1documentation教程汇总所有关于scanpy的教程UsagePrinciples—Scanpy1.9.1documentation总的介绍API—Scanpy1.9.1documentation常用命令汇总总结读取数据Datasets读取数据集内置数据集https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/late

YoungLeelight·2022-12-31 08:54

（单细胞-SingleCell）Scanpy流程——python 实现单细胞 Seurat 流程——单细胞文献实战

导入模块importscanpyasscimportosimportmathimportitertoolsimportwarningsimportnumpyasnpimportpandasaspdimportmatplotlib.pyplotasplt%matplotlibinline%configInlineBackend.figure_format='svg'warnings.filterwa

TTS56·2022-12-30 12:12

（单细胞-SingleCell）Seurat流程文献复现——单细胞实战分析流程

Therapy-InducedEvolutionofHumanLungCancerRevealedbySingle-CellRNASequencing这篇教程我将分为四个阶段完整的阐述单细胞的主流的下游分析流程数据预处理（数据准备阶段）seurat

TTS56·2022-12-30 12:42

jupyter notebook配置-解决Anaconda虚拟环境中iRkernel连接失败的问题

iRkernel连接失败：做单细胞分析最常用的软件包就是R语言的Seurat了。

bamboo_shoot_kk·2022-12-25 17:40

单细胞数据处理流程-monocle2

,quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("monocle")library(monocle)2.处理数据-Seurat

weixin_52505487·2022-12-22 11:29

Seurat SingleCellExperiment anndata相互转化

scanpy和SingleCellExperiment和Seurat之间的转换使用1#安装并加载SeuratData中的pbmc3k数据集#library(SeruatData)#1.

qq_45759229·2022-12-08 07:55

SCS【8】单细胞转录组之筛选标记基因 (Monocle 3)

RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组之cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据GEO下载及读取SCS【4】单细胞转录组数据可视化分析(Seurat4.0

桓峰基因·2022-12-07 17:29

单细胞数据挖掘 P 3.1 QC以及细胞周期判断

p=10P3.1QC空细胞及重复细胞质控以及细胞周期判断空细胞质控load("scRNA.Rdata")library(Seurat)##1、detectspecialcells----#emptydroplet

学海溺子·2022-12-07 04:01

Seurat PBMC教程理解分享

1.读取数据library(dplyr)library(Seurat)library(patchwork)#LoadthePBMCdatasetpbmc.data<-Read10X(data.dir="

自认是大佬眼中level1的菜鸟·2022-12-07 04:01

Seurat之细胞周期评分 cellcircle大小写转换 Hmisc 注意scaledata时候需要把所有的基因都scale

https://www.jianshu.com/p/983658ae7f25getwd()path="G:/silicosis/sicosis/xfy/cell_circle_score/"dir.create(path)setwd(path)getwd()load("D:/Win10System/Documents/WeChatFiles/wxid_f27yna03e0v622/FileStor

YoungLeelight·2022-12-07 04:30

Seurat | 强烈建议收藏的单细胞分析标准流程（经典归一化与降维方法）（二）

2用到的包rm(list=ls())library(Seurat)library(tidyverse)library(SingleR)library(celldex)library(RC

生信卷·2022-12-07 04:58

Seurat | 强烈建议收藏的单细胞分析标准流程（差异分析与细胞注释）（五）

1写在前面本期我们介绍一下如何使用Seurat包进行差异分析，以及如何使用SingleR进行细胞注释。

生信卷·2022-12-07 04:58

Seurat | 强烈建议收藏的单细胞分析标准流程（基础质控与过滤）（一）

1.写在前面作为现在最火的scRNAseq分析包，Seurat当之无愧。本期开始我们介绍一下Seurat包的用法，先从基础质控和过滤开始吧。

生信卷·2022-12-07 04:28

Seurat | 强烈建议收藏的单细胞分析标准流程（细胞周期的影响去除）（三）

2用到的包rm(list=ls())library(Seurat)library(tidyverse)library(ggsci)3示例数据exp.mat<-read.tab

生信卷·2022-12-07 04:56

Seurat分析单细胞标准流程

目录一、数据下载二、SetuptheSeuratObject（设置Seurat对象）1、安装R包2、加载R包3、读入数据三、Standardpre-processingworkflow（标准的预处理流程

xz10070617·2022-12-06 07:08

西瓜数据集4.0_Seurat 4.0 || 单细胞PBMC多模态参考数据集

前情回顾Seurat4.0||您的单细胞数据分析工具箱上新啦Seurat4.0||单细胞多模态数据整合算法WNNSeurat4.0||分析scRNA和膜蛋白数据Seurat4.0||WNN整合scRNA

weixin_39994627·2022-12-05 10:53

10x单细胞分析流程

参考：单细胞测序分析软件包_seurat使用笔记_橙子榴莲巧克力的博客-CSDN博客_seurat单细胞测序#下载Seurat官网给的pbmc数据，解压tar.gz文件后生成三个文件，包括features

wuxintang123·2022-11-28 20:49

自学Seurat的一点记录

ANALYSISOFSINGLECELLRNA-SEQDATAANALYSISOFSINGLECELLRNA-SEQDATAhttps://broadinstitute.github.io/KrumlovSingleCellWorkshop2020/index.html本文主要针对Seurat

Single cell rookie·2022-11-28 20:19

FindVariableFeatures（高可变基因）和FindMarkers（差异表达基因）的区别

1FindVariableFeatures()–特征选择:高变异基因就是highlyvariablefeatures（HVGs），就是在细胞与细胞间进行比较，选择表达量差别最大的基因，Seurat使用FindVariableFeatures

hyena_7·2022-11-28 20:18

stackedplot 函数_R函数实现单细胞StackedVlnPlot

image上图这样的单细胞StackedVlnPlot在高分文章中出现比较多，比较适合美观的展示多个markergene的表达分布，而目前Seurat画小提琴图的函数VlnPlot是不能实现这样堆叠效果的

weixin_39870155·2022-11-28 20:18

哈佛大学单细胞课程|笔记汇总（九）

哈佛大学单细胞课程|笔记汇总（七）哈佛大学单细胞课程|笔记汇总（八）（九）Single-cellRNA-seqmarkeridentification对于上面提到的3个问题，我们可以使用Seurat探索

生信宝典·2022-11-28 20:17

生信入门（六）——单细胞分析（Seurat）

生信入门（六）——单细胞分析（Seurat）文章目录生信入门（六）——单细胞分析（Seurat）一、数据导入1、数据来源2、数据导入二、标准预处理1、QC和选择细胞进行进一步分析2、规范化数据3、识别高度可变的特征

柚子味的羊·2022-11-28 20:17

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