Seurat 第8页

单细胞基因可视化之小提琴图

Seurat自带函数VlnPlot可以进行基因可视化，其实在前面QC结果的战事中已经使用过一次了。

TS的美梦·2022-11-28 20:46

Seurat包分析单细胞转录组数据代码

1.构建Seurat对象#install.packages('Seurat')rm(list=ls())#表达矩阵来自CellRanger分析结果data_dir500& nFeature_RNA

qq_27390023·2022-11-28 20:16

Seurat::DotPlot绘图美化-facet方法添加X轴注释标签

###获取Seurat气泡图的绘图数据data.usagedata.usageavg.exppct.expfeatures.plotidavg.exp.scaledHtr2c6.387599e-020.88218224Htr2c0

Nh_code·2022-11-28 20:15

单细胞测序数据分析-seurat使用（自学整理版）

一、数据准备10X单细胞转录组理论上有3个文件才能被读入R进行seurat分析，分别是barcodes.tsv、genes.tsv和matrix.mtx，文件barcodes.tsv和genes.tsv

FF在努力·2022-11-28 20:44

seurat使用笔记（数据处理、PCA、聚类）

一、数据前处理#保持好习惯，先清空一下环境，设置保存路径rm(list=ls())setwd("")1.数据读取载入包#载入程辑包#multtest包安装tips,#install.packages("BioManager")#BiocManager::install("multtest"),##如果出现显示R版本不符的error不要着急换R版本，直接打开R软件选择就近的镜像安装。library(

FF在努力·2022-11-28 20:14

【最新汇总】单细胞转录组分析与绘图系列

:认识CellHashing单细胞分析实录(2):使用CellRanger得到表达矩阵单细胞分析实录(3):CellHashing数据拆分单细胞分析实录(4):doublet检测单细胞分析实录(5):Seurat

R语言学堂·2022-11-25 14:13

跟着Cell学单细胞转录组分析(七):细胞亚群分析及细胞互作

首先提取免疫细胞群，然后跑一遍Seurat流程，重新聚类分群。library(Seurat)immune<-subset(scedata,

TS的美梦·2022-11-25 13:05

单细胞测序的入门操作

features里面包含了基因的特征，ensembleid以及与之相对应的symleid3.matrix里每个细胞基因所对应的count数library(SingleR)library(dplyr)library(Seurat

yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:15

单细胞数据分群的几种方法

这个图是通过Seurat标准流程降维后得到的muscle组织分群图然后查阅文章得到muscle组织不同细胞的markergenegenes_VEC=c("Fabp4","Cdh5","Cav1")#vascularendothelialcellsgenes_FC

微光**·2022-11-21 15:00

单细胞测序流程分析

一.读入10x数据并创建seurat对象#pbmc为外周血单个核细胞library(Seurat)pbmc.data%为管道函数，就是把左件的值发送给右件的表达式（暂存在内存当中，没有保存为对象在硬盘中

一个努力学习奋进的游民·2022-11-21 15:59

【单细胞测序攻略：二聚体过滤】DoubletDecon包过滤Seurat对象的二聚体（Doublet）

单细胞测序攻略：二聚体过滤——DoubletDecon包攻略DoubletDecon介绍提醒：1.一直到2020年7月一直在更新，直接对接seurat比较好用2.需要单个样本全部seurat流程走一遍，

公卫小何·2022-11-21 15:57

单细胞基因可视化之热图的根本改造2

library(Seurat)library(st

TS的美梦·2022-11-21 15:54

单细胞分析实录(5): Seurat标准流程

前面我们已经学习了单细胞转录组分析的：使用CellRanger得到表达矩阵和doublet检测，今天我们开始Seurat标准流程的学习。

TOP生物信息·2022-11-21 15:19

生新技能树单细胞GBM数据分析(SignleR以及Seurat 联合分析及细胞簇注释

学习是一种态度图片来自网络关于单细胞测序分析，本文主要参考生新技能树团队的帖子和代码，有部分内容属于自己的理解，在此非常感谢生新技能树团队无私的奉献。当然本帖子也参考了大量其他的贴子，参考内容和链接将会在相应地方放出，以便读者学习。单细胞分析技术目前尚多，SignleR和Seruat是主流的分析，之前我们就Seruat官网上的流程进行了初步的分析，这次的内容主要是结合SingleR和Seruat进

forever luckness·2022-11-21 15:47

单细胞测序分析软件包_seurat使用笔记

20210829修改本笔记主要参考seurat的网址https://satijalab.org/seurat/主要是为了理清思路，记录一下，方便以后查找，希望也能够对各位同学有所帮助Seurat软件介绍

橙子榴莲巧克力·2022-11-21 14:43

单细胞基础分析 | 对细胞按照基因marker进行分型（ACC脑区）

现在开始跟着Seurat上面的教程一点点的来做。

今天也是个妖精头子呀·2022-11-21 07:59

跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化

跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应跟着Cell学单细胞转录组分析(

TS的美梦·2022-11-21 07:53

跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类

数据合并之后，就需要跑标准的Seurat分析流程了。在《cell》文章中，作者还计算了细胞周期评分，因为我们收集到的细胞可能处于不同的分裂时期，所以看周期是很有必要的，尤其是针对具体的研究目的。

TS的美梦·2022-11-21 07:23

单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释

:认识CellHashing单细胞分析实录(2):使用CellRanger得到表达矩阵单细胞分析实录(3):CellHashing数据拆分单细胞分析实录(4):doublet检测单细胞分析实录(5):Seurat

TOP生物信息·2022-11-21 07:53

单细胞测序两组差异分析—seurat包

20210829修改之前是根据官网+别人帖子写的总结，自己做了一段时间，把之前的再完善一下尝试使用seurat包进行两组间差异分析使用的是seurat包自带的数据创建seurat对象#首先载入需要的包library

橙子榴莲巧克力·2022-11-21 07:44

单细胞分析：数据整合（九）

如果在Seurat对象

冷冻工厂·2022-11-20 21:48

SCTransform：单细胞样本的标准化

每次我在国内直接用这种方法下载数据集都没有成功，如上，下载安装包，本地安装：install.packages(“H:/singlecell/Seurat/stxBrain.SeuratData_0.1.1

YoungLeelight·2022-11-20 21:17

分泌蛋白基因列表下载

Single-CellReconstructionofProgressionTrajectoryRevealsInterventionPrinciplesinPathologicalCardiacHypertrophy的时候，看到如下使用Seurat

Hayley笔记·2022-11-20 16:46

Seurat打通单细胞常规流程

Seuratstandardpipeline(10核心流程)创建Seurat对象Read10XCreateSeuratObjecet质控PercentageFeatureSubjectsubset标准化

云养江停·2022-11-01 15:15

plot1cell：优雅的可视化你的单细胞数据

简介plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于SeuratV4，circlize，ComplexHeatmap和simplifyEnrichment

Davey1220·2022-10-31 08:59

【包】seurat-1 细胞分类

1.GuidedClusteringTutorialRead10X读来自10X的数据，读出来是行为特征，列为细胞的矩阵CreateSeuratObject构建seurat对象，用于后续分析（稀疏矩阵、节省空间

JamesMori·2022-10-30 11:47

Linux集群下安装Seurat/SeuratObject/rgeos出现configure: error: geos-config not found or not executable报错

1.报错在安装Seurat会出现如下核心报错：configure:error:geos-confignotfoundornotexecutable.2.原因尝试手动下载解压安装rgeos、从Github

纷纷不可诉·2022-10-26 19:24

单细胞多组学整合分析方法讨论

Seurat提供了scRNA-seqandscATAC-seq联合分析教程，以I

Evil_Genius·2022-10-17 17:38

单细胞多组学系列学习笔记汇总

image.png单细胞转录组数据分析Seurat包学习笔记Seurat包学习笔记（一）：GuidedClusteringTutorialimage.pngSeurat包学习笔记（二）：IntegrationandLabelTransferimage.pngSeurat

Davey1220·2022-10-13 18:38

2022-10-11早间新闻

这样我这种凑整点党可能会少拖拉一点习惯养成：咖啡少喝一点要不晚上睡不着觉学习·信息·阅读每工作50min休息十分钟上午：阅读笔记填写x1植物组会下午：阅读笔记填写x1英语课Python基础课，R语言和Seurat

Athena404·2022-10-11 09:04

单细胞-目录索引

科研小徐·2022-09-18 22:57

SCS【4】单细胞转录组数据可视化分析 (Seurat 4.0)

点击关注，桓峰基因桓峰基因的教程不但教您怎么使用，还会定期分析一些相关的文章，学会教程只是基础，但是如果把分析结果整合到文章里面才是目的，觉得我们这些教程还不错，并且您按照我们的教程分析出来不错的结果发了文章记得告知我们，并在文章中感谢一下我们哦！公司英文名称：KyohoGeneTechnology(Beijing)Co.,Ltd.桓峰基因公众号推出单细胞系列教程，有需要生信的老师可以联系我们！首

桓峰基因·2022-09-10 19:58

Integration and Label Transfer_FindTransferAnchors_TransferData_predictions.assay

https://satijalab.org/seurat/archive/v3.1/integration.htmlSeurat3引入了用于多个单细胞测序数据集进行整合分析的新方法。

YoungLeeyou·2022-09-08 04:34

Seurat 4.0 初探（Guided tutorial — 2,700 PBMCs）

学习Seurat官网https://satijalab.org/seurat/中的Seurat-GuidedClusteringTutorial（Compiled:January11,2022），记录学习笔记

林枫bioinfo·2022-08-24 18:27

单细胞（小鼠）| 差异分析＋GSEA通路富集

教程：FindMarkers做差异分析默认就不会返回全部基因-腾讯云开发者社区-腾讯云(tencent.com)Seurat包的findmarkers函数只能根据划分好的亚群进行差异分析吗(qq.com

一只小脑斧·2022-07-06 21:02

柱状图 | 百分比柱状图

语言假设检验M39B_XUO}OBDEY~~DSSNIL9.png################一、从单细胞数据中取出信息cell<[email protected]<-cell[,c(5,15)]#seurat_cluster

一只小脑斧·2022-07-05 18:36

R画小提琴图看空间转录组表达基因数目

Rversion4.1.0>library(Seurat)>sce=readRDS('/GPFS/*/mouse/133TL_A5_bin50_QC.rds')>[email protected]>VlnPlot

SnorkelingFan凡潜·2022-07-03 22:08

Seurat整合scRNA-seq和scATAC-seq

单细胞转录组学已经改变了我们表征细胞状态的能力，但对生物学更深入的理解需要的不仅仅是对细胞进行简单分类。随着测量细胞不同维度信息的新方法的出现，一个关键的分析挑战是整合这些数据集以更好地了解细胞特性和功能。例如，用户可以在同一个生物系统上执行scRNA-seq和scATAC-seq实验，并使用同一组细胞类型标签一致地注释两个数据集。但由于以单细胞分辨率下收集到的基因组数据稀疏，而且scRNA-se

Hayley笔记·2022-07-01 10:45

单细胞RunPCA()结果解读+DimHeatmap的用法

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap

Hayley笔记·2022-07-01 10:28

Hayley笔记·2022-07-01 10:51

Seurat的打分函数AddMouduleScore

在读张泽民老师发表的新冠文献的时候看到计算免疫细胞的cytokinescore或inflammatoryscore使用了Seurat包的AddMouduleScore函数，在计算细胞周期的CellCycleScoring

Hayley笔记·2022-07-01 10:40

富集分析结果雷达图

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot在读文献Resolvingtheintertwiningofinflammationandfibrosisinhumanheartfailureatsingle-celllevel

Hayley笔记·2022-07-01 10:25

单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA

单细胞富集分析系列：单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图1.数据和基因集准备library(Seurat

Hayley笔记·2022-07-01 10:15

单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图

1.数据集准备library(Seurat)library(patchwork)library(clusterProfiler)library(org.Mm.eg.db)##加载小鼠li

Hayley笔记·2022-07-01 10:12

单细胞亚群差异基因火山图