E-COM-NET
首页
在线工具
Layui镜像站
SUI文档
联系我们
推荐频道
Java
PHP
C++
C
C#
Python
Ruby
go语言
Scala
Servlet
Vue
MySQL
NoSQL
Redis
CSS
Oracle
SQL Server
DB2
HBase
Http
HTML5
Spring
Ajax
Jquery
JavaScript
Json
XML
NodeJs
mybatis
Hibernate
算法
设计模式
shell
数据结构
大数据
JS
消息中间件
正则表达式
Tomcat
SQL
Nginx
Shiro
Maven
Linux
Somatic
近乎全文翻译:
Somatic
Evolution in Non-neoplastic IBD Affected Colon
2020年发表在cell上的一篇IBD体细胞突变的文章,来自sanger研究所。https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.036炎性肠病(IBD)是一种慢性炎性疾病。研究人员对来自46个IBD患者的446个结肠隐窝进行了全基因组测序,并将其与他们以前发表的有关正常结肠突变情况的41个非IBD对照的412个隐窝进行了比较。文章发现受炎症性肠病影响的结肠上皮细胞的平
宛廿庚
·
2023-10-21 03:13
TCGA|根据
somatic
mutation绘制突变景观图(oncoplot)和基因词云
使用XENA**的TCGA-LAML.mutect2_snv.tsv文件绘制基因词云和突变景观图。一基因词云有小伙伴在https://mp.weixin.qq.com/s/DvX_pKPF9bCcNqc3u6rTuw这个帖子下面留言说使用maftools的genecloud函数绘制基因云图时,报错提示没有这个函数,然后还提到http://bioconductor.org/packages/rele
Seurat_Satija
·
2023-09-29 15:55
Somatic
marker hypothesis
Thesomaticmarkerhypothesiscanexplaintheroleofemotionsinpracticalreasoning.Let’sendbyreturningtoourfinalquestion:Whatroledosecondaryemotionsplayinourpracticalreasoning?We’vebeenpursuingamysteryinwhicht
此锅非本锅
·
2023-08-30 04:21
如何从TCGA数据库下载体细胞突变数据(
somatic
mutation)
前面给大家介绍了新版的TCGA数据库,通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据和miRNAseq数据☞新版TCGA数据库RNAseq数据下载☞新版TCGA数据库miRNA数据下载以及如何合并成矩阵☞【视频讲解】R代码合并新版TCGA中RNAseq表达谱矩阵☞【视频讲解】R代码合并新版TCGA中miRNA表达谱矩阵☞零代码合并新版TCGA中RNAseq和miRNA表达谱我们
生信交流平台
·
2023-04-13 12:52
基因突变类型分类
发生在体细胞(
Somatic
)中的突变一般不会影响后代的性状。对于突变又分野生型和突变型。野生型即为自然界中普
静小沐
·
2023-04-07 08:52
GATK4插件Mutect2参数解析
Mutect2是基于
somatic
极大似然模型,通过寻找activeregion,迭代寻找可能突变的一款认可度很高的软件。值得注意的是目前的Mutect2单独call变异
佳期如梦你也是
·
2023-03-18 18:25
week2:Dissecting Cell Lineage Specification and Sex FateDetermination in Gonadal
Somatic
Cells U...
C1和C2代表表达Nr2f2的前体细胞C1:代表早期前体细胞,来源于E10.5~E13.5的性腺体细胞,主要表达标志物Nr2f1,在XY的性腺早期前体细胞也表达C2:代表基质前体细胞,来源E13.5以后的性腺体细胞,主要表达基质细胞的标志物Maf,以及睾丸间质细胞标志物如Tcf21、Pdgfra等C3和C4共表达Amhr2,Foxl2,Fst等标志物,代表颗粒细胞的不同分化阶段;C3:包括E11.
阿糖胞苷_SYSU
·
2023-02-03 12:54
不合适的人类参考基因组使mapping质量为0
之前抄着gatk的BestPractices做了个
somatic
的流程,用的是gatk这个页面发布的ucsc.hg19.fasta(md5suma244d8a32473650b25c6e8e1654387d6
无话_
·
2023-01-02 16:56
Chemical reprogramming of human
somatic
cells to pluripotent stem cells
北大邓宏魁团队2022年发布在NATURE上的文章:Chemicalreprogrammingofhumansomaticcellstopluripotentstemcells|Nature以下为全文翻译(水平有限,仅供参考):摘要:细胞重编程可以控制细胞的特性以产生所需的细胞类型1-3。使用细胞固有成分,包括卵子细胞质和转录因子,可以强制体细胞重编程为多能干细胞4-7。相比之下,暴露于小分子的化
嘿嘿嘿嘿哈
·
2022-07-03 00:38
Somatic
Mutation 傻傻分不清楚
点击关注,桓峰基因桓峰基因生物信息分析,SCI文章撰写及生物信息基础知识学习:R语言学习,perl基础编程,linux系统命令,Python遇见更好的你76篇原创内容-->公众号B站直播课,肿瘤克隆进化生信分析培训课程,没有录播,有需要这方面分析内容的老师可以过来交流一下!我们在桓峰基因公众号也推出克隆进化的系列文章,从组织到单细胞的克隆进化分析都有介绍,供大家参考:Topic1.克隆进化之sci
桓峰基因
·
2022-04-19 08:22
gatk4 mutect2 分析
somatic
突变
第一步:创建normal样品的PoN(Createasites-onlyPoNwithCreateSomaticPanelOfNormals)Tocreateapanelofnormals(PoN),calloneachnormalsampleasifatumorsample.ThenuseCreateSomaticPanelOfNormalstooutputaPoNofgermlineandar
微笑life
·
2022-02-02 23:01
变异探测算法深度解析
一、
somatic
与germline区别image胚系突变(GermlineMutation)和体细胞突变(SomaticMutation)在WGS、WES、GenePanel检测时常常遇到,二者最大的区别是胚系突变本质上是遗传性
基因组分析
·
2021-08-22 12:43
Extensive heterogeneity in
somatic
mutation and selection in the human bladder
图片.png今天再次给大家介绍一篇2020年发表在science上的一篇文章,首先看这篇文章的corresondingauthor图片.pngInigoMartincorena是来自于sanger的一个教授,他主要的研究方向是研究癌症中的somaticmutation在cancer和正常细胞中。在分子生物学,生物信息学和进化基因组学背景下,他的研究集中理解作为体细胞突变和选择的结果的癌症进展。在过
花生米yangyang
·
2021-03-16 19:07
Manta:一款方便临床测序使用的快速检测结构变异和INDEL 的软件
它主要开发用于检测单个样品的germline变异和tumor/normal配对样品的
somatic
变异。
生信小书童
·
2020-11-08 18:15
adjourn sojourn
免疫的immure禁闭interment埋葬internment拘留fiddle拉小提琴欺骗浪费piddle撒尿闲混浪费machanical力学的机械的machination阴谋semantic语义的
somatic
3e7cfcfcef54
·
2020-10-21 22:05
Broad Institute视频笔记Introduction to
Somatic
Variant Discovery
这一视频讲的是somaticvariantsdiscovery,主要是集中在肿瘤样品上。视频地址:here下面这幅图简单的展示了在肿瘤环境里的情况。在肿瘤发展的过程中,包含mutationevents。Thereareavarietyofthingsthathappenwithinthistissue.Whereyoustartwithonecellthatmutatesandendupwitha
生信start_site
·
2020-09-09 08:51
【3】肿瘤基因组数据分析方法概述
肿瘤基因组分析肿瘤进化过程image.png基本概念:germline/
somatic
/driver/passengermutation二次打击学说:生殖突变+体细胞突变主要基于体细胞突变研究发展趋势:
米源MY
·
2020-08-28 09:11
GATK4的mutect2流程
GATK4实战教程GATK4的CNV流程-hg38官网教程https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/9183/how-to-call-
somatic
-snvs-a
生信技能树
·
2020-08-25 00:01
五、肿瘤全基因组学体细胞结构突变特征(Patterns of
somatic
structural variation in human cancer genomes)
原文链接共有16种特征性基因结构(SV)突变一、典型的结构突变(SV)剪切-粘贴式(左上):1.基因缺失,缺失片段(灰色)前后基因连接2.基因倒序,基因在原位置上首尾倒序(黄色)3.复制+倒序,基因扩增后,倒序(青色)接入原有基因(存在基因缺失-灰色)4.不平衡易位,两段均有缺失的基因相连接5.基因易位,两条基因断裂后,断段互换,接入另一条基因的断点串联重复(右上):一个或多个核苷酸前后相连接的重
dr_yingli
·
2020-08-23 10:39
肿瘤全基因组学
GATK Best Practices — step3 体细胞突变 SNV/INDEL(
Somatic
SNVs + Indels)
一、体细胞突变SNV/INDEL(SomaticSNVs+Indels)的介绍GATK官网介绍:Somaticshortvariantdiscovery(SNVs+Indels)单个样本/成对样本都可以进行这一步官方给出了两套流程(都在一个GIT下面):Somaticshortvariantstumor-normalpairSomaticshortvariantsPONcreationgitclo
小灰灰不会飞那又怎样
·
2020-07-31 11:53
比对到hg19和hg38对
somatic
变异的寻找影响很大
我的bam文件如下:4.0GMar2906:18B_marked_fixed.bam3.8GMar2913:22D_marked_fixed.bam4.5GMar2907:26T_marked_fixed.bam其中B是正常组织的WES数据,使用varscan找somaticmutation的时候作为normal,然后对另外两个样本(D和T)计算。从这个bam文件可以看到这个WES测序深度不够高,
生信技能树
·
2020-07-01 07:01
深度学习的一个有意思的应用: 通过一张图片讲故事
http://www.
somatic
.io/blog/how-neural-storyteller-worksHowNeuralStorytellerWorksByjasonWearestartingaseriesofarticlesexplainingsomeofthemorepopulardeeplearningmodelsandtheirarchitects.We'llstartoffwit
yangdelong
·
2020-06-30 05:02
人工智能
实战之 mutect2检测
somatic
变异流程
1用途mutect2是GATK(TheGenomeAnalysisToolkit,是BroadInstitute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件,里面包含了很多有用的工具)中的一个工具,主要功能是检测体细胞变异,包含SNV和INDEL。GATK4中的mutect2是基于一种贝叶斯模型来检测变异的,这与MuTect(Cibulskisetal.,2013)不同。Mutect2v4.1.0.0之
bioyangyang
·
2020-04-10 10:47
【转】全基因组重测序分析
一、简介(Introduction)通过高通量测序识别发现denovo的
somatic
和germline突变,结构变异-SNV,包括重排突变(deletioin,duplication)以及copynumbervariation
oddxix
·
2020-01-03 06:35
PRAP抑制剂在软巢癌中的应用
同源重组缺陷(HRD)由种系(germline)BRCA突变、体系(
somatic
)BRCA突变和或表观遗传沉默(epigeneticsil
亨利福特健康
·
2019-10-30 19:27
你的伴侣有躯体化症状障碍
本文译自https://barendspsychology.com/partner-has-
somatic
-symptom-disorder/当你的伴侣有躯体化症状障碍时,你们的关系会具有挑战性。
Brainfog
·
2019-08-24 07:49
TCGA的maf文件开始控制下载了
TCGA的maf文件开始控制下载了大家都知道maf文件记录着肿瘤患者的
somatic
突变情况,通常我们可以根据这个信息来在同一个肿瘤内部进行分组挖掘数据,比如:如果你还不了解maf格式,请看:https
生信技能树
·
2019-08-05 00:09
NO011.20190108.NAR.COSMIC: the Catalogue Of
Somatic
Mutations In Cancer
原文链接:COSMIC:theCatalogueOfSomaticMutationsInCancer文章来源:昨日文章COSMIC:exploringtheworld'sknowledgeofsomaticmutationsinhumancancer的更新版。备注:NAR系列文章之一摘要概述COSMICv86(2018年8月版)统计:a.编码突变(codingmutations):6million
arookiea
·
2019-01-11 22:46
Annovar(1) 注释也能输出vcf格式(--vcfinput)
table_annovar.pl的输入文件可以是vcfformat也可以是avinputformat,今天才发现输出文件也可以是vcfformat:perltable_annovar.plDPM09234_L8.
somatic
.vcfhumandb
_nnnoOooM
·
2018-09-06 10:23
全基因组重测序数据分析
全基因组重测序数据分析转自:http://www.biodiscover.com/news/research/95875.html1.简介(Introduction)通过高通量测序识别发现denovo的
somatic
高锦-生信
·
2018-01-16 13:46
NGS
全基因组重测序数据分析
全基因组重测序数据分析转自:http://www.biodiscover.com/news/research/95875.html1.简介(Introduction)通过高通量测序识别发现denovo的
somatic
g863402758
·
2017-02-07 00:00
bioinformatics
Somatic
mutation
http://ghr.nlm.nih.gov/glossary=somaticmutation Your use of "
somatic
" in this context
wanguan2000
·
2011-11-25 09:00
mat
上一页
1
下一页
按字母分类:
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
其他