E-COM-NET
首页
在线工具
Layui镜像站
SUI文档
联系我们
推荐频道
Java
PHP
C++
C
C#
Python
Ruby
go语言
Scala
Servlet
Vue
MySQL
NoSQL
Redis
CSS
Oracle
SQL Server
DB2
HBase
Http
HTML5
Spring
Ajax
Jquery
JavaScript
Json
XML
NodeJs
mybatis
Hibernate
算法
设计模式
shell
数据结构
大数据
JS
消息中间件
正则表达式
Tomcat
SQL
Nginx
Shiro
Maven
Linux
WGCNA
相关性网络图
3.最全
WGCNA
教程(替换数据即可出全部结果与图形)
WGCNA
分析|全流程分析代码|代码一
WGCNA
分析|全流程分析代码|代码二
WGCNA
分析|全流程代码分享|代码三4.精美图形绘制教程精美图形绘制教程
小杜的生信筆記
·
2023-10-12 15:52
R语言精美图形绘制教程
信息可视化
r语言
人工智能
开发语言
学习
4+经典思路,肿瘤+
WGCNA
+预后模型鉴定预后标志物
今天给同学们分享一篇4+经典思路的生信文章“Identificationandvalidationofafive-geneprognosticsignaturebasedonbioinformaticsanalysesinbreastcancer”,这篇文章于2023年1月27日发表在Heliyon期刊上,影响因子为4。乳腺癌(BRCA)是一种发病率较高的异质性疾病,是女性癌症死亡的第二大原因[1
生信风暴
·
2023-10-11 12:57
零知识证明
多尺度嵌入式基因共表达网络分析(MEGENA)
最常用的共表达网络分析是加权基因共表达网络分析(
WGCNA
),它将复杂生物过程的基因共表达网络划分为高度相关的几个特征模块,其代表着几组高度协同变化的基因集,并可将模块与特定的临床特征建立关联,从中寻找发挥关键功能的基因
博士苑
·
2023-10-08 23:54
2022-11-25
WGCNA
包的blockwiseModules函数报错
net=blockwiseModules(datExpr,power=6,TOMType="unsigned",minModuleSize=30,reassignThreshold=0,mergeCutHeight=0.25,numericLabels=TRUE,pamRespectsDendro=FALSE,saveTOMs=TRUE,saveTOMFileBase="femaleMouseTO
学习生信的小兔子
·
2023-10-08 14:09
WGCNA
:加权基因共表达网络分析
加权基因表达网络分析(Weightedgeneco-expressionnetworkanalysis,
WGCNA
),又叫权重基因共表达网络分析,其根本思想是根据基因表达模式的不同,挖掘出相似表达模式的基因
Y大宽
·
2023-09-25 08:43
8+容易拿分的思路,共病+
WGCNA
+机器学习
今天给同学们分享一篇非肿瘤+
WGCNA
+机器学习的生信文章“Identificationofimmune-associatedgenesindiagnosingosteoarthritiswithmetabolicsyndromebyintegratedbioinformaticsanalysisandmachinelearning
生信风暴
·
2023-09-23 08:43
零知识证明
5+铁死亡+分型+
WGCNA
+机器学习分析
今天给同学们分享一篇铁死亡+分型+
WGCNA
+机器学习的生信文章“Identificationofferroptosis-relatedmolecularclustersandgenesfordiabeticosteoporosisbasedonthemachinelearning
生信风暴
·
2023-09-23 07:18
零知识证明
3.6+铁死亡+
WGCNA
+机器学习
今天给同学们分享一篇3.6+铁死亡+
WGCNA
+机器学习的生信文章“IdentificationofferroptosisrelatedbiomarkersandimmuneinfiltrationinParkinson'sdiseasebyintegratedbioinformaticanalysis
生信风暴
·
2023-09-23 07:18
零知识证明
8+单基因+细胞凋亡+
WGCNA
+单细胞+实验验证
今天给同学们分享一篇单基因+细胞凋亡+
WGCNA
+实验验证的生信文章“RASGRP2isapotentialimmune-relatedbiomarkerandregulatesmitochondrial-dependentapoptosisinlungadenocarcinoma
生信风暴
·
2023-09-23 07:15
零知识证明
最新8.7分非肿瘤生信+表达验证,非肿瘤结合泛癌生信高分文章频出!
影响因子:8.78关于非肿瘤生信,我们也解读过很多,主要有以下类型1单个疾病
WGCNA
+PPI分析筛选hub基因。2单个疾病结合免疫浸润,铁死亡,自噬等基因集,机器学习算法等。
生信小课堂
·
2023-09-10 08:02
TCGA 数据分析实战 ——
WGCNA
前言加权基因共表达网络分析(
WGCNA
,Weightedgeneco-expressionnetworkanalysis)是一种用来描述不同基因在样本中的表达关联模式的系统生物学方法。
名本无名
·
2023-09-05 20:19
WGCNA
分析教程 | 代码四
写在前面
WGCNA
的教程,我们在前期的推文中已经退出好久了。今天在结合前期的教程的进行优化一下。只是在现有的教程基础上,进行修改。其他的其他并无改变。
小杜的生信筆記
·
2023-09-04 16:15
信息可视化
数据挖掘
开发语言
学习
数据库
WGCNA
分析 | 全流程代码分享 | 代码二
–关于WGNCA的教程,本次的共有三期教程,我们同时做了三个分析的比较,差异性相对还是比较大的,详情可看
WGCNA
分析|你的数据结果真的是准确的吗??
小杜的生信筆記
·
2023-09-04 16:14
学习
r语言
机器学习
数据挖掘
python
WGCNA
分析 | 代码一
输出结果分析代码关于
WGCNA
分析,如果你的数据量较大,建议使用服务期直接分析,本地分析可能导致R崩掉。
小杜的生信筆記
·
2023-09-04 16:13
学习
r语言
人工智能
数据挖掘
信息可视化
WGCNA
得到模块之后如何筛选模块里面的hub基因
WGCNA
得到模块之后如何筛选模块里面的hub基因原创生信技能树我在生信技能树多次写教程分享
WGCNA
的实战细节,见:一文看懂
WGCNA
分析(2019更新版)通过
WGCNA
作者的测试数据来学习重复一篇
WGCNA
天涯清水
·
2023-09-03 18:33
WGCNA
相关文献记录【自找】
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=colorectal+cancer+gene+co-expression+network&size=200来源【01】IdentifyingmiRNAandgenemodulesofcoloncancerassociatedwithpathologicalstagebyweightedgeneco-expressionne
医只蜗牛
·
2023-08-30 02:18
知识分享| 转录组个性化分析(5)——转录因子及转录因子结合位点预测
并且可以结合
WGCNA
鉴定的基因模块,筛选关键转录因子在基因模块中是否为hubgene,并通过预测转录因子的靶基因(MEME),筛选出基因
bioyigene
·
2023-08-26 12:27
经验分享
生信豆芽菜-差异基因富集分析
http://www.sxdyc.com/enrichmentEnrich该工具使用R语言的clusterProfiler包对关键基因集进行GO和KEGG富集分析,注意这个的关键基因集可以是差异基因,
WGCNA
木之如水
·
2023-08-18 00:13
算法
数据挖掘
r语言
数据分析
WGCNA
用法详情
http://blog.sciencenet.cn/blog-118204-1111379.htmlWGCNA基本概念基本分析流程
WGCNA
包实战输入数据和参数选择数据读入软阈值筛选经验power(无满足条件的
马疾香幽_0702
·
2023-08-14 09:09
R检验数据是否符合幂律分布
在进行
WGCNA
分析中,确定软阈值并给基因之间的相关性,加上一个幂次后,使得这种基因之间的连接度符合幂次分布。那么如何确定,或者通过统计学的方式检验,相关的分布符合幂律分布呢?
生信小鹏
·
2023-08-05 22:19
2021-08-19
WGCNA
确定目标模块后如何找模块内的hubgene
WGCNA
分析确定重要模块之后,如何找模块内的hubgene?想找hubgene,必须先理解其概念:网络中处于核心位置的点(基因)。
阿乜太帅
·
2023-08-05 13:40
技能树直播课程学习-
WGCNA
-2-网络构建和模块检测
1.挑选软阈值软阈值的要求:无尺度拓扑网络系数R^2高于0.85,或者或平均连接度降到100以下#Chooseasetofsoft-thresholdingpowerspowers=c(c(1:10),seq(from=12,to=20,by=1))#Callthenetworktopologyanalysisfunctionsft=pickSoftThreshold(datExpr,powerV
大吉岭猹
·
2023-07-28 05:24
文献:Identification of key gene modules and pathways of human breast cancer by co-expression analysis
方法共表达分析通过R平台上的
WGCNA
模块实现。通过GO和KEGG来对生物过程和通路进行富集分析。结果使用136个样本,4000个基因进行过表达网络的构建。鉴定了9个模块。
康君爱上了蕊酱
·
2023-07-20 23:37
Linux系统安装conda,镜像设置,环境变量
这个要看自己的学校里面有没有专门做生信的课题组问问,或者去淘宝买,或者去那个组学大讲堂公众号里面有服务器租借的(没广告),租个好点的服务器,价格估计5000-10000半年不等的价格,能处理一些转录组等大数据,也可以做
WGCNA
啊辉的科研
·
2023-06-12 18:22
linux
conda
服务器
学习
WGCNA
| 不止一个组的
WGCNA
怎么分析嘞!?~(三)(共识网络分析-第三步-共识模块与特异模块相关联)
1写在前面有小伙伴子留言问最近介绍的
WGCNA
共识网络的意义是什么,保守性吗!?与把雄性小鼠和雌性小鼠的数据merge在一起,一起构建网络、确定模块的方式有什么区别呢!?
生信漫卷
·
2023-06-11 16:03
后端
#
WGCNA
| 不止一个组的
WGCNA
怎么分析嘞!?~(四)(共识网络分析-第四步-共识模块与性状相关联)
2用到的包rm(list=ls())library(tidyverse)library(
WGCNA
)3示例数据我们这个时候要把前面清洗好,构建好的网络数据拿出来吧。load("./Co
生信漫卷
·
2023-06-11 16:03
后端
WGCNA
(转载)
WGCNA
原理及应用
WGCNA
介绍:
WGCNA
(weightedgeneco-expressionnetworkanalysis,权重基因共表达网络分析)是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法,可将表达模式相似的基因进行聚类
秦小琮SK
·
2023-04-21 15:14
WGCNA
包的blockwiseModules函数debug
WGCNAdebugnet=blockwiseModules(datExpr,power=sft$powerEstimate,maxBlockSize=6000,TOMType="unsigned",minModuleSize=30,reassignThreshold=0,mergeCutHeight=0.25,numericLabels=TRUE,pamRespectsDendro=FALSE,
敖浩程
·
2023-04-17 19:51
WGCNA
(2a):一步法完成网络构建和模块检测
WGCNA
(1):R包安装及数据导入清洗-(jianshu.com)参考材料还是官方说明书:https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork
Wei_Sun
·
2023-04-12 15:20
【
WGCNA
学习笔记】两次相关性分析
纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行学习要明确输入输出,多举例子,多找到应用场景,多进行检索练习——费曼学习法之前总感觉
WGCNA
已经学习的差不多了,已经能够实际使用了,结果时间一长,就会把这个技能给生疏了,
生信小鹏
·
2023-04-10 20:40
服务器 | 安装最新版R和Rstudio(3.5.3)
前言目前为止,除了
WGCNA
分析要求内存比较高以外,windows下的R和Rstudio都能满足我的使用需求。
溪溪溪溪溪川
·
2023-04-09 12:22
技能树直播课程学习-
WGCNA
-3-模块与临床性状关联
1.计算ME值#DefinenumbersofgenesandsamplesnGenes=ncol(datExpr)#定义基因和样本的数量nSamples=nrow(datExpr);#RecalculateMEswithcolorlabelsMEs0=moduleEigengenes(datExpr,moduleColors)$eigengenesMEs=orderMEs(MEs0)#不同颜色的
大吉岭猹
·
2023-04-09 08:17
跟着大神学习
WGCNA
分析——
WGCNA
是干嘛的?
致知2019-10-06一起为你的基因找个朋友吧~上一次学习
WGCNA
还是7月份做小组作业的时候,本来想做
WGCNA
,但是当时各方面没有入门,理解不了这个是个啥东西,最后我一个废柴带着另外好几个废柴用jimmy
致知_5974
·
2023-04-06 04:21
WGCNA
(3):基因模块与性状关联识别重要基因
WGCNA
(1):R包安装及数据导入清洗-(jianshu.com)
WGCNA
(2a):一步法完成网络构建和模块检测-(jianshu.com)
WGCNA
(2b):分步法完成网络构建和模块检测-(jianshu.com
Wei_Sun
·
2023-04-05 15:59
WGCNA
学习笔记
本篇代码参考文章:1.生信菜鸟团:一文学会
WGCNA
分析2.
WGCNA
(加权基因共表达网络分析)3.
WGCNA
分析,简单全面的最新教程4.
WGCNA
实战练习5.STEP6:
WGCNA
相关性分析6.加权基因共表达网络分析
生信start_site
·
2023-04-01 20:40
用R画弧形图(Arc Diagram)
在前几篇里我用cytoscape软件构建了网络图(如何将
WGCNA
导出的基因共表达网络进行可视化),见下图。
生信start_site
·
2023-04-01 17:18
如何生成
WGCNA
分析所需的临床表型信息
根据文章生信菜鸟团:一文学会
WGCNA
分析所讲:
WGCNA
输入数据的准备,主要有两个数据需要提前准备好:(1)是表达矩阵,如果是芯片数据,常规的归一化矩阵即可。
生信start_site
·
2023-04-01 16:54
转载:R-
WGCNA
-2 有性状脚本
来自转载WithTrait#Displaythecurrentworkingdirectorygetwd()#Ifnecessary,changethepathbelowtothedirectorywherethedatafilesarestored.#"."meanscurrentdirectory.OnWindowsuseaforwardslash/insteadoftheusual\.wor
ZZM2020
·
2023-03-31 11:11
技能树直播课程学习-
WGCNA
-1-数据清洗
1.层次聚类在读入表达矩阵,进行基础的筛选,并使用goodSamplesGenes()确保没有太多的缺失值后,我们对样本进行聚类,以剔除离群样本#接下来,我们对样本进行聚类(与稍后对基因进行聚类形成对比),以查看是否有明显的异常值sampleTree=hclust(dist(datExpr0),method="average");sizeGrWindow(12,9)par(cex=0.6);par
大吉岭猹
·
2023-03-30 14:56
「TBtools plugin」
WGCNA
shiny 使用说明
录视频,怕是要不知何年何月了...对比大佬的下班时间发现,忙从来不是借口,懒才是....本文只是对WGCNAShiny软件使用的介绍,关于
WGCNA
原理建议阅读文献,知乎B站各位大佬也有讲解,我自己并没有把握讲清楚
ShawnMagic
·
2023-03-28 22:37
3.基于表观和转录组进行多组学
WGCNA
分析确定胃肠型糖尿病中的关键甲基化差异基因
题目:Identificationofhub‐methylateddifferentiallyexpressedgenesinpatientswithgestationaldiabetesmellitusbymulti‐omicWGCNAbasingepigenome‐wideandtranscriptome‐wideprofilingDOI:10.1002/jcb.29584数据来源:GEO:G
D2聚体
·
2023-03-27 04:40
2020-02-10
GSE125042+
WGCNA
数据下载+预处理rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(GEOmirror)library(AnnoProbe)library
Clouddong
·
2023-03-25 06:45
WGCNA
衍生:超几何分布识别模块Pivot regulators
realNet_TF0))}neighbor=colnames(net)[unique(neighbor)]}cc1){p=1-phyper(neiAndM-1,length(nodeNei),nrow(net_TF)-length(nodeNei),length(mn));#(pivot调控模块内基因数-1,pivot反向总调控数,网络总节点数-pivot反向总调控数,模块基因在网数)if(p0
挽山
·
2023-03-22 03:58
WGCNA
(6):筛选 hub gene
WGCNA
(3):基因模块与性状关联识别重要基因-(jianshu.com)差异基因,hub基因以及关键基因的区别,可以去看这篇帖子:关键基因和hub基因(生物网络角度)-云+社区-腾讯云(tencent.com
Wei_Sun
·
2023-03-20 21:36
WGCNA
(7):重新绘制GS—MM散点图
WGCNA
(3):基因模块与性状关联识别重要基因-(jianshu.com)首先看一下,原图长这样,如果是颜色浅一点的module就完全看不清楚点。
Wei_Sun
·
2023-03-19 11:09
医学博士需要掌握的10万个为什么之1---什么是
WGCNA
分析
WGCNA
分析基本概念
WGCNA
其译为加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module),并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系,以及网络中的核心基因。
Seurat_
·
2023-03-14 23:11
最近7.7分SCI,单细胞分析+
WGCNA
+实验验证,有实验条件者可轻易模仿,肿瘤非肿瘤均适合!
发表杂志:BiologicalProceduresOnline影响因子:7.71生信分析咨询请关注“生信小课堂”全网同名研究背景:结直肠癌(CRC)是全球癌症相关死亡的主要原因之一。单细胞转录组测序可以为单个细胞提供准确的基因表达数据。大批量转录组测序(bulkRNA-seq)已经成为一种识别新的分子生物标志物和提高我们对肿瘤发展了解的强大技术。为了全面识别CRC基因治疗的预测生物标志物和新的分子
生信小课堂
·
2023-03-13 13:23
WGCNA
-1推文
先码
WGCNA
代码1:
WGCNA
分析,简单全面的最新教程
WGCNA
代码2:
WGCNA
实战练习+离群点+随机选取基因TOM作图含有离群点clust=cutreeStatic(sampleTree,cutHeight
白云梦_7
·
2023-03-11 04:35
转录组时间序列数据处理
如果样本量或者不同条件很多的话可以还做
WGCNA
的分析。但是生物体的生长发育和时间这个维度有着非常密切的关系。如果碰上了一组和时间有关系的数据可以怎么处理呢?
思考问题的熊
·
2023-03-10 04:28
WGCNA
rm(list=ls())library(
WGCNA
)library(data.table)library(stringr)library(openxlsx)allowWGCNAThreads()###
小醉橘子
·
2023-03-09 23:46
上一页
1
2
3
4
5
6
下一页
按字母分类:
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
其他