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WGCNA
16-IF4+:非肿瘤的疾病挖掘 利用
WGCNA
分析挖掘孕前BMI和新生儿体重的关键基因
一.研究背景众所周知,怀孕前的母亲体重指数(BMI)会影响胎儿的生长和新生儿的后代健康,但其中涉及的分子机制仍然未知。那么今天小编为大家带来这篇文章就解释了二者的分子机制,该文章于今年4月29日发表在FrontiersinGenetics杂志上的一篇文章,影响因子为4.151分子生物学的最新进展表明,胎盘是胎儿环境的主要调节者。胎盘在营养和废物转移,内分泌,免疫保护和异种生物排毒中起关键作用。尽管
生信学霸
·
2020-04-02 17:02
基因共表达网络分析-
WGCNA
今天推荐给大家一个R包
WGCNA
,针对我们的表达谱数据进行分析。
绿水青山的美
·
2020-03-31 19:53
基因共表达聚类分析及可视化
欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2017/11/gene-cluster/共表达基因的寻找是转录组分析的一个部分,样品多可以使用
WGCNA
,样品少可直接通过聚类分析如
生信宝典
·
2020-03-31 03:39
WGCNA
-优秀推文
WGCNA
分析教程,转自生信技能树分享
WGCNA
的实战细节:一文看懂
WGCNA
分析(2019更新版)通过
WGCNA
作者的测试数据来学习重复一篇
WGCNA
分析的文章(代码版)重复一篇
WGCNA
分析的文章(
天涯清水
·
2020-03-27 14:22
通过
WGCNA
作者的测试数据来学习-转自生信技能树
通过
WGCNA
作者的测试数据来学习原创生信技能树通过
WGCNA
作者的测试数据来学习测试数据下载链接在:https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork
天涯清水
·
2020-03-25 16:02
呦呦切克闹,
WGCNA
来一套
刘小泽写于18.10.10很早就见过它,但只是不明觉厉,直到昨天才开始认真了解是这样的:昨天上午看了一篇文献,讲冠心病的基因共表达分析,简而言之就是把得到的几千个变化比较大的基因和表型联系起来,将他们放入几十个模块中,最后通过比较模块、表型来确定要研究的那些基因,进而可以进行功能注释之类的下游分析。对于样本量大的研究(比如芯片、几十个样本的转录组、GWAS)来说,这么做是最快找到有价值基因的方法。
刘小泽
·
2020-03-24 23:00
WGCNA
2构建
WGCNA
的步骤✓构建共表达网络✓基因模块划分✓模块与性状的关联分析✓模块之间的关联分析✓模块中核心基因的鉴定数据链接,提取码:xhg33代码展示3.1首先读入数据并对数据进行预处理library
nnlrl
·
2020-03-22 15:33
WGCNA
、生存分析、ROC共同筛选biomarker
此前小编给大家解读了一篇针对过敏性哮喘疾病,利用
WGCNA
,鉴定关键模块和hub基因,筛选Biomarker的文献(链接),今天将介绍一篇新的文献:针对多形性胶质母细胞瘤,利用
WGCNA
筛选关键模块中的
组学大讲堂
·
2020-03-21 21:37
单细胞转录组数据分析的时候可以加上
wgcna
WGCNA
分析大家都不陌生了,我在生信技能树多次写教程分享
WGCNA
的实战细节:一文看懂
WGCNA
分析(2019更新版)通过
WGCNA
作者的测试数据来学习重复一篇
WGCNA
分析的文章(代码版)重复一篇
WGCNA
生信技能树
·
2020-03-20 08:18
WGCNA
(二)
WGCNA
的步骤和原理
链接:http://genek.tv/,本文是该课程的学习记录。1.共表达两条基因的表达模式相似,即在某些样本中两条基因表达量都高,某些样品中表达量都低。用相关性系数r量化-10.7即标记相关)加权网络(weightednetwork)与无权网络(unweightednetwork)的区别是:加权网络的线条有粗细之分,粗细表示权重。邻接度:节点之间的关系强弱。一个网络里的所有基因形成一个邻接矩阵(
小洁忘了怎么分身
·
2020-03-19 13:19
(转帖)-
WGCNA
(常用)
原文地址:https://mp.weixin.qq.com/s/3K7vQVOHZkUvYGI8XYUwiA今天推荐给大家一个R包
WGCNA
,针对我们的表达谱数据进行分析。
苏慕晨枫
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2020-03-01 07:11
WGCNA
算法研究比较
主要内容来自http://www.mamicode.com/info-detail-548009.html有删改WeightedGeneCo-ExpressionNetworkAnalysis(以下简称
WGCNA
bioinfo2011
·
2020-02-26 17:22
20170531——周三
今天任务:1、把AD_Aging的文章改好发到BrainResearch上;2、开始AD_Aging_
WGCNA
文章的写作;最少500字;3、GSEAanalysi
雨叶_f49f
·
2020-02-26 04:09
WCGNA 教程(MLsx)
原文地址:https://mp.weixin.qq.com/s/3K7vQVOHZkUvYGI8XYUwiA今天推荐给大家一个R包
WGCNA
,针对我们的表达谱数据进行分析。
绿水青山的美
·
2020-02-25 23:49
WGCNA
分析,模块只显示3个,什么原因呢?
做
WGCNA
分析时,得到的模块有29个,但是图show出来只有几个,我把部分代码和图贴在了下面,请问各位大神这是怎么回事呢?
echosunmer
·
2020-02-23 04:52
(2019-06-28)
WGCNA
分析基础
WGCNA
基本概念加权基因共表达网络分析(
WGCNA
,Weightedcorrelationnetworkanalysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴定高度协同变化的基因集
傻瓜_a6c9
·
2020-02-21 18:16
转录组学数据挖掘基本方法
2-
WGCNA
路线。通过最后那个两个维度的相关性筛选关键基因。本路线可以移植到差异分析路线之中。3-细胞成分分析路线。使用CiberSort、xCell(ssGSEA)等
Bio_Learner
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2020-02-20 18:17
WGCNA
新玩法-多组学联合分析
转自组学大讲堂https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyNzIyNTczNA==&mid=2247485703&idx=1&sn=4fa531cf4fa6f48fab51e97a504b6d01&chksm=e86530eedf12b9f863fb15defeb6435d0b3b91e9d0207681827d56553cab497ce952e2be7902&mps
又是一只小菜鸟
·
2020-02-18 23:40
WGCNA
+lncRNA+癌症预后
今天跟大家分享的是十一月份发表在Aging杂志上的一篇文章,这是一篇关于利用
WGCNA
分析喉癌中lncRNA和mRNA的研究。
呆呆聊生信
·
2020-02-18 16:25
WGCNA
分析--提升转录组测序文章档次的利器
今天给大家介绍一个能给文章增色的分析内容--基因共表达网络分析(
WGCNA
),该分析对样品数有一定要求,建议不少于15个,不过现在测序便宜了,达到这个数量已经不是难事了。
组学大讲堂
·
2020-02-16 04:17
WGCNA
典型文章解析及视频教程
WGCNA
其译为加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module),并探索基因网络与关注的表型之间的关联,以及网络中的核心基因。
组学大讲堂
·
2020-02-15 11:58
WGCNA
关键模块和hub基因筛选
WGCNA
的理论背景知识
WGCNA
的详细分析流程关键模块和hub基因筛选,在流程中并不可知模块划分好后如何找到keymodule1由
WGCNA
得到的module都进行GO或KEGG,甚至TF,miRNA
Y大宽
·
2020-02-14 22:03
CubicHeatMap - 重磅推出 - 魔方热图 - 伪三维
在分析上,现在多数人直接使用的是共表达网络分析,最常用的莫过于
WGCNA
。而在可视化上,单单就基因表达热图绘制上,没有较好的形式,尤其是在多基因X多组织X多时期的数据上。
生信石头
·
2020-02-14 20:58
加权基因共表达网络(
WGCNA
)寻找与疾病相关的hub基因
WGCNA
其译为加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module),并探索基因网络与关注的表型之间的关联,以及网络中的核心基因。
组学大讲堂
·
2020-02-13 04:20
从原始芯片.cel数据到权重基因共表达网络(
WGCNA
)详细流程
看这个之前,可以先看
WGCNA
的一些理论背景知识看完整个之后可以去看
WGCNA
关键模块和hub基因筛选相似的表达模式可能是-1tightlyco-regulated-2functionallyrelated
Y大宽
·
2020-02-13 00:08
WGCNA
(加权基因共表达网络分析)
加权基因共表达网络分析(
WGCNA
,Weightedgeneco-expressionnetworkanalysis)
WGCNA
能够从复杂数据中(N多分组)快速地提取出与样本特征相关的基因共表达模块,以供后续分析
thinkando
·
2020-02-12 06:04
WGCNA
分析一文就够
WGCNA
分析基本概念
WGCNA
其译为加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module),并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系,以及网络中的核心基因。
生信技能树
·
2020-02-11 23:26
WGCNA
实例分析及解读(附代码)
WGCNA
分析基于两个假设:1.相似表达模式的基因可能存在共调控、功能相关或处于同一通路,2.基因网络符合无尺度分布。基于这两点,可以将基因网络根据表达相似性划分为不同的模块进而找出枢纽基因。
生信杂谈
·
2020-02-11 16:15
WGCNA
+代码实战(持续补充中)
什么是
WGCNA
1样本聚类,查看是否有离群值library(
WGCNA
)##dist用来计算矩阵行之间的距离,聚类分析,行为样本sampleTree-max/10)min=-max/10ylim=c(min
PriscillaBai
·
2020-02-10 00:50
WCGNA最全相关资料收集之慢慢收集
WGCNA
分析之前,必须先看的关于
WGCNA
的原理的视频,不是广告看完这一个多小时的视频,对
WGCNA
为什么每一步要这么做有个大致的了解(目前不建议一开始就去看
WGCNA
这个方法的原文献)。
二货潜
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2020-02-06 04:44
文献推荐-
WGCNA
: an R package for weighted correlation network analysis
续上回
WGCNA
的代码实战https://www.jianshu.com/p/9a03a35cabf3,这回把
WGCNA
的原理找出来读一读。
PriscillaBai
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2020-02-05 11:38
单细胞转录组数据分析的时候可以加上
wgcna
-转自生信技能树
单细胞转录组数据分析的时候可以加上
wgcna
生信技能树
WGCNA
分析大家都不陌生了,我在生信技能树多次写教程分享
WGCNA
的实战细节:一文看懂
WGCNA
分析(2019更新版)通过
WGCNA
作者的测试数据来学习重复一篇
天涯清水
·
2020-02-05 05:08
文献推荐-基因共表达网络分析展示了多癌中系统水平上预后基因的比例
Geneco-expressionnetworkanalysisrevealscommonsystem-levelpropertiesofprognosticgenesacrosscancertypes期刊:naturecommunicationIF=12.353为什么做
WGCNA
PriscillaBai
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2020-02-05 03:19
WGCNA
来源:生信修炼手册,我看的第一篇
WGCNA
的推文,写的很详细,很赞,但是代码对于初学者来说
又是一只小菜鸟
·
2020-01-07 20:43
TCGA数据库挖掘-肾细胞癌相关biomiarker筛选案例解析
这里就给大家介绍一篇文献:利用
WGCNA
鉴定嫌色细胞癌biomarker。数据来源从TCGA数据库下载嫌色细胞癌样品相关数据,共获取66/25个相关样品的表达谱数据,同时得到临床性状。
组学大讲堂
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2020-01-07 02:43
2019-12-28学习内容
学习内容(WCGNA)之前在GEO数据挖掘的时候出现了问题,所以就去跑了一遍,又熟悉了一下流程,刚好现在来学习一下TCGA基本概念
WGCNA
其译为加权基因共表达网络分析。
Clouddong
·
2019-12-28 23:18
(转载)
WGCNA
算法研究笔记
研究了近半年的算法,记录下来给自己一个交代,也应该是考G前地最后一篇日志了。WeightedGeneCo-ExpressionNetworkAnalysis中文名有翻译成加权关联网络分析的,感觉不是很恰当,英文来得比较直接。本来是佟昊从老汪那拿的一个课题,因为看起来比较有意思就把文章找来慢慢啃,到现在算是捣鼓出点名堂了。方法是UCLA的一个教授提出来的,在文章中他将其归类到系统生物学的研究方法中,
Honglei_Ren
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2019-12-27 03:14
一篇典型的
WGCNA
文章解读
Applicationofweightedgeneco-expressionnetworkanalysistoidentifykeymodulesandhubgenesinoralsquamouscellcarcinomatumorigenesis摘要目的:口腔鳞状细胞癌(OSCC)是世界上最常见的恶性疾病,然而,它的分子机制在很大程度上是未知的。我们的目标是构建基因共表达网络,以确定与发病机制相
haifeng1924
·
2019-12-26 01:17
WGCNA
算法研究笔记
转自:http://www.cnblogs.com/Acceptyly/p/4391208.html研究了近半年的算法,记录下来给自己一个交代,也应该是考G前地最后一篇日志了。WeightedGeneCo-ExpressionNetworkAnalysis中文名有翻译成加权关联网络分析的,感觉不是很恰当,英文来得比较直接。本来是佟昊从老汪那拿的一个课题,因为看起来比较有意思就把文章找来慢慢啃,到现
井底蛙蛙呱呱呱
·
2019-12-25 11:24
GEO数据库挖掘—
WGCNA
鉴定骨肉瘤转移相关基因
骨肉瘤又称为成骨肉瘤,是一种恶性骨肿瘤,多出现早期转移和高死亡率。更好的研究和探索骨肉瘤早期转移的分子机制将有利于进行癌症的治疗,刚好这里就给大家介绍一篇利用公共数据分析的文献:基于共表达分析鉴定骨肉瘤转移相关基因。数据来源进行数据挖掘分析的所有数据都来自GEO数据库,数据下载基于两个原则:数据集属于骨肉瘤基因表达谱数据;数据集要求包含骨肉瘤转移和未转移这一分类信息。共获得四个数据集:GSE143
组学大讲堂
·
2019-12-22 22:47
重复一篇3分左右纯生信文章(第三部分)
本文目的:一文解决
WGCNA
分析问题。原文章使用了自己识别的五个lncRNA,与mRNA合并做
WGCNA
分析,目的是为了得到lncRNA相关的mRNA。
柳叶刀与小鼠标
·
2019-12-17 22:55
转录组时间序列数据
如果样本量或者不同条件很多的话可以还做
WGCNA
的分析。但是生物体的生长发育和时间这个维度有着非常密切的关系。如果碰上了一组和时间有关系的数据可以怎么处理呢?
思考问题的熊
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2019-12-16 06:29
WGCNA
直接发文章,分数还不低
Co-expressionmodulesconstructionbyWGCNAandidentifypotentialprognosticmarkersofuvealmelanoma我说的就是这篇文章
WGCNA
haifeng1924
·
2019-12-14 16:43
2019年,做生信,应该知道的十大经典套路
ceRNACeRNA才是人生赢家,一篇著名的赤果果的文(tao)献(lu)没有数据也要构建“ceRNA”网络成熟的套路ceRNA(一)成熟的套路ceRNA(二)成熟的套路ceRNA(三)成熟的套路ceRNA(终结)2、
WGCNA
概普生信
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2019-12-13 14:55
RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)
另外,以前曾经处理过不计其数的芯片,挑选差异表达基因,筛选关键基因,功能富集,还有基于全部数据的
WGCNA
(当然你
Y大宽
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2019-11-05 21:27
(转帖)-
WGCNA
-1
原文地址:https://mp.weixin.qq.com/s/BkM9vtX_gbehUFmuXfshUwWGCNA基本概念加权基因共表达网络分析(
WGCNA
,Weightedcorrelationnetworkanalysis
苏慕晨枫
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2019-11-03 11:52
R包安装、加载与更新
://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN"install.packages("ggplot2",repo=site)#单个包安装install.packages(c("
WGCNA
解琪琪
·
2019-09-29 13:30
WGCNA
模块——文献解读
文献:Twogeneco-expressionmodulesdifferentiatepsychoticsandcontrols网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Two+gene+co-expression+modules+differentiate+psychotics+and+controls首先,样本组成部分:SMRI:CB(小脑)PC
装在瓶子里的阳光_2a70
·
2019-06-19 10:30
WGCNA
参考Rpackages/
WGCNA
/http://www.bio-info-trainee.com/2535.htmlWGCNA分析,简单全面的最新教程https://www.jianshu.com/p
陈宇乔
·
2019-05-26 21:59
R函数集锦持续更新中
)、list()R包安装、加载、清除install.packages("")、BiocManager::install("")、devtools::install_github('')library(
WGCNA
Amy_Cui
·
2019-04-24 17:46
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