WGCNA

1区9+非肿瘤纯生信，逻辑清晰易懂，机器学习筛选关键基因的纯生信也可以发高水平期刊，抓紧上车！

影响因子：9.186关于非肿瘤生信，我们也解读过很多，主要有以下类型1单个疾病WGCNA+PPI分析筛选hub基因。2单个疾病结合免疫浸润，热点基因集，机器学习算法等。

生信小课堂·2024-08-30 17:58

7+非肿瘤纯生信，内容不多但思路值得借鉴！

关于非肿瘤生信，我们也解读过很多，主要有以下类型1单个疾病WGCNA+PPI分析筛选hub基因。2单个疾病结合免疫浸润，铁死亡，自噬等基因集，机器学习算法等。

生信小课堂·2024-08-29 04:59

7.3分非肿瘤生信，热点基因集+免疫浸润+WGCNA+调控网络+单细胞+实验验证，值得收藏！

影响因子：7.31关于非肿瘤生信，我们也解读过很多，主要有以下类型1单个疾病WGCNA+PPI分析筛选hub基因。2单个疾病结合免疫浸润，铁死亡，自噬等基因集，机器学习算法等。

生信小课堂·2024-08-23 14:08

8+非肿瘤生信+实验验证，筛选坏死性凋亡相关hub基因并建模，思路可模仿可升级！

关于非肿瘤生信，我们也解读过很多，主要有以下类型1单个疾病WGCNA+PPI分析筛选hub基因。2单个疾病结合免疫浸润，热点基因集，

生信小课堂·2024-08-22 23:59

生信学习Day1-小白

第一天作业第一次使用markdown怎么用markdown列表字体链接等library(WGCNA)options(stringsAsFactors=FALSE)allowWGCNAThreads()把

小白又白·2024-08-22 23:54

Python版WGCNA分析和蛋白质相互作用PPI分析教程

在前面的教程中，我们介绍了使用omicverse完成基本的RNA-seq的分析流程，在本节教程中，我们将介绍如何使用omicverse完成加权基因共表达网络分析WGCNA以及蛋白质相互作用PPI分析。

Starlitnightly·2024-02-14 06:18

如何安装指定版本的R程序包？

在做WGCNA分析的时候，当你把你的WGCNA升级到1.64的时候，如果这个时候你进行模块保守性分析的话，就会出现行名有重复的报错究其愿意是因为开发者对这个问题还没有解决，所以最好是用1.63·怎么安装呢

一路向前_莫问前程_前程似锦·2024-01-26 18:40

安装WGCNA的各种方法

JeremyL·2024-01-26 11:16

【R语言】WGCNA分析blockwiseModules函数报错

WGCNA（weightedgeneco-expressionnetworkanalysis），直译过来是权重基因共表达网络分析。

生信交流平台·2024-01-22 02:12

WGCNA终于安装成功了。

R4.1.2安装WGCNA相对简单一点，这里就以它为例吧。安装时，我直接使用R4.1.2中的R.exe进行安装

守望一株麦穗·2024-01-20 14:57

「TBtools」与「用户」让所有人掌握基因差异表达分析，共表达网络分析，相关系数分析...

前几天，我花了整整两天的时间，在服务器上，私活安装不上DESeq2和WGCNA，最后发现要么是

生信石头·2024-01-15 06:07

WGCNA数据导入

进行WGCNA要注意，WGCNA输入（INPUT）的是：行对应着一个样品，列对应着探针的矩阵或者数据框。1.数据准备做基因表达谱构建，我们必须要有这两个文件（如图），前往GEO数据库下载。

瞌睡斋主人·2024-01-14 04:23

一篇WGCNA文章复现-GSE85589-下集

下面是对数据集GSE85589中的原图进行复现，一篇WGCNA文章的原图就到手了！

小梦游仙境·2024-01-09 19:18

5+氧化应激+WGCNA+ceRNA+分子对接，网药纯生信也能轻松发5+？

今天给同学们分享一篇生信文章“NetworkPharmacologyandBioinformaticsStudyofGeniposideRegulatingOxidativeStressinColorectalCancer”，这篇文章发表在IntJMolSci期刊上，影响因子为5.6。结果解读：丁香苷的目标网络图构建作者分别通过SwissTargetPrediction、TargetNet、CTD

生信风暴·2024-01-09 04:47

小鬼的WGCNA分析详解(三)-挖掘与表型(体重)相关的基因

文献信息如下：Title：IntegratingGeneticandNetworkAnalysistoCharacterizeGenesRelatedtoMouseWeightPublishedDate：August18,2006Journal：PLoSGenetics（IF：7.63）Author：AnatoleGhazalpour（第一作者，DepartmentofMicrobiology,I

_十三·2024-01-06 14:37

5+共病+WGCNA+机器学习+免疫浸润，经典共病生信思路，轻松拿5+

今天给同学们分享一篇生信文章“Identificationofbiomarkersforthediagnosisofchronickidneydisease(CKD)withnon-alcoholicfattyliverdisease(NAFLD)bybioinformaticsanalysisandmachinelearning”，这篇文章发表在FrontEndocrinol(Lausanne)

生信风暴·2024-01-03 15:32

7+非肿瘤+WGCNA+机器学习+诊断模型，构思巧妙且操作简单

今天给同学们分享一篇生信文章“Platelets-relatedsignaturebaseddiagnosticmodelinrheumatoidarthritisusingWGCNAandmachinelearning”，这篇文章发表在FrontImmunol期刊上，影响因子为7.3。结果解读：DEGs和血小板相关基因的鉴定作者通过R的“GEOquery”和“limma”包，在数据预处理后获得了

生信风暴·2024-01-03 15:01

7+衰老+WGCNA+机器学习+实验，非肿瘤领域的衰老相关研究

今天给同学们分享一篇生信文章“Identificationofaging-relatedbiomarkersandimmuneinfiltrationcharacteristicsinosteoarthritisbasedonbioinformaticsanalysisandmachinelearning”，这篇文章发表在FrontImmunol期刊上，影响因子为7.3。结果解读：数据处理作者整合

生信风暴·2024-01-03 15:31

7+WGCNA+机器学习+泛癌生信思路,非肿瘤也能结合泛癌分析

今天给同学们分享一篇生信文章“AnalysisandExperimentalValidationofRheumatoidArthritisInnateImmunityGeneCYFIP2andPan-Cancer”，这篇文章发表在FrontImmunol期刊上，影响因子为7.3。结果解读：DEG筛选和数据预处理数据在箱线图中进行了标准化，不同的颜色代表不同的数据集，行代表样本，列代表样本中的基因表

生信风暴·2023-12-30 07:01

WGCNA学习笔记1

原理概念的了解WGCNA其译为加权基因共表达网络分析，该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module)，并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系，以及网络中的

jiarf·2023-12-22 03:05

孟德尔随机化+WGCNA+预后模型，7+轻松get

今天给同学们分享一篇生信文章“ExploringthecausalityandpathogenesisofsystemiclupuserythematosusinbreastcancerbasedonMendelianrandomizationandtranscriptomedataanalyses”，这篇文章发表在FrontImmunol期刊上，影响因子为7.3。结果解读：SNP的选择总体而言，

生信风暴·2023-12-16 14:36

纯生信发文的新技能，同一份GEO数据可以发两篇SCI

因为人家掌握了方法，例如利用同一份GEO数据可以发两篇SCI，具体操作如下：第一篇纯生信SCI可以这样做：第一步，数据下载处理、合并、矫正、差异分析第二步，进行WGCNA分析第三步，进行取交集的基因第四步

SCI狂人团队·2023-12-16 03:18

7+WGCNA+机器学习+实验+泛癌分析，多要素干湿结合

今天给同学们分享一篇生信文章“AnalysisandExperimentalValidationofRheumatoidArthritisInnateImmunityGeneCYFIP2andPan-Cancer”，这篇文章发表在FrontImmunol期刊上，影响因子为7.3。结果解读：DEG筛选和数据预处理数据在箱线图中进行了标准化，不同的颜色代表不同的数据集，行代表样本，列代表样本中的基因表

生信风暴·2023-12-06 03:38

加权基因共表达网络分析 (WGCNA）| 共表达网络模块构建 |生物信息学数据分析必备技能

一、前言1.1概念加权基因共表达网络分析(WGCNA,Weightedcorrelationnetworkanalysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集

小杜的生信筆記·2023-11-28 17:42

2019-09-29 来自初学者的困惑

以下是我昨天的运行代码：#学习WGCNA包##首先安装包和下载相应数据#设置镜像rm(list=ls())options()$reposoptions()$BioC_mirroroptions(BioC_mirror

程凉皮儿·2023-11-25 06:04

知识分享| 转录组个性化分析(6）——WGCNA

近年来，很多SCI高分文章中都使用了WGCNA，那么WGCNA是什么，它可以应用于哪些研究方向，又如何进行WGCNA分析，其分析结果如何看？现在就带着这些问题，跟着小易一起学习探讨吧！

bioyigene·2023-11-13 16:02

非肿瘤+WGCNA+单细胞，快来抄作业

今天给同学们分享一篇生信文章“m6ARegulatorsIsDifferentlyExpressedandCorrelatedWithImmuneResponseofEsophagealCancer”，这篇文章发表在DisMarkers期刊上，影响因子为3.464。结果解读：食道癌中差异表达基因（DEGs）的鉴定和功能注释作者进行了整体分析，并绘制了箱线图、数据密度图和主成分分析（PCA）图（图1

生信风暴·2023-11-10 19:47

7+差异分析+WGCNA+PPI网络，学会了不吃亏

今天给同学们分享一篇生信文章“IntegratedPPI-andWGCNA-RetrievalofHubGeneSignaturesSharedBetweenBarrett'sEsophagusandEsophagealAdenocarcinoma”，这篇文章发表在FrontPharmacol期刊上，影响因子为5.6。结果解读：选定研究的数据作者从GEO和ArrayExpress数据库中收集了总共

生信风暴·2023-11-10 19:46

5+m6A+预后模型+WGCNA，简单又高效，学习下这篇思路吧

今天给同学们分享一篇生信文章“TargetingAURKAinCancer:molecularmechanismsandopportunitiesforCancertherapy”，这篇文章发表在FrontEndocrinol(Lausanne)期刊上，影响因子为5.2。结果解读：在训练集中，基于3个与m6A相关的长非编码RNA建立了一个预后标志在基于276个m6A相关lncRNA的表达水平对EC

生信风暴·2023-11-10 19:12

WGCNA+多机器学习+实验简单验证，易操作

今天给同学们分享一篇共病+WGCNA+多机器学习+实验的生信文章“ShareddiagnosticgenesandpotentialmechanismbetweenPCOSandrecurrentimplantationfailurerevealedbyintegratedtranscriptomicanalysisandmachinelearning

生信风暴·2023-11-06 19:53

3+铜死亡+WGCNA，铜死亡为什么打得火热也是有迹可循的

今天给同学们分享一篇生信文章“Anovelsignaturecombingcuproptosis-andferroptosis-relatedgenesinsepsis-inducedcardiomyopathy”，这篇文章发表在FrontGenet.期刊上，影响因子为3.7。结果解读：差异基因表达分析基因表达数据集GSE79962包含来自20个SIC样本和11个正常心肌组织样本的数据。如图1A所

生信风暴·2023-11-06 19:53

3+单细胞+代谢+WGCNA+机器学习

今天给同学们分享一篇生信文章“Identificationofnewco-diagnosticgenesforsepsisandmetabolicsyndromeusingsingle-celldataanalysisandmachinelearningalgorithms”，这篇文章发表FrontGenet.期刊上，影响因子为3.7。结果解读：常见差异基因的筛选如图1所示，研究流程图解释了它是如

生信风暴·2023-11-05 04:51

R-WGCNA-1 无性状脚本

来自转载WithoutTrait#Displaythecurrentworkingdirectorygetwd()#Ifnecessary,changethepathbelowtothedirectorywherethedatafilesarestored.#"."meanscurrentdirectory.OnWindowsuseaforwardslash/insteadoftheusual\.

ZZM2020·2023-11-02 16:50

Plugin | 高速版插件商店！我又有一个绝妙的 idea

大体如下：说实话，覆盖了各方各面：WGCNA样本基因表达模式相似性分析性状关联度分析桑基图差异表达分析（Emmm...似乎就这个Rplugin是我写的）6....当然，还有十几个我以前写的插件（感觉已经很久没写插件了

生信石头·2023-11-01 18:38

8+双疾病+WGCNA+多机器学习筛选疾病的共同靶点并验证表达

今天给同学们分享一篇双疾病+WGCNA+多机器学习的生信文章“ShareddiagnosticgenesandpotentialmechanismbetweenPCOSandrecurrentimplantationfailurerevealedbyintegratedtranscriptomicanalysisandmachinelearning

生信风暴·2023-11-01 02:01

IF: 4+ 通过共表达网络鉴定急性心肌梗死患者血小板转录组关键基因模块和通路

文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你81篇原创内容-->公众号这期分享一篇贼简单的4+文章，2021年4月发表在AmJTranslRes.通过共表达网络（WGCNA

90066456ace6·2023-10-31 09:55

GEO生信数据挖掘（十一）STRING数据库PPI蛋白互作网络 & Cytoscape个性化绘图【SCI 指日可待】

GEO生信数据挖掘（十）肺结核数据-差异分析-WGCNA分析（900行代码整理注释更新版本）通过前面十篇文章的学习，我们应该已经可以获取到一个”心仪的基因列表“了，相较于原始基因数量，这个列表的数量已经有了明显的缩小

人工智能学术前沿（真)·2023-10-30 19:40

16s微生物WGCNA实例学习笔记

WGCNA其译为加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module)，并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系，以及网络中的核心基因。

小三的后一位小四·2023-10-22 07:39

WGCNA分析教程五 | [更新版]

小杜的生信筆記·2023-10-20 21:17

【无标题】

小杜的生信筆記·2023-10-20 21:43

GEO生信数据挖掘（九）肺结核数据-差异分析-WGCNA分析（900行代码整理注释更新版本）

本节进行WGCNA分析。

人工智能学术前沿（真)·2023-10-19 11:08

RNA 17. SCI 文章中的筛选 Hub 基因 (Hub genes)

前言我们在分析WGCNA之后获得了几个基因模块，但是发现基因仍然很多，需要进一步筛选基因与表型相关的基因，那么今天就介绍一下Hub基因，那么什么是HubGenes呢？

90066456ace6·2023-10-18 13:16

GEO生信数据挖掘（九）WGCNA分析