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Linux
genome
【linux编程】Linux文本处理三剑客——grep
grep为匹配“关键字”的行下载练习数据拟南芥注释文件ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Genes/TAIR10_
genome
_release/TAIR10_gff3
leadingsci
·
2017-12-27 22:33
Population genomic and
genome
-wide association studies of agroclimatic traits in sorghum
这篇高粱的重测序文章于2013年发表在PANS上。材料:选自世界各地的971份高粱品种(Oftheseaccessions,238arelandrace-derivedsorghumconversionlines,inwhichallelesforshortstatureandearlymaturitywereintrogressedintotropicallandracestofacilitat
大花熊
·
2017-11-26 12:54
wget 下载 refGene
http://
genome
.ucsc.edu/cgi-bin/hgTableswget-c-Omm9.refGene.txt.gzhttp://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath
Runuply
·
2017-09-12 13:08
gtf格式的基因组注释文件转bed12格式.
bed6格式的注释文件包含信息有限,没有包含基因结构信息.下面介绍个来自RSeQC的能够将gtf格式的注释文件转为能保留转录本信息的bed12格式的文件.关于bed12格式的详细说明链接:https://
genome
.ucsc.edu
生信杂谈
·
2017-07-01 22:53
学习——pindel,delly,GATK安装
(一)pindel安装1)安装htslib:gitclonehttps://github.com/samtools/htslibhttps://github.com/
genome
/pindel主要参考github
union0402
·
2017-06-04 20:09
whole-
genome
-sequencing Data Analysis 学习笔记5 全基因组测序数据的变异位点
变异为什么是相对的?有的变异现象是由于生殖细胞内的遗传物质的改变引起的,因而能够遗传给后代,属于可遗传的变异。可遗传的变异有三种来源:基因突变,基因重组,染色体变异。由于DNA分子中发生碱基对增添、缺失或改变,而引起的基因结构的改变,就叫做基因突变,特点是普遍,随机,频率低,多有害,不定向基因重组是指在生物体进行有性生殖的过程中,控制不同性状的基因的重新组合。基因的自由组合定律告诉我们,在生物体通
Cs_mary
·
2017-03-02 09:26
BioInfo
whole-
genome
-sequencing Data Analysis 学习笔记1 基本概念
FollowJimmy:GeneAnalysis探索全基因组测序数据1.参考文章SystematicCharacteristicExplorationoftheChimerasGeneratedinMultipleDisplacementAmplificationthroughNextGenerationSequencingDataReanalysis注释:Chimera(genetics)Age
Cs_mary
·
2017-02-01 08:57
BioInfo
HISAT2安装及使用
HISAT2isafastandsensitivealignmentprogramformappingnext-generationsequencingreads(whole-
genome
,transcriptome
msw521sg
·
2016-09-13 16:01
HISAT2
生物信息
CodeForces 638B Making
Genome
in Berland
思路:dfs维护一个拓扑序就好了#include usingnamespacestd; constintmaxn=250; vectore[30]; intvis[maxn]; stringans; voiddfs(intx) { vis[x]=2; for(inti=0;i>s; for(intj=0;j
qq_21057881
·
2016-04-19 21:00
codeforces 638B - Making
Genome
in Berland (STL&&DFS)
大意给定一些序列a-z,问你能把他们全部连在一起,并输出最短的最终序列。思路:类似与拓扑排序,并且只有26个字母所以爆搜就行,存储序列可以用vector存储,记录入度并标记出现的字母最后再标记已经存储的字母即可。#include #include #include #include #include #include #include #include #defineLLlonglong #def
Grit_ICPC
·
2016-03-31 21:00
STL
DFS
codeforces
人类基因组参考基因组
人类基因组参考基因组:GRCh38下载地址:ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/GRCh38_reference_
genome
bob601450868
·
2016-01-08 22:00
alignment
RECON
genomic sequences Description Proper identification of repetitive sequences is an essential step in
genome
·
2015-11-12 22:36
on
GWAS
在遗传流行病学上,全基因组关联研究(
Genome
Wide Association Studies,GWAS)是一种检测特定物种中不同个体间的全部或大部分基因,从而了解不同个体间的基因变化有多大的一种方法
·
2015-11-11 17:41
WAS
8 reviews about de novo
genome
assembly
转自: http://dskernel.blogspot.com/2012/04/8-reviews-about-de-novo-
genome
-assembly.html 8 reviews about
·
2015-11-08 16:51
assembly
医学遗传学词汇英语术语英文(Glossary) 2
CG (or CpG) island --- Any region of the
genome
containing an unusually high concentration of the dinucleotide
·
2015-11-08 10:29
sar
拷贝数变异
Copy-number variations (CNVs)—a form of structural variation—are alterations of the DNA of a
genome
that
·
2015-11-02 13:18
拷贝
DNA分子结构3D模型
2011年,著名杂志《Science》发表一篇引起轰动的文章:《Presenting the Human
Genome
:Now is 3D!》
·
2015-11-01 10:34
3D
BEDTools简介、安装与部分工具使用简介
而genomic features通常使用Browser Extensible Data (BED) 或者 General Feature Format (GFF)文件表示,用UCSC
Genome
Browser
·
2015-10-31 12:30
tools
ACM题目:Motif Finding
Only a subset of genes in the
genome
is expressed in a cell at a gi
·
2015-10-31 10:49
find
如何在网上查某个基因的转录因子及启动子
ABS:Annotated regulatory binding sites from orthologous promoters:http://
genome
.imim.es/datasets/abs2005
·
2015-10-31 09:40
启动
Android Malware
Genome
Project
北卡州立大学计算机科学系的两位研究人员Yajin Zhou和Xuxian Jiang发起了Android Malware
Genome
Project,共享Android平台恶意程序样本和分析结果
·
2015-10-31 09:18
android
为什么创业公司会失败?
据Startup
Genome
机构针对3200家公司调查数据分析并得出一些结论。成功的企业必做的两件事情:拥有一个好的产品和产品市场广阔。
·
2015-10-31 08:58
创业
Filter FASTA files
regular expression for filtering sequences by id from a FASTA file, e.g. just certain chromosomes from a
genome
·
2015-06-14 12:00
filter
install tabix/bgzip
bgzip – Block compression/decompression utilitytabix – Generic indexer for TAB-delimited
genome
position
·
2015-06-14 10:00
Install
bwa的使用方法
bwa的使用需要两中输入文件: Reference
genome
data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)
·
2015-03-05 19:00
方法
MutSigCV in cancer
genome
最近研究突变数据的分析,可以用到软件MutSigCV(http://www.broadinstitute.org/cancer/cga/),根据博文ApplicationofMutSigCVincancergenomeresearch中的描客述进行安装,有几点需要注意,1.InstallationofMCRMatlabDownloadappropriateversionofMCRMatlabfro
SHMILYRINGPULL
·
2014-12-05 13:00
MUT
MutSigCV
Somatic
Genome
2D编译方法
Genome
2D是一个高效的2D引擎,现在支持Flash(stage3d)和HTML5,因为只有作者一个人在维护,就没开源代码。最近和作者沟通了下,已经开源啦。
至尊王者
·
2014-09-21 21:00
Genome
2D编译方法
Genome
2D是一个高效的2D引擎,现在支持Flash(stage3d)和HTML5,因为只有作者一个人在维护,就没开源代码。 最近和作者沟通了下,已经开源啦。
·
2014-09-21 21:00
方法
全基因组关联分析(GWAS)
全基因组关联分析是一种在人类或动植物全基因组中寻找变异序列的方法,全英文名为
Genome
-wideassociationstudy,缩写名为GWAS。
lj695242104
·
2014-05-05 10:00
uva 1481 -
Genome
Evolution(暴力)
题目链接:uva1481-GenomeEvolution题目大意:给出两个长度为n的集合,问说两个集合存在多少个相同的连续子集合。解题思路:暴力枚举,记录第一个集合,第二个集合则是记录每个数出现的位置,以为子集合的大小不定,但是一定大于1,所以枚举第一个集合,当出现r-l+1==k,(r为当前子集合中在第二个集合中的最右位置,l为最左位置,k为枚举的个数)时,ans++。#include #inc
u011328934
·
2014-01-31 23:00
UVA 1481 -
Genome
Evolution(枚举技巧)
Xi,adevelopmentalbiologistisworkingondevelopmentaldistancesofchromosomes.Achromosome,intheXi'ssimplisticview,isapermutationfrom n genesnumbered1to n.Xiisworkingonanevolutionarydistancemetricbetweentwo
u011217342
·
2014-01-29 19:00
UVALive - 5052
Genome
Evolution
题意:给你两个排列A和B,统计A,B有多少个子集是相等,序列要求连续的,长度要大于1。思路:记录一下B序列的各个整数的位置,然后在从A开始统计,因为他是集合关系的相等,所以要求长度相同,元素相同,接着枚举长度的同时,又因为我们要求的序列是连续的,所以我们找出位置的最大和最小的位置,然后他们的长度如果和我们枚举的长度相等的话,那么这个显然就是正确的了#include #include #includ
u011345136
·
2014-01-24 00:00
genome
.js DNA与开源的碰撞
genome
.js是基于Node.js的开源平台。利用
genome
.js可以高效地分析DNA数据流。
weakish
·
2013-12-03 00:00
dna
node.js
MST application to Clustering
ProblemDefinitionofClustering: Informalgoal:Givenn"points"[Webpages,images,
genome
fragments,etc.]classifyinto"coherentgroups
leonzhx
·
2013-10-04 12:00
clustering
MST
means
Spacing
K
k-clusterings
gnome3的卸载,和KDE桌面和
genome
桌面的切换,。
卸载gnome3 sudoapt-getinstallppa-purge sudoppa-purgeppa:gnome3-team/gnome3卸载了之后没什么影响 一般卸载了gnome只留下一个桌面环境的话.默认就是进入kde了. 强制修改方法: 在当前用户目录下建立“.xinitrc”这个文件(注意文件名前有一个点号,代表建立的是一个隐藏文件),文件的内容就一行startkde或gnom
gaorongchao1990626
·
2013-03-26 09:00
pan-
genome
analysis sample code
This is a C++ demo for pan-
genome
analysis, by bbsunchen: /* start:2012/06/11 by sunchen amend:
bbsunchen
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2012-12-25 12:00
sample
Genome
Evolution LA5052
#include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include usingstd::priority_queue; us
gyarenas
·
2012-12-24 09:00
Decoding
Genome
题意:测火星人的基因。输入一串字符串,长度为n,这个字符串中,有些字符对是不允许出现的,问符合题意的串的个数。做法:b[i][0]=m*b[i-1][0]-sum(no);sum求的是在m个字母中每一个字母,以这个字母开头的字符对的数量的和。 b[i][x](x>0)=b[i-1][0]+sum(ok*dp[i][y])若一个序列为,那么ok[a][b]=-1;这样就可以敲代码了#include
cqlf__
·
2012-11-21 23:00
发现引擎Game
Genome
Project找重口味的Android游戏
摘要:Game
Genome
Project已经标记了1万个Android游戏,每个游戏平均有15-20个特征,这比起目前大多数应用商店中的2-3个类别描述要好得多,可以帮助你发现适合自己口味的游戏。
IT流行风
·
2012-09-26 17:00
game
project
应用商店
Android游戏
发现引擎
Genome
CodeForces 222E Decoding
Genome
E.DecodingGenometimelimitpertest2secondsmemorylimitpertest256megabytesinputstandardinputoutputstandardoutputRecentlyatopsecretmissiontoMarshastakenplace.Asaresult,scientistsmanagedtoobtainsomeinformat
zhjchengfeng5
·
2012-09-17 22:00
Genome
2D官方博客及教程
Genome
2D作者博客: http://blog.flash-core.com/ 日本的教程: http://www.project-nya.jp/modules/weblog/details.php
kenkao
·
2012-09-14 11:00
Genome2D
#创业讨论#为什么大多数的创业公司会失败?
还记得6月30日,最科技读图时代栏目发布了一篇关于“创业公司为何走向失败”的信息图分析,通过创业公司
Genome
针对3200多家高科技成长企业做的调查,分析得出了一些如“大多数创业公司会失败的主要原因就是因为过早的规模化
李文超
·
2012-07-18 09:00
互联网
创业
it
科技
创意
【信息图】为什么大多数创业公司会失败?
我们来看看创业公司
Genome
针对3200多家高成长科技企业所做的调查报告。以下是一些很有趣的发现:在这份调查报告中,最终得出任何一个企业成功的两大核心:好的产品和该产品拥有巨大的市场。
dongchanglu
·
2012-06-17 00:55
文章
信息
创业公司
bowtie里的FM-index简介
就是将一个短read 映射到reference
genome
中。Read是什么?Reference
genome
是什么?这个不知道的话,建议就不要继续往下看了。。。。。。
stormlovetao
·
2011-12-07 09:00
mouse
Comparison of the human and mouse genomes led to the unexpected result that 40% of the human
genome
basepairs
wanguan2000
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2011-12-05 16:00
haploid
genome
http://seqanswers.com/forums/archive/index.php/t-10182.html To my knowledge, FreeBayes is significantly different than other variant detection systems in common use in that it is not limited to the a
wanguan2000
·
2011-11-07 21:00
id
google与基因组那点事儿
PS:这不是一篇文章,这是一个系列微博的原始内容而已; 请确保你了解 personal
genome
然后再阅读本文。
bluky999
·
2011-07-06 19:00
生物
Google
生物信息学
Perl probeDB的提取
第一步,是要将包含probeDB的31815个网页下载下来,这些网页保存在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects /
genome
/probe/reports/probereport.cgi
NeoBilly
·
2010-12-13 17:00
html
脚本
cgi
perl
遗传算法入门
术语 : 1.基因(Gene) : 是串中的元素 2.染色体(Chromosome) : 是基因的集合,为一个解 3.基因组(
Genome
) : 也称为个体 4.群体(Population) : 是基因组的集合
waret
·
2010-08-22 00:00
算法
安装
genome
-mplayer
无聊玩10.04,照例要装MPlayer,但是看到Ubuntu的文档提到gnome-mplayer,声称此GUI比Mplayer原有的GUI界面要漂亮,OK,安装一个吧。于是sudoapt-getinstallgnome-mplayer但是RMVB看不了,于是去Mplayer官方网站下载codecs,安装之。sudomkdir/usr/lib/codecssudocpcodecs文件夹/*/usr
guanggy
·
2010-05-26 23:00
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