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使用tassel和haploview进行GWAS

在植物的QTL定位最后阶段，会把QTL定位到一个很小的区间，这里面可能有几个候选基因，如何进行下一步的分析是个很头疼的问题，这其中一个办法就是使用自然群体进行关联分析(GWAS)，得到群体中这些基因的DNA

灵动的小猪·2019-11-03 08:20

以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位（上篇）

虽然不是我最早接触的高通量数据分析项目（最早的是RNA-seq），但是却是我最早独立开展的数据分析项目，我曾经专门写过一篇文章介绍如何使用SHOREMap做拟南芥的EMS诱变群体的BSA分析在遗传定位上，相对于GWAS

徐洲更hoptop·2019-10-04 10:15

GWAS相关名词解释及基础知识储备[长期更新]

原文链接：http://www.360doc.com/content/18/1115/16/42030643_795076897.shtml转载自http://www.360doc.com/content/18/1115/16/42030643_795076897.shtml相关名词解释Genome-wideassociationstudies（关联分析）：扫描遗传标记，通常是单核苷酸多态性（SN

Cccrush·2019-09-18 10:19

GWAS---MEGA构建进化树简单流程

首先点击convert功能选择得到的fasta文件输出meg文件然后打开meg文件（是否是编码蛋白质选择的NO）选择phylogeny构建树

BioLearner·2019-08-27 18:10

【PCA】scaffold等级的群体重测序可能遇到的坑

在一开始，确定软件使用的时候，我在里找到西澳老哥lakeseafly的这一篇介绍gwas常用做pca的软件使用的文章，里面提到了三个软件，分别是gcta，eigensoft

生信小撰·2019-08-27 10:32

我的GWAS学习笔记

上个月中旬，出于对GWAS的好奇，我参加了一个培训班，之后又花了一周的时间来整理听课笔记，感觉现在对GWAS已经有了一个比较全面的认识。在callSNP之后，做GWAS之前，需要对数据做些什么？

TOP生物信息·2019-08-03 20:54

GWAS 分析练习（二）关联分析

关联分析就是将突变与表型联系起来，如果表型是分类的，最简单的方法就是卡方检验。plink--assoc原理就是这样，但不能添加协变量，plink--logistic可以做到这一点。如果表型是连续的数量表型，例如身高等，可以用plink--linear,也可以添加协助变量。先将协变量信息写入到文件SNP.covar，前两列是FIDandIID，后面的列是协变量，主要有年龄、身高、体重等。表型文件in

上校的猫·2019-05-24 01:36

GWAS分析练习(一) PCA

练习背景我有一批患者WGS测序数据（100例患者），包括SNP和INDEL。患者是服用了一种药物的，想分析下患者的基因型是否和药物的疗效有关，或者与药物的不良反应有关。下面是测序公司返回的数据，和患者的表型信息。先做SNP的。SNPandINDEL患者表型信息合并VCF首先将100个患者的单独vcf文件合并成一个vcf。使用的工具是bcftools第一步，生成压缩文件ls*snp.vcf|whil

上校的猫·2019-05-23 20:13

仿GWAS曼哈顿图

1.根据vcf文件获取一个类似曼哈顿图的input文件，只是第4列的pvalue值变为了区间的snpnumber如下：SNPCHRBPP1chr110000013622chr111000013193chr112000013214chr113000014265chr114000015006chr115000015127chr116000013878chr117000012359chr11800001

细雨春风·2019-05-21 16:54

GWAS: 网页版的基因型填充（genotype imputation）

在全基因组关联分析中，处理芯片数据时，必须走的一个流程就是基因型数据填充（imputation）。当然，如果你拿到的是全测序的数据，请忽略这一步。下面直奔主题，怎么在网页版进行基因型填充。1进入MichiganImputationServerMichiganImputationServer网站链接：https://imputationserver.sph.umich.edu/index.html#

橙子牛奶糖·2019-05-08 10:00

Predixcan

转自生信草堂GWAS找到大量的SNP，可是可以解释生物学功能的SNP位点却是很有限的。其结果让人看得眼花缭乱，但是单个SNP功能做不出怎么破？别担心，本文给你新思路。

又是一只小菜鸟·2019-04-23 14:19

【文献阅读笔记】（1）：一篇手把手教你做GWAS的Guideline文献解读

Atutorialonconductinggenome‐wideassociationstudies:QualitycontrolandstatisticalanalysisIntroduction准备软件1.数据格式准备2.PLINK的基础使用命令3.遗传数据的质控3.1使用HapMap数据进行数据模拟3.2数据质量控制步骤概览4.群体结构分层5.关联分析5.1二元结果测量5.2数量性状5.3多

Candlelight_yujia·2019-04-20 18:47

GWAS定义

①全基因组关联分析（Genomewideassociationstudy，GWAS）是对多个个体在全基因组范围的遗传变异（标记）多态性进行检测---获得基因型进而将基因型与可观测的性状---即表型，进行群体水平的统计学分析

Even总有例外·2019-03-28 12:09

GWAS后续分析：LocusZoom图的绘制

LocusZoom图几乎是GWAS文章的必备图形之一，其主要作用是可以快速可视化GWAS找出来的信号在基因组的具体信息：比如周围有没有高度连锁的位点，高度连锁的位点是否也显著。

橙子牛奶糖·2019-03-25 16:00

如何理解GWAS中Manhattan plot和QQ plot所传递的信息

在GWAS研究中，Manhattanplot和QQplot是最常画的两类图，它们可以把跟研究的性状（比如，基因型和身高）显著相关的基因位点清晰地展现出来，不少读者朋友应该都懂得如何画这样的图，但我想应该不是每个人都能够真正知道其中所蕴含的道理

黄树嘉·2019-03-19 22:55

TCGA_甲基化

全面的覆盖了96%的CpG岛，并根据需求加入了CpG岛以外的CpG位点信息，人类干细胞非CpG甲基化位点，正常组织与肿瘤（多种癌症）组织差异甲基化位点，编码区以外的CpG岛，miRNA启动子区域和GWAS

一路向前_莫问前程_前程似锦·2018-11-19 16:05

ADNI数据和样例

基因分型检测ADNI的一个关键目标就是为研究人员提供机会，将遗传学、影像学和临床数据结合起来，帮助研究该病的机制SNPs--单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphisms）GWAS

范中豪·2018-10-24 17:00

gwas分析中的一些文件格式

hapmapformat(.hmp)image.pngimage.pngped(.ped)image.pngmap(.map)bed(.bed)参考：Basicusage/dataformatsGWAS分析常用文件格式总结INPUTFILEFORMATS

灵动的小猪·2018-07-29 21:11

玉米全基因关联分析 ( GWAS Analysis Pipeline )

基本流程1.软件Tassel/Gaipt/FarmCPU/mrMLM/PLINK/Structure/SPAGeDi以上软件都是在GWAS分析中可能用到的软件。

正踪大米饭儿·2018-04-02 09:42

个人学习_GWAS数据分析（一）_数据格式处理+提交plink命令

备注：以下是记录自己在学习GWAS数据分析时的一个过程，所以处理的数据具有个人色彩，不一定都适用所有人。

Candlelight_yujia·2017-10-07 15:03

python Pandas 读取数据，写入文件

的用法不太一样，iloc是根据索引，loc是根据行的数值>>> import pandas as pd>>> import os>>> os.chdir("D:\\")>>> d = pd.read_csv("GWAS_water.qassoc

qizok·2017-01-13 15:17

GWAS with plink

plink是做全基因组关联分析非常强大的软件,说明书非常的详细，即使对GWAS不是很了解的人，相信读完该说明书也能学到不少。下边是在植物群体中采用极端个体（分为两组）进行关联分析的一般方法。

samhuairen·2016-03-22 21:00

GWAS

GWAS的数据形式：SNP数据，即各个SNP位点的aa,Aa,AA基因型与疾病状态（0正常，1患病）的样例-对照数据。

·2015-11-11 17:41

WAS集群系列（3）：集群搭建：步骤1：准备文件

说明：“指示轨迹”为“点选顺序”，截图为点击后效果截图环境项目点指标WAS版本7.0操作系统Windows2008系统位数64bit内存2GWAS绝对路径D:\IBM\WebSphere\AppServer

huangyanlong·2014-09-03 23:00

全基因组关联分析(GWAS)

全基因组关联分析是一种在人类或动植物全基因组中寻找变异序列的方法，全英文名为Genome-wideassociationstudy，缩写名为GWAS。

lj695242104·2014-05-05 10:00

Breeding Value与Genotypic Value

支持和实现GWAS和GS的RPackage中，只有Synbreed适合做植物育种，其他的Package都是针对动物，动物（特别是人类）数据的分析，有个重要的预处理：分析群体的HW平衡性。

swuteresa·2013-05-12 14:00

Difference between GWAS/MAS and GS

ThedifferencebetweenMASandgenomicselection isthatMASonlyutilizestheSNPsthataresignificantinaGWAS,whereasgenomicselectionusesagenome-wide panelofdensemarkerssothatallQTLareexpectedtobe inLDwithatleasto

swuteresa·2013-03-04 14:00

R Packages for GWAS and GS

rrBLUP(rrBLUPMethod6:re-parametrizationofRR-BLUPtoallowafixedresidualvariance)BLR(功能加强BGLR，目前不支持R3.0版本)synbreed(synbreedData)randomForestlme4：基本线性模型geneticsQTLRelGenABELsnpStats(在bioconductor中)Genetic

swuteresa·2013-01-25 12:00

Q-Q plot 在GWAS中的意思

在GWAS研究中Q-Qplot的X和Y轴主要是代表各个SNP的-lg

likelet·2012-03-21 13:00

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