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[GWAS]plink数据格式的转化和缺失质控

本篇笔记整理于邓飞大佬的GWAS学习教程,他在B站上发布了一系列教学课程,推荐大家去看看plink数据格式的转化plink的bfile格式，二进制不方便查看，我们将其转化为文本map和ped的格式。
Gremmie2003·2023-07-16 11:04

GWAS+自然选择：62个样本的GWAS分析，没信号，如何巧妙的发文章

欢迎来到"bio生物信息"的世界6天前，BMCGenomics推了一篇文献“PopulationhistoryandgeneticadaptationoftheFulaninomads:inferencesfromgenome-widedataandthelactasepersistencetrait”。要不是这个标题起的太大，又是Populationhistory，又是geneticadapta
橙子牛奶糖·2023-06-24 12:20

凌恩全新育种分析流程！助力种质资源高分文章发表！

凌恩生物基于农业动植物自然群体、分离群体、种质资源等，结合表型性状，全基因组关联（GWAS）以及QTL定位关键农艺性状候选基因，开展农作物功能SN
SHANGHAILINGEN·2023-06-15 13:23

GWAS分析 (一)

接触全基因组关联分析（GWAS）已经一年半有余，从刚开始对GWAS的全然无知到现在慢慢了解，越来越能体会到这项技术的了不起。
杨博士聊生信·2023-06-13 23:06

PLINK的简单应用和一些常用命令

近些年全基因组关联分析得到广泛的应用，即GWAS。在对复杂疾病的研究和动物经济性状的研究上都有了长足的进步。
要快乐_更要经历山河·2023-06-13 07:58

2020-02-17 GWAS进阶备选学习资料（GWAS tutorial）

GWAS进阶备选0原理啊，全基因组关联分析（GWAS）的计算原理，了解一下？
程凉皮儿·2023-06-13 03:08

孟德尔随机化——踩一个大家都没踩过的坑

（废话的了，GWAS数据都是前人数据好的么）第一步，对别人的综合大表进行拆分第二部，将Excel另存csv，听起来似乎没什么大毛病哈一路坎坎坷坷搞代码，搞数据，终于到了收割成果的时候。
珏世佳人·2023-06-12 02:57

使用TwoSampleMR进行两样本的孟德尔随机化研究

TwoSampleMR是MR-Base数据库开发团队提供的R包，可以调用MR-Base数据库中已有的gwas结果，来进行2SMR分析，官方文档链接如下https://mrcieu.github.io/TwoSampleMR
生信修炼手册·2023-06-12 02:56

2021-10-18【文献】全基因组关联研究显示葡萄糖基转移酶OsIAGLU调节水稻根系生长

Agenome-wideassociationstudyrevealsthattheglucosyltransferaseOsIAGLUregulatesrootgrowthinrice题目：全基因组关联研究显示葡萄糖基转移酶OsIAGLU调节水稻根系生长通讯作者：王州飞机构：华南农业大学杂志：JEXPBOTIF/分区：6.99/Q1发表时间：2020.10研究意义：通过GWAS
Wei_Sun·2023-06-11 06:22

2021-09-27

2、作者将MPRAu应用于六个人类细胞系，重点研究与全基因组关联研究（GWAS）
图灵基因·2023-06-09 14:10

全基因组关联分析（GWAS）-基本分析内容

1、GWAS流程image.png数据质控•1）按分型百分比条件过滤，多数文章剔除缺失率在20%以上的位点，样本量较大的群体中，可以将缺失率小于50%的位点都保留；•2）按等位基因频率过滤，通常去除第二等位基因频率小于
Zhigang_Han·2023-04-21 04:00

【豆科基因组】大豆适应性位点GWAS分析[转载]

image.png本文利用99085个高质量SNP通过STRUCTURE，PCA和neighbour-joiningtree的群体结构分析将地方品种分为三个亚群，这些亚群表现出地理上的遗传分化。利用纬度相差10°的两个位置（北京、武汉）收集的表型数据，鉴定了17个与开花时间性状相关的SNP（TAS），包括一个稳定的基因位点Chr12：5914898和以前未检测到的在开花基因E1和E2附近的候选基因
米源MY·2023-04-19 14:34

2018-11-06 GWAS实战（七）plink 进阶之关联分析

这一节说的是associationanalysis也是我们分析单标记回归得到的结果（P值）的一步，这一步的结果可以用来与我第一讲联合起来，形成一个闭环。跑跑标准流程。Associationanalysis可以有很多用处，比如：Thebasicassociationtestisforadiseasetraitandisbasedoncomparingallelefrequenciesbetweenc
小郑的学习笔记·2023-04-19 00:06

7.1 GWAS：系统进化树——MEGA

系统发育树系统发育树是表明被认为具有共同祖先的各物种/材料之间的演化关系树形图，用来描述物种（或材料、序列等）之间的分类和演化关系，是反映群体结构最经典、直观、有效的方法；构建方法有NJ法、ML法和贝叶斯法，GWAS
Wei_Sun·2023-04-17 12:05

TwoSampleMR：两样本孟德尔随机化

孟德尔随机化推断暴露因素与健康结局的因果关系主要步骤：1.读取暴露因素GWAS数据选取合适的工具变量（如有必要，需要进行clumping）2.读取结局GWAS数据，提取上述的工具变量的SNPs3.对暴露因素与结局的
Hayley笔记·2023-04-16 07:18

2018-11-01GWAS实战（四）plink 进阶之数据过滤

数据好不好，影响到结果的准确性，所以我们要来对数据进行过滤，过滤前，我们应该对数据的部分特征进行统计描述，以此为依据来进行过滤。这里介绍的几个指标：1.individualswithhighmissinggenotyperates（具有高缺失基因型率的个体）2.missinggenotyperate（缺失基因型率统计）3.minorallelefrequency（一个snp上最小等位基因频率）4.
小郑的学习笔记·2023-04-15 17:32

RegulomeDB和HaploReg数据库：后GWAS时代的数据整合

1.背景GWAS研究产生了大量的SNP，大部分在非编码基因组这些SNP其实是Lead/TagSNP，所以需要同时关注与这些SNP处于高LD（linkagedisequilibrium）的其它SNPENCODE
BryceBryce·2023-04-15 16:26

GWAS后续分析：多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算

一、什么是多基因风险评分传统的GWAS研究只计算单个SNP位点与表型之间的关联性，再用Bonferroni校正，通过给定的阈值，筛选出显著的SNP位点。
橙子牛奶糖·2023-04-13 23:32

曼哈顿图的原理学习和python实现绘制

1、简介曼哈顿图是GWAS（全基因组关联分析）的一个分析工具。在曼哈顿图中，我们可以设置阈值，找到数据中和表型有强关联性的SNPs。曼哈顿图的本质是散点图，不过对于不同的染色体，用不同颜色进行区分。
黄思博呀·2023-04-13 22:51

全基因组关联分析GWAS

基础概念referencegenome,consensussequence"globalreferencegenometrackhub"(UCSC)（目前的序列比对算法需要考虑同一个位点有多种核苷酸的情况）somaticandgermlineSNV/SNP（略）allele,allelefrequency（略）haplotypehomozygous,heterozygouslinkagediseq
雾雨Vik·2023-04-13 09:04

全基因组关联分析流程（三）

拿到结果后，我们对结果进行展示，一般GWAS的标准结果图为曼哈顿图和QQ图，作图代码如下：##加载作图包library(qqman)##添加候选SNP标记位点显示candidate_Gene<-c("SYN2040
正踪大米饭儿·2023-04-12 19:33

GWAS分析-说人话（2）认识文件名

～尼马的，给我记好了，不然在GWAS分析的路上活不下的！！！1.五大格式Plink主要处理五大格式的文件：pedmapbedfambim说人话：看看你的手掌！！！5只手指，然后给自己打一个巴掌。
医学小蛋散·2023-04-12 14:10

生信小工具：Plink之下载安装与其基本格式（1）

谈起Plink相信熟悉的人更定都会知道，这是一个全面的基因组分析工具集，具有很多的小功能，在SNP数据统计，过滤，GWAS分析中都可以用得上，而且速度非常的快，堪称是生物信息分析软件中神器之一。
lakeseafly·2023-04-11 05:19

daunt使气馁

160NO_references:104daunteddauntingdaunting69dauntinglyWiththedevelopmentofchip-basedgenome-wideassociationstudies(GWAS
董八七·2023-04-11 02:42

gwas分析时数据格式转换

排序从vcf文件排序开始，可以使用picard，也可以使用vcftools的vcf-sortvcf转换为ped和map文件将vcf文件转化为plink识别的格式也是借助vcftools工具:vcftools--vcffile.vcf--plink--outfile_prefix将plink文件进行排序，而且还可以将bed二进制文件转化为ped格式plink--bfileAA--recode--ou
灵动的小猪·2023-04-10 12:31

本周最新文献速递20211219

Thepowerofgeneticdiversityingenome-wideassociationstudiesoflipids不想看英文题目：脂质全基因组关联的遗传多样性研究杂志和影响因子：Nature(IF:42.778;Q1)研究意义：脂质全基因组关联分析研究（GWAS
橙子牛奶糖·2023-04-09 03:15

生信笔记5-GWAS与eQTL

引言GWAS与eQTL都是用于研究基因位点与表型之间关系的手段，彼此之间存在很多的区别与联系。
江湾青年·2023-04-08 16:50

GWAS分析-说人话（5）keep提取我们需要的表型数据 I

前言“皇上，您还记得大明湖畔的夏雨荷吗？”“小白，您还记得fam文件的第六列吗？”当一个数据集（如肺癌），包括很多中类型的肺癌的时候如腺癌（表型=2），鳞癌（表型=3），小细胞（表型=4）的时候，你就需要把这部分数据提取出来了～小白，不要告诉我你想在成千上万的数据中一个一个筛选出来～首先，要达到“提取”=保留的目的，我们需要看需要什么指令：这就是keep指令：keep指令人话：相信我，小白这样看，
医学小蛋散·2023-04-07 13:53

全转录组关联分析TWAS的原理与方法

作者：Resther审稿：童蒙编辑：angelica什么是TWAS对GWAS（genome-wideassociationstudy,全基因组关联分析）大家应该比较熟悉，是分析遗传变异（genotype
生信阿拉丁·2023-04-07 04:02

2022-10-31

万人遗传数据揭示身高差异相关基因原创图灵基因图灵基因2022-10-3113:54发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析在迄今为止最大规模的基因组研究中，由昆士兰大学（UQ）的科学家领导的一个团队分析了281项全基因组关联研究（GWAS
图灵基因·2023-04-05 18:22

本周最新文献速递20210528

Interpretingtype1diabetesriskwithgeneticsandsingle-cellepigenomics不想看英文题目：利用遗传学和单细胞表观基因组学解析1型糖尿病的风险杂志和影响因子：Nature(IF:42.778;Q1)研究意义：全基因组关联研究（GWAS
橙子牛奶糖·2023-04-05 11:06

生物信息数据质控详解（全基因组）第一辑

目标全基因组关联研究(GWAS)在鉴定单核苷酸多态性(SNP)和表型特征之间的关联方面变得越来越流行。GWAS方法通常应用于社会科学。但是，需要仔细进行统计分析，并且需要使用专用的遗传学软件。
超级宇航员·2023-04-05 04:09

连锁不平衡（LD）分析。

在很多的遗传进化GWAS的文章中都会出现LD衰减或者block单倍型块的图。那么什么是连锁不平衡呢？
要快乐_更要经历山河·2023-04-04 14:17

GWAS - plink文件类型

plink文件类型Plink常见格式有五种：ped，map，bed，fam，bimPLINK接受VCF文件作为输入，但在PLINK中使用的首选格式是带有结尾.ped（和.map）的文件，以及带有结尾.bed（+.bim+.fam）的文件（ped和map是一组的，bedfambim是一组的。因为Plink指令是一对一对识别，例如.ped文件一定要有配对的名字.map文件，一对起来才能运行，名字要保持
SnowPye·2023-04-04 09:04

重演一篇傻瓜式GWAS分析|培养兴趣专用

重演一篇傻瓜式GWAS分析|培养兴趣专用发布于2020-05-1018:58全基因组关联分析（genome-wideassociationstudy,GWAS）应该算是动物生信分析里最热点的技能之一吧。
Zukunft·2023-04-03 20:33

多文解读：多基因分险得分（Polygenic risk score，PRS）应用

感兴趣的请见之前的推文：GWAS系列分析：多基因风险评分(PolygenicRiskScore)的计算纵观这些年的GWAS文章，几乎都会应用PRS。下面就此综述一下PRS有哪些应用场景。
橙子牛奶糖·2023-04-03 17:16

2021-01-27林木全基因组关联分析（GWAS)研究进展与展望

一、前言1、林木目标改良性状多为数量性状，受全基因组水平多基因位点联合控制，其遗传变异效应可分为基因的加性和显性效应、基因-基因的上位性效应以及基因-环境的互作效应等。先前基于家系群体的数量性状位点定位分析方法的应用，在林木复杂性状遗传解析方面取得了显著进展。2、但由于林木家系作图大多基于F1,F2或BC1等低世代杂交群体,遗传变异丰富度较低和染色体重组事件有限,导致QTL作图分辨率低且其遗传效应
麦冬花儿·2023-04-03 16:10

GWAS学习笔记（1）-何为GWAS

一、何为GWAS？
Akuooo·2023-04-03 02:13

GWAS - plink提取染色体位置范围内的SNP位点

一、首先学会打开文件写给像我一样的小白，如果你手头有bim、fam等文件，怎么查看呢？双击是不行的！！！！首先打开terminal，cd到文件所在的目录，然后使用vim命令：cd/User/Downloads/sge_genedatavixxxxx.bim其中，文件位路径只需要直接选中文件夹，并且拖到terminal中就可以了！！二、plink命令与文件格式：–bfile、--file和--tfi
SnowPye·2023-04-02 20:28

【动植物研究动态】20220424文献解读

TheCropJournal|农科院深圳基因组所钱前&商连光&胡冠菁：利用GWAS和转录组解析水稻高温胁迫响应基因及其表达模式Identifyingcandidategenesandpatternsofheat-stressresponseinriceusingagenome-wideassociationstudyandtranscriptomeanalyses
Bioinfarmer·2023-03-29 04:08

GWAS分析-说人话（1）什么是GWAS，都分析啥？

前言“没有什么比知道我们自己正在做什么更重要了”——小史，20191121之感触这个年代，谁™还有人做GWAS啊？！但是跟着的两个导师之一是这方面的专家，我除了吐个槽，还能怎样呢？1.什么是GWAS？
医学小蛋散·2023-03-28 03:06

Cell子刊 | 举四个例子，教你复杂疾病多组学数据关联研究策略

全基因组关联研究（GWAS）为复杂疾病的遗传基础提供了见解。在下一步中，综合多组学方法可以表征相关原发组织中的分子特征，以揭示疾病发展的机制。
尐尐呅·2023-03-26 19:52

【R画图学习13.3】散点图---曼哈顿图

曼哈顿图，我自己最常用于的场景就是GWAS分析之后，常使用它展示基因组中与某种表型显著相关的SNP位点或基因型信息。
jjjscuedu·2023-03-26 15:21

GWAS GS学习笔记_20|关联权重矩阵(AWM):一种基于网络的全基因组功能关联研究方法

GWAS和GS的第20篇学习笔记，建议阅读原始英文文献（有些点看英文更简单），翻译能力有限做不到信达雅，数组基础水平有限，部分点希望与大家一起交流。
Zukunft·2023-03-25 19:06

连锁不平衡分数回归 LD score regression -LDSC

在GWAS研究中，多基因性（polygenicity，即若干较小的基因效应）和干扰因素引起的偏差（如隐性关联crypticrelatedness，群体分层populationstratification
可能性之兽·2023-03-24 02:01

GWAS 数据格式说明

全基因组关联分析（GWAS）大家都不陌生，今天我们给大家介绍下各种格式之间转化在R语言是怎么实现的。
陈光辉_花生所·2023-03-23 16:33

本周最新文献速递20211031

AnopenapproachtosystematicallyprioritizecausalvariantsandgenesatallpublishedhumanGWAStrait-associatedloci不想看英文题目：在所有已发表的人类GWAS
橙子牛奶糖·2023-03-22 12:14

gwas

GWAS分析流程（分享自知乎网）https://zhuanlan.zhihu.com/p/386838985?
dddong_22b1·2023-03-22 06:31

为什么不能通过 GATK 的 PL 直接计算基因型剂量（Genotype dosage）

有时候我们需要在项目中用基因型剂量来代替基因型（Genotype），特别是进行低深度（<10x）数据的全基因组关联分析（GWAS）时，就经常会做这个转换。
黄树嘉·2023-03-21 00:47

hapmap 格式 转化为Plink格式方法

但是在GWAS和GS中，数据筛选，质控，构建矩阵都是使用的plink的格式。本文介绍如何tassel和vcftools两个软件，将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。
朱磅强·2023-03-20 12:11
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