gwas 第2页

本周最新文献速递20211003

Across-populationatlasofgeneticassociationsfor220humanphenotypes不想看英文题目：220种人类表型的跨群体遗传关联图谱杂志和影响因子：NatGenet(IF:38.33;Q1)研究意义：扩展非欧洲人群的遗传关联图谱结论：对BBJ的220个性状进行GWAS

橙子牛奶糖·2023-10-22 08:48

宿主基因组-微生物关联（mGWAS）新思路！

SHANGHAILINGEN·2023-10-19 18:23

孟德尔随机化：Steiger Test避免反向因果关系

跑分析过程中，如果是GWAS数据没有samplesize，自己又需要这个内容，请自己增加samplesize再操作。

皮肤科大白·2023-10-19 03:37

【孟德尔随机化 LDSC基因评分结果解读】

LDSC基因评分#LDSClibrary(MendelR)#如果是要做IEU在线数据库的先下载到本地#做LDSC分析时需要完整的GWAS文件#使用TwoSampleMR接口时，只能是MRBase中的数据

皮肤科大白·2023-10-19 03:37

全基因组关联分析GWAS专题2——连锁不平衡

连锁不平衡（linkagedisequilibrium,LD）分析是群体遗传学研究中常见的分析内容，也是关联分析的基础，在很多的GWAS文章中都会出现LD衰减图及单倍型block图，接下来一起连锁不平衡

菌小落·2023-10-18 18:06

每周文献 2021-06-05

AnintegratedframeworkreinstatingtheenvironmentaldimensionforGWASandgenomicselectionincrops（一款可以生成环境指数用于GWAS

杨博士聊生信·2023-10-12 05:00

本周最新文献速递20211205

Large-scaleintegrationoftheplasmaproteomewithgeneticsanddisease不想看英文题目：血浆蛋白质组、基因组、疾病的大规模整合分析杂志和影响因子：NatGenet(IF:38.33;Q1)研究意义：全基因组关联研究(GWAS

橙子牛奶糖·2023-10-09 12:20

GWAS 操作流程1

参考githubGWAS教学：https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial/总流程分为4部分1.QC2.PopulationStratification,3.AssociationAnalyses4.PolygenicRiskScore(PRS)analyses.首先是下载数据集以及相关文件mkdirGWAS_testcdGWAS_testgitclonehtt

派大星的人·2023-10-09 02:05

GWAS-1 简介-翻译

GWAS(genome-wideassociationstudy)主要用于研究相关性状的主要效应。

Hello育种·2023-10-07 03:42

2021-11-19

NatureGenetics|200万人超大规模GWAS数据分析原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=38.333推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：研究利用高效的基于稀疏矩阵的算法开发一种基于

图灵基因·2023-10-05 09:02

【GWAS】关联分析中踩坑攻略

问题全基因组关联分析（GWAS）已经是应用非常普遍的功能基因筛查方法了。

正踪大米饭儿·2023-10-01 18:33

根据GWAS数据估算样本量N和使用千人基因组填充maf的参考文献

://github.com/GenomicSEM/GenomicSEM/wiki/2.1-Calculating-Sum-of-Effective-Sample-Size-and-Preparing-GWAS-Summary-Statistics

帅锅不识字·2023-10-01 15:11

读取公共数据库中GWAS结果的vcf格式文件

这里以https://gwas.mrcieu.ac.uk/数据库为例这个数据库中的vcf文件是gwas分析之后的，所以可直接生成GWAS数据文件而不需表型数据。index文件是vcf文件的索引。

帅锅不识字·2023-10-01 15:41

gwas数据根据eaf Z 和N 求beta和se

https://www.nature.com/articles/s41590-023-01588-w#Sec10

帅锅不识字·2023-10-01 15:39

连锁不平衡以及连锁不平衡衰减

LD衰减图，在重测序类的文章中会经常出现群体遗传、GWAS等的文章里面。

云养江停·2023-09-27 22:15

GWAS数据下载详解（2）

1、FinnGen数据库：RisteysFinnGenR11+FinRegistryhttps://risteys.finregistry.fi/以检索"glaucoma"（青光眼）为例：https://risteys.finregistry.fi/下载数据：链接：https://storage.googleapis.com/finngen-public-data-r9/summary_stats

weixin_49320263·2023-09-18 12:13

Day3-记GWAS流程中的Tassel软件大坑

首先，不要问我昨天的笔记哪里去鸟，我只能说GWAS的论文还没看完，等我看完总结好再发上来，见谅啦。

腐草为嘤·2023-09-18 07:49

DisGeNET：整合了与人类疾病相关基因和突变信息的综合数据库

DisGeNET集成了来自专家管理的存储库，GWAS目录，动物模型和科学文献的数据。可通过Web界面，CytoscapeApp，RDFSPARQL端点，几种编程语言的脚本和R包来访问该信息。

silenceboy_74ce·2023-09-16 13:20

GWAS基因型文件介绍——VCF文件

大家好，上一期介绍了GWAS的基本原理，中间提到了基因型数据。基因型数据的获取方式有很多，例如基因芯片、简化基因组测序、全基因组重测序等。

李路飞·2023-09-15 01:14

每周文献 2021-07-19

Aforwardgeneticsapproachintegratinggenome-wideassociationstudyandexpressionquantitativetraitlocusmappingtodissectleafdevelopmentinmaize(Zeamays)（GWAS

杨博士聊生信·2023-09-14 09:40

SNP功能注释常用数据库

1、GWAS4D网址：http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d2、SNPnexus网址：https://www.snp-nexus.org/index.html3、VarioWatch

happyfox_9f86·2023-09-13 17:26

全基因组选择：LightGBM通过提升GWAS敏感性促进基因挖掘

talentsta·2023-09-02 18:04

全基因组关联分析 (GWAS) - 简介

在硕士就读期间，就已经做过GWAS相关的分析。当时标记量非常少，windows系统分析就足够了，作图方面涉及的脚本也基本是蔡师兄帮写的。

Zhigang_Han·2023-09-01 13:00

全基因组关联分析GWAS结果批量整理方法

GWAS结果批量整理今天分享一个算法，主要是利用R语言对GWAS分析得到的结果进行批量整理，适用于批量筛选关键SNP位点与对应的基因或QTL，尤其是多个表型多个材料的批量分析。

生信分析笔记·2023-09-01 10:05

遗传背景分析（群体结构10个样品以上）

2020.11.9【GWAS/WGS流程】丨全基因组关联分析绘图全流程_穆易青的博客-CSDN博客_gwas全基因组关联分析一、数据筛选及格式转换！！！

琴酒martini·2023-08-28 21:35

2021-01-06GWAS全基因组关联分析流程

转载自：https://blog.csdn.net/yangl7/article/details/109202042一、BWA比对1.构建索引bwaindex-aisexample.fasta#构建索引-ais算法（BWT构造算法：bwtsw、is或rb2）2.进行比对bwamem-t6-R'@RG\tID:foo\tPL:Illumina\tSM:example'example.fastaexa

麦冬花儿·2023-08-26 22:39

【GWAS】为TASSEL结果绘制曼哈顿图及QQ图

好久没写博文了，分享一个为TASSEL结果绘制曼哈顿图的代码：#加载需要的包library(data.table)#用于快速读取大文件library(CMplot)#用于绘制图形#读取数据Tassl.Res<-fread("mlm_output17.txt",header=T,sep="\t")Tassl.Res[1:5,1:8]#查看数据前5行，前8列。#提取Mean_LS性状的结果，由于Mak

正踪大米饭儿·2023-08-26 20:57

每周文献 2021-10-09

大家好，本周给大家分享的是一篇2021年10月8日发表在ThePlantCell上基于时间尺度的GWAS解析黑暗诱导植物衰老及植物适应黑暗机制的文章。

杨博士聊生信·2023-08-21 00:08

重复一篇文献的GWAS（一）：基因型数据整理

文献：AnewregulatorofseedsizecontrolinArabidopsisidentifiedbyagenome-wideassociationstudy数据来源：1001GenomesProjectwebsitehttp://1001genomes.org/data/GMI-MPI/releases/v3.1/1.下载原始vcf文件因为不确定这篇文献用的哪一个群体vcf文件，所

TOP生物信息·2023-08-18 09:47

GWAS数据下载详解（1）

1、常用网址:MRCIEUGWAS/IEU数据库:（IEUOpenGWASproject）结合“TwoSampleMR”包MiBioGen肠道菌群数据库：（MiBioGen）FinnGen数据库：（Accessresults|FinnGen）UKbiobank(http://www.nealelab.is/uk-biobank)GWASCatalog(https://www.ebi.ac.uk/g

weixin_49320263·2023-08-15 08:15

每周文献 2022-04-10

大家好，本周给大家分享的是最近发表在NG上与利用GWAS揭示东亚和欧洲人群面部形态差异的遗传机制相关的一篇文章。

杨博士聊生信·2023-08-11 02:11

每周文献 2021-08-14

TractoruseslocalancestrytoenabletheinclusionofadmixedindividualsinGWASandtoboostpower(Tractor利用本地祖先血统使GWAS

杨博士聊生信·2023-08-09 13:02

GWAS--软件EMMAX和GEMMA

EMMAX下载：http://csg.sph.umich.edu//kang/emmax/download/index.html解压后即可直接用前期需plink准备输入文件运行命令：emmax-v-d10-t[tped_prefix]-p[pheno_file]-k[kin_file]-o[out_prefix]应用：样本间亲缘关系对结果的影响比较大的时候GEMMA下载：https://githu

晓佥·2023-08-08 06:26

全基因组关联分析（GWAS）的计算原理

前言关于全基因组关联分析（GWAS）原理的资料，网上有很多。这也是我写了这么多GWAS的软件教程，却从来没有写过GWAS计算原理的原因。恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。

橙子牛奶糖·2023-08-03 06:37

GWAS 总体流程理解版

自己找了一些文章和视频，先总结了一部分，后面再做补充和实操一.相关概念理解（1）GWAS：全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择（MAS）或者基因定位（2）GWAS

wt12138·2023-08-02 14:57

使用GCTA软件进行GWAS

（3）协变量文件：前两列为FamilyID和IndividualID，后面为协变量（固定效应等：如性别、年龄、PCA）2.GWAS准备：将基因型和表型文件复制到GCTA软件的对应文件夹下，在路径输入cmd

林空鹿飲溪·2023-08-02 14:27

GWAS研究可利用的数据库（持续更新）

1、列表包括数据库名称、表型、是否能下载到基因型（genotype）、是否能下载到GWAS结果文件（P值、效应值、SNP位点）。

weixin_33985679·2023-08-02 14:54

gwas snp 和_GWAS | 原理和流程 | 全基因组关联分析

weixin_39978101·2023-08-02 14:54

GWAS 基本概念

全基因组关联分析GWAS(Genome-wideassociationstudy)应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态；SNP为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略

wangchuang2017·2023-08-02 14:24

linux系统 gwas分析,GWAS真的只有关联分析这么简单？

原标题：GWAS真的只有关联分析这么简单？近年来，全基因组关联分析(Genomewideassociationstudy，GWAS)在筛查和鉴定动植物重要经济性状的主效基因方面得到了广泛应用。

谢幺·2023-08-02 14:24

文献丨GWAS分析菜用大豆可溶性糖含量调控基因

文献：菜用大豆可溶性糖含量的GWAS及相关候选基因的鉴定摘要可溶性总糖(TSS)是大豆籽粒的重要成分，对大豆风味有重要影响。作者在两种环境下对264份种质资源进行了调查。

生信分析笔记·2023-08-02 14:50

GWAs——全基因组关联分析流程

GWAs（GenomeWideAssociationstudies，全基因组关联分析），即通过对群体的SNPs数据（geneticmarker）和表型间的关联分析，目前常用于遗传病学研究、基因功能验证、

Odd_guy·2023-08-02 14:50

gwas简介

在硕士就读期间，开始学习GWAS相关的分析。

生信学习小达人·2023-08-02 14:47

[GWAS]杂合度质控

在一群自然群体种，基因型个体的杂合度过高或者过低都是不正常的，我们需要根据杂合度来进行过滤。这里的偏差可能表明样品收到污染，或者近亲繁殖。我们采取的做法是删除样品杂合率平均值中偏离±3SD（sd就是标准差）的个体非自然群体中，比如自交系，杂交种F1，这些群体不需要过滤杂合度参数过滤合手动过滤：plink有个特点，所有的过滤标准，都可以生成过滤之前的文件，然后可以手动过滤，也可以用参数进行过滤。比如

Gremmie2003·2023-08-02 02:55

[GWAS]基于plink的亲缘关系质控

本篇我们要对一下具有亲子关系的个体进行过滤，然后计算类似于IBS的结果血缘同源（IdentityByDescent，IBD），子代中共有的等位基因来源于同一祖先。状态同源（identicalbystate，IBS），两个个体拥有相同的等位基因（不一定来源以同一祖先）。不太了解的同学IBD/IBS这里讲亲子关系的移除其实不是必须要的，比如我们分析的群体里面有亲子关系的个体，想要进行分析，不需要做这一