nnUNet

nnUNet_v2（Linux）

目录一、环境配置二、数据集准备三、数据转化四、数据预处理五、训练六、测试七、寻找最优配置八、后处理九、screen的用法最近在使用nnUNet做医学影像分割，为大家提供参考。

Rad1ant_up·2023-12-30 07:07

论文解读- nnU-Net: Self-adapting Framework for U-Net-Based Medical Image Segmentation

直达链接nnU-Net如何安装--傻瓜式安装教程nnU-Net实战一使用预训练nnU-Net模型进行推理教你用4行命令轻松使用nnUNet训练自己的医学图像分割

Tina姐吖·2023-12-20 17:53

centos7 安装nnDetection环境

nnunet和nnDetection更新导致默认安装可能会出现无法调用GPU的问题，这里稍微细致的记录下安装nnDetection环境过程。

镜中隐·2023-12-14 23:39

UNet笔记

importostask_name='Task114_heart_MNMs'raw_data_base_path="/home/ilkay/Documents/ruru/nnUNet/ocmr_task114

敲代码的妹子·2023-09-29 11:57

轻松nnDetection自己的训练集

MichaelBaumgartner在nnUnet之后推出了nnDetection，仔细一看，居然三年前就已经推出了medicaldetectiontoolkit，里面集成了MaskR-CNN,FasterR-CNN

杨晓凯·2023-08-06 20:48

window下nnUnetV2训练流程

nnUnetV2版本于2023粘3月更新，它是nnUnet的全新迭代产品特别注意！！！！

supernova121·2023-07-19 03:08

医学图像分割 nnUNetV2 分割自定义2d数据集

文章目录1环境安装(Pytorch)1.1安装conda1.1安装pytorch1.3安装nnUNet1.4安装隐藏层（可选）2配置自定义数据集2.1数据集格式2.2创建需要目录2.3数据格式转换2.3.1

LiQiang33·2023-07-19 03:08

nnUnetV2：使用自定义网络

前言2023年3月17日，nnUnet迎来重大更新。紧接着不久，Facebook推出大一统多模态分割模型SegmentAnything。

想起床的方差·2023-07-19 03:38

在Windows下用Pycharm实现nnUnet网络

代码下载2.1Windows下：2.2Linux下：3虚拟环境3.1代码放置3.2创建虚拟环境创建虚拟环境：激活环境：添加镜像源：查看cuda，输入：安装torch：配置pycharm的虚拟环境：4安装nnUnet

可心木·2023-07-19 03:34

Ubuntu下跑通 nnUNet v2

网上关于nnUNet运行的教程大部分是针对nnUNetv1的。但由于nnUNetv2已经推出，而且相对于v1有了很大的更新。

LambAI_2022·2023-07-19 03:03

nnUNetv2训练二维图像数据集

目前nnUNetv2已经可以支持二维图像的生成，不用再进行复杂的二维图像转三维图像再进行训练，最近我使用nnUNet训练了自己的二维图像数据集，遇到了一定的困难，现将步骤总结方便大家使用，第一次分享，如有不正确的地方请大家及时指出

Halloween111·2023-07-19 03:33

nnUNet-v2 官方调用教程（节选关键内容）

[1]HowtosetenvironmentvariablesnnU-Netrequiressomeenvironmentvariablessothatitalwaysknowswheretherawdata,preprocesseddataandtrainedmodelsare.Dependingontheoperatingsystem,theseenvironmentvariablesneed

新一代切糕传承人·2023-07-19 03:33

关于在阅读nnUNet代码中的一些小细节的记录(三)

1.推理阶段：nnUNet/nnunet/training/model_restore.py的60行的recursive_find_python_class函数的参数current_module。

镜中隐·2023-07-16 23:13

关于在阅读nnUNet代码中的一些小细节的记录(二)

1.推理阶段：在nnUNet/nnunet/network_architecture/neural_network.py的250行的_get_gaussian函数。

镜中隐·2023-07-16 23:12

分割模型nnUNet学习日记（三）：nnUNet参数batch_size和patch_size的修改方式

在nnUNet中，batch_size和patchsize会在预处理时自动默认设置好，具体可以查看“nnUNet_preprocessed”文件夹的.pkl文件：如图是nnUNetPlansv2.1_plans

Joker 007·2023-07-16 23:38

分割模型nnUNet学习日记（四）：汇总

（一：2020.07.06）nnUNet论文主体解析（二：2020.07.08）nnUNet方法解析（三：2020.07.10）nnUNet附录解析（四：2020.07.28）nnUNet最舒服的训练教程

Joker 007·2023-07-16 23:05

BraTS2021 + nnU-Net配置

nnUnet：https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNetBraTS2021:BRaTS2021Task1Dataset|Kaggleapex安装gitclonehttps://

MrTinTin·2023-06-07 14:42

nnUNet原创团队全新力作！MedNeXt：医学图像分割新SOTA

Transformer-drivenScalingofConvNetsforMedicalImageSegmentationMedNeXt：用于医学图像分割的ConvNets的变压器驱动缩放原论文链接：https://arxiv.org/abs/2303.09975代码链接：暂未开源导读：MedNeXt是nnUNet

黄渡猿·2023-04-05 21:41

nnUNet 研究团队重磅新作 | MedNeXt: 新一代分割架构之王，刷新多项榜单记录！

本文首发于微信公众号CVHub，不得以任何形式转载到其它平台，仅供学习交流，违者必究！Title:MedNeXt:Transformer-drivenScalingofConvNetsforMedicalImageSegmentationPaper:https://arxiv.org/pdf/2303.09975.pdf导读ConvNeXT是一种纯卷积模型，其灵感来自VisionTransform

CVHub·2023-04-05 21:10

在windows下安装nnUnet，并制作数据集以及运行（让隔壁奶奶也能学会的教程）

1.前言nnUnet原代码是在Linux下运行，如果现在windows下安装的话，会报各种错误，得改很多的地方，所以可以直接下载nnUnet_windows文件，这是我已经在windows上成功编译的版本

花生米生花@·2023-04-02 03:37

设置/修改nnUNet训练的Epoch、显卡号

一、设置/修改Epoch由于nnUNet默认的epoch=1000，训练是在太久了，可用以下方式修改训练的epoch的默认值1、在nnUNet的源码目录中找到nnUNetTrainerV2.py，该文件的位置如下

℡ヾNothing-_哥·2023-04-02 03:36

nnUNet 基础训练框架

在进入网络自适应配置之前，我们先学习一下nnUNet的基础训练框架，该模块对于大部分的视觉任务都通用，不管是分割、检测还是分类，因此可更具自身需要将此模块进行修改，添加至自己任务中。

潮月·2023-04-02 03:05

nnUnet代码分析一训练

nnUnet是做分割的一套完整代码，用在医学图像分析中较多，效果还很不错。

吕刚·2023-04-02 03:29

nnUNet windows 遇到的 bug

报错内容FileNotFoundError:[Errno2]Nosuchfileordirectory:'G:\\COVID_19\\code\\nnUNet\\nnUNet_raw\\nnUNet_raw_data

*小呆·2023-04-02 03:50

nnUNet 训练自己的数据

环境配置1.环境配置condacreate-nnnUNet python=3.7condaactivatennUNet切换下载源#查看当前conda配置condaconfig--showchannels#设置通道condaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/condaconfig--a

秋山大壮·2023-04-02 03:18

nnUNet在2d数据集上训练测试一体教程（绕过五折交叉验证

nnUNet在2d数据集上训练测试一体教程（绕过五折交叉验证）文章目录nnUNet在2d数据集上训练测试一体教程（绕过五折交叉验证）前言一、环境配置1.创建虚拟环境2.创建目录3.gitnnUNet4.

DewNose·2023-04-02 03:44

nnUNet数据格式一步到位准备

importosfrombatchgenerators.utilities.file_and_folder_operationsimportsave_json,subfilesfromtypingimportTupleimportnumpyasnp第一步：批量修改你每个文件夹内的文件名称，修改为nnunet

爱吃饭的虎虎·2023-04-02 03:01

【nnunet】个人数据训练心得

安装：pipinstallnnunetv2##或者是把他下载下来，自行安装gitclonehttps://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet.gitcdnnUNetpipinstall-e.GitHub

子根·2023-04-02 03:22

nnUNet源码解读（一）：数据维度变换

最近用到nnUNet这个框架做了一个影像分割的项目。正好学习一下这个框架的源码。我的电脑是ubuntu，已经安装好了nnUNet框架，并且按照作者提供的这个案例的步骤，对相应步骤的原码进行解读。

是Billy呐~·2023-02-23 21:26

nnUnet模型训练时报错：RuntimeError: Unable to find a valid cuDNN algorithm to run convolution

跑模型时报错，遂解决记录。这个错误出现原因是模型所需显存过大，GPU显存不足导致的错误，这时需要将batch-size,patch-size改小即可：64-32等。使用如下代码：importnumpyasnpimportpickleaspklfrombatchgenerators.utilities.file_and_folder_operationsimport*path=r'/home/all

Nimmermehr。·2023-02-07 09:41

nnUNet保姆级使用教程！！！从环境配置到数据准备到训练与推理，nnUNet看这一篇就够了！！！（新手必看）

文章目录写在前面nnUNet是什么？

江江ahh·2023-02-06 07:02

nnUNet基础分割网络框架

在分析完nnUNet的基础训练框架之后，再接着分析一下nnUNet的基础分割网络，2D，3D的分割网络都是在此基础上进行构建的。

潮月·2023-02-05 07:19

Docker训练nnUNet

Docker命令整理Usage:dockerrun[OPTIONS]IMAGE[COMMAND][ARG...]-d,--detach=false指定容器运行于前台还是后台，默认为false-i,--interactive=false打开STDIN，用于控制台交互-t,--tty=false分配tty设备，该可以支持终端登录，默认为false-u,--user=""指定容器的用户-a,--atta

波赛东闪电·2023-01-31 20:40

打包报错记录2

上一集前置知识sys.path是一个包含了python搜索路径的列表，如果这个列表都找不到这个模块，就g了项目结构项目结构大概是这样的（忽略build和dist）启动项在multi_window.py中间的nnUNet

Nightmare004·2023-01-27 11:49

SSL4MIS：医学图像半监督分割的Baselines

zhuanlan.zhihu.com/p/27742537101引文先放链接，极速尝试SSL4MIShttps://github.com/HiLab-git/SSL4MIS近年来，CNN在医学图像分割领域取得了统治级的地位，nnUNet

我爱计算机视觉·2023-01-09 17:52

医疗图像切割日记 01 - 用nnUNet做Fatal Head Segmentation Challenge

目录1.nnUNet介绍1.1nnUNet特点2.准备工作2.1整理数据格式-用自己的数据集2.2设置路径2.3nnUNet预处理数据3.训练3.1训练代码编辑编辑3.2训练结果3.2.1骰子系数-最差结果

交响乐团里尖叫的海鸥·2023-01-07 22:17

MS 训练笔记【1】：nnUNet

文章目录前言1.安装2.训练与测试2.1.数据处理2.1.1.整理数据路径2.1.2.设置nnFormer读取文件的路径2.1.3.数据集预处理2.2.训练2.2.1.训练代码2.2.预测总结前言nnUNet

zzzyzh·2023-01-05 18:33

nnUnet: 使用自己(自定义)网络训练

2.2.1路径2.2.2parser三、训练3.1构建网络3.2修改配置3.2.1initialize3.2.2initialize_network3.2.3__init__四、注意事项参考资料一、简介nnUnet

Sleeep_·2022-12-30 08:29

onnx删除输出

importonnxfromonnximporthelpermodel=onnx.load("nnunet.onnx")node=model.graph.nodeout=model.graph.output

Fly*Boy·2022-12-26 11:52

nnUnet测试

https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNetnnUnet要在Windows上跑起来有点麻烦，主要是项目路径的问题，我目前测试了2分类遥感数据（其实只要是二分类都行，无所谓什么数据），我这里说难是因为我没有安装，没有用命令行跑，我直接在脚本里改了参数运行，下面我对关键部分做下说明1.数据准备数据就用阿里天池大数据竞赛里那个建筑比赛数据，这个比赛是长期开放的，有兴趣的可以把自己

如雾如电·2022-12-23 11:38

nnunet(八) Supplementary information

https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41592-020-01008-z/MediaObjects/41592_2020_1008_MOESM1_ESM.pdfSupplementaryinformation|nnU-Net:aself-configuringmethodfordeeplearning-basedbiome

shchojj·2022-12-22 09:11

nnUnet代码解读--数据增强

nnunet项目官方地址MIC-DKFZ/nnUNet准备工作关于nnUnet代码包的安装和配置参考nn-UNet使用记录–代码配置nnUnet最经典的部分在于数据处理，本文简单介绍nnUnet的数据读取和数据增强方法

宁眸·2022-12-19 13:08

【无标题】

【自用】nnUNet研究并努力魔改记录目录清单nnUNet的安装nnUNet的输入数据原始数据准备数据预处理图像裁剪标准化数据集的划分加载数据集数据扩增模型训练基本模型训练策略模型预测数据后处理nnUNet

天生Y巨圆·2022-12-19 13:02

nnUNet框架小结（CUDA9.0+torch1.1\使用nrrd数据集）

nnUNet框架小结（CUDA9.0+torch1.1\使用nrrd数据集）nnUNet框架效果很好，依靠一些技巧，将分割任务进行了大统一，并在很多任务上得到了非常好的成绩。

苏东坡哦哦·2022-12-12 22:32

2021-08-24

nnUNet代码学习——预处理代码学习之前在实验室用了一段时间nnUNet代码，当时学习了一段时间，不过半途而废了。现在开始工作，感觉有必要将nnUNet的代码全部重新过一遍。

潮月·2022-12-12 18:06

使用pytorch cuda11 cudnn8.02 Docker搭建nnUNet训练环境

（2020-10-30更新）pytorch官网已经更新了pytorch1.7，适配了cuda11和cudnn8，本文依然可以作为docker使用教程本文目的是加速训练过程，平时使用pytorch1.6cuda10.2训练一个epoch将近400秒，搭建好docker环境后，使用cuda11、cudnn8.0.2的环境，一个epoch的时间只需要160秒左右。加速非常明显。问题来源于：https:/

Alpha收割机·2022-12-10 06:44

医学图像分类_ASNG：用于3D医学图像分割的自动数据增广

据作者称，这是首次在医学图像分割任务中采用可微分的自动数据增广，实验表明，所提出的方法明显优于现有的模型（如SCNA、nnUNet等），性能表现SOTA！

weixin_39870199·2022-12-06 21:11

医学图像分割

用于分割的数据集2、关于分割的论文介绍2.1nnU-Net:aself-configuringmethodfordeeplearning-basedbiomedicalimagesegmentation2.2使用nnunet

落花逐流水·2022-12-06 21:33

nnunet 训练分割

nnunet训练分割1、整理数据集2.设置nnUNet读取文件的路径关于nnunet的安装后面会说，或参考其他博客，这里暂时只整理与训练相关的部分。