pheatmap

R语言绘制热图

运用R语言绘制热图本文主要讲述绘制热图的两种方式，分别为利用pheatmap包和ggplot2包目录运用R语言绘制热图一、热图概念二、热图绘制方法1.利用pheatmap包2.利用ggplot2包一、概念热图是一种很常见的图
小潘的生信笔记·2024-02-19 14:05

R语言画相关性热图

R语言进行聚类热图install.packages("corrplot2")install.packages("Hmisc")install.packages("pheatmap")library(Hmisc
还没秃头的程序猿-D·2024-02-19 14:02

R语言linkET包绘制相关性组合网络热图

能绘制热图的R包很多，既往我们已经介绍了《R语言pheatmap包绘制热图》，今天咱们来介绍一下R语言linkET包绘制相关性组合网络热图。
天桥下的卖艺者·2024-02-19 14:29

【R画图】环形热图

能画热图的工具也有很多，我自己常用的R包是pheatmap。最近经常看见环状的热图，所以就搜了一下资料学习一下，测试一下。
jjjscuedu·2024-02-11 11:41

pheatmap()画图

$rm(list=ls())$library(pheatmap)$a1=rnorm(100)生成一百个随机数的a1$dim(a1)=c(5,20)加维度$pheatmap(a1)$a2=rnorm(100
多啦A梦的时光机_648d·2024-02-09 17:04

R语言画热图的一个简单小例子2~视频版

大家好，今天继续录制视频介绍R语言的pheatmap包画热图的小例子，今天就是实现下面这幅图B站视频链接https://www.bilibili.com/video/BV1HA411E7gMimage.png
小明的数据分析笔记本·2024-01-30 07:52

存在/缺失矩阵绘制热图

library(pheatmap)#本次所使用的热图绘制包，如果没有安装包，记得提前安装好library(vegan)#vegan包待会可以用来标准化和中心化数据data%mutate(x=1:nrow
花生学生信·2024-01-29 05:20

ggplot的热图玩法

背景画热图的体系用的比较多的是pheatmap和ComplexHeatmap这两个包，前者胜在代码简单，功能强大，而后者胜在细节无穷无尽，只有你想不到，没有它做不到。
小洁忘了怎么分身·2024-01-29 04:48

【画图】pheatmap多图组合

1.解决问题  在进行多图绘制的时候，用cowplot::plot_grid函数进行多图组合，结果在多图组合的时候，别的ggplot画图的对象没有任何问题，但是pheatmap的出现问题，并抛出如下警告信息
尧小飞·2024-01-12 20:59

生信人R语言

05.热图#测试数据#pheatmap绘制聚类热图的R包a1=rnorm(100)#rnorm()生成随机数dim(a1)=c(5,20)a2=rnorm(100)+2dim(a2)=c(5,20)library
Yinwen(o^^o)·2024-01-07 16:21

「Debug R」ERROR: failed to lock directory

出错信息如下package‘pheatmap’successfullyunpackedandMD5sumscheckedErrorininstall.packages:ERROR:failedtolockdirectory
xuzhougeng·2023-12-31 09:16

pheatmap 行名在左侧

需求如题，效果如下：library(pheatmap)library(grid)library(gtable)colors=c(seq(-5,-1,length=1000),seq(-.999999,.999999
周运来就是我·2023-12-29 13:57

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(六)

library(pcaMethods)library(pcaReduce)library(SC3)library(scater)library(SingleCellExperiment)library(pheatmap
小潤澤·2023-12-04 18:04

R语言 用Pheatmap包 简单画相关系数热图

包的安装install.packages(pheatmap)包的导入#导入pheatmap包library(pheatmap)#数据整理做相关系数矩阵的时候，经常会碰见有一列的数值唯一，是常数，没有办法进行相关系数矩阵的运算
明天吃什么饭·2023-12-03 17:00

2020-04-19

相关性热图、差异基因热图等画热图的包：pheatmap包pheatmap()函数：usage：基因和样本都可以单独聚类，排序，聚类再分组，行列注释，配色调整，调整聚类线以及单元格的宽度和高度均可实现pheatmap
pedagogoose·2023-11-20 11:48

【R语言】pheatmap包绘制热图教程

pheatmap，全称PrettyHeatmaps，直译“完美的热图”，是一款非常优秀的热图绘制R包。
生态数据·2023-11-06 11:12

Complexheatmap::pheatmap绘图字体设置

这篇文章主要介绍Complexheatmap::pheatmap绘图字体设置。在原函数中没有设置字体的参数。
myshu·2023-11-05 11:09

跟着Nature Communications学作图：R语言pheatmap做热图展示不同软件做差异丰度分析的差异

论文Microbiomedifferentialabundancemethodsproducedifferentresultsacross38datasets数据链接https://figshare.com/articles/dataset/16S_rRNA_Microbiome_Datasets/14531724代码链接https://github.com/nearinj/Comparison_
小明的数据分析笔记本·2023-11-02 07:52

R包pheatmap绘制热图

前言:欢迎关注微信公众号：生信天团本文微信连接：R包pheatmap绘制热图此文参考自B站孟浩巍的系列视频[1]代码，利用个人测序数据绘图，现学现卖，不足之处，请多指教；1.pheatmap热图解读：文件输入为矩阵
谢俊飞·2023-11-01 10:19

【细胞通讯】PlantPhoneDB（2）

====安装====首先需要安装相关的依赖包：install.packages(c("devtools","Seurat","tidyverse","ggplot2","ggsci","pheatmap
jjjscuedu·2023-10-23 05:35

TCGA差异分析及热图火山图绘制

输入文件：immLncExp.png#引用包library(limma)library(pheatmap)expFile="immLncExp.txt"#表达输入文件fdrFilter=0.05#fdr
萍智医信·2023-10-21 11:45

R语言零基础基因/数据差异分析-热图分析（四）

绘制方法请仔细阅读代码，并修改部分你需要改的数据library(pheatmap)gene=read.csv(file.choose(),header=T,row.name
Frms·2023-10-17 14:25

R语言绘图 | 使用pheatmap快速绘制热图

热图是我们展示数据时常用的图形，今天小编教大家使用"pheatmap"快速绘制热图。首先，我们需要准备输入文件。比如，我想绘制热图来比较30个基因在6个组织里的表达情况。
生信小王子·2023-10-10 01:48

R: Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)

使用R的pheatmap包绘制热图时，会遇到很多缺失值的情况，此时需要对其进行去除或替换处理，但利用“is.na()”发现一直报错：Errorinhclust(d,method=method):外接函数调用时不能有
跳动的喵尾巴·2023-09-29 19:36

R 数据可视化 —— 聚类热图 pheatmap

绘制聚类热图的包有很多，我们主要介绍pheatmap和ComplexHea
名本无名·2023-09-23 09:16

R-如何在图表左侧的pheatmap中显示行名？

问题我正在使用R中的pheatmap包制作热图。默认情况下，行名显示在热图的右侧。有谁知道如何将它们移到左侧？
Zee_李海海·2023-09-19 15:49

R语言绘制热图

1、初步绘图rm(list=ls())#clearGlobalEnvironmentsetwd('D:/Desktop/0000/code-main/热图')#设置工作路径#加载R包library(pheatmap
清纯世纪·2023-09-18 01:55

pheatmap函数error

用pheatmap函数在Linux系统上画图输入数据格式：如下p2=pheatmap(marker,cluster_cols=T,cluster_rows=T,clustering_distance_rows
Merlin_cd6c·2023-09-14 17:20

Pheatmap转ggplot2

问题pheatmap出的热图添加脚注、拼图等都非常麻烦老的解决方案由于pheatmap是基于grid画图的，因此可以用grid的语句添加注释，但是功能有限，例如不能换行grid.text(label='
Cdudu·2023-09-11 21:04

ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——9.其它软件包

与其他软件包集成9.1pheatmap热图pheatmap用于制作热图是一个很不错的R包，启发了许多其他热图包，例如ComplexHeatmap。
denghb001·2023-09-08 16:21

热图4：ComplexHeatmap画复杂热图行列注释

想要获取更多精彩内容，请前往我的公众号image.png之前我们交替介绍了pheatmap和ComplexHeatmap的热图画法，ComplexHeatmap其实是pheatmap的升级版，包含其大多数功能
KS科研分享与服务·2023-08-28 07:21

spss数据分析--相关性分析与酷炫图

“pheatmap”包是用来画热力图的。我们调用R里自带的数据集，今天调用的这个是关于汽车道路测试的各项指标数据，名叫mtcars。
211统计课堂·2023-08-16 10:59

R语言: 从pheatmap无缝迁移至ComplexHeatmap

pheatmap是一个非常受欢迎的绘制热图的R包。ComplexHeatmap包即是受之启发而来。你可以发现Heatmap()函数中很多参数都与pheatmap()相同。
wanghaihua888·2023-08-06 08:07

【热图】

参考：《R数据可视化手册》、学术数据分析及可视化1.pheatmap绘制热图热图常用于展示某种特定的基因表达分布模式，在这里仅提供部分目前用到的绘制热图的方法，根据后续的需要进行更新。
lkj666·2023-07-25 03:06

代谢组学和微生物组学关联分析

library(psych)library(pheatmap)library(RColorBrewer)my_theme()#随机模拟数据metab=0.01]<-"*"p_mat[cor_mat_p<
kkkkkkang·2023-07-24 05:30

【pheatmap热图scale报错】Error in hclust(d, method = method)：NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)

初始数据类似如下：image.png填充下缺失值data[data==0]<-NAdata[is.na(data)]<-min(data,na.rm=T)*0.01pheatmap(log10(data
米源MY·2023-07-23 19:53

跟着Nature学作图：R语言pheatmap包做热图

论文是EnvironmentalfactorsshapingthegutmicrobiomeinaDutchpopulation数据和代码的github主页链接https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP这个也是数据代码的下载链接，可以看目录结构https://zenodo.org/record/5910709#.YmAcp4VBzic今天的
小明的数据分析笔记本·2023-07-19 22:30

R或Rstudio中突然不能成功加载（library）ggplot包或其他包，不存在叫colorspace的这个包，如何解决？

问题：如果R包（ggplot或pheatmap等）可以安装成功（install.packags），但却不能成功加载(library)，且显示不存在叫‘colorspace’这个名字的程辑包解决方法：安装
Sarah945·2023-07-17 10:50

利用R语言中pheatmap绘制热图

1.设置工作目录和安装和加载所需的R包需要安装vegan包，利用命令install.packages("vegan")如图显示，表明安装成功并加载2.导入数据利用read.table()函数来导入原始数据header=T表示将第一行设置为列名，row.names=1表示将第1列设置为行名下图，数据读取成功然后将读取的数据存储到一个新的变量data中，方便后期处理data1.5,"*",""),nr
生信学习小达人·2023-07-15 04:11

# R语言画,使用pheatmap画heatmap时报错

R语言画,使用pheatmap画heatmap时报错我用R语言画heatmap时，突然报错，错误详情如下：然后，我就开始各种搜索查找原因，问题描述`提示：这里描述项目中遇到的问题：Errorinseq.default
R语言爱好者·2023-07-14 00:24

热图3：热图行列分组信息注释

下面是我们得示例数据，一个表达举证（数据纯属虚构，分组纯属虚构）第一步，还是将数据读入，加载R包，这里我们使用pheatmap。setwd("D:/tq/
TS的美梦·2023-06-15 20:43

热图5：ggplot2画热图及个性化修饰

ggplot2与pheatmap热图对比读取文件和一些需要的包：setwd("D:/生物信息学")A%scale()%>%as.data.frame()#缩放数据C%scale(center=T)%>%
TS的美梦·2023-06-15 20:43

R语言学习系列之“多变的热图”

公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学前段时间我们更新过一篇推文热图系列1，隶属R语言学习系列，今天我们继续热图系列2导入数据library(pheatmap)TEST=read.csv
生信小课堂·2023-06-12 20:13

R语言绘图包02--热图pheatmap

#usage:pheatmap(mat,color=colorRampPalette(rev(brewer.pal(n=7,name="RdYlBu")))(100),kmeans_k=NA,breaks
Hayley笔记·2023-06-07 07:15

R package：xcms(三)：Chromatographic peak detection质谱峰检测

导入数据library(xcms)library(faahKO)library(RColorBrewer)library(pander)library(magrittr)library(pheatmap
佳名·2023-04-13 07:07

跟着Nature microbiology学画图:R语言pheatmap包画热图展示密码子RSCU值

论文EvolutionaryoriginsoftheSARS-CoV-2sarbecoviruslineageresponsiblefortheCOVID-19pandemicimage.png本地文件s41564-020-0771-4.pdf代码和数据下载链接https://github.com/plemey/SARSCoV2origins今天的推文我们来重复一下论文中的Figure5aimag
小明的数据分析笔记本·2023-04-12 09:45

基因表达聚类分析之初探SOM

更多聚类相关见：基因共表达聚类分析和可视化聚类分析factoextra获取pheatmap聚类后和标准化后的结果SOM分析基本理论SOM(Self-Organi
生信宝典·2023-04-11 09:48

如何画出漂亮的热图？

code如下：setwd('C:/Users/Administrator/Desktop/LSM测序总结/heatmap')rm(list=ls())library(pheatmap)library(RColorBrewer
ShanSly·2023-04-10 22:37

【R】画图实践

32.pheatmap修改颜色bar王鹏提供代码library(pheatmap)GO_dat%mutate(total=up+down)dat2###Step1：显示加和结果ggplot(data=data.frame
caokai001·2023-04-08 12:29

pheatmap热图绘制

一、前期准备首先，需要安装绘制热图所需要的包-packages"pheatmap"rm(list=ls())#清除环境变量install.packages("pheatmap")#下载包librar
生信小书生·2023-04-08 02:29
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