pheatmap

初入R语言，绘制heatmap图

xlsx")#通过excel导入数据#第一行为各种参数#每一列为不同样本，第一列不需要特意设定序号列；且不要带中文，否则会显示不全library(xlsx)#安装程序install.packages("pheatmap
茛苕叶·2022-02-06 07:35

scale函数对矩阵归一化是按行归一化，还是按列归一化？

提出这个问题是在Rpackage：circlize环状热图需要对某个矩阵进行归一化处理，虽然在pheatmap包，有一个归一化参数scale，有"row","column"和"none"。
佳名·2022-02-03 10:56

如何给热图加两个树 | R

pheatmap出的图可以有上和左两个hclust聚类图，但那是根据矩阵数据聚类的，若是换成了进化树怎么办？左边一个进化树很容易，ggtree的gheatmap一句话就加上了，但还要再加一个对应的呢？
kkkkkkang·2021-12-13 21:39

热图5：ggplot2画热图及个性化修饰

image.png一、ggplot2与pheatmap热图对比读取文件和一些需要的包：setwd("D:/生物信息学")A%scale()%>%as.data.frame()#缩放数据C%scale(cente
KS科研分享与服务·2021-12-02 12:15

R package：xcms(一)：导入数据

导入所需要的包library(xcms)library(pheatmap)library(RColorBrewer)多组数据的导入myfiles<-list.files(pattern="^neg")myfilespd
佳名·2021-12-02 09:49

R-热图-pheatmap

pheatmap是绘制热图的经典R包。其中一些细节参数设置，之前每次遇到都是网上搜索。这次系统整理下常用用法，为以后绘图提供方便。
小贝学生信·2021-11-23 22:02

UpSetR

R语言：排序、筛选以及分类汇总操作https://blog.csdn.net/weixin_40628687/article/details/79381882利用cutree划分pheatmap聚类结果
大胆冒险实践者·2021-11-23 21:09

R语言作图--pheatmap（热图）

1.热图及分组library(pheatmap)#加载库test=read.table('abc.txt',header=T,sep=',')#导入数据row.names(test)=test[,1]#
小飞虎·2021-10-21 00:37

sc-RNAseq热图分组、聚类、归一化

1画热图,针对top100的sd的基因集的表达矩阵,没有聚类分组cg=names(tail(sort(apply(dat,1,sd)),100))##取表达量标准差最大的100行的行名pheatmap(
Ginger_58a6·2021-06-10 16:52

哦，走开，你这个可恶的离群值

www.jianshu.com/p/ec3802b490ed2.如何找出离群值大概搜了一下，找到了好多种办法，其中有一个基于箱线图的，一看就爱了2.1先画个热图看看一个正常的热图长这样：rm(list=ls())library(pheatmap
小洁忘了怎么分身·2021-06-10 00:21

heatmap

在这里，我们将使用R软件包Pheatmap对我们将要测试的一些基因表达数据进行此分析。
Ginger_58a6·2021-06-05 05:16

（专题）-pheatmap -2

https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72770404https://shengxin.ren/article/107>library(pheatmap
苏慕晨枫·2021-05-17 11:54

pheatmap 坐标轴排序

简介heatmap排序的实质是对hclust的结果进行排序，由于存在聚类这一客观情况，所以我们期望的排序结果是一个局域型排序产物(在同一聚类水平下的排序)。基本实现过程是以目前聚类树的排列顺序为基准，通过给对应位置的值一个坐标来实现顺序重排。解析hclusthclust的顺序是靠order和labels两个数据控制，labels是有顺序的名称，其座次可以被索引提取。order则相当于索引，从lab
吴十三和小可爱的札记·2021-05-13 15:03

相关性热图绘制

原文链接效果图主要步骤加载R包，psych,pheatmap,reshape2,分别是计算相关性、p值，绘制相关性热图，输出数据的整合处理读入数据，包括微生物丰度信息表及代谢物信息表。
新欣enjoy·2021-04-19 16:53

ggplot2 |legend参数设置，图形精雕细琢

前面也给出了一些ggplot2绘制生信分析基本图形的例子pheatmap|暴雨暂歇，“热图”来袭！！！ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来ggplot2|扩展包从0开始绘制雷
生信补给站·2021-04-19 15:46

R语言ggplot2画四方形的热图展示相关系数的简单小例子

R语言里画热图通常会使用pheatmap这个包。如果想使用ggplot2这个包画热图的话需要借助geom_tile()这个函数。
小明的数据分析笔记本·2021-04-19 05:44

盘一盘画相关性热图的几种方式

R可视化相关性矩阵的几种方案R中相关性矩阵的可视化解决方法在已经有很多了，我们在这里总结一些常用的都有哪些：ggplot2包corrplot包热图包(pheatmap，heatmap包等)ggally包中的
凯凯何_Boy·2021-04-19 04:00

R语言：组内相关分析，pheatmap热图和cytoscape网络图

导读相关pheatmap图，cytoscape网络图，一文打尽。
小白菜学生信·2021-04-17 19:55

R语言：两组数据关联分析，pheatmap热图和cytoscape网络图

基本方法是用R语言psych包corr.test函数进行两组数据的相关分析，结果经格式化后用pheatmap可视化得热图。
小白菜学生信·2021-04-17 15:16

跟着Nature Methods学画图：R语言画热图（pheatmap）展示基因表达量

在土豆学生信分享的内容看到这篇论文的链接是https://www.jianshu.com/p/bbf9cb13b41a论文是image.png论文对应的代码是公开的https://github.com/ajwilk/2020_Wilk_COVIDimage.png在学习他这个代码的时候发现其中自定义了一个函数可以操作热图的文字标签，可以让热图上只显示我们感兴趣的文字标签。我在运行这个代码的时候遇到
小明的数据分析笔记本·2021-04-13 20:50

R语言数据分析，从入门到自闭（图缓慢补充中……）

加载需要的数据包本文章用到的数据包中，“tidyverse”，“skimr”，“FactoMineR”，“factoextra”，“pheatmap”是必须的。
邵扬_Barnett·2021-04-13 02:59

R语言绘制heatmap(热图)

热图的教程网上一抓一大把，这里使用pheatmap。
落寞的橙子·2021-03-12 10:54

转载：GEO数据差异分析

biocLite("affy")biocLite("affyPLM")biocLite("RColorBrewer")biocLite("impute")biocLite("limma")biocLite("pheatmap
ZZM2020·2021-02-08 17:47

GEO数据挖掘入门---使用pheatmap绘制分组聚类热图

1.我们经常看到的CNS热图都是这样的。就是聚类是按照分组分开的。image.png图2：引自Cell182,245–261,July9,2020247全世界的科学界都公认两组样品之间对比绘制热图应该是这样的。几百篇CNS论文都是这样的。2.然而我们自己绘制出来有时候却是下面这样的。也就是分组没有聚在一起，被聚类分开了。image.png图2图片引自生信技能树2020热图推文这样画热图，涉嫌操纵数
Seurat_·2021-01-27 23:13

R无法导入xlsx包

install.packages("xlsxjars")install.packages("xlsx")library(rJava)library(ggplot2)library(xlsx)library(pheatmap
Process_31bb·2021-01-09 20:40

2021-01-05ComplexHeatmap热图R包参数解读

之前画热图一直在用pheatmap,简单美观，但是后面有了些特殊需求之后,人就不知足了，所以转到了功能更全面但是相对更难入手的ComplexHeatmap核心函数为Heatmap，大体的参数解读如下：Heatmap
阿乜太帅·2021-01-05 14:24

R语言：pheatmap热图、指定颜色、排序

导读一个pheatmap画堆叠图指定颜色、取消按指标名称字母排序的方法。
胡童远·2020-11-09 21:21

R语言：以第一行为列名、第一列为行名读取数据框画热图

导读前面pheatmap画图用的都是matrix数据，没出现问题。read.table直接读取的数据框不能用pheatmap画图，但是加上一个参数就可以了。
小白菜学生信·2020-11-09 21:04

boder——color

pheatmap(choose_matrix,show_rownames=F)image.pngpheatmap(choose_matrix,show_rownames=F,border_color=F
一路向前_莫问前程_前程似锦·2020-10-10 08:26

ggplot2 |legend参数设置，图形精雕细琢

前面也给出了一些ggplot2绘制生信分析基本图形的例子pheatmap|暴雨暂歇，“热图”来袭！！！ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来ggplot2|扩展包从0开始绘制雷
生信补给站·2020-08-18 12:55

获取pheatmap聚类后和标准化后的结果

pheatmap是简单常用的热图绘制包，可以快速、简单、可定制的绘制漂亮热图。具体见R语言学习-热图简化和免费高颜值可定制在线绘图工具ImageGP。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:21

pheatmap包更改参数绘制热图_2020-02-16

/pheatmap/")##2.导入R包library(pheatmap)##3.更改参数，绘制不一样的热图###3.1构建测试数据test=matrix(rnorm(200),20,10)test[1
夜神孤星·2020-08-03 03:06

R包SCENIC:结果可视化与分析

交互app（Scope）logMat0],decreasing=TRUE))))[c("L1","Var1","value")];colnames(topRegulators)minPerc)>0),]pheatmap
阿糖胞苷_SYSU·2020-07-04 06:25

分析记录 | 差异分析和KEGG GO

pheatmap的标注更改，同样因为没有lane分组数据。DraggedImage.png为啥要normalize？
琼脂糖·2020-07-04 01:29

【r<-分析|绘图】 使用NMF包绘制热图

而aheatmap函数本身又是pheatmap包pheatmap函数的修改版本。引擎具体的优点作者有在文档是写，我就不唠叨了。数据和模型为了演示热图函数的用法
王诗翔·2020-07-02 16:00

R-可视化（九）：简单热图

创建数据test=scale(mtcars[,3:7])绘制热图pheatmap(test)修改颜色pheatmap(test,color=colorRampPalette(c("#00AFBB","#
obwte·2020-06-29 09:56

R语言绘制热图——pheatmap

（网易云课堂，腾讯课堂生物信息讲师，高级生物信息工程师）pheatmap简介:PrettyHeatmaps——Implementationofheatmapsthatoffersmorecontroloverdimensionsandappearance.library
宁生信·2020-06-26 12:20

R语言绘制热图（其实是相关系数图）实践(二）corrplot包

目录前言corrplot包简介语法和常用参数介绍函数语法参数介绍实践summary参考资料前言在我的上一篇的内容中（R语言绘制热图实践(一）pheatmap包），我以绘制相关系数图为出发点，介绍了使用pheatmap
lala提子lala·2020-06-24 02:36

R学习笔记(2)：用pheatmap画个热图

安装pheatmap包创建测试矩阵画个热图显示色块的数值或文本调整色块或文本大小行列注释列名的文本角度调整切分热图自定义显示哪些行列的名字用距离矩阵的方法来聚类练习1.安装pheatmap包install.packages
presentlife·2020-06-23 13:27

pheatmap|暴雨暂歇，“热图”来袭！！！

本文利用R语言pheatmap包从头开始绘制各种漂亮的热图。
生信补给站·2020-06-22 11:33

R绘图|pheatmap热图绘制——高阶篇

绘图场景：在高通量检测数据中，我们在数据展示上往往都喜欢将感兴趣的功能或者通路基因绘制成热图形式，能够让读者一目了然的发现某功能是增强了？还是减弱了？在实际过程中，表型实验上已经证明了炎症反应的走向，从初期增强到后期减弱。但在对应的高通量数据中却不是如我们所想，趋势很凌乱，很难说炎症这个过程的增强减弱。因此在拿到数据后，需要有选择性的筛选和展示。今天就以项目为例，记录整个绘制过程。1.对促炎数据做
Clariom·2020-06-21 21:48

R绘图|pheatmap热图绘制——基础篇

清除环境及安装R包rm(list=ls())#清除环境内存#install.packages("pheatmap")#安装pheatmap包#install.packages("readxl")#安装readxl
Clariom·2020-06-21 21:42

绘制火山图&热图

所用工具：R语言；所需要包：ggplot2、pheatmap。绘制火山图&热图第一部分：火山图知识笔记第二部分：热图知识笔记总结参考文章获取代码第一部分：火山图首先
FightingBob·2020-06-21 20:45

热图最佳实践-pheatmap

用pheatmap来绘图首先要安装这个包，它就一个功能，画出热图即可，号称是prettyheatmap，的确比其它的好用很多。
生信技能树·2020-04-06 14:14

R统计绘图 - 热图简化

欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2017/06/heatmap-simple/Jumpto...热图绘制-pheatmap不改脚本的热图绘制生信宝典，一起换个角度学生信热图绘制
生信宝典·2020-03-27 22:20

pheatmap

一、创建一个随机矩阵10x20test=matrix(rnorm(200),20,10)test[1:10,seq(1,10,2)]=test[1:10,seq(1,10,2)]+3test[11:20,seq(2,10,2)]=test[11:20,seq(2,10,2)]+2test[15:20,seq(2,10,2)]=test[15:20,seq(2,10,2)]+4colnames(te
ctomclancy·2020-03-25 05:25

R小tip（八）热图添加显著性标志

我们这次讨论下如何在热图上标记显著性标记#psych包用于计算相关性、p值等信息library(psych)#pheatmap包用于绘制相关性热图library(pheatmap)#reshape2包用于输出数据的整合处理
小潤澤·2020-03-24 20:13

一一GET 5种画热图的方法

1.pheatmap>top50gene=tail(sort(madlist),50)>top50gene=as.data.frame(top50gene)>top50genelist=rownames
假装挖金矿的狮毛·2020-03-18 03:41

【r<-高级|分享】用R画热图的几个参考

介绍了pheatmap包、heatmap函数、ggplot2包、gplot包、lattice包。可惜排版不怎么行，不知道是页面解析问题还是啥的，文章显示不全，很多设置的参数看不到。
王诗翔·2020-03-15 02:05

R语言pheatmap热图色条控制小技巧

使用的是R语言的pheatmap包，先生成随机数据：set.seed(100)data1<-c(runif(20,min=-2,max=2),rnorm(380,2,2))data1<-matrix(sample
生信杂谈·2020-03-12 02:55
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