prokka

生信步骤|原核生物基因组注释--Prokka

Prokka是一个适用于原核生物基因组注释工具，可以注释细菌，古菌和病毒基因组。
学术程稻属·2024-01-15 20:04

Prokka: ubuntu安装的时候出现错误

[14:10:57]Running:cat/app/prokka_result/ref_file/ref_file.HAMAP.hmm.tmp.77.faa|parallel--gnu--plain-j2
橄榄熊·2024-01-10 03:09

Prokka的安装与使用

文章链接：https://github.com/tseemann/prokka1.ProKKa的简介快速核基因组注释2、ProKKa的安装在本人的使用中，有两种安装方法好用1、用conda安装condainstall-cconda-forge-cbioconda-cdefaultsprokka2
筱贺学生信·2023-12-03 18:59

Roary的安装与使用

sanger-pathogens/RoaryRoary教程链接：http://sanger-pathogens.github.io/Roary/1.Roary的简介比较快速的分析范基因组的工具，输入格式为gff格式，通常与prokka
筱贺学生信·2023-12-03 18:59

prokka-原核及病毒基因组高效便捷注释

文章目录简介安装使用下游分析提取16S序列物种注释统计5S/16S/23S/tRNA数量统计基因的数量、位置等信息注意参考简介Prokka:rapidprokaryoticgenomeannotation
Neptuneyut·2023-11-10 03:48

生信步骤|原核生物基因组注释--Prokka

Prokka是一个适用于原核生物基因组注释工具，可以注释细菌，古菌和病毒基因组。
学术程稻属·2023-05-14 21:27

Prokka安装和使用

Prokka安装和使用1.简介2.安装3.使用1.简介原核生物基因组快速注释——ProkkaProkka是一个适用于原核生物的基因组自动注释工具，由墨尔本大学生物信息学家TorstenSeemann开发
xq_ing·2022-12-01 19:51

xshell-4 安装autoprokka.py 并用来实现prokka批量注释单细菌基因组2021-12-14

原先创建者：https://github.com/stevenjdunn/autoprokkaimage.png使用前提是在服务器上安装过下面两个软件：Python3PROKKA1）安装autoprokka
RashidinAbdu·2022-01-06 10:35

2019-12-23 学习记录6

快速的原核基因组注释下载#设置工作目录wd，用户根据自己的实际情修改wd=~/test/metagenome17cd$wd#下载prokkagitclonehttps://github.com/tseemann/prokka.git
o迷幻天使o·2021-06-05 02:05

基因BIN来源分析（二）获取基因-BIN-样品/组TPM表，绘制散点图和饼图矩阵

导读继续：基因BIN来源分析（一）cd-hit去冗余，salmon计算基因TPM4制作genebinmap文件提取所有bin的prokka注释结果中的predict_id,bin_id,gene,annotation
胡童远·2020-11-09 20:51

宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战6. 不比对快速估计基因丰度Salmon

建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战5. sourmash基于Kmer比较数据集

建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组分析软件2综述、metaSPAdes、IDBA-UD、MetaQuast、Prokka、metaProdigal

今天是第1254期日报。聚焦宏基因组拼接、基因注释软件，让选择不再困难。上一期：0918|宏基因组分析软件专题（一）微生物组数据分析思想、步骤及软件和数据库选择指南Hereditas(Beijing)[IF:N/A]①本文概述了微生物组研究主要分为微生物培养、DNA和mRNA层面，按研究技术主要包括培养组、扩增子、宏基因组、宏病毒组和宏转录组等测序技术；②测序技术研究，主要分为样本制备、测序、数据
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:53

基因组注释3.基因的功能注释Prokka

基因组注释的前两篇为大家讲解了关于基因组组成成分分析（包括重复序列的识别、非编码基因和编码基因预测等）的内容，今天，将重点介绍如何进行基因的功能注释。基因的功能注释获得基因结构信息后，我们希望能够进一步获得基因的功能信息。基因的功能注释指的是根据数据库中已知编码基因的注释信息（包括motif、domain），基于同源比对，对基因中的模序和结构域、新基因编码的蛋白质功能、所参与的信号传导通路和代谢途
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

Prokka：快速原核基因组、宏基因组基因注释

文章目录Prokka：快速原核基因组注释热心肠日报摘要1简介2描述2.1输入2.2注释表1Prokka使用的功能预测工具2.3输出表2.输出结果介绍3结果表3.比较大肠杆菌的注释结果扩展阅读猜你喜欢写在后面
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:40

宏基因组实战8. 分箱宏基因组binning, MqaxBin, MetaBin, VizBin

建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用

建议先阅读本系列前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

宏基因组实战4.基因注释Prokka

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast测试数据百度云分享经常被和谐，请读者自行从原始地址下载测试数据，无法下载请使用蓝灯、赛风等代理工具
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:55

基因注释Prokka

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quastProkka注释基因AnnotationwithProkkahttps://2017-cicese
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:23

宏基因组分析概述

质控统计：FastQC序列组装与基因预测——拼接：MEGAHIT序列组装与基因预测——ORF预测：Prodigal拼接和装箱binning——组装拼接：Megahit；组装评估quast；；基因注释：prokka
小王的学习杂记·2020-03-01 11:49
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