更多案例分享：菌群多样性分析能解答哪些科学问题？比较基因组学在微生物领域的应用基因组测序在细菌基因组中的应用基因组测序在真菌基因组中的应用宏基因组研究内容：1.研究环境样本中微生物的构成与丰度；2.研究环境样本中的功能基因信息及丰度；3.研究不同环境样本间细菌群落、功能组成及丰度的差异（不同处理对环境中物种与基因的影响）；3.探究不同环境样本间引起细菌群落结构/功能差异的物种及相关的环境因子，探究

通讯作者是来自于DOEJointGenomeInstitute,LawrenceBerkeleyNationalLaboratory,Berkeley,CA,USA.背景介绍&目标作者首先背景介绍了两种主流宏基因组分析方法

原仓库地址如下，github有时候无法访问，等一段时间再试就行：YongxinLiu/EasyMetagenome:EasyMetagenomePipeline(github.com)相关文章，看文章更清晰这个可干啥：EasyAmplicon:Aneasy‐to‐use,open‐source,reproducible,andcommunity‐basedpipelineforampliconda

Apracticalguidetoampliconandmetagenomicanalysisofmicrobiomedata第一作者：Yong-XinLiu时间：2021May发表期刊：ProteinCellpubmed:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8106563/期刊版:https://academic.oup.com/protei

1.metaWRAP简介MetaWRAP旨在成为一个易于使用的宏基因组数据分析软件包，从头到尾完成宏基因组分析的核心任务：序列质量控制、组装、可视化、分类分析、提取基因组草图（又称分箱binning）和功能注释

汞（Hg）是一种具有强烈神经毒性的元素，其单质以及多种化合物都有不同程度的毒性，会造成慢性中毒。汞是一种全球性污染物，大气中的汞可通过干湿沉降进入地表水和土壤，环境因素的变化可导致汞的转化。从无机汞转化而来的甲基汞（MeHg）可通过食物链进行生物积累，对人类健康构成威胁。微生物活动在汞生物地球化学循环中发挥关键作用，例如，merA基因编码的汞还原酶能够将Hg²﹢还原为HgO。已有研究表明[1]，即

一、污水中病毒组最近在看一些病毒宏基因组的论文。前几篇可能看得认真和全面一点，写得也会多，后面的论文方法什么的应该大同小异，就只总结流程图和“小异”。1.大致内容流程图2.方法和结果（1）viralparticles：收集的污水样品保存在-80℃。使用前，600-800ml污水样品在4℃解冻72h→4℃，4000g，15min离心（留上清）→4℃，10000g，15min离心（留上清）→采用0.2

基于宏基因组测序的抗性基因分析是目前ARGs分析的重要手段，五大数据库全面注释分析，一网打尽ARGs、MRGs、BRGs、MGEs、致病菌注释。项目报告不仅包含抗性基因的多样性、丰度和分布模式，还能获得包括抗性组变化驱动因素、指示基因识别、抗性组变化分子机制、抗性基因风险排序、临床抗性基因分析等在内的一系列深入研究结果，能够满足广大科研工作者的需求。分析及作图可直接用于文章发表。五大数据库全方位注

一、宏基因组简介：reads→（根据overlap组装）→contig重叠群→（构建454paired-end库或illuminameta-paired库，组装）→scaffold→（binning）→chromosome基因组草图ContigN50：Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs.将所有的Contig长度相加,能获得一个Contig总长度.然后将所有的Contigs按照从长到

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。样品采集由于微生物在地球上广泛的覆盖，因此，宏基因组样品来源非常广泛，从南北极冰川，到海底淤泥，从喜马拉雅山山脉，到亚马逊丛林，覆盖高山，大河，冰川，土壤，海洋，大气，火山，牛胃，包括人体各个部分都可以进行宏基因组研究，采集到合适的样品，

1,520referencegenomesfromcultivatedhumangutbacteriaenablefunctionalmicrobiomeanalyses中文：来自人肠道细菌的1520参考基因组促进功能宏基因组分析单位

文章标题：Ahumangutbacterialgenomeandculturecollectionforimprovedmetagenomicanalyses译题：人肠道菌基因组和资源库改善宏基因组分析期刊

来自中国科学院遗传与发育生物学研究所、中国科学院大学、中国中医科学院等多家科研机构组成的科研团队在《Protein&Cell》发表了微生物组数据扩增子和宏基因组分析的实用指南。

【微生物系列专题】宏基因组分析流程及常见结果解读image.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage

一、介绍宏基因组(Metagenome)指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA,进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。下面我们介绍基于bin的分析方法。二、分析流程介绍宏基因组分箱（Binning）是将

分析流程介绍基于Reads的宏基因组分析，使用

(更新中)2.BioScience生信工具箱vcf数据分析系列(已完结)NGS高通量分析管道(更新中)WGS全基因组分析管道GATK4RNA-seq分析管道教程宏基因组16S分析-qiime2分析管道宏基因组分析管道表观基因组分析管道代谢组学分析管道

一、介绍宏基因组(Metagenome)指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA,进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。下面我们介绍基于组装的分析方法。二、分析流程介绍数据分析从下机原始序列开始，首先对原

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摘抄于：公众号见下https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI3Mzc1MzczMA==&mid=2247484757&idx=1&sn=e812eb8622053b9b640dde80a555987b&chksm=eb1f36b8dc68bfae243d896ba8c7d6f522f47e347751030768ac1040ef490eab389a2733720b&s

导读使用HUMAnN2（TheHMPUnifiedMetabolicAnalysisNetwork2）进行宏基因组学分析。HUMAnN2在宏基因组研究中非常有用，通过这个分析，不仅能获得微生物的物种丰度信息，还能准确有效地获得微生物代谢途径和功能模块信息。HUMAnN2官网：https://huttenhower.sph.harvard.edu/humannHUMAnN2SOP：Metagenom

STAMP是一款非常好用的宏基因组分析相关软件。最近想在mac上面安装，差点被搞疯了，还好最后解决了。

今天呢，我们继续感受一下宏基因组中的“宏”，介绍一个广泛应用于宏基因组分析中的生态学概念——Alpha多样性。先请看下面的BOX中的三个定义。---------------

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Areviewofmethodsanddatabasesformetagenomicclassificationandassembly杂志：BriefingsinBioinformatics时间：2017一、物种分类、宏基因、宏转录策略比较二、宏基因组分析常规流

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分析步骤宏基因组IlluminaHiseqPE150/250测序fastx进行原始序列统计==平台==Seqprep和Sickle进行质控后数据统计，基于原始测序数据，使用相应软件对其进行数据质控，剪切掉数据中的低质量及含N的reads，获得后续分析需要的高质量序列。BWA去宿主后数据统计，去除宿主污染:Plants,Solanum_lycopersicumMultiple_Megahit最短co

之前分享的加拿大生信网出品的《宏基因组分析教程》，有1万多位朋友阅读，有近2000多小伙伴下载了课程PPT。但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。收藏是没有用的，只有真正多学几遍才有收获。

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软件简介MicrobiomeHelper开源软件，方便大家分析微生物组数据。不仅提供了多套扩增子、宏基因组的分析流程方案，同时提供了几十个软件间衔接的脚本，可大大提高使用者分析的效率。文章于2017年发表于mSystems。Github项目主页：https://github.com/LangilleLab/microbiome_helpermicrobiomehelp结合不同组的生物信息方法，整理

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加拿大生信网加拿大安大略研究所建立的生物信息网(https://bioinformatics.ca/)，每年组织多场生物信息学线下培训，并线上共享培训资料。有超多生信学习PPT和视频，每一份都价值不菲。宏基因组数据分析培训2016年6月22-24日，在温哥华举办了宏基因组数据分析专题培训，我们可以点击主页中宏基因组专题栏目的“AccessContent”访问这次培训的材料。课题内容简介本次课题一共

上一期：0918|宏基因组分析软件专题（一）微生物组数据分析思想、步骤及软件和数据库选择指南Hereditas(Beijing)[IF:N/A]①本文概述了微生物组研究主要分为微生物培养、DNA和mRNA

今天是第1227期日报。NatureBiotechnology综述带你开展宏基因组实验和分析，在众多分析软件中选择不再困难。还有三代测序和宏表观组等前沿技术。基于鸟枪法宏基因组测序经历了十余年的快速发展，在分析的每个环节上出现了众多软件，让读者选择困难且学习成本过高。本期根据作者经验和Google引用次数统计，精选了8篇文章，包括一篇重镑的NatureBiotechnology综述，6个高分或高引

6.测序区域选择7.测序平台的选择今天我们开始菌群分析指南(下），从分析实战开始：1.多样性分析和宏基因组分析的基本流程2.多样性分析3.

文章目录所做工作收获宏基因组分析流程Step1.去除宿主污染Step2.去除接头序列Step3.对序列进行进一步质控Step4.对read进行进一步拼接(contig)Step5.对contig进行orf

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文章目录NBT：鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析热心肠日报摘要正文图1.宏基因组分析流程概述附图1.用于规划宏基因组学研究的示例工作流程附框1.实验设计中的问题和解决方案鸟枪法宏基因组学研究方案设计样本采集和