r语言主成分分析

生信技能树《GEO数据框挖掘》笔记

友情提示：一定要有R语言的基础，建议学习生信技能树的《生信人这样这样学R语言》之后（最好再把中级20题做完），再来学习本系列视频！总的来说，理解了R语言中级20题之后，这一块的内容学起来就轻松了很多。
鹿枫堂·2024-01-30 04:14

R语言rayrender包，light发光材料

R语言rayrender包，light发光材料#ThuJul0101:55:372021-#字符编码：UTF-8#R版本：Rx644.1forwindow10#[email protected]#个人笔记不负责任
youmigo·2024-01-30 02:06

R语言入门笔记1.9

列表向量的元素要求是同类型，列表则可以组合不同类型的元素。>j=list(name="Joe",salary=55000,union=T)#包含等字符串，数字等>j$name[1]"Joe"$salary[1]55000$union[1]TRUE>students=list(names=c("Tom","Ammy","BioInfoCloud"),ID=c(1,2,3))>students$nam
Mrji1995·2024-01-30 00:46

模式识别与机器学习—PCA分析

主成分分析将高维空间线性投影到一个低维空间，希望在这个低维空间能够表征高维空间中的绝大部分信息，即信息损失最小。
在下雨599·2024-01-29 22:45

principal components analysis（PCA)

PCA，即主成分分析，是一个很常见的降维方法（属于无监督学习），过去看到它总是对它避而远之，今天下定决心把它搞懂。
28fd90f2ac9b·2024-01-29 21:20

R语言报错 Error in eval(predvars, data, callenv) ：没有发现XX

今天在使用R绘制风险三联图时，我跟着教程的命令输进去，R确不断报错，教程的命令如下：fit<-cph(Surv(time,status)~ANLN+CENPA+GPR182+BCO2,LIRI)#使用数据中的ANLN、CENPA、GPR182和BCO2四个基因的表达值构建COX比例风险模型我跟着输进去，结果出错了，Errorineval(predvars,data,callenv)：没有发现XXX
宽嘴鱼汤·2024-01-29 14:35

R语言绘制列线图构建（以二分类Logistic为例）超详细

浅谈二分类回归模型COX回归分析不少见，但是简单异性的以二分类结局进行的回归分析更多，由于研究设计的研究便行，也是初次投稿的小白们比较理想的选择对象，二者的过程基本相似，但所用函数略有区别，从浅到深，先以二分类结局的Logistic回归为例，讲解一下案例数据说明有一组102例患者，来分析6个变量（old+bedriddentime+EN+Probiotics+Albumin+Antibacteri
宽嘴鱼汤·2024-01-29 14:04

继R绘制列线图之后的模型验证（包括内、外部），适合新手上路（无废话）

前言：经验之谈继续上次的话题（R语言绘制列线图构建（以二分类Logistic为例）超详细-CSDN博客），基于Logistic回归模型构建的列线图之后，一般都是要进行模型验证的。
宽嘴鱼汤·2024-01-29 14:04

R语言学习case6：ggplot基础画图（Scatter散点图）

step1:导入ggplot2库文件library(ggplot2)step2：带入自带的iris数据集iris<-datasets::irisstep3：查看数据信息dim(iris)维度为[150,5]head(iris)查看数据前6行的信息step4：利用ggplot工具包绘图plot1<-ggplot(iris,aes(x=Petal.Length,y=Petal.Width))+them
早起CaiCai·2024-01-29 13:20

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画折线图并添加误差线

折线图添加误差线是非常常用的一种可视化方法，今天的推文介绍一下使用R语言的ggplot2作图的代码。
小明的数据分析笔记本·2024-01-29 12:01

知乎问答 | 如何在同一坐标系下绘制多幅图形

小编推测提问者是想问“使用R语言绘图时怎么把不同的图形绘制在同一个坐标系中”。那么这个问题的本质上其实是进行图形叠加。
R语言学堂·2024-01-29 12:21

R语言多层桑基图_流量结构分布图——桑基图（Sankey）

桑基图作为相对复杂的图表种类，平时很少用到，不仅仅是因为它的引用场景相对狭窄，另一方面则是制作难度相对较大，门槛较高。不过针对第一个问题，如果你能很好地理解自己所涉及到的业务数据结构及想要表达和呈现的维度信息，那么关键时刻使用桑基图确实会让你的报告锦上添花。桑基图用于表达流量分布于结构对比，最初的发明者使用它来呈现能量的流动与分布。百度百科给了桑基图相对完善的解释：桑基图(Sankeydiagra
aniKuso·2024-01-29 07:04

R语言多层桑基图_绘制炫酷桑基图，R语言（networkD3包）能搞定？

你知道如何使用R语言绘制桑基图吗？小锐当然知道啦，并且教你绘制酷炫的桑基图。
往里卷·2024-01-29 07:02

python实现典型相关分析_R语言典型相关分析

它能够有效地揭示两组随机变量之间的相互(线性依赖)关系例如研究生入学考试成绩与本科阶段一些主要课程成绩的相关性将研究两组变量的相关性问题转化为研究两个变量的相关性问题此类相关为典型相关#2分类：总体典型相关样本典型相关3R语言提供的计算函数
Setor·2024-01-29 05:44

Shiny本地网页部署与实现

Shiny是R里面一个非常出名的包，有了它，可以用R语言方便开发交互式web应用。
danria·2024-01-29 02:26

数据降维方法介绍（九）

第五种方法：核主成分分析（KPCA）姓名：何源学号：21011210073学院：通信工程学院转载：KPCA实现【嵌牛导读】核主成分分析算法介绍（KPCA）【嵌牛鼻子】KPCA【嵌牛提问】核算法是什么？
科技小白不能再白了·2024-01-29 00:00

R语言，alphashape3d包，构建3Dα对象和计算体积

检索关键字：R语言三维3d3DR语言三维图像R语言3D模型R语言立体图像三维体积计算微信截图_20200903095506.png微信截图_20200903100834.png微信截图_20200903101830
youmigo·2024-01-28 22:53

解决 docker 中 OpenGL 版本过低的问题

查看EGL对应的OpenGL版本，发现版本过低，没有使用openglshader语言；查看显卡型号：lspci|grepVGA查看使用的是哪个版本的OpenGLDRI_PRIME=1glxinfo|grep"OpenGLrenderer
comedate·2024-01-28 21:23

R语言--23

聚类实例step1：计算距离dist(x,method="euclidean")step2:聚类hclust(d,method="complete")step3:cutree函数进行分支>df1#注意输入的数据框的结构，每行为一个样本，计算样本间两两间的距离heightweightBMItom1807523.14815cindy1655821.30395jimmy1757223.51020sam1
白猫警长ic·2024-01-28 14:22

R语言【taxlist】——print_name()：为发表文章准备可用的格式化名称

Packagetaxlistversion0.2.4Description在撰写关于生物多样性的文章时，可以使用名称自动插入到文件中，包括学名不同元素的典型斜体格式。函数print_name既可以应用于Markdown文档，也可以应用于图形。在Rmarkdown文档中，使用*Cyperuspapyrus*L.插入格式化的物种名称。Usageprint_name(object,...)##S3met
ALittleHigh·2024-01-28 14:59

R语言【taxlist】——replace_x，replace_idx，replace_na，insert_rows()：数据操作

Packagetaxlistversion0.2.4Description这是一系列功能，旨在快速编码替换，既作为内部功能，也用于处理存储在向量和数据帧中的信息的工作流中。此类函数在处理存储在taxlist对象中的功能特征时特别有用。replace_x（）用于替换向量中的值。replace_idx（）通过匹配索引或条件来更改向量中的值。函数replace_na（）的工作方式与replace_idx
ALittleHigh·2024-01-28 14:29

R语言【taxlist】——id_generator()，id_solver()：构建标识符

Packagetaxlistversion0.2.4Description为数据库中的新元素创建标识符。id_solver()方法将比较一组标识符并修改第二个标识符以避免重复的id。Usageid_generator(len,minvalue=1,nchar=10,mode=c("numeric","character"),...)id_solver(insert,to,suffix=c("num
ALittleHigh·2024-01-28 14:58

学习小组Day5笔记--邓陶

今天的学习内容是R语言的基本数据结构：Day5学习内容.png在这些数据类型里，我们主要学习的是向量与数据框这两种。
邓陶·2024-01-28 08:32

25Apply 函数族管道操作

基础数据结构image.pngapply族函数概述apply族函数是R语言数据处理的一组核心函数，它们对array（包括vector、matrix）、dataframe或list按照元素或元素构成的子集合进行迭代
Jachin111·2024-01-28 07:16

多元统计分析 Python 主成分分析 PCA

图像分类二值图像(黑白图像)：图像像素只有两种元素（黑色、白色），0表示黑色、1表示白色，没有过度灰度图像：图像像素由量化的灰度级来描述图像，没有彩色信息，灰度级分256等，0表示黑色，255表示白色彩色图像（RGB图像）：RGB表示红色、绿色和蓝色三色通道，计算机里所有颜色都是按不同比例组成，RGB是图像处理中最基本、最常用、面向硬件的颜色空间的光混合体系降维思想在实际问题中，变量之间可能存在一
Cistanche Herba·2024-01-28 07:05

【深度学习：t-SNE 】T 分布随机邻域嵌入

主成分分析（PCA）t-分布式随机邻域嵌入（t-SNE）在MNIST数据集上实现PCA和t-SNE结论了解t-SNE的基本原理、与PCA的区别以及如何在MNIST数据集上应用t-SNE在本文中，您将了解到
jcfszxc·2024-01-28 07:03

主成分分析（PCA）Python

实际问题研究中，常常遇到多变量问题，变量越多，问题往往越复杂，且各个变量之间往往有联系。于是，我们想到能不能用较少的新变量代替原本较多的旧变量，且使这些较少的新变量尽可能多地保留原来变量所反映的信息。比如说一件上衣，有身长、袖长、胸围、腰围等等十多个指标，将型号分这么多很麻烦，因此，厂家将十多项指标综合成3项指标，分别反映长度、胖瘦、特殊体型。变量具有相关性，同时就意味着反映的信息有重叠性，主成分
Sanchez·J·2024-01-28 07:58

R语言【rWCVP】——rWCVP：世界维管植物名录的R包

rWCVP：世界维管植物名录的R包介绍1.参照github安装与简单例子1.1安装rWCVP1.2安装rWCVPdata1.3github的例子2.rWCVP原始文献阅读2.1前言（背景）2.2功能概要2.2.1名称匹配（wcvp_match_names(),wcvp_match_exact(),wcvp_match_fuzzy()）2.2.2匹配后名称解析2.2.3空间整合和分布映射（wcvp_
ALittleHigh·2024-01-28 06:06

R语言【taxlist】——levels()：获取或设置分类等级列表

Packagetaxlistversion0.2.4Description分类层次结构可以设置为taxlist对象中的级别，按从低到高的顺序排列。在taxlist对象中为特定分类概念添加分类级别。此外，概念限制的变化可能涉及其分类层次结构的变化。Usagelevels(x)##S3methodforclass'taxlist'levels(x)levels(x)<-value##S3replace
ALittleHigh·2024-01-28 06:06

R语言【taxlist】——merge_taxa()：整合概念和移除名称

Packagetaxlistversion0.2.4Description将分类概念合并为单个taxlist对象。Usagemerge_taxa(object,...)##S3methodforclass'taxlist'merge_taxa(object,concepts,level,print_output=FALSE,...)Arguments参数【object】：taxlist对象。参数【
ALittleHigh·2024-01-28 06:06

R语言【taxlist】——indended_list()：将层级结构输出为缩进列表

Packagetaxlistversion0.2.4Description将taxlist对象打印分类层次结构（等级和父子关系）输出为缩进列表。Usageindented_list(object,...)##S4methodforsignature'taxlist'indented_list(object,filter,keep_children=TRUE,keep_parents=TRUE,ra
ALittleHigh·2024-01-28 06:36

统计学-R语言-8.2

文章目录前言双因子方差分析数学模型主效应分析交互效应分析正态性检验绘制3个品种产量数据合并后的正态Q-Q图（数据：example8_2）练习前言本篇将继续介绍方差分析的知识。双因子方差分析考虑两个类别自变量对数值因变量影响的方差分析称为双因子方差分析（two-wayanalysisofvariance）（分析两个因子(因子A和因子B)对实验结果的影响）分析时有两种情形：只考虑两个因子对因变量的单独
柔雾·2024-01-28 06:31

R语言【taxlist】——match_names()：字符和 taxlist 对象之间的搜索匹配

Packagetaxlistversion0.2.4Description字符向量中提供的名称将使用函数stringsim（）与存储在类taxlist对象中的插槽taxonNames中的名称进行比较。Usagematch_names(x,object,...)##S4methodforsignature'character,character'match_names(x,object,UsageI
ALittleHigh·2024-01-28 06:30

统计学-R语言-8.3

文章目录前言例题例题一例题二例题三例题四例题五例题六例题七总结前言本篇介绍的是有关方差知识的题目介绍。例题例题一（数据：exercise7_3.RData）为研究上市公司对其股价波动的关注程度，一家研究机构对在主板、中小板和创业板上市的190家公司进行了调查，得到如下数据：检验上市公司的类型对股价波动的关注程度是否独立。（α=0.05）解：提出假设：H0:上市公司的类型对股价波动的关注程度是独立的
柔雾·2024-01-28 06:29

Coding and Paper Letter（八十）

ElegantBookdown3.R语言包lifecycle，生命周期提供了一组工具和约定来管理导出功能的生命周期。
G小调的Qing歌·2024-01-28 05:26

数据特征工程 | 主成分分析原理及python代码实现

主成分分析（PCA）是一种统计方法，它通过正交变换将一组可能相关的变量转换为一组线性不相关的变量，这些变量称为主成分。PCA广泛应用于数据降维、特征抽取、数据压缩等领域。
算法如诗·2024-01-28 05:02

Rstudio安装包下载慢怎么办？

刚开始学习R语言，安装R和Rstudio过程中碰到了一些问题。这两个软件从官网下载安装包都炒鸡慢。R的话还好可以从国内的镜像网站下载，我用的是清华镜像。
朱诚镛·2024-01-28 02:22

DAY4-谢小发（R语言基础）

框架R语言基础.png准备工作预先打开电脑中任意文件夹，查看文件夹名称为中文还是英文如若前面是中文，则将其改为英文，如此才可以使下载的Rstudio可用，否则打开后界面可能问空白，并且不能正常运行有时Rstudio
谢小发·2024-01-28 02:30

【R语言】rep函数的使用

我们在做数据分析的时候，经常需要产生一些重复序列。例如，GEO芯片数据差异表达分析时需要用到的分组变量，cytoscape构建ceRNA网络的节点文件中的RNAtype列等等。今天小编就来给大家介绍一下R中生成重复序列的函数rep。你可以把它看作时repeat这个英文单词的缩写，就很容记住了。函数形式：rep(x,time=,length=,each=,)参数说明：x：代表的是你要进行复制的对象，
生信交流平台·2024-01-28 01:08

1、什么是特征工程

你将学习如何:使用互信息确定哪些特征最重要在几个真实世界的问题领域中创造新的特征使用目标编码对高基数分类进行编码使用k-means聚类创建分割特征使用主成分分析将数据集的变化分解为特征动手练习将构建一个完整的笔记本
AI算法蒋同学·2024-01-28 01:39

【R画图学习11.1】圈图学习1---circlize

所以我们后面会陆陆续续介绍有关R语言圈图的绘制。circlize是Circos的R语言实现，但并不是生成Circos配置文件的前端封装，而是完全基于R语言风格的统计和图形语法实现的。比如下
jjjscuedu·2024-01-28 00:02

数学建模之数据预处理-------数据异常值的处理

数据集成：把不同类型的数据转换成统一的类型；，即格式的统一化；2.数据规约：包括数据降维，降数据，数据压缩当不同数据相关性很大时，我们采用降维的方法；当数据的相关性很小时，我们采用降数据的方法数据降维的主成分分析即
阑梦清川·2024-01-27 19:03

群体分布——如何用R语言绘制群体地理分布

Nathan写于2020.08.15群体的地理分布，是做文章经常放的第一张图，其表明你的群体材料在地理上分布的情况（感觉是一句废话）01input首先输入数据是样品分组，以及每个样品对应的经纬度。实例数据如下：随便编的数据有了这个数据就直接用下面的R代码进行画图就可以了。library(ggplot2)library(sp)library(maps)library(maptools)library
只看不写_nathan·2024-01-27 16:43

12.1 主成分分析原理（PCA)

主成分分析步骤如下：设有条维数据1.将原始数据按列组成行列矩阵；2.将矩阵的每一行进行零均值化；3.求出协方差矩阵；4.求出协方差矩阵的特征值及对应的特征向量；5.将特征向量按对应特征值大小从上到下按行排列成矩阵
YANQ662·2024-01-27 15:12

空间绘图 | R语言克里金插值绘图

上篇推文我们介绍了使用Python-pykrige包实现了克里金(Kriging)插值计算及对应的可视化结果绘制，详细内容点击下方链接：Python-pykrige包-克里金(Kriging)插值计算及可视化绘制，相比你也感受到了Python的简单方便性。本期推文，我们就推出使用R-gstat包实现克里金(Kriging)插值的计算及对应结果的可视化绘制，主要知识点如下：gstat.krige()
数据魅力(DataCharm)·2024-01-27 15:30

R语言_layout()函数用法

前言:微博参与话题#给你四年时间你也学不会生信#————导师赠与之醒世名言ApplyaFunctionOveraRaggedArray|x-y绘图Usagelayout(mat,widths=rep.int(1,ncol(mat)),heights=rep.int(1,nrow(mat)),respect=FALSE)layout.show(n=1)lcm(x)Arguments|参数mat:是矩
谢俊飞·2024-01-27 07:22

看书笔记【R语言数据分析项目精解：理论、方法、实战 8】

看书笔记——R语言Chapter8从数据中寻找优质用户8.1项目背景、目标和方案8.1.1项目背景8.1.2项目目标8.1.3项目方案8.2项目技术理论简介8.2.1逻辑回归的基本概念8.2.2建模流程
小胡涂记·2024-01-27 07:20

看书标记【R语言数据分析项目精解：理论、方法、实战 7】

看书标记——R语言Chapter7构建用户画像7.1项目背景、目标和方案7.1.1项目背景7.1.2项目目标7.2项目技术理论简介7.2.1用户画像的基本概念7.2.2用户画像应用领域7.2.3用户画像分类
小胡涂记·2024-01-27 07:50

看书标记【数据科学：R语言实战 1】

看书标记——R语言Chapter1模式的数据挖掘1.1聚类分析1.1.1k-means聚类用法示例1.1.2k-medoids聚类用法示例1.1.3分层聚类用法示例1.1.4期望最大化（EM）用法示例1.1.5
小胡涂记·2024-01-27 07:50

看书标记【R语言数据分析项目精解：理论、方法、实战 6】

看书标记——R语言Chapter6变量筛选技术6.1项目背景、目标和方案6.1.1项目背景6.1.2项目目标6.1.3项目方案6.2项目技术简介6.2.1变量相关性1.定类变量和定类变量2.定序变量与定类变量
小胡涂记·2024-01-27 07:49
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