r语言随机森林

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画点和连线展示群体间Fst值和群体内Pi值

看论文Genomicinsightsintotheorigin,domesticationanddiversificationofBrassicajunceaimage.png本地pdf文件s41588-021-00922-y.pdf今天的推文试着模仿一下论文中的Figure2dimage.png好多有关群体遗传的论文里都有这个图，每一个点是群体内的多样性用pi来衡量，连线表示群体之间的分化程度用
小明的数据分析笔记本·2023-12-31 18:52

R语言有人写的一些主题美化包

scale_colour_Publication()和theme_Publication()功能需要加载的包install.packages("devtools")library(devtools)install_github("DavidGarciaCallejas/DGC")theme_publish()功能需要加载的包install.packages("envalysis")require(
热衷组培的二货潜·2023-12-31 17:30

机器学习---随机森林宫颈癌分类

1.宫颈癌分类fromsklearnimporttreefromsklearn.ensembleimportRandomForestClassifierfromsklearn.model_selectionimporttrain_test_splitfromsklearn.model_selectionimportGridSearchCVfromsklearn.pipelineimportPipe
三月七꧁ ꧂·2023-12-31 17:55

安徽某高校《R语言与统计建模》期末上机题复习

考点1一元线性回归模板#假设我们有以下数据x<-c(1,2,3,4,5)#自变量y<-c(2,4,6,8,10)#因变量#使用lm()函数进行线性回归model<-lm(y~x)#查看回归分析的结果summary(model)例题两组数据，分别是最大积雪深度X和当年灌溉面积Y，请回答：X5.13.57.16.28.87.84.55.68.06.4Y1907128727002373326030001
我不是saint·2023-12-31 15:17

《高效R语言编程》5-高效输入输出

软件配置几个包：install.packages(c("rio","readr","data.table","feather","WDI"))关于数据I/O的高级技巧R语言自己的文件格式是.Rds，可以使用
zd200572·2023-12-31 15:44

R语言实现快速去除孟德尔随机化研究中的混杂因素（1）

#Removeconfoundingfactors#BasicanalysisforMRlibrary(TwoSampleMR)library(phenoscanner)#Exposuredata：aspirin----ukb-b-8755aaa<-extract_instruments(outcomes='ukb-b-8755',clump=TRUE,r2=0.001,kb=10000,acce
weixin_49320263·2023-12-31 14:10

R语言实现计算MR工具变量F-staistics(1)

#F-statistics#Basicanalysis#导入包library(TwoSampleMR)library(MRPRESSO)#导入暴露变量数据：aspirin----ukb-b-8755aaa<-extract_instruments(outcomes='ukb-b-8755',clump=TRUE,p1=5e-08,r2=0.001,kb=10000,access_token=NUL
weixin_49320263·2023-12-31 14:10

R语言孟德尔随机化研究工具包（1）---friendly2MR

friendly2MR是孟德尔岁随机化研究中的一个重要补充工具，可以批量探索因素间的因果关系，以及快速填补缺失eaf的数据，但是存在细微差异需要注意。remotes::install_github("xiechengyong123/friendly2MR")library(friendly2MR)library(friendly2MR)#BasedonTwosampleMR,toinvestiga
weixin_49320263·2023-12-31 13:02

[原创][R语言]股票分析实战[5]:加载股票数据

[简介]常用网名:猪头三出生日期:1981.XX.XXQQ联系:643439947个人网站:80x86汇编小站https://www.x86asm.org编程生涯:2001年~至今[共22年]职业生涯:20年开发语言:C/C++、80x86ASM、PHP、Perl、Objective-C、ObjectPascal、C#、Python开发工具:VisualStudio、Delphi、XCode、Ec
我不是代码教父·2023-12-31 13:31

R语言进行相关性分析

相关性分析相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析，从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性分析旨在研究两个或两个以上随机变量之间相互依存关系的方向和密切程度。一般来讲研究对象（样品或处理组）之间使用距离分析，而元素（物种或环境因子）之间进行相关性分析。两个变量之间的相关性可以用简单相关系数（例如皮尔森相关系数等）进行表示，相关系数越接近1，两个元素相关性越大，相关系数越接近0，两
Seurat_Satija·2023-12-31 09:46

2020-03-30 线性时间序列案例学习—汽油价格

www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/course/fts/ftsnotes/html/_ftsnotes/fts-ltscases-gas.html这一章用三个实例来详细讲解如何用R语言和线性时间序列模型分析实际数据
程凉皮儿·2023-12-31 09:45

模式识别与机器学习-集成学习

集成学习集成学习思想过拟合与欠拟合判断方法K折交叉验证BootstrapBagging随机森林的特点和工作原理：BoostingAdaBoost工作原理：AdaBoost的特点和优点：AdaBoost的缺点
Kilig*·2023-12-31 06:45

R语言【CoordinateCleaner】——cc_cen(): 移除或标记政治国家和省份的地理质心周围半径内的记录。生物数据库中地理参考较差的发生记录经常被错误地地理参考为质心。

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20Parameterscc_cen(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",species="species",buffer=1000,geod=TRUE,test="both",ref=NULL,verify=FALSE,value="clean",verbose=TRU
ALittleHigh·2023-12-31 00:17

R语言【base】——cat() 输出对象，连接表示法，其运行的转换比 print 少得多

Packagebaseversion4.3.2Parameterscat(...,file="",sep="",fill=FALSE,labels=NULL,append=FALSE)参数【...】：R对象。参数【file】：一个connection，或一个命名要打印到的文件的字符串。如果是""（默认值），cat会打印到标准输出连接，即控制台，除非被sink重定向。参数【sep】：字符串向量，用于
ALittleHigh·2023-12-31 00:47

R语言【CoordinateCleaner】——cc_zero(): 删除或标记经度或纬度为零的记录，以及经度和纬度为零的点周围的半径。这些问题通常是由于错误的数据输入或地理参考造成的

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20Parameterscc_zero(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",buffer=0.5,value="clean",verbose=TRUE)参数【x】：data.frame。包含地理坐标和物种名称。参数【lon】：字符串。具有经度坐标的列。默认值=“decim
ALittleHigh·2023-12-31 00:47

R语言【CoordinateCleaner】——cc_cap(): 删除或标记国家/地区首都周围特定半径范围内的记录。生物数据库中地理参考性差的发生记录经常被错误地地理参考为首都。

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20Parameterscc_cap(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",species="species",buffer=10000,geod=TRUE,ref=NULL,verify=FALSE,value="clean",verbose=TRUE)参数【x】：dat
ALittleHigh·2023-12-31 00:47

R语言【base】——使用library判断是否已经安装第三方软件包：library(package, logical.return=TRUE)

Packagebaseversion4.3.2Parameterslibrary(package,help,pos=2,lib.loc=NULL,character.only=FALSE,logical.return=FALSE,warn.conflicts,quietly=FALSE,verbose=getOption("verbose"),mask.ok,exclude,include.onl
ALittleHigh·2023-12-31 00:46

51-R语言机器学习：时间序列与因果关系

《精通机器学习：基于R第二版》学习笔记1、数据理解与数据准备使用的数据记录的是年度异常数据，它由某一年的年度地表温度中位数与参考年度（1961~1990）平均温度的差构成。>climatestr(climate)##'data.frame':95obs.of3variables:##$Year:int1919192019211922192319241925192619271928...##$CO2
wonphen·2023-12-30 23:34

java大数据和javaee哪个好,java与大数据之间的关系

Sourcecodedownload:本文相关源码大数据是目前互联网流行的技术语言，处理大数据的编程语言比较有优势的也很多，比如java、python、go、R语言、Hadoop等等，按道理来说每种编程语言都可以处理大数据
chatgpt001·2023-12-30 17:14

代做MATH202-19S2作业、代写Java/c++课程设计作业、Python编程语言作业调试代写R语言编程|代做R语言编程

MATH202-19S2AssignmentA1Due—4pm,23AugustYourcompletedassignmentshouldbehandedinviatheMATH202boxinthereceptionareaonLevel4oftheErskinebuilding.Youmaydotheassignmentonyourown,orasapairwithoneotherstuden
fujianjia·2023-12-30 15:07

R语言【base】——merge(): 通过共同列名或行名合并两个数据帧

Packagebaseversion4.2.0Parametersmerge(x,y,...)##DefaultS3method:merge(x,y,...)##S3methodforclass'data.frame'merge(x,y,by=intersect(names(x),names(y)),by.x=by,by.y=by,all=FALSE,all.x=all,all.y=all,sor
ALittleHigh·2023-12-30 15:38

回顾2023，自己做了啥呢 | R语言绘图

2023年总结2023年即将结束，我们即将迎来2024年。2023年，我们做了什么呢？？这个是个值得深思的问题…?12月份是个快乐且痛苦时间节点。前一段时间，单位需要提交2023年工作总结，真的是憋了好久才可以下笔，但下笔后一直在沉思，再回想自己2023年到底做了什么呢？杂事做了很多，但没有成果。害！这就难办了，我们平时在开会时，你口述可以说，我做了这样，做了那样…等等。但是，在写工作总结时，可不
小杜的生信筆記·2023-12-30 15:38

2023教程发布最后一个教程 | R语言绘图汇总

2023年总结2023年即将结束，我们即将迎来2024年。2023年，我们做了什么呢？？这个是个值得深思的问题…?12月份是个快乐且痛苦时间节点。前一段时间，单位需要提交2023年工作总结，真的是憋了好久才可以下笔，但下笔后一直在沉思，再回想自己2023年到底做了什么呢？杂事做了很多，但没有成果。害！这就难办了，我们平时在开会时，你口述可以说，我做了这样，做了那样…等等。但是，在写工作总结时，可不
小杜的生信筆記·2023-12-30 15:37

学习笔记：R语言基础

文章目录一、R语言简介二、选择R的原因三、R基本数据对象（一）向量（二）矩阵（三）数组（四）因子（五）列表（六）数据框（七）函数四、基本函数应用示例五、自定义函数（一）自定义函数定义（二）自定义函数示例
howard2005·2023-12-30 13:43

随机森林中的各个参数（参数详细阐释）

我们先看看随机森林里有哪些参数n_estimators:Any=100criterion:Any="gini"max_depth:Any=None,min_samples_split:Any=2min_samples_leaf
什么不到的小白·2023-12-30 11:41

【华为OD】人工智能面试题目

解释一下决策树、随机森林和梯度提升机等监督学习算法的基本原理。什么是神经网络？它可以解决哪些问题？解释一下反向传播算法的基本原理。如何处理数据不平衡问题？什么是交叉验证？为什么它在机器学习中很重要？
道亦无名·2023-12-30 10:13

机器学习系列13：通过随机森林获取特征重要性

我们还可以通过随机森林从数据集中选择相关的特征。随机森林里面包含了多棵决策树，我们可以通过计算特征在每棵决策树决策过程中所产生的的信息增益平均值来衡量该特征的重要性。
加百力·2023-12-30 07:58

机器学习系列10：数据预处理——特征缩放

除了决策树和随机森林这两种不需要
加百力·2023-12-30 07:02

r语言独立性检验

卡方检验>library(vcd)>mytablechisq.test(mytable)Pearson'sChi-squaredtestdata:mytableX-squared=13.055,df=2,p-value=0.001463#由上述的内容可以看出：本次检验治疗和改善之后的效果是否与原有的效果显著，由于p=0.001，小于显著性水平，拒绝原假设，接受对立假设，效果是显著的。>mytabl
肖玉贤·2023-12-30 03:31

R语言ggplot2画右三角方块热图的简单小例子

还是这幅图image.png本来以为今天的推文可以重复出来的，但还是高估自己了，实现过程遇到了问题，暂时还不知道如何解决，后面想到办法再来介绍吧！今天的推文先介绍右上角的方块热图实现办法吧!首先是方块四周的灰色边框这里使用到的是geom_tile()函数。把填充设置为白色，然后把边框线设置为灰色就可以达成这种效果下面是一个简单小例子示例数据image.png代码library(readxl)df5
小明的数据分析笔记本·2023-12-30 02:26

如何信任机器学习模型的预测结果？

模型自解释结果与LIME解释结果的对比随机森林回归模型是基于决策树的集成模型，因此，模型本身也具有可解释性。
叁苏言·2023-12-29 20:35

R语言| 缺失值判断

缺失值判断一、缺失值判断通常用“NA"表示，判断数据是否存在缺失值的常用方法使用函数is.na()使用函数is.na()，该函数是判断缺失值的最基本的函数。可以用于判断不同的数据对象，如向量、列表和数据框.其函数的基本书写格式为：is.na(x)判断数据集中是否存在缺失值，如果存在，返回TRUE;如果不存在，则返回FALSE例：>library(DMwR）>data("algae")>sum(is
mint1104·2023-12-29 19:01

R语言：缺失值处理

前言  一个完整的处理方法通常包含以下几个步骤：  (1)识别缺失数据；  (2)检查导致数据缺失的原因；  (3)删除包含缺失值的实例或用合理的数值代替（插补）缺失值。  但遗憾的是，仅有识别缺失数据是最清晰明确的步骤。知道数据为何缺失依赖于你对数据生成过程的理解，而决定如何处理缺失值则需要判断哪种方法的结果最为可靠和精确。  统计学家通常将缺失数据分为三类。它们都用概率术语进行描述，但思想都非
猪逻辑公园·2023-12-29 19:31

R语言 arabic2kansuji包，将阿拉伯数字转换为汉字数字。

WeChatScreenshot_20210109104046.png#SatJan0910:36:192021-#字符编码：UTF-8#R版本：Rx644.0.3forwindow10#[email protected]#个人笔记不负责任#——拎了个梨.rs.restartR()require(arabic2kansuji)rm(list=ls());gc()arabic2kansuji(2
youmigo·2023-12-29 17:17

R语言【base】——sprintf()：接受格式化文本和变量值来搭建字符型向量。

Packagebaseversion4.2.0Parameterssprintf(fmt,...)gettextf(fmt,...,domain=NULL,trim=TRUE)参数【fmt】：格式字符串的字符向量，每个字符串最多8192个字节。参数【...】：要传递给参数【fmt】的值。仅支持逻辑向量、整数向量、实数向量和字符向量，但会进行一些强制。最多100。参数【trim，domain】：参见
ALittleHigh·2023-12-29 16:21

R语言【base】——names()：用于获取或设置对象名称的函数

Packagebaseversion4.2.0Parametersnames(x)names(x)<-value参数【x】：一个R对象。参数【value】：与参数【x】长度相同的字符向量，或者NULL。Detailsnames是一个通用访问函数，而names<-是一个通用替换函数。默认方法用于获取和设置向量（包括列表）或配对表的"names"属性。对于环境env，names(env)会给出相应列表
ALittleHigh·2023-12-29 16:21

R语言【base】——读取或设置类矩阵对象的行或列名：rownames() 和 colnames()

Packagebaseversion4.3.2Parametersrownames(x,do.NULL=TRUE,prefix="row")rownames(x)<-valuecolnames(x,do.NULL=TRUE,prefix="col")colnames(x)<-value参数【x】：一个类似矩阵的R对象，colnames至少有两个维度。参数【do.NULL】：逻辑。如果为FALSE且
ALittleHigh·2023-12-29 16:51

R语言【stats】——处理R对象中的缺省值：na.fail(), na.omit(), na.exclude(), na.pass()

Packagestatsversion4.3.2Parametersna.fail(object,...)na.omit(object,...)na.exclude(object,...)na.pass(object,...)参数【object】：R对象，通常是一个数据帧。参数【...】：特殊方法可能需要的其他参数。目前，它们只能处理向量、矩阵以及由向量和矩阵组成的数据帧。如果na.omit删除了
ALittleHigh·2023-12-29 16:51

R语言【base】——which()：给出逻辑对象的 TRUE 索引，允许使用数组索引。

Packagebaseversion4.2.0Parameterswhich(x,arr.ind=FALSE,useNames=TRUE)arrayInd(ind,.dim,.dimnames=NULL,useNames=FALSE)参数【x】：逻辑向量或数组。允许省略NA（视作FALSE）。参数【arr.ind】：逻辑；当参数【x】是一个数组时，是否应返回数组索引？除了单个真值外，其他任何值都会
ALittleHigh·2023-12-29 16:51

R语言【base】——dir.exists()和dir.create()目录和文件权限的操作

Packagebaseversion4.3.2Parametersdir.exists(paths)dir.create(path,showWarnings=TRUE,recursive=FALSE,mode="0777")Sys.chmod(paths,mode="0777",use_umask=TRUE)Sys.umask(mode=NA)参数【path】：是一个字符向量，包含一个路径名。参数
ALittleHigh·2023-12-29 16:20

R语言【rgbif】——name_backbone()和name_backbone_verbose()在 GBIF 分类树中查找名称。

Packagergbifversion3.7.8Parametersname_backbone(name,rank=NULL,kingdom=NULL,phylum=NULL,class=NULL,order=NULL,family=NULL,genus=NULL,strict=FALSE,verbose=FALSE,start=NULL,limit=100,curlopts=list())nam
ALittleHigh·2023-12-29 16:20

R语言【base】——file.path() 构建文件路径

Packagebaseversion4.3.2Parametersfile.path(...,fsep=.Platform$file.sep)参数【...】：字符矢量。不支持长向量。参数【fsep】：要使用的路径分隔符（假定为ASCII）。由于该函数在R中被广泛使用，因此其实现设计得非常快（比paste更快）。它也可用于PATH和R_LIBS等环境路径，使用fsep=.Platform$path.
ALittleHigh·2023-12-29 16:20

R语言【base】——将单个 R 对象写入文件并将其还原的函数：saveRDS()，readRDS() 和 infoRDS()

Packagebaseversion4.3.2ParameterssaveRDS(object,file="",ascii=FALSE,version=NULL,compress=TRUE,refhook=NULL)readRDS(file,refhook=NULL)infoRDS(file)参数【object】：要序列化的R对象。参数【file】：连接或R对象保存或读取的文件名。参数【ascii
ALittleHigh·2023-12-29 16:20

R语言整洁编码的12大原则

对于R语言新手，也建议大家规范编码。刚开始可能不习惯，但如果坚持练习，很快就能适应并成为你的第二天性，看着不规范的代码就难受，代码完美主义技能get。本文我们就来学习一下R语言整洁编码的12大原则。
简说基因-专业生信合作伙伴·2023-12-29 16:50

R语言【base】——字符转换和大小写：chartr()，tolower()，toupper()， casefold()

Packagebaseversion4.3.2Parameterschartr(old,new,x)tolower(x)toupper(x)casefold(x,upper=FALSE)参数【x】：字符向量，或可通过as.character强制转换为字符的对象。参数【old】：字符串，指定要转换的字符。如果提供的字符向量长度为2或更长，则使用第一个元素并发出警告。参数【new】：指定转换的字符串。
ALittleHigh·2023-12-29 15:13

R语言学习笔记-R包的安装

推荐在线安装，可以解决包与包之间的依赖关系。1.首先在RGui：2.在RStudio的console下：如安装ggplot2包，则：install.packages("ggplot2")生信方面：首先安装：install.packages("BiocManager")则就可以这样安装ggplot2包：BiocManager::install("ggplot2")
生信研究猿·2023-12-29 10:12

【已解决】TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument ‘min_impurity_split‘

建立随机森林模型随机森林是若干决策树组成的集成模型，训练速度较快，性能也较好。
ZERWW·2023-12-28 21:14

2019-04-19 R读取csv文件 绘制散点和密度图代码

原csv文件部分截图：字段名R语言绘图首先需要加载包install.package(ggplot2)#如果已经下载就不用install.packageinstall.package(reshape2)#
今年二圆可以到一百吗·2023-12-28 18:27

机器学习系列--R语言随机森林进行生存分析（1）

随机森林（Breiman2001a）（RF）是一种非参数统计方法，需要没有关于响应的协变关系的分布假设。RF是一种强大的、非线性的技术，通过拟合一组树来稳定预测精度模型估计。
天桥下的卖艺者·2023-12-28 16:59

R语言机器学习与临床预测模型36--随机森林Random Forest

本内容为【科研私家菜】R语言机器学习与临床预测模型系列课程R小盐准备介绍R语言机器学习与预测模型的学习笔记你想要的R语言学习资料都在这里，快来收藏关注【科研私家菜】01什么是随机森林？
科研私家菜·2023-12-28 15:21
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