r语言aggredate

生信数据库12-药物敏感性基因组学项目（GDSC）

R小盐准备介绍那些小众又好用的生信数据库你想要的R语言学习资料都在这里，快来收藏关注【科研私家菜】**今天R小盐介绍的数据库是GenomicsofDrugSensitivityinCancer**01数据库介绍癌症相关药物敏感性基因组学
科研私家菜·2024-01-02 13:53

R语言手动安装包-以ggplot2为例

呈现这样的页面TheComprehensiveRArchiveNetwork(r-project.org)https://cran.r-project.org/原网址改为（因为这里是ggplot2，所以网址末尾这样结尾；若是其他包就换个名字就可以了）CRAN-Packageggplot2(r-project.org)https://cran.r-project.org/web/packages/g
晨打水水水·2024-01-02 12:59

跟着Nature Communication学作图：R语言ggpubr包画箱线图并添加显著性P值

论文MicrobiomesintheChallengerDeepslopeandbottom-axissedimentshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-29144-4#code-availability对应代码链接https://github.com/ucassee/Challenger-Deep-Microbes论文里提供了大部分图的数据和代
小明的数据分析笔记本·2024-01-02 09:26

R语言【base】——table()：使用交叉分类因子来构建每个因子水平组合的计数列联表。

Packagebaseversion4.2.0Parameterstable(...,exclude=if(useNA=="no")c(NA,NaN),useNA=c("no","ifany","always"),dnn=list.names(...),deparse.level=1)as.table(x,...)is.table(x)##S3methodforclass'table'as.dat
ALittleHigh·2024-01-02 08:59

[原创][R语言]股票分析实战[7]:时间转换 与 股票涨幅计算

[简介]常用网名:猪头三出生日期:1981.XX.XXQQ联系:643439947个人网站:80x86汇编小站https://www.x86asm.org编程生涯:2001年~至今[共22年]职业生涯:20年开发语言:C/C++、80x86ASM、PHP、Perl、Objective-C、ObjectPascal、C#、Python开发工具:VisualStudio、Delphi、XCode、Ec
我不是代码教父·2024-01-02 08:54

R语言绘制精美漂亮截断图教程 | 代码重复 | （收藏篇）

R语言绘制精美漂亮截断图教程|代码重复|（收藏篇）R语言绘制截断图教程教程视频：R语言绘制精美漂亮截断图教程|代码重复|（收藏篇）-知乎(zhihu.com)R语言绘制漂亮截断图教程|代码重复“小杜的生信筆記
小杜的生信筆記·2024-01-02 08:26

ConfigParser：R语言读取脚本配置文件

我们都知道在python中有标准库configparser读取config或ini配置文件。有了配置文件脚本少了许多判断，写起来也更加流畅，关键是维护起来好维护啊。那么在R里面肯定也是有类似功能的包啦：ConfigParser。首先介绍一下config或ini文件格式：config配置文件由两部分组成sections与items。sections用来区分不同的配置块。items是sections下
周运来就是我·2024-01-02 06:17

R语言【base】——sep()是用于设置输出多个值之间的分隔符的函数

R语言自带的sep()函数是用于设置输出多个值之间的分隔符的函数。它可以在将结果打印或写入文件时，控制多个值之间的间隔样式。通常情况下，在R语言中打印多个值时，默认的分隔符是空格。
ALittleHigh·2024-01-01 19:14

R语言【CoordinateCleaner】——cc_gbif(): 根据通过 method 参数定义的方法，删除或标记地理空间中异常值的记录。

cc_gbif()是R语言包coordinatecleaner中的一个函数，用于清理GBIF（全球生物多样性信息设施）数据集的地理坐标。该函数可以识别潜在的坐标错误，并对其进行修正或删除。
ALittleHigh·2024-01-01 19:14

R语言【CoordinateCleaner】——cc_outl(): 根据通过 method 参数定义的方法，删除或标记地理空间中异常值的记录。

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20cc_outl(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",species="species",method="quantile",mltpl=5,tdi=1000,value="clean",sampling_thresh=0,verbose=TRUE,min_occs=7
ALittleHigh·2024-01-01 19:13

R语言【base】——stop()：停止执行当前表达式并执行错误操作。

Packagebaseversion4.2.0Parametersstop(...,call.=TRUE,domain=NULL)geterrmessage()参数【...】：零个或多个对象，这些对象可以强制转换为字符（并且粘贴在一起，没有分隔符）或单个条件对象。参数【call.】：逻辑值，指示调用是否应成为错误消息的一部分。参数【domain】：请参阅gettext。如果为NA，则不会翻译消息。
ALittleHigh·2024-01-01 19:40

奇怪的R语言apply问题及解决

今天遇到了一个百思不得解的问题，记录一下，欢迎交流讨论。为了简化问题，我把数据删除到两行，并把问题最小化了。我想用apply函数筛选一下第三列V4中的数据，用一个稍微复杂的条件，这里我简化成了是否大于0，当然，如果只是>0，太多方法可以实现了，只是复现最小错误。#原始数据如下：#pca_test#V1V2V411439947-0.00069529116035226419307-P1280.0649
zd200572·2024-01-01 19:23

使用jupyter lab愉快地编程

我使用了这个工具之后，感觉又重新燃起了对R语言的学习热情呢。当然，手上的技能树讲义讲得好也至关重要。下面就说说我安装使用这个工具遇到的一点问题和解决的过程。
zd200572·2024-01-01 19:23

R语言 | （一）R与Rstudio下载安装

R的介绍R是S语言的一种实现。S语言是由AT&T贝尔实验室开发的一种用来进行数据探索、统计分析、作图的解释型语言。最初S语言的实现版本主要是S-PLUS。S-PLUS是一个商业软件，它基于S语言，并由MathSoft公司的统计科学部进一步完善。后来Auckland大学的RobertGentleman和RossIhaka及其他志愿人员开发了一个R系统。R的使用与S-PLUS有很多类似之处，两个软件有
小桔大橘·2024-01-01 17:13

R语言之数据可视化（第三章Note）

第三章R的绘图系统目录：3-1三大绘图系统简介3-2基本绘图系统之基础知识3-3基本绘图系统之实践3-4基本绘图系统之全局变量3-5Lattice绘图系统之基础知识3-6Lattice绘图系统之实践3-7ggplot2绘图系统之基础知识3-8ggplot2绘图系统之qplot3-9ggplot2绘图系统之ggplot3-10RColor3-11图形设备3-12探索性数据分析3-1三大绘图系统简介基
Ethan_pika·2024-01-01 17:54

[原创][R语言]股票分析实战[6]:正则表达式提取子字符串

[简介]常用网名:猪头三出生日期:1981.XX.XXQQ联系:643439947个人网站:80x86汇编小站https://www.x86asm.org编程生涯:2001年~至今[共22年]职业生涯:20年开发语言:C/C++、80x86ASM、PHP、Perl、Objective-C、ObjectPascal、C#、Python开发工具:VisualStudio、Delphi、XCode、Ec
我不是代码教父·2024-01-01 12:11

R语言【CoordinateCleaner】——cc_urb(): 根据地理地名词典从城市区域内删除或标记记录。

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20Parameterscc_urb(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",ref=NULL,value="clean",verbose=TRUE)参数【x】：data.frame。包含地理坐标和物种名称。参数【lon】：字符串。具有经度坐标的列。默认值=“decimall
ALittleHigh·2024-01-01 03:51

R语言【CoordinateCleaner】——cc_sea(): 移除或标记参考陆地之外的坐标。可用于将数据集限制为陆地分类群，或从公海中排除记录，具体取决于参考文献。

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20Parameterscc_sea(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",ref=NULL,scale=110,value="clean",speedup=TRUE,verbose=TRUE)参数【x】：data.frame。包含地理坐标和物种名称。参数【lon】：字符串
ALittleHigh·2024-01-01 03:21

R语言【CoordinateCleaner】——cc_coun(): 删除或标记地理坐标与其他国家/地区信息之间的不匹配（通常此信息与样本一起可靠地报告）

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20Parameterscc_coun(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",iso3="countrycode",value="clean",ref=NULL,ref_col="iso_a3",verbose=TRUE)参数【x】：data.frame。包含地理坐标和物种
ALittleHigh·2024-01-01 03:48

R语言学习笔记（1）数据结构

使用软件：RStudio,RGUIR的数据类型：数值型Numeric,如100，0，-4.335字符型Character,如“China”逻辑性Logical,如TRUE,FALSE复数型，如2+3i因子型，表示不同类别特殊类型：NA（缺失值），NULL（空），NaN（非数值），Inf和-Inf(正无穷和负无穷)样例代码：age2)]向量使用矩阵if(FALSE){矩阵的使用，其中vector包含
山阴少年·2024-01-01 03:00

这年头没有火眼金睛，不敢教R语言了

问题背景https://mp.weixin.qq.com/s/DFIwVwrgN4s-FK4WjWuO3Q在这一篇推文里，我写了怎么正确显示坐标轴顺序。不调整的话横坐标默认是这样：调整正确的是这样：然而有位学员搬砖的时候报了错。示例流程1.生成示例数据if(!require(tidyr))install.packages("tidyr")#>Loadingrequiredpackage:tidyr
小洁忘了怎么分身·2024-01-01 01:01

2019-12-20

1.利用R语言的plsr包，对全波段光谱数据进行最小二乘法install.packages("plsr")library(pls)data<-read.csv("C:/Users/ZWPC/Desktop
ZZ_87c3·2024-01-01 01:44

如何学习CPDA？

第二星期：有了统计学基础，R语言学习起来就不会太费劲。《Rinaction》是公认的R语言经典教材。跟着书上
志者不俗·2024-01-01 01:52

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画点和连线展示群体间Fst值和群体内Pi值

看论文Genomicinsightsintotheorigin,domesticationanddiversificationofBrassicajunceaimage.png本地pdf文件s41588-021-00922-y.pdf今天的推文试着模仿一下论文中的Figure2dimage.png好多有关群体遗传的论文里都有这个图，每一个点是群体内的多样性用pi来衡量，连线表示群体之间的分化程度用
小明的数据分析笔记本·2023-12-31 18:52

R语言有人写的一些主题美化包

scale_colour_Publication()和theme_Publication()功能需要加载的包install.packages("devtools")library(devtools)install_github("DavidGarciaCallejas/DGC")theme_publish()功能需要加载的包install.packages("envalysis")require(
热衷组培的二货潜·2023-12-31 17:30

安徽某高校《R语言与统计建模》期末上机题复习

考点1一元线性回归模板#假设我们有以下数据x<-c(1,2,3,4,5)#自变量y<-c(2,4,6,8,10)#因变量#使用lm()函数进行线性回归model<-lm(y~x)#查看回归分析的结果summary(model)例题两组数据，分别是最大积雪深度X和当年灌溉面积Y，请回答：X5.13.57.16.28.87.84.55.68.06.4Y1907128727002373326030001
我不是saint·2023-12-31 15:17

《高效R语言编程》5-高效输入输出

软件配置几个包：install.packages(c("rio","readr","data.table","feather","WDI"))关于数据I/O的高级技巧R语言自己的文件格式是.Rds，可以使用
zd200572·2023-12-31 15:44

R语言实现快速去除孟德尔随机化研究中的混杂因素（1）

#Removeconfoundingfactors#BasicanalysisforMRlibrary(TwoSampleMR)library(phenoscanner)#Exposuredata：aspirin----ukb-b-8755aaa<-extract_instruments(outcomes='ukb-b-8755',clump=TRUE,r2=0.001,kb=10000,acce
weixin_49320263·2023-12-31 14:10

R语言实现计算MR工具变量F-staistics(1)

#F-statistics#Basicanalysis#导入包library(TwoSampleMR)library(MRPRESSO)#导入暴露变量数据：aspirin----ukb-b-8755aaa<-extract_instruments(outcomes='ukb-b-8755',clump=TRUE,p1=5e-08,r2=0.001,kb=10000,access_token=NUL
weixin_49320263·2023-12-31 14:10

R语言孟德尔随机化研究工具包（1）---friendly2MR

friendly2MR是孟德尔岁随机化研究中的一个重要补充工具，可以批量探索因素间的因果关系，以及快速填补缺失eaf的数据，但是存在细微差异需要注意。remotes::install_github("xiechengyong123/friendly2MR")library(friendly2MR)library(friendly2MR)#BasedonTwosampleMR,toinvestiga
weixin_49320263·2023-12-31 13:02

[原创][R语言]股票分析实战[5]:加载股票数据

[简介]常用网名:猪头三出生日期:1981.XX.XXQQ联系:643439947个人网站:80x86汇编小站https://www.x86asm.org编程生涯:2001年~至今[共22年]职业生涯:20年开发语言:C/C++、80x86ASM、PHP、Perl、Objective-C、ObjectPascal、C#、Python开发工具:VisualStudio、Delphi、XCode、Ec
我不是代码教父·2023-12-31 13:31

R语言进行相关性分析

相关性分析相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析，从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性分析旨在研究两个或两个以上随机变量之间相互依存关系的方向和密切程度。一般来讲研究对象（样品或处理组）之间使用距离分析，而元素（物种或环境因子）之间进行相关性分析。两个变量之间的相关性可以用简单相关系数（例如皮尔森相关系数等）进行表示，相关系数越接近1，两个元素相关性越大，相关系数越接近0，两
Seurat_Satija·2023-12-31 09:46

2020-03-30 线性时间序列案例学习—汽油价格

www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/course/fts/ftsnotes/html/_ftsnotes/fts-ltscases-gas.html这一章用三个实例来详细讲解如何用R语言和线性时间序列模型分析实际数据
程凉皮儿·2023-12-31 09:45

R语言【CoordinateCleaner】——cc_cen(): 移除或标记政治国家和省份的地理质心周围半径内的记录。生物数据库中地理参考较差的发生记录经常被错误地地理参考为质心。

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20Parameterscc_cen(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",species="species",buffer=1000,geod=TRUE,test="both",ref=NULL,verify=FALSE,value="clean",verbose=TRU
ALittleHigh·2023-12-31 00:17

R语言【base】——cat() 输出对象，连接表示法，其运行的转换比 print 少得多

Packagebaseversion4.3.2Parameterscat(...,file="",sep="",fill=FALSE,labels=NULL,append=FALSE)参数【...】：R对象。参数【file】：一个connection，或一个命名要打印到的文件的字符串。如果是""（默认值），cat会打印到标准输出连接，即控制台，除非被sink重定向。参数【sep】：字符串向量，用于
ALittleHigh·2023-12-31 00:47

R语言【CoordinateCleaner】——cc_zero(): 删除或标记经度或纬度为零的记录，以及经度和纬度为零的点周围的半径。这些问题通常是由于错误的数据输入或地理参考造成的

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20Parameterscc_zero(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",buffer=0.5,value="clean",verbose=TRUE)参数【x】：data.frame。包含地理坐标和物种名称。参数【lon】：字符串。具有经度坐标的列。默认值=“decim
ALittleHigh·2023-12-31 00:47

R语言【CoordinateCleaner】——cc_cap(): 删除或标记国家/地区首都周围特定半径范围内的记录。生物数据库中地理参考性差的发生记录经常被错误地地理参考为首都。

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20Parameterscc_cap(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",species="species",buffer=10000,geod=TRUE,ref=NULL,verify=FALSE,value="clean",verbose=TRUE)参数【x】：dat
ALittleHigh·2023-12-31 00:47

R语言【base】——使用library判断是否已经安装第三方软件包：library(package, logical.return=TRUE)

Packagebaseversion4.3.2Parameterslibrary(package,help,pos=2,lib.loc=NULL,character.only=FALSE,logical.return=FALSE,warn.conflicts,quietly=FALSE,verbose=getOption("verbose"),mask.ok,exclude,include.onl
ALittleHigh·2023-12-31 00:46

51-R语言机器学习：时间序列与因果关系

《精通机器学习：基于R第二版》学习笔记1、数据理解与数据准备使用的数据记录的是年度异常数据，它由某一年的年度地表温度中位数与参考年度（1961~1990）平均温度的差构成。>climatestr(climate)##'data.frame':95obs.of3variables:##$Year:int1919192019211922192319241925192619271928...##$CO2
wonphen·2023-12-30 23:34

java大数据和javaee哪个好,java与大数据之间的关系

Sourcecodedownload:本文相关源码大数据是目前互联网流行的技术语言，处理大数据的编程语言比较有优势的也很多，比如java、python、go、R语言、Hadoop等等，按道理来说每种编程语言都可以处理大数据
chatgpt001·2023-12-30 17:14

代做MATH202-19S2作业、代写Java/c++课程设计作业、Python编程语言作业调试代写R语言编程|代做R语言编程

MATH202-19S2AssignmentA1Due—4pm,23AugustYourcompletedassignmentshouldbehandedinviatheMATH202boxinthereceptionareaonLevel4oftheErskinebuilding.Youmaydotheassignmentonyourown,orasapairwithoneotherstuden
fujianjia·2023-12-30 15:07

R语言【base】——merge(): 通过共同列名或行名合并两个数据帧

Packagebaseversion4.2.0Parametersmerge(x,y,...)##DefaultS3method:merge(x,y,...)##S3methodforclass'data.frame'merge(x,y,by=intersect(names(x),names(y)),by.x=by,by.y=by,all=FALSE,all.x=all,all.y=all,sor
ALittleHigh·2023-12-30 15:38

回顾2023，自己做了啥呢 | R语言绘图

2023年总结2023年即将结束，我们即将迎来2024年。2023年，我们做了什么呢？？这个是个值得深思的问题…?12月份是个快乐且痛苦时间节点。前一段时间，单位需要提交2023年工作总结，真的是憋了好久才可以下笔，但下笔后一直在沉思，再回想自己2023年到底做了什么呢？杂事做了很多，但没有成果。害！这就难办了，我们平时在开会时，你口述可以说，我做了这样，做了那样…等等。但是，在写工作总结时，可不
小杜的生信筆記·2023-12-30 15:38

2023教程发布最后一个教程 | R语言绘图汇总

2023年总结2023年即将结束，我们即将迎来2024年。2023年，我们做了什么呢？？这个是个值得深思的问题…?12月份是个快乐且痛苦时间节点。前一段时间，单位需要提交2023年工作总结，真的是憋了好久才可以下笔，但下笔后一直在沉思，再回想自己2023年到底做了什么呢？杂事做了很多，但没有成果。害！这就难办了，我们平时在开会时，你口述可以说，我做了这样，做了那样…等等。但是，在写工作总结时，可不
小杜的生信筆記·2023-12-30 15:37

学习笔记：R语言基础

文章目录一、R语言简介二、选择R的原因三、R基本数据对象（一）向量（二）矩阵（三）数组（四）因子（五）列表（六）数据框（七）函数四、基本函数应用示例五、自定义函数（一）自定义函数定义（二）自定义函数示例
howard2005·2023-12-30 13:43

r语言独立性检验

卡方检验>library(vcd)>mytablechisq.test(mytable)Pearson'sChi-squaredtestdata:mytableX-squared=13.055,df=2,p-value=0.001463#由上述的内容可以看出：本次检验治疗和改善之后的效果是否与原有的效果显著，由于p=0.001，小于显著性水平，拒绝原假设，接受对立假设，效果是显著的。>mytabl
肖玉贤·2023-12-30 03:31

R语言ggplot2画右三角方块热图的简单小例子

还是这幅图image.png本来以为今天的推文可以重复出来的，但还是高估自己了，实现过程遇到了问题，暂时还不知道如何解决，后面想到办法再来介绍吧！今天的推文先介绍右上角的方块热图实现办法吧!首先是方块四周的灰色边框这里使用到的是geom_tile()函数。把填充设置为白色，然后把边框线设置为灰色就可以达成这种效果下面是一个简单小例子示例数据image.png代码library(readxl)df5
小明的数据分析笔记本·2023-12-30 02:26

R语言| 缺失值判断

缺失值判断一、缺失值判断通常用“NA"表示，判断数据是否存在缺失值的常用方法使用函数is.na()使用函数is.na()，该函数是判断缺失值的最基本的函数。可以用于判断不同的数据对象，如向量、列表和数据框.其函数的基本书写格式为：is.na(x)判断数据集中是否存在缺失值，如果存在，返回TRUE;如果不存在，则返回FALSE例：>library(DMwR）>data("algae")>sum(is
mint1104·2023-12-29 19:01

R语言：缺失值处理

前言  一个完整的处理方法通常包含以下几个步骤：  (1)识别缺失数据；  (2)检查导致数据缺失的原因；  (3)删除包含缺失值的实例或用合理的数值代替（插补）缺失值。  但遗憾的是，仅有识别缺失数据是最清晰明确的步骤。知道数据为何缺失依赖于你对数据生成过程的理解，而决定如何处理缺失值则需要判断哪种方法的结果最为可靠和精确。  统计学家通常将缺失数据分为三类。它们都用概率术语进行描述，但思想都非
猪逻辑公园·2023-12-29 19:31

R语言 arabic2kansuji包，将阿拉伯数字转换为汉字数字。

WeChatScreenshot_20210109104046.png#SatJan0910:36:192021-#字符编码：UTF-8#R版本：Rx644.0.3forwindow10#[email protected]#个人笔记不负责任#——拎了个梨.rs.restartR()require(arabic2kansuji)rm(list=ls());gc()arabic2kansuji(2
youmigo·2023-12-29 17:17
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