R语言做！初学者先进来看看！！！

论文https://www.nature.com/articles/s41559-022-01771-6#code-availability论文没有权限下载但是查看数据代码链接的时候发现github主页上提供了论文的下载链接论文中的图做的都非常好看，而且提供数据和代码，我们可以找来学习数据代码链接https://github.com/sebepedroslab/chromatin-evolutio

对象R是一种基于对象(Object)的语言，所以你在R语言中接触到的每样东西都是一个对象，一串数值向量是一个对象，一个函数是一个对象，一个图形也是一个对象。

一、生存分析R语言基础我们将使用两个R包：survival用于计算存活分析survminer用于总结和可视化生存分析结果library(survival)library(survminer)结果展示：fit2

茗创科技专注于脑科学，涵盖（EEG/ERP，fMRI，结构像，DTI，ASL，FNIRS）等，欢迎留言讨论及转发推荐，也欢迎了解茗创科技的脑科学课程，数据处理服务及脑科学工作站销售业务，可添加我们的工程师（微信号MCKJ-zhouyi或17373158786）咨询。★课程简介★R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制

这是《高效R语言编程》的学习笔记，前面的笔记在这里：https://blog.csdn.net/zd200572/article/details/115349366https://www.jianshu.com

2020/5/25，下定决心用R语言了，Python虽然顺手但是生物信息学尤其是单细胞测序领域主要还是R的天下。（发现一篇Naturecommunication居然用R调用了Tensorflow！

之前一直有小伙伴私信说让我多出些关于Python进行可视化绘制的教程，不想再学一门语言(R语言)进行可视化绘制。怎么说呢？

开始安装了onedrive，然后不知怎么r语言安装包被放在了onedrive的盘里，不知什么时候就塞满了，无法安装新的包，所以想着怎么修改Rpackage的安装路径。

今天是各类统计方法R语言实现的第12期，我们主要介绍泊松回归。泊松回归计数型，如某地区某年发生肿瘤患者的人数等，常用泊松回归，假设因变量Y服从泊松分布。

关注公众号，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你72篇原创内容-->公众号前两期简单介绍了R语言基础

step1:导入ggplot2库文件library(ggplot2)step2：带入自带的iris数据集iris<-datasets::irisstep3：查看数据信息dim(iris)维度为[150,5]head(iris)查看数据前6行的信息step4：利用ggplot工具包绘图开发者们在ggplot2的基础上，还开发出了其它画图包，比如GGally。下面画图需要用到GGallyinstall

不管怎么说，先上妹子##gilrclawerlibrary(RCurl)library(dplyr)library(rvest)library(downloader)setwd("E:\\girl")start=24656end=24657#end=25370base_url="https://m.nvshens.com/g/"myheader=c("User-Agent"="Mozilla/5.

目录一、随机抽样1.1将随机抽样应用于扑克牌1.2种子值1.3模拟骰子1.4比重的设置二、再谈向量数据的抽取——以islands为实例三、数据框数据的抽取——重复值的处理3.1重复值的搜索3.2which()函数3.3抽取数据是去除重复值四、数据框数据的抽取——缺少值的处理4.1抽取数据时去除含NA值得行数据4.2na.omit()函数五、数据框的字段运算5.1基本数据框的字段运算5.2with(

有需要实验报告的可CSDN主页个人私信《大数据统计分析软件（R语言）》实验报告指导教师：专业：班级：姓名：学号：完成时间：实验目的掌握数据读入的各类函数；简单的数据处理：新变量的生成，数据集筛选排序，数据集合并

前言：让我们粗暴地解决问题！在研究的路上，很多东西不是难的，但是就是没有人带而已，我不想其他人也走我走过的弯路。如果有什么问题、需要R代码文件、示例数据集，欢迎在下方评论。如果连学不来，没时间学，不介意地话就私信我，我来做吧，文章带上名字就好～如图：散点图带回归线的散点图代码：#简单数据散点图x=c(20,30,40,10,55,37,77)y=c(1,2,4,5,2,3,4)z=c(2,4,6,

置换检验置换检验也称随机检验或重随机化检验步骤：（引自R语言实战，此时数据分为A和B两组，每组有5个得分）（1）与参数方

今天是各类统计方法R语言实现的第11期，我们主要介绍Logistic回归。Logistic回归属于广义线性回归，因此我们从广义线性回归讲起。

首先需要完成R语言练习题-初级，在http://www.bio-info-trainee.com/3793.html#设置镜像，安装包，使用循环嵌套cran_packages<-c('tidyverse

前面给大家介绍了【R语言】获取基因组上某个区域内的SNP信息我们经常会从一些文献或者数据库里得到一些与疾病相关的SNP信息。

我都快愁死了......师兄：你不是学过R语言吗？师弟：道理倒是都懂，看书归看书，但是实际应用起来大脑就一片空白，完全没有构思......师兄：不怕，我这个有个完整的框架，你来学习一下？

今天我们使用R语言forestploter包优雅的绘制孟德尔随机化研究森林图。

我们从最简单的线性回归（LinearRegression）开始了解如何使用glmnet拟合LASSO回归模型，所以此时的连接函数（linkfunction）就是恒等，或者说没有连接函数，而误差的函数分布是正态分布

今天这篇推文，我们就使用R语言的kknn包进行类别插值可视化绘制，主要知识点如下：R-kknn包简介及应用kknn模型结果可视化绘制所有完整代码都已整理之我们的线上课程，有需要的同学+vyidianshuyulove

提取特定列或者行，使用c()时候提示错误：longerobjectlengthisnotamultipleofshorterobjectlength改成使用%in%%in%的使用：

非度量多维标度（NMDS）分析非度量多维标度（Non-metricMultidimensionalScaling，NMDS）是一种将多维空间的研究对象（样本或变量）简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。与PCoA相似，NMDS都使用样本相似性距离矩阵进行降维排序分析，但NMDS侧重反映距离矩阵中数值的排序关系，NMDS图形常用作微生物群落研究的β分析。来看看R

ma<-matrix(c(1:4,6,9:15),nrow=3)###建立矩阵ma#给他一个名字colnames(ma)<-c("A","B","C","D")rownames(ma)<-c("x","y","z")ma##返回的结果是：ABCDx141013y261114z391215##针对矩阵的一些函数##按照行取平均值，超级实用rowMeans(ma)##按照行求和rowSums(ma)#

数据准备df|t|)##(Intercept)0.938540.0749712.5191.75e-11***##v30.073250.016904.3330.000268***##---##Signif.codes:0'***'0.001'**'0.01'*'0.05'.'0.1''1####Residualstandarderror:0.07646on22degreesoffreedom##Mu

ChocolateWillyWonkahasachocolatepipelinedistributionnetworkasshownbelow.Eachnodecorrespondstoasinglestoragetank,andthenumbersontheedgesrepresentflowcapacities(perhour)ofsomeunitoffluidchocolate.Noteth

学习目的：1.安装R和Rstudio2.粗略了解R语言，干什么的，认识Rstudio的工作界面3.学会外观设置和基本操作4.用R做图image.png代码plot(rnorm(50))#必应查查plot

1.RStudio-Tools-GlobalOptions，GeneralBasic中有R的基本信息，可以从这里看到（记不清了的）R的安装路径2.在路径里找到etc文件夹，其中Rprofile.site文件在这个文件中加入语句：.libPaths(c("需要的路径",.libPaths()))保存，关闭，重启Rstudio，包的默认路径就已经得到更改了。3.library(包)，都是正常的，之前安

今天的学习内容是R语言基础安装R（基础）和Rstudio（人性化一些的界面）注意电脑的用户名需要是英文，需要安装在C盘下载R语言https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/

1.创建数据框在R语言中，可以使用data.frame函数来创建数据框。

准备工作以及注意点：将文件”Nachname_Vorname.R”命名为YuXu并保存.打开R并以”UTF—8“为编码分配对象”11605933“并执行代码，请用“football_rand.csv”分析所有数据。（同样在SPAA和SAS中）注意SPSS处理：阅读文件“football_rand.cvs”并另存为’Xu_Yu.sav”.这些数据文件应该和一个’SPSS-Syntax-文件“Xu_Y

分支、循环与函数（1）1.if语句在R语言中，if语句用于根据条件执行不同的代码块。

R语言特点R语言环境软件属于GNU开源软件，兼容性好、使用免费语法十分有利于复杂的数学运算数据类型丰富，包括向量、矩阵、因子、数据集等常用数据结构代码风格好，可读性强简单虽然R主要用于统计分析或者开发统计相关的软件

变量R语言的有效的变量名称由字母，数字以及点号.或下划线_组成。变量名称以字母或点开头。

这个数据库框架的优点是支持全平台使用，此框架通过使用datr语言的ffi功能（相当于JAVA的jni）来调用sqlite动态库实现数据库操作，Web平台是通过wasm（浏览器可以运行的二进制文件，可由C

Anaconda具有如下特点：开源安装过程简单高性能使用Python和R语言免费的社区支持其特点的实现主要基于Anaconda拥有的：资源管理conda和pip扩展：conda和pip的区别1、依赖项

棒棒糖图其实类似于柱状图加散点图的效果，因为他的形状就是由俩部分组成(点+线条)，因此在ggplot中，我们只要通过geom_point()函数绘制"糖"的那一部分，geom_segment()函数绘制“棒棒”那一部分，就可轻松绘制出这种图形image基础棒棒糖图横坐标的值可以为数值变量或者分类变量#加载包library(ggplot2)library(patchwork)#创造数值变量数据dat

library(ISLR)library(glmnet)library(class)#containsknn()library(MASS)#tohavelda()library(carData)library

Packagetaxlistversion0.2.4Description一种方法，用于显示taxlist对象内容的概述或所选分类组的概述。Usage##S4methodforsignature'taxlist'summary(object,ConceptID,units="Kb",check_validity=TRUE,display="both",maxsum=5,secundum=NULL,

2019/1/29Workingwithgetopt()https://cis.technikum-wien.at/documents/bel/1/prg/semesterplan/tasks/content/getopt.html1/3Workingwithgetopt()Thefunctiongetopt()allowstoimplementprogramswithcommand-linear

字符串操作函数（1）字符合并:paste()>paste("abc","bc",sep="-")#将abc和bc以指定的分隔符-连接[1]"abc-bc"（2）字符串大小写转换:toupper(),tolower()>toupper('aBcd')[1]"ABCD">tolower(c('aB','cd'))[1]"ab""cd">toupper('jan')=='JAN'[1]TRUE(3)返回

在ggplot2程序包的加持下，R语言可以做出非常漂亮的统计图出来。然而大家是否会有这样的体会，为了做出理想的图片，需要不停的调整作图的参数，包括颜色，字体大小，字体格式，注释的位置，非常麻烦。

step1:导入ggplot2库文件library(ggplot2)step2：带入自带的iris数据集iris<-datasets::irisstep3：查看数据信息dim(iris)维度为[150,5]head(iris)查看数据前6行的信息step4：画图展示plot2<-ggplot(iris,aes(Sepal.Width))+theme_minimal(base_size=12)+ge

R语言--字符串处理一、正则表达式（regex）：用于描述/匹配一个文本集合的表达式1、所有英文字母、数字和很多可显示的字符本身就是正则表达式，用于匹配它们自己。

在网上偶然间发现的一个R语言ggplot2做数据可视化的实例，提供数据和代码，今天的推文把代码拆解一下实例数据下载链接https://www.kaggle.com/berkeleyearth/climate-change-earth-surface-temperature-data

Rstudio是一款非常优秀的集成开发环境，也是目前R语言使用中最佳的使用环境。Rstudio具有非常多的功能，熟练使用一些快捷键会极大的提高工作效率，这里面我们精选10个常用快捷键分享给大家。

VScode：一款界面简单的代码编辑器；RStudio:R语言的IDE，包含代码编辑器，运行，绘图窗口等；Texmaker：Latex编译器（编辑+编译），界面简单，个人认为比TexStudio好用。