r语言glmnet 第3页

R语言ggplot2绘图拟合曲线的置信区间边框变成虚线

https://stackoverflow.com/questions/57988682/how-to-remove-filled-area-on-se-when-plot-geom-smooth-in-ggplot2library(ggplot2)ggplot(data=mtcars,mapping=aes(x=wt,y=mpg))+geom_point(size=2)+geom_smooth(

小明的数据分析笔记本·2024-02-14 20:28

R语言学习之基本文字处理代码

...getwd()setwd("")is()rm()q()字符串的处理常用代码切割strsplit()子集substr()大小写toupper()tolower()文字连接paste()paste0()替代文字gsub()去除前后空格strtrim()举例strsplit("hello,world",",")substr("hello,world",start=2,stop=4)toupper(

佐博伊森·2024-02-14 17:26

R语言从拍摄照片生成色卡用于统计图

ok.pngex_2021-04-29_02-10-25.pngex_2021-04-29_02-13-55.png图片1.jpg微信图片_20210429013555.jpg#ThuApr2901:37:232021-#字符编码：UTF-8#R版本：Rx644.0.5forwindow10#[email protected]#个人笔记不负责任，拎了个梨.rs.restartR()requir

youmigo·2024-02-14 16:14

R语言入门学习笔记（2）

课程源代码：https://github.com/miwu8512/IntroToR视频地址：https://www.youtube.com/watch?v=rPj5FsTRboE&list=PLBTcf4SwWEI9_kCOJ-1o-Jwr-_Qb6bkegLecture2数据集的结构和作图的主要变量1understandingthedataset1.1Vector向量Define:Vector

DC小白·2024-02-14 12:45

R语言作业-20题

1.安装包代码在https://github.com/jmzeng1314/5years/blob/master/learn-R/tasks/3-r-20-codes.R二.2、了解ExpressionSet对象，比如CLL包里面就有data(sCLLex)，找到它包含的元素，提取其表达矩阵(使用exprs函数)，查看其大小3、了解str,head,help函数，作用于第二步提取到的表达矩阵sup

鱼啸九天·2024-02-14 11:17

【量化干货合集】你想要的，都在这里！

（以下很多策略均包含源码分享供参考，欢迎大家多多交流谈论）资料分享Python、研究报告、计量经济学、投资书籍、R语言等！

水哥哥123·2024-02-14 09:01

R语言的ggplot2画图去掉图例的灰色背景

R语言默认的图例如下library(ggplot2)ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))+geom_point(aes(color=Species

小明的数据分析笔记本·2024-02-14 06:09

单细胞测序最好的教程（一）：质量控制

但是，其在国内的推广有两个不足：（一）全英文教程；（二）R语言与Python混合。二者限制了其在国内的推广

Starlitnightly·2024-02-14 06:18

Python版RNA-seq分析教程：DEseq2差异表达基因分析

在omicverse中，除了最简单的ttest外，在这里，我们介绍一种类似R语言中的Deseq2等包的模型来计算差异表达基因。

Starlitnightly·2024-02-14 06:48

PySCENIC（一）：python版单细胞转录组转录因子分析

关于单细胞转录组转录因子的分析我们之前在单细胞系列讲过R语言版本的，参考：跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析，但是R语言分析起来速度非常慢，如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周，这显然不现实

TS的美梦·2024-02-14 06:47

HMM 隐马尔可夫模型初学（一）

小贝学生信·2024-02-14 03:48

横向柱状图

横向柱状图正负值分开，颜色区分标签：R语言f3cb8856-be9b-4e46-a8cc-97656aa14e56.png上面的示意图中我们要注意的问题：横向柱状图正负值区分颜色赋值画柱状图两侧柱子标签

假装自己90斤·2024-02-14 02:34

跟着BMC genomics学作图：R语言ggplot2+ggtree进化树拼接三角热图

image.png有读者在公众号留言问这个图的实现办法，今天的推文介绍一下这个图的R语言实现代码这个图示物种的进化树，热图展示的是kaks的值首先是进化树的数据image.pngnwk格式的树文件还有一个物种的分组文件

小明的数据分析笔记本·2024-02-13 22:30

R语言-dplyr包进行条件均值

实际处理数据中，我们往往需要将某变量分组进行运算，dplyr包中的group_by和summarise函数联合使用，会让code变得更简洁。library(dplyr)##读取tsv格式文件data%group_by(age)%>%summarise(friend_count_mean=mean(friend_count),friend_count_median=median(friend_cou

PriscillaBai·2024-02-13 13:27

R语言群组变量选择、组惩罚group lasso套索模型预测分析新生儿出生体重风险因素数据和交叉验证、可视化

原文链接：http://tecdat.cn/?p=25158原文出处：拓端数据部落公众号本文拟合具有分组惩罚的线性回归、GLM和Cox回归模型的正则化路径。这包括组选择方法，如组lasso套索、组MCP和组SCAD，以及双级选择方法，如组指数lasso、组MCP。还提供了进行交叉验证以及拟合后可视化、总结和预测的实用程序。本文提供了一些数据集的例子；涉及识别与低出生体重有关的风险因素。结果是连续测

·2024-02-13 13:46

2022-07-15 R语言数据标准化笔记

需要对一个dataframe中的单独一列进行标准化，看看如何用R语言实现吧：#!

顽强的火锅·2024-02-13 05:34

R语言拆分测试集和训练集（1）

方法1：sample#拆分数据集#生成模拟数据集set.seed(5)data_mo<-data.frame(a1=rnorm(20,30,5),a2=rgamma(20,50,10),a3=rnorm(20,13,4),row.names=1:20)#1使用sampleset.seed(1)index<-sample(nrow(data_mo),nrow(data_mo)*0.7)indextr

weixin_49320263·2024-02-13 00:34

R语言分类回归决策树交互式修剪和更美观地可视化分析细胞图像分割数据集

视频：从决策树到随机森林：R语言信用卡违约分析信贷数据实例从决策树到随机森林：R语言信用卡违约分析信贷数据实例，时长10:11#绘

拓端研究室·2024-02-13 00:04

R语言逻辑回归logistic模型分析泰坦尼克titanic数据集预测生还情况

拓端研究室·2024-02-13 00:03

使用R语言建立回归模型并分割训练集和测试集

通过简单的回归实例，可以说明数据分割为训练集和测试集的必要性。以下先建立示例数据:set.seed(123)#设置随机种子x|t|)##(Intercept)-13.63231.6335-8.3454.63e-13***##x11.98010.716716.715<2e-16***##---##Signif.codes:0'***'0.001'**'0.01'*'0.05'.'0.1''1####

环能jvav大师·2024-02-13 00:33

R语言4——字符串&列表&矩阵&数组

R语言4——R的数据类型2目录R语言4——R的数据类型21、字符串1.1在字符串的语法中，单引号和双引号不能混用1.2字符串连接函数——paste（）函数1.3字符串格式化函数——format（）函数1.4

朝荣·2024-02-12 10:35

R语言【utlis】——adist()：字符串近似距离（编辑距离）

Packageutilsversion4.2.0Description计算字符向量之间的近似字符串距离。这个距离是一个广义的Levenshtein(编辑)距离，给出了将一个字符串转换为另一个字符串所需的最小可能的插入、删除和替换加权数。Usageadist(x,y=NULL,costs=NULL,counts=FALSE,fixed=TRUE,partial=!fixed,ignore.case=

ALittleHigh·2024-02-12 10:34

R语言【utlis】——alarm()：提示音或提示符

Packageutilsversion4.2.0Description给用户一个声音或视觉信号。Usagealarm()Detailsalarm()通过向控制台发送一个“\a”字符来工作。在大多数平台上，这将向用户发出铃声、嘟嘟声或其他信号(除非重定向了标准输出)。它尝试刷新控制台(请参阅flush.console)。Value没有返回有用的值。Examplealarm()

ALittleHigh·2024-02-12 06:36

R语言管道操作及绘制数据集对比图和回归线的基础并简单建模

使用了R语言自带的数据框mtcars，里面包含了各品牌型号的车辆参数信息。

环能jvav大师·2024-02-12 06:33

使用R语言fifer包进行分层采样

使用R语言fifer包中的stratified()函数用来进行分层采样非常方便，但fifer包已经从CRAN存储库中删除，需要从存档中下载可用的历史版本，下载链接：Indexof/src/contrib

环能jvav大师·2024-02-12 06:32

R语言杂谈（一）

首先，你需要一个Rstudio，其次每一个项目需要一个文件夹以方便自己且路径中不要出现中文和空格，如果需要请用下划线替代。1.安装R包if(!require("tidyr"))install.packages("tidyr",update=F,ask=F)#或者选择安装Bioconductor上的R包if(!require("limma"))BiocManager::install("limma"

爱思考的照·2024-02-12 03:46

R语言RImagePalette包，图像照片提取调色板

R语言RImagePalette包，图像照片提取调色板迁移照片颜色板Snipaste_2020-12-06_01-28-19.png001.jpg002.jpg003.pngSnipaste_2020-

youmigo·2024-02-12 03:40

利用ggplot2制作金字塔图，展示人口结构数据

人口金字塔图是描述一个地区或国家人口结构类型的常用图示方式，今天我们介绍一下如何利用R语言制作金字塔图，快来看看如何作金字塔图吧！什么是人口金字塔图？

普癌新声·2024-02-12 02:24

R语言,rayshader包，save_3dprint函数，保存3D打印

好像不支持中文。实操失败。#FriOct1601:08:342020-#字符编码：UTF-8#R版本：Rx644.0.2forwindow10#[email protected]#个人笔记不负责任#——拎了个梨.rs.restartR()#save_3dprint函数，保存3D打印rm(list=ls());gc()require(rayshader)#编写可用于3D打印的立体光刻（STL）文

youmigo·2024-02-12 01:30

聚类分析-R语言

1，原始数据，是矩阵，有行头和列名：data2，amap包的聚类分析：library(amap)clu<-hclusterpar(matx)plot(clu,sub="",hang=-1,xlab=NA,ylab=NA,main=NA)cluster用法：hcluster(x,method="euclidean",diag=FALSE,upper=FALSE,link="complete",mem

育种数据分析之放飞自我·2024-02-12 00:39

跟着Nature Communications学作图:R语言ggplot2散点图及添加文字标签

论文MiDAS4:Aglobalcatalogueoffull-length16SrRNAgenesequencesandtaxonomyforstudiesofbacterialcommunitiesinwastewatertreatmentplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-29438-7数据链接https://figshare.c

小明的数据分析笔记本·2024-02-11 22:15

R语言用随机森林模型的酒店收入和产量预测误差分析

全文链接：https://tecdat.cn/?p=35162在这篇文章中，我们将探讨基于随机森林模型的酒店收入和产量预测分析。我们将使用4月9日至4月15日的数据作为测试集，评估预测的准确度。我们将分别对单个酒店在三个预订渠道的总收入和总产量进行分析，并使用随机森林模型进行预测。通过对比每家酒店的间夜预测值（或收入）与实际值的结果，以及产量排名前四分之一酒店的平均误差值，我们将得出对酒店收入和产

·2024-02-11 18:33

R语言逻辑回归、决策树、随机森林、神经网络预测患者心脏病数据混淆矩阵可视化

全文链接:https://tecdat.cn/?p=33760原文出处：拓端数据部落公众号概述：众所周知，心脏疾病是目前全球最主要的死因。开发一个能够预测患者心脏疾病存在的计算系统将显著降低死亡率并大幅降低医疗保健成本。机器学习在全球许多领域中被广泛应用，尤其在医疗行业中越来越受欢迎。机器学习可以在预测关键疾病（例如心脏病）的存在或不存在方面发挥重要作用。如果能提前准确预测这些信息，可以为医生提供

·2024-02-11 18:20

r语言有限正态混合模型EM算法的分层聚类、分类和密度估计及可视化|附代码数据

原文链接：http://tecdat.cn/?p=23825最近我们被客户要求撰写关于有限正态混合模型EM算法的研究报告，包括一些图形和统计输出。简介本文介绍了基于有限正态混合模型在r软件中的实现，用于基于模型的聚类、分类和密度估计。提供了通过EM算法对具有各种协方差结构的正态混合模型进行参数估计的函数，以及根据这些模型进行模拟的函数。此外，还包括将基于模型的分层聚类、混合分布估计的EM和贝叶斯信

·2024-02-11 18:10

R语言LASSO特征选择、决策树CART算法和CHAID算法电商网站购物行为预测分析

全文链接：http://tecdat.cn/?p=32275原文出处：拓端数据部落公众号本文通过分析电子商务平台的用户购物行为，帮助客户构建了一个基于决策树模型的用户购物行为预测分析模型。该模型可以帮助企业预测用户的购物意愿、购物频率及购买金额等重要指标，为企业制定更有针对性的营销策略提供参考。数据来源和处理本研究所使用的数据来自某电子商务平台的用户购物历史记录。读取数据head(data)模型构

·2024-02-11 18:39

R语言中的Stan概率编程MCMC采样的贝叶斯模型|附代码数据

这对于基于MCMC采样的贝叶斯模型特别有用R语言中RStan贝叶斯层次模型分析示例stan简介Stan是用于贝叶斯推理的C++库。

·2024-02-11 18:08

R语言结构方程模型SEM、路径分析房价和犯罪率数据、预测智力影响因素可视化2案例|附代码数据

原文链接：http://tecdat.cn/?p=25044原文出处：拓端数据部落公众号最近我们被客户要求撰写关于结构方程模型的研究报告，包括一些图形和统计输出。1简介在本文，我们将考虑观察/显示所有变量的模型，以及具有潜在变量的模型。第一种有时称为“路径分析”，而后者有时称为“测量模型”。2进行简单的多元回归SEM在很大程度上是回归的多元扩展，我们可以在其中一次检查许多预测变量和结果。SEM还提

·2024-02-11 18:01

R语言批量导入中国气象数据网站数据

问题引入从中国气象数据网站下载的数据是TXT格式，以空格隔开，但是不同列之间的空格数不一致。如下图：捕获.PNG用read.table()函数读取会出现一些问题，而scan函数却可以完美解决问题。数据导入链接到数据所在文件夹，获取数据名setwd('E:/1data/站点数据/气象网数据')tem.name<-list.files(pattern='*.TXT')数据处理先设置一个空的数据框，接着

年迈的小怪兽·2024-02-11 16:59

Shiny-R语言轻松开发交互式web应用

Shiny简介Shiny是RStudio公司开发的新包，有了它，可以用R语言轻松开发交互式web应用。特性只用几行代码就可以构建有用的web应用程序—不需要用JavaScript。

生信交流平台·2024-02-11 09:01

R语言泡泡图— —小泡泡如何变大泡泡？

我们使用R绘制泡泡图时，可能会遇到这样一种情况，即count点太小，但又不知道应该如何调大，如下图：图1泡泡图附代码：library(ggplot2)pathway=read.csv("1KEGG.csv",header=TRUE,row.names=1,check.names=FALSE)p=ggplot(pathway,aes(Pvalue,pathway))p=p+geom_point()p

赵玉鑫0507·2024-02-11 06:30

医学R语言快速入门与数据清洗1 2021-01-10

关键词和要点：数据预处理的方法数据分析：对软件要求不高数据可视化：数据作图RStudioR语言安装，Rstudio安装，Rstudio基本设置CRANTaskViewsCRANpackages核心包注释中有个

卡西莫多霉素·2024-02-11 05:12

R语言安装ggcor包

找了很多方法，一直安装不上去，后来把包下载了本地，用本地安装的方法，也还是报错。后来兜兜转转找到了这个方法，非常好用！参考了看见你啦，自己根据实际情况，也稍作修改。1.下载ggcor包到本地ggcor包的链接链接：https://pan.baidu.com/s/1S6w93IjfO6sU8IHGvvCa1w提取码：23902.将zip压缩包解压缩，放到R的library文件夹内（这个要看自己的保存

Rosebud的记录本·2024-02-11 00:09

R语言构建多项式回归应该使用什么函数？

R语言构建多项式回归应该使用什么函数？目录R语言构建多项式回归应该使用什么函数？R语言是解决什么问题的？R语言构建多项式回归应该使用什么函数？

sdgfbhgfj·2024-02-10 22:28

可以用 Python 编程语言做哪些神奇好玩的事情？

目前的数据工作中，数据科学家使用最多的工具语言就是Python，排在第二的工具语言是R语言。但这里有一个有趣的现象，那就是同时使用Python或者R语言的人，推荐别人使用Python的却远高于R语言。

交大全栈智能工程师·2024-02-10 20:15

跟着ISEM学作图：R语言ggtree+ggplot2组合进化树和气泡图

论文Conservedandreproduciblebacterialcommunitiesassociatewithextraradicalhyphaeofarbuscularmycorrhizalfungiimage.png今天的推文我们来重复一下论文中的Figure2image.png没有找到论文提供的原始数据，这里数据我自己构造一份首先是左侧的进化树文件(((A8:0.9735669859

小明的数据分析笔记本·2024-02-10 17:59

R语言编程-Tidyverse 书籍 - 第三章 - 统计建模

1整洁模型结果-broom包tidyverse主张以‘‘整洁的”数据框作为输入，但是lm,nls,t.test,kmeans等模型的输出结果，却是‘‘不整洁的”列表。broom包实现将模型输出结果转化为整洁的tibble，且列名规范一致，方便后续取用；另外，与tidyr包中的nest()/unnest()函数以及purrr包中的map_*()系列函数连用，非常便于批量建模和批量整合模型结果。bro

Hello育种·2024-02-10 16:12

在Python和R语言中使用Auto ARIMA构建高性能时间序列模型

想象一下，你的任务是预测下一部iPhone的价格，并提供了历史数据。这包括季度销售、月度支出，以及苹果资产负债表上的一大堆东西。作为一个数据科学家，你会把这个问题归类为什么？当然是时间序列建模。从预测产品的销售到估计家庭的用电量，时间序列预测是任何数据科学家都应该知道的核心技能之一，如果不是精通的话。有很多不同的技术可供您使用，在本文中，我们将介绍一种最有效的技术，称为AutoARIMA。我们将首

公子曼步·2024-02-10 07:17

R语言|CMplot包绘制环形曼哈顿图

R包-CMplot绘制环形曼哈顿图今天小编给大家分享的是R语言绘制环形曼哈顿图的方法，主要用到的是CMplot包，它是绘制SNP密度、曼哈顿图和QQ图的一个很实用的R包。大家感兴趣的话可以瞅瞅。

维凡生物·2024-02-10 05:10

基于R语言的微生物群落组成多样性分析——物种丰度计算及可视化

引言在对样本的微生物群落组成多样性分析过程中，除了Alpha多样性与Beta多样性的分析，最重要的一个部分就是对样本中微生物具体的群落结构组成情况进行分析。一般我们从门水平及属水平上计算优势物种的相对丰度并通过表格或者柱状堆积图进行展示。正文—代码设置工作目录并加载包rm(list=ls())#clearGlobalEnvironmentsetwd('D:\\桌面\\物种丰度计算及可视化'

科研那点事儿·2024-02-10 01:26

TCGA新版数据库表达矩阵提取

本文首发于公众号：医学和生信笔记医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。

医学和生信笔记·2024-02-10 00:22

推荐频道

r语言glmnet