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Linux
vasp
【
vasp
笔记】结构优化(结构弛豫)
文章目录INCARTagsISTARTISPINMAGMOMICHARGLREALENCUTPRECLWAVELCHARGNSWIBRIONISMEARSIGMAISIF=3EDIFFG(eV/AA)并行计算INCAR'''GlobalParametersISTART=0(Readexistingwavefunction;ifthere)#ISPIN=2(SpinpolarisedDFT)#ICH
flowingsand
·
2023-04-05 10:28
VASP
四大输入文件——INCAR
本INCAR告诉
VASP
计算什么,怎么计算,控制收敛精度,这里介绍INCAR中主要的一些输入参数的设置SYSTEM注释所计算的体系,以示说明,可以省略不写;一旦写了不可写错,比如说写成了YSTEM,那么可能计算出的能量全是正值
chenlanlan_10
·
2023-04-05 10:23
VASP
INCAR
输入文件
VASP
学习实录2
在我们知道
VASP
计算时的几个基本文件后(INCAR,KPOINTS,POSCAR,POTCAR),就可以进行
VASP
的基本计算,首先我学习了bigbro的LearnVASPTheHardWay,后尝试了进行
不懂就问111
·
2023-04-05 10:23
第一性原理
linux
VASP
计算--INCAR参数详解以及INCAR模板和例子,铜的INCAR
INCAR初始参数1.SYSTEM:注释体系以说明;一旦写了不可写错,比如说写成了RYSTEM,那么可能计算出的能量全是正值2.ISTART:如果计算目录中由WAVECAR文件,则默认值为1,否则为0。决定是否读入WAVECAR0:开始新的计算,按INIWAV初始化波函数1:接着计算,读取已有的WAVECAR,用于电子结构计算2:接着计算,用于希望保持基矢不变的计算3:接着计算,读入上一次计算得到
欣欣丫呀
·
2023-04-05 10:45
vasp
python
人工智能
算法
第一性原理
VASP
计算报错解决方法及常见错误汇总
我们在进行第一性原理计算时,如遇到以下报错情况:runningon32totalcoresdistrk:eachk-pointon32cores,1groupsdistr:onebandon1cores,32groupsusingfromnow:INCARvasp.5.4.4.18Apr17-6-g9f103f2a35(buildNov23202119:32:22)complexPOSCARfou
脱脱克克
·
2023-03-30 11:42
VASP
其他
程序人生
The plane-average electron difference in
VASP
在
VASP
的差分电荷密度计算及图像处理中介绍了差分电荷密度的计算方法与三维图像处理,在文献中常常能见到二维的差分电荷图与平均到某个方向的差分电荷曲线(如图)。
chempeng
·
2023-03-26 07:34
linux下
vasp
安装
VASP
是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。1、下载
vasp
-6.3.0软件。
futureZG
·
2022-12-10 01:59
软件安装
linux
运维
服务器
vasp
.6.3.0安装与编译
文章目录前言一、安装包二、解压编译1.解压2.改数据3.编译总结前言ubuntu一、安装包https://download.csdn.net/download/qq_45834835/85825822?spm=1001.2014.3001.5503二、解压编译1.解压tarxfvvasp.6.3.0.tgz2.改数据cdarchcpmakefile.include.intel../cd../#重命
!小白菜!y
·
2022-11-23 23:14
高通量筛选高熵合金的性能
linux
运维
服务器
用
VASP
+VTST计算Raman光谱 (抛砖引玉)
鉴于目前没有找到很好的,很完整的教程由A到Z介绍如何用
VASP
计算Raman光谱。
zesuzesuzesu
·
2022-06-14 10:18
vasp
量子力学
vaspkit使用_
VASP
的光学性质计算及 vaspkit 的安装与使用
使用的软件:
VASP
,Origin,SshClient,vaspkit一光学性质计算在完成结构优化和静态计算后,拷贝scf文件夹为optic(结构优化和静态计算参见
VASP
的能带计算与绘图)cp-rfscfoptic
weixin_39715538
·
2022-06-14 10:25
vaspkit使用
VASP
的能带计算与绘图
使用的软件:
VASP
,Origin,EidtPlus辅助分析计算的小程序:gk.x,pbnf.x一能带计算1结构优化建立opt文件夹,编辑以下文件:INCARSYSTEM=x#x为注释名ISTART=0ENCUT
chempeng
·
2022-02-19 00:41
二维材料的HSE+SOC的计算
这里主要讨论一下用
vasp
对二维材料的hse+soc对能带剪刀操作的过程。
光头披风侠
·
2022-02-15 23:34
光学性质计算后的介电函数实部与虚部的提取[python]
'''Createdon11:35,May.11,2020Recentlyupdatedon15:37,May.12,2020@author:YilinZhangThesefilesareneed:*
vasp
光头披风侠
·
2022-02-11 21:40
docker下安装
vasp
6.1GPU加速版
环境0.2**docker运行容器时,指定nvidia:**1.拉取代cuda的镜像1.1设置好cuda环境2.安装Inter编译器2.1安装oneAPI套件2.2添加环境变量2.3编译fftw3.安裝
VASP
6.13.1
可可西真美
·
2021-12-06 15:12
环境搭建
部署相关
docker
并行计算
nvidia
英特尔
gpu
2019-11-28 LOBSTER在GPU上多线程并行提交方法
问题:一般
VASP
计算时采用MPI多进程并行计算,而LOBSTER只能进行多线程并行计算,如何提交?
BreezeSun
·
2021-06-08 08:27
VASP
载流子有效质量计算
VASP
载流子有效质量计算在计算完能带之后,可以对载流子(电子+空穴)的有效质量进行计算,考察其光电性质。以Si的能带结构为例,如图所示,其价带顶位于高对称点Gamma处,导带底大约位于X处。
Code Wang
·
2021-04-30 11:23
材料基因组学
量子化学
软件安装实用与脚本程序
VASP
计算材料学
有效质量
半导体
VASP
计算光学性质
VASP
计算光学性质的INCAR是根据HSE06计算的自洽INCAR来改的SCFINCAR:SYSTEM=SystemISTART=1ICHARG=1PREC=NormalLREAL=.F.IBRION
Code Wang
·
2021-02-28 14:02
材料基因组学
VASP
INCAR
光学性质
光吸收系数
torque PBS队列管理搭建-
VASP
作业提交
一、root下,查看当前文件安装路径echo$PATHcd/usr/local/lsinclude/lsshare/man/whichtreeyuminstalltreevi/etc/bashrc./etc/bashrccdcd/opt/qnodesll/etc/init.d/foriinpbs_serverpbs_momtrqauthdpbs_sched;doservice$istop;done
有你和你
·
2021-01-27 16:06
新手linux安装
vasp
_GPU版本的
vasp
5.4.4或者
vasp
6.1.0安装
一、
VASP
软件简介
VASP
(ViennaAb-initoSimulationPackage)是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。
我是你余姐
·
2021-01-05 16:34
新手linux安装vasp
lammps 怎么编译gpu版本_GPU版本的
vasp
5.4.4或者
vasp
6.1.0安装
一、
VASP
软件简介
VASP
(ViennaAb-initoSimulationPackage)是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。
weixin_39927288
·
2020-11-24 14:31
lammps
怎么编译gpu版本
VASP
计算HSE06带隙INCAR
VASP
-INCARHSE06杂化泛函计算计算HSE06带隙往往是更精确的,这里提供了5个INCAR,分别是:str-opt,PBE-scf,HSE06-scf,PBE-dos,HSE06-dosstr-optSYSTEM
Code Wang
·
2020-10-31 18:41
材料基因组学
HSE06
VASP
带隙
INCAR
VASP
安装与运行
VASP
(ViennaAb-initioSimulationPackage)是进行电子结构计算以及分子动力学模拟等软件包。
xinming_365
·
2020-09-11 23:08
linux
linux命令tee
tee上图的解释是:ls-l的输出重定向到tee,tee用于将内容存入file.txt文件,管道符号将内容输出到less命令.再举一个例子,比如我现在要运行
vasp
:1.如果只希望运行信息显示在屏幕上,
你说你要一场
·
2020-08-25 06:23
HSE Functional for Band Structures in
VASP
RelatedReadingVASPtheGUIDE:Hartree-Fock(HF)typeandhybridfunctionalcalculationsVASPwiki:TutorialonhybridfunctionalsRelateddiscussion:HowcanIcalculatetheDOSbyusingHSE06invasp?Theseinstructionsaretakenfr
chempeng
·
2020-08-24 05:58
vasp
编译安装测试说明
科学计算软件编译安装方法说明---
vasp
篇(提供免费测试QQ178068275)官网地址:http://www.
vasp
.at/截止目前(2017.4.22)最新版本:http://www.
vasp
.at
MrZhengGang
·
2020-08-22 18:29
vasp
系列问题:有关于差分
问题:
vasp
在计算差分电荷时加入了从静态计算的OUTCAR里找到的GNX加在了差分的两部分的INCAR当中,但运算一投入就被终止。解决方法:将GNX=参数改为NGXF=
ted-lei
·
2020-08-22 18:44
VASP
单机安装
简单的记了一下,在ubuntu9.10和fedora12中安装成功,硬件平台是thinkpadx200和lenovo扬天M8200四核版本的台式机。最后在一个神州的本子上也实现了,CPU是赛扬M的。IVaspInstallationDocument操作系统环境:Ubuntu9.10x32硬件环境:VMWareWorkstationatIntelP8600,CeleronM4301.安装IntelF
懒得打字
·
2020-08-22 17:38
Other
fortran
ubuntu
compiler
gcc
编译器
makefile
VASP
结构优化、静态自洽、非自洽计算
第一步:结构优化(迟豫)结构优化也叫结构迟豫。是指对整个输入体系的坐标进行调整,得到一个相对稳定的基态结构。结构优化分原子迟豫和电子迭代两个嵌套的过程,每次计算中都进行原子迟豫和电子迭代计算(电子迭代嵌套在原子迟豫中),达到原子迟豫收敛标准时进行下一步计算,直到达到自动中断或者最大原子迟豫步数。(通常以前后两次总自由能之差或原子所受最大的力作为原子迟豫的收敛标准,电子自洽迭代计算以总能作为收敛标准
kyang_823
·
2020-08-22 17:32
编译
vasp
5.2
买了新机器:联想万全520G7,虽然是1U机架却上了两个XeonE5520CPU;想着跟之前也是IntelCPU的机器差不多就把
vasp
4.6的makefile改改拿来编译FFLAGS=-I/export
feverforce
·
2020-08-22 16:44
VASP
vasp
在win10子系统Ubuntu下的安装过程
子系统Ubuntu安装过程请参考lammps在win10子系统(Ubuntu)下的简易安装。一、安装Intel®ParallelStudioXE在安装Intel®ParallelStudioXE之前需要安装一系列依赖包:sudoapt-getinstalllibgtk-3-0libxss1libnss3libgtk2.0libpango-1.0-0libasound2sudoapt-getinst
Jasonkun_3
·
2020-08-22 16:17
VASP
搭建高性能计算环境(四)、应用软件的安装之
VASP
1,将需要的软件包上传
vasp
.5.2.12.tar.gz、
vasp
.5.lib.tar.gz、benchmark.Hg.tar.gz。2,创建
vasp
目录并解压软件包。
Patrick11111
·
2020-08-22 15:46
C#部分源码
提供链接:.NETFramework4.7.2CSharp短信发送平台源代码.rarhttp://1000eb.com/5c6
vASP
.NET+AJAX基础示例视频教程http://1000eb.com
Sunny亮
·
2020-08-19 03:43
C#
源码
C#
源码
第一性原理分子动力学(AIMD)结果分析教程
在运行优化任务时,
VASP
生成的XDATCAR记录的是优化步骤的离子构型;在运行AIMD任务时,记录的就是运动轨迹。而现阶段读取XDATCAR轨迹分析性质的后处理软件并不多,能读取的兼容性也并不好。
aa74159
·
2020-08-16 05:07
分子模拟
分子动力学
第一性原理
VASP
- Bader Charge Analysis
Bader电荷分析,用于分析原子周围的电荷密度,从而得到原子价电子数。下载BaderChargeAnalysis工具包。下载地址为:http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/下载VTST工具包。下载地址为:http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts.html解压文件:tarzxvfbader_l
懒散的鱼与消失的猫
·
2020-08-13 18:41
vasp
-Lev00编译
LEV00-ausefultoolforvariousDFTcodes(
VASP
,SIESTA,CASTEP,QUICKSTEP)Lev00虽然有很多不同的功能,但是我们一般只用它处理电荷密度,来生成更容易理解的科研绘图
懒散的鱼与消失的猫
·
2020-08-13 18:41
vasp
-自旋轨道耦合(SOC)计算步骤
在
VASP
中执行自旋轨道耦合(SOC)计算,具体的计算步骤如下:结构优化获取CONTCAR文件自洽计算(collinearnormalVASPcalculations)获取CHGCAR文件。
懒散的鱼与消失的猫
·
2020-08-13 18:41
vasp
-电荷局域密度图(ELF)
以Graphene为例:INCAR:添加LELF=.TRUE.SYSTEM=grapheneISTART=0ICHARG=2#Startparameterforthisrun:PREC=A#ElectronicRelaxationENCUT=500NELM=60NELMIN=6NELMDL=-12EDIFF=1E-6LREAL=FALGO=FastLELF=.TRUE.#DOSrelatedval
懒散的鱼与消失的猫
·
2020-08-13 18:41
pymatgen生成能带和态密度数据
用
VASP
计算好能带和态密度后,往往需要拖到windows中利用p4
vasp
来画图,或者用其导出能带和态密度图,这样做实在太麻烦了。
Code Wang
·
2020-08-11 20:56
材料基因组学
pymatgen
能带
态密度
导出数据
VASP
计算问题小结
本文转载自博主一个人就是一个叠加态,有部分删减修改,文中对相关概念方法做了详细的总结,留坑待填...1.第一原理计算的一些心得1.第一性原理第一性原理其实是包括基于密度泛函的从头算和基于Hartree-Fock自洽计算的从头算,前者以电子密度作为基本变量(霍亨伯格-科洪定理),通过求解Kohn-Sham方程,迭代自洽得到体系的基态电子密度,然后求体系的基态性质;后者则通过自洽求解Hartree-F
chempeng
·
2020-07-15 06:29
Python量子力学计算模拟以及数据可视化
VASPy是一个纯Python编写的处理
VASP
文件数据以及进行数据快速可视化的库,基于OOP的思想提供了操作
VASP
文件的友好的接口,可以帮助使用者快速编写处理
VASP
相关文件的脚本,以提升效率。
倔强_beaf
·
2020-07-13 00:17
VASP
学习笔记--简单的
VASP
运行实例:CrI3做非磁的优化
一、总体思路1)写入INCAR;2)写入POSCAR,就是坐标文件;3)写入KPOINTS文件,就是K点的选择;4)写入POTCAR,写入POTCAR(找到势文件,然后按照POSCAR中的元素顺序把Cr和I元素的POTCAR写在一起)命令如下:(会生成一个POTCAR的势文件)catCr/POTCAR>>POTCARcatI/POTCAR>>POTCAR提交脚本,运行。二、POSCAR的生成1.从
diantong2260
·
2020-07-09 15:10
VASP
表面计算步骤小结
原文链接:http://blog.sciencenet.cn/blog-478347-374981.html一、概述
vasp
用“slab”模型来模拟表面体系结构。
diantong2260
·
2020-07-09 15:10
【DFT】Centos7下安装
vasp
5.4.4
VASP
是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。
小渣渣zh
·
2020-07-06 08:52
vasp
centos
centOS安装
vasp
5.4.4最详细步骤(intel编译器)
root模式1.root模式32bit库准备:需要安装.i686文件1.1yumlistlibstdc*yuminstalllibstdc++.i686yuminstalllibstdc++-devel.i686yuminstalllibstdc++-static.i6861.2yumlistglibc*yuminstallglibc.i686yuminstallglibc-devel.i686y
光电碰碰
·
2020-07-06 06:46
vasp
初学者自己安装编译
VASP
5.4.1过程部分记录
我主要遵循的安装教程是《教你从头编译
vasp
-5.4.1》,但是这个对于没有接触过linux系统和计算的人来说还是有点摸不着头脑。
ycmingjing
·
2020-07-05 08:32
VASP
计算新手礼包:基于CentOS 7.6 系统安装
VASP
5.4.1
2019-9-9更新:因有人反馈最后编译
vasp
5.4.1的时候出现cp:cannotstat‘src/.objects’:Nosuchfileordirectory的错误,因此在网盘中更新了
VASP
5.4.1
子非鱼c
·
2020-07-05 05:18
VASP
VASP
+VTST编译安装
因为要做过渡态计算,所以编译安装了VTST,下边简单介绍以下其过程,主要参考资料为
VASP
5.4.1+VTST编译安装和大师兄网部分教程,之前自己也写过安装
VASP
的全过程,这部分是接着之前的安装做得所以很多修改介绍的不是很详细
lwl_666
·
2020-07-04 23:32
软件篇
vtst编译安装
vtstscripts
vasp安装
过渡态
forrtl: severe(174):SIGSEGV,segmentation fault occurred 问题解决 (ulimit -s 设置堆栈最大值)
之前用
VASP
计算过程中出现forrtl:severe(174):SIGSEGV,segmentationfaultoccurred的错误,如下图:这是由于我们运行程序较大,而Linux系统初始的堆栈大小
lwl_666
·
2020-07-04 23:31
天河2号安装
vasp
5.4.1(CPU版本) (BIGDATA区编译)
注:本文是天河2号BIGDATA1区的
vasp
安装,其他的基金账户和WORK账户万不可使用本教程(需要修改makefile.include内容)在天河2号上安装
vasp
时,主要是makefile.include
lqv587ss
·
2020-07-04 22:32
软件安装问题
天河2号
vasp
5.4.1安装
bigdata1用户
vasp
cpu用户
vasp
5.2编译方法
1编译openmpi下载http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.4/downloads/openmpi-1.4.2.tar.bz2$tarxjvfopenmpi-1.4.2.tar.bz2$cdopenmpi-1.4.2$./configure--prefix=/opt/openmpiCC=iccF77=ifortFC=ifortCXX=icpc$make
linfengfeiye
·
2020-07-04 21:27
高性能计算
fft
makefile
reference
function
include
compiler
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